至正十二年（1352年）3月，元兵又攻陷汝宁。闰3月，元廷以平章巩卜班为统帅，率侍卫汉军合爱马鞑靼军，合兵数万，屯汝宁沙河岸，但他不敢与农民军交锋，“日夜沉溺酒色，醉卧不醒”。刘福通夜来袭营，元兵大乱，自相残杀，四散逃命，巩卜班下落不明，天亮收尸，得其尸死人中。元军溃退数百里，一直逃到项城。巩卜班死后，元顺帝又任也先帖木儿为统帅，统精兵三十余万，“金银物帛车数千辆，河南北供亿万计，前后兵出之盛无如此者”，妄图一举扑灭红巾军。但是，在巩卜班败死之后，元兵已成惊弓之鸟，不敢与红巾军对阵，所以，当进驻沙河后，元兵便不敢前进了。相持不到两月，1日元兵夜惊，四散奔逃，粮食、军资、车辆丢弃如山积，也先“仅收散卒万人，直抵汴梁城下”。红巾军取得了反围攻的巨大胜利。
二、徐寿辉、赵普胜蕲州起义
刘福通颍州起义后，对南方的白莲教徒是一个很大的鼓舞，他们感到时机已经成熟，至正十一年（1351年）8月，在徐寿辉、邹普眭领导下，于蕲州（今湖北蕲春南）也发动了起义。徐寿辉，初名真一，蕲州罗田人，以贩布为业，往来于蕲州、黄州（今湖北黄冈）之间。赵普胜是一个铁工，经常为人打制生产工具，他们的职业为其联系群众提供了方便。赵普胜宣传“弥勒佛下生，当为世主”，在群众中很有威望；徐寿辉生得“相貌异众”，起义时被推举为首领。为破除封建统治者散布的天命论思想和坚定起义群众的胜利信心，徐寿辉也象陈胜、吴广起义“鱼腹丹书”、“篝火狐鸣”那样，起义时以神道设教的形式发动群众，“构圣人堂于多云山中，溪水日再潮，溪旁有巨石，状类舣舟，寿辉命筑一穴，判桅其上，祝之曰：‘天祚寿辉，石当扬飘出溪口’。石为行十余丈。寿辉遂决意反。”这一戏剧性的活动，不一定真实，但在当时却发挥了作用，它坚定了农民群众的胜利信心，轰轰烈烈的南系红巾军大起义在蕲州爆发了，他们也头裹红巾，称红巾军。
蕲州起义后，红巾军队伍很快扩大，9月，攻占蕲水（今湖北浠水），杀蕲州总管李孝先。元朝统治者获悉后，急令镇守武昌的威顺王宽彻普化前往镇压。宽彻普化与其子别帖木儿、答帖木儿率领王府亲兵和新招募的士兵前往蕲水，结果在金刚台被红巾军将领倪文俊打得大败，别帖木儿也被生俘。初战胜利，大大鼓舞了红巾军战士的斗志。从此，他们以更大的革命热情和勇气，向元朝反动势力发动了更加猛烈的进攻。
10月，为便于领导南系红巾军的反元斗争和进一步号召广大群众，徐寿辉称皇帝，“颁万寿历，建元治乎，国号宋。”以蕲水为都城，后又改国号为“天完”，取压倒“大元”之意，图个吉利。天完政权的中央机构，从已发现的天完铜印来看，与元朝相似，中央有中书省，初称莲台省，设丞相，平章、左右丞、参知政事等官。中书省之下，设有吏、户、礼、兵、刑、工六部。在中书六部之外，是否还有抠密院、御史台、翰林院等机构，限于资料不足，还不能完全证实。天完政府也象历代王朝一样，为对开国元勋表示尊崇，设置了三公等作为大官加衔，如赵普胜曾被封为太师，欧普祥为大司徒等；其地方行政机构，是以后随着占领区的扩大而逐渐建立起来的，最高机构为行省，从现在已发现的天完铜印和文献资料来看，曾经设立过江南行省、汴梁行省、陇蜀行省、江西行省等；省以下的行政机构，也仿效元朝制度，有路、府、州、县之设，但详细情况还不清楚。天完的军事机构，是否有地方行枢密院之设，由于缺乏史料，也不清楚，但由实物与文献资料证明，它设有统军元帅府、管军总管府、管军万户府、管军千户所、管军百户所，设元帅、总竹、万户、千户、百户等职。天完政权机构的建立，使白莲教徒的起义逐渐脱去宗教的外衣，使南方各地进行武装反元斗争的教徒由分散行动逐渐走向统一指挥。
三、方国珍浙东起义
方国珍，又名方谷珍，台州黄岩（今浙江黄岩）人，“世以贩盐浮海为业”，《明史》本传称其“长身黑面”，“力逐奔马”，可见是一条健壮的汉子。至正八年（1348年），黄岩一带发生了蔡乱头为首的起义，“行剽海上”，元兵前往镇压，追捕不获，便株连平民。方国珍的冤家陈氏，借机诬他与蔡通，官府派人索捕，国珍大惊，乃向官府行贿求免，但“屡倾资贿吏，寻扑如初”，无济于事，国珍计穷，且无以自白，乃杀冤家陈氏，与其兄国璋、弟国瑛、国珉、侄亚初等聚集避难贫民数千人，逃亡海上，劫夺海运粮船，扣押海运官员，掀起了武装反抗先朝统治的斗争。
方国珍起义后，元顺帝诏江浙参政朵儿只班率舟师镇压，追至福州五虎门，“国珍知事危，焚舟将遁，官军自相惊溃，朵儿只班遂被执”。由于元兵自溃，起义军反败为胜，一举生俘参政朵儿只班，取得很大胜利。方国珍的起义，并非为反压迫，反剥削，乃系为私家报仇，实出于无奈，因此，他没有把推翻元朝统治作为自己的斗争目标，而一心追求的是官位、地盘。正因为如此，所以当俘虏朵儿只班后，他不仅没有杀掉他，相反还将其视为“奇货”，把他当作了向元廷讨价还价的法码。为了求得官位，方国珍迫使朵儿只班上书朝廷，让元顺帝下招降之诏。元朝中央感到无力消这运支起义力量，又怕切断海运，乃下招降诏书，授他庆元定海尉。方国珍虽然接受了元朝官位，返回了家乡，但其起义军却并未解散，不久，方国珍又起兵反元。
至正十年（1350年）5月，“方国珍剽掠至大、小笛雪，宜慰司移檄元帅扈海，率万户孙昭毅等往捕，师溃于水澳”，元兵大败，连元帅扈海也成了俘虏。12月，方国珍更“烧掠沿海州郡”。至正十一年（1351年）2月；元顺帝诏令孛罗帖木儿为江浙行省左丞，会同浙东道宣慰使都元帅泰不华，夹击方国珍。
6月，孛罗帖木儿与泰不华合兵围攻起义军，孛罗帖木儿先期到达大闾洋，方国珍侦知孛罗孤军深入，乃“夜率劲卒纵火鼓噪，官军不战皆溃”，孛罗帖木儿被擒，其全军覆没，起义军取得巨大胜利。随后，孛罗帖木儿又“为国珍饰词上闻”，要求朝廷招安。元廷遣大司农达识帖木儿至黄岩招降，国珍登岸罗拜，被授予千户，其他兄弟也“授官有差”。
至正十二年（1352年）3月，元“朝廷征徐州，命江浙省臣募舟师守大江，国珍怀疑，复入海以叛”。方国珍再起后，泰不华发兵扼守黄岩之澄江（今福建灵江），又派王大用劝降。方国珍将王大用扣押，以小舟二百艘袭击海门，进占州港，攻马鞍诸山。泰不华率兵乘潮而进，船触沙，不能行，被起义军包围，激战中，泰不华被刺身死，被沉尸于海？其部下全部被歼。
孛罗帖木儿、泰不华两支元兵被歼，元廷大惊，急忙调兵遣将防守浙东。同年闰3月，升左答纳失里为浙省左丞，以吴世显为浙东同知元帅，与浙东添设都元帅章保同守温州，黑的儿为福建同知元帅，与浙省副帅也忒迷失同守台州。5月，又命江南行台御史大夫纳麟于台州招集地主武装，共同“夹攻方国珍”。6月，方国珍攻占黄岩城，复乘海船攻掠乐清、瑞安一带。8月三日，方国珍又攻占台州（今浙江临海）。方国珍降而复叛，不过是向元朝政府讨价还价的手段，因此，他虽然在军事上取得了一系列胜利，但却依然不忘招安，为了求得更高的官位，他还派人潜入大都（今北京）贿赂朝中权贵。至正十三年（1353年）3月，元廷又命江浙行省左丞帖里帖木儿，江南行台御史左答纳失里招降方国珍，经过讨价还价之后，二人代为申请五品流官，同年10月，元朝政府授方国珍徽州路治中，国璋广德路治中，国瑛信州路治中。至正十四年（1354年）复叛，拥有战船二千三百多艘，“据海道，阻绝粮运”，控制了东南沿海的南北交通，不时攻掠沿海州县。
四、张士诚泰州起义
张士诚，“小字九四，泰州白驹场（今江苏东台县境）亭人。
有兄弟三人，并以操舟运盐为业，缘私作奸利”，是运盐专业户兼私盐贩。运盐户经常受到官府和富豪的欺压，必须经常向他们送礼行贿，才能维持生计，如仓官，“凡遇纲船到仓，必受船户之贿，纵其杂和灰土，收纳入仓，或船户运至好盐，无钱致贿，则故生事留难，以致停泊河岸”，使船只不能按期返回，枉费盘费，加重运户的负担。贩运私盐，是违法的，元朝规定，私贩者要“徒二年，决杖七十，财产一半没官。”夹带私盐，也属犯禁，因此，他们更必须向各地官员，富豪行贿才能混过去，自然，官员、富豪们就乘机对他们敲诈勒索。张士诚“常鬻盐诸富家，富家多凌侮之，或负其值不酬，而弓手邱义尤窘辱士诚甚”。封建官僚、地头蛇们的欺压，使张士诚逐渐产生了造反报仇的念头。刘福通起义后，他感到报仇的时机到了，于至正十三年（1353年）正月，士诚乃“帅诸弟及壮士李伯升等十八人起义，并灭诸富家，纵火焚其居”，发动了武装起义。
当时，“盐丁方苦重役”，张士诚稍加联络，他们便热烈响应起义，并共推张士诚为主，起义队伍迅速扩大到上万人，几个月的时间，就攻占了泰州（今江苏泰州市）、兴化（今属江苏）、高邮（今属江苏）等城，并结寨于德胜湖。
张士诚一起义，就遭到当地地主豪绅武装的镇压。大地主刘子仁在丁溪阻击张士诚，激战中，士诚的二弟士义中箭牺牲，士诚带领起义队伍，“愤怒决战”，转败为胜，刘子仁仓皇逃入大海。元淮南江北行省获悉张士诚起义，派兵前来镇压，结果也被张打败。在军事镇压失败之后，元朝统治者又派出高邮知府李齐进行“招谕”，并许以官位。张士诚表示接受元朝政府所授“民职”，但随后他发现元朝兵力薄弱，便乘元兵不备，杀元淮南江北行省参知政事赵琏、知府李齐，复起。
至正十四年（1354年）正月1日，张士诚在高邮自称“诚王”，国号“大周”，建元“天佑”，建立了政权。张士诚“出狱囚，蠲民逋”，解放了关在监狱中的劳动人民，免除了人民所欠赋税，平日欺压人民的官员，豪绅许多人被处死，高邮一带人民拍手称快，官僚土绅闻风丧胆。地主文人张蜕庵曾写诗描述当时的情形，“高邮自昔号铜城，一旦东门委贼兵。杀气仓皇迷野色，怨魂呜咽泣江声。广陵琼树春仍在，甓社珠光夜不明。白首故人悲赵李，临风唯有泪纵横”。表达了地主分子在农民铁拳打击下无可奈何，只能向隅而泣的情绪。
元朝统治者招降失败后，6月6日，元将达识帖睦迩又率兵来攻，结果被张士诚打得大败，“诸军皆溃”。元顺帝下诏令江浙行省参知政事佛家闾发兵相助，也无济于事，又为张士诚击败。9月，元顺帝见张士诚起义军的力量日益壮大，乃命“脱脱以太师、中书省右丞相总制诸王各爱马、诸省各翼军马、董督总兵、领兵大小官将出征高邮”，一切军资、衣甲、器仗、粮食、柴薪等，均取自江浙。11月，脱脱带领数十万大军，水陆并进，到达高邮境内。张士诚率军迎击，激战失败，退入城内，元军包围高邮城，并分兵侵占六合。元枢密院判官董抟霄率领水兵随脱脱南犯，进占盐城，兴化，随后，张士诚的水军又在大纵。德胜两湖战败，十二个水寨，全为元兵侵占，不得不渡过淮河，转移到安东州（今江苏涟水）。元水兵尾追，又败，安东亦为元兵侵占，农民军损失很重，脱脱率领的元兵号称百万，还借来了其他少数民族的军队，史称：“出师之盛未有过之者”。元兵猛攻高邮，并一度爬上城墙，张士诚指挥起义军日夜坚守，形势极为紧张。
正当高邮战役处于白热化的时候，由于元朝统治者内部争权夺利的斗争，中书右丞相哈麻却使监察御史袁赛因不花等上书元顺帝，弹劾脱脱“出师3月，略无寸功，倾国家之财以为己用，半朝廷之官以为自随”。结果以“坐视寇玩”罪，脱脱被“削去兵柄，安置淮安路”。脱脱撤职的消息传到高邮城下后，元兵大为震惊，顿时谣言四起，将领人人自危，各谋出路，无心再战，张士诚借机反击，元“大军百万，一时四散……其散而无所附者，多从红军”。元兵四散溃逃，许多人投入起义军。高邮保卫战取得了巨大胜利，使起义军转危为安。
五、其他农民起义
除上述几支义军外，其他地区还有一些起义军，其中规模较大的，有至正十一年（1351年）8月李二、赵君用起义；十—月王权起义；至正十二年（1352年）正月孟海马起义；二门郭子兴起义等。
李二，邳州（今江苏邳县北）人，“值岁饥，其家惟芝麻一仓，尽以赈人”，从此人称他为芝麻李。刘福通起义后，他联络邻人，社长赵君用、樵夫彭早住等八人，于至正十一年（1351年）