如果说天灾，老百姓对待政府只有瞋怒，怨政府治水不力；但如果是人祸，老百姓只能用反抗来对待政府。所以，花园口决堤惨案一直是国民党当局高度保密的一件事。直到战后才有消息传出，在抗战时期发生的花园口决堤事件是当局故意所致。
1937年8月，上海失陷。中国国民政府的首都南京便暴露在日军的炮口之下。11月20日，国民政府发布宣言，决定迁都重庆。事实上，政府各机关及蒋介石等重要人物，已经移驻武汉，以后再前往重庆。
1938年5月19日，徐州失陷，国民党几十万大军向豫东、豫南撤退。日本华北派遣军土肥原师团，由荷泽北面董口强渡黄河，向陇海线挺进。国民党第一战区司令长官程潜指挥部下拦截阻击。
坐镇武汉的蒋介石这时接到第一战区前敌总指挥薛岳的电报，称鲁西南下的敌人正向归得挺进，试图与华中派遣军汇合。
日本人的动机已经很明显，他们不仅想支援土肥原师团，更想进犯平汉路许昌、郑州一带。于是，蒋介石下令，命令程潜立刻停止对土肥原部队的进攻，除留一部分守备开封一线阻击敌人西进之外，主力迅速转移到豫西山地。
程潜接到命令后，马上与参谋长晏勋甫、副参谋长张胥行决策西撤步骤：以第二十集团军的第三十二军作掩护，主力部队连夜撤退。
程潜在分析了战场形势后认为：敌人夺取郑州、许昌的目的，不仅是为了切断平汉路郑汉段的运输联络，更在于南进武汉，西迫洛阳、西安，进而窥视西南大后方。因此，能否守住郑州至许昌一线，于整个局势关系极大。由此第二十集团军的责任重大而又艰巨。
晏勋甫认为：第二十集团军与土肥原师团已经激战数日，伤亡颇大，即便有略加整顿的时间，也一时难以恢复战斗力。更何况敌人在短时间内即可逼近，不容他们有徘徊余地。晏勋甫看着地图，略有所思地对程潜说：“早先在武汉行营时，曾拟过两个方案，一个是必要时将郑州付之一炬，使敌人徒占废墟无可利用。二是水攻，学关云长水淹七军，挖掘黄河堤岸，以水淹敌。这样，敌人的机械化部队大部分的装甲车，卡车，火炮牵引车等在滔滔大水中必定寸步难行。”
张胥行听了晏勋甫的分析，觉得第二种方案倒是可行。遂点头同意第二种方案。程潜在一边一声不响地吸烟，算是默许。
“以水代兵”的计划呈报给蒋介石后，蒋介石顿时脸色铁青，紧缩眉头。他作为最高统帅，心中怎能不知，一旦实施决口，其后果是何等的严重。千百年来，黄河每一次决堤都给黎民百姓的生命财产造成巨大的损失。天然的“黄患”就已经让百姓吃了很多的苦了，如果是人为的……蒋介石不能不想。但是，战时紧迫的情况下，同样是作为最高统帅，他决定“以小的牺牲，换取大的胜利”。
在召开的最高军事会议上，蒋介石表示决定实施决口方案。同时他宣布此为最高机密，必须秘而不宣，也不能事先告知百姓转移。
这时，军委政治部长陈诚提出：“事前及进行过程中保密容易，大水淹后，必有记者来访、报道，舆论也必究其原因，届时如何说法呢？”
军事委员会参谋长何应钦表示可以下达指令，要求新闻检查，一律不许报道。
蒋介石挥手否定道：“任其报道，且要如实报道灾情。”
“那决口的原因怎么说？”何应钦不解地问。
蒋介石微微一笑，下巴向上一抬，说：“日本的飞机不是到处狂轰滥炸吗？”
于是，决堤之事就这么定下来了。
选址决堤的任务由程潜交给了第二十集团军，集团军司令商震与参谋长魏汝霖商酌，派第五三军一个团具体执行。
开始决口的位置选在了赵口，但因为赵口正是枯水期，水位偏低，放不出水，便又改在花园口。这时，日军已经进攻到了开封，蒋介石焦急下令：“切戒夫人之仁，必须打破一切顾忌，克竟全功。”
6月7日深夜，一批负责警戒的官兵以日军将要进攻为借口，把花园口附近的老百姓叫起来，令其迁往10里之外。拂晓时分，国民党新八师师长蒋在珍下令破土作业，工程进展很顺利。
9日，魏汝霖来到花园口视察，他晃动着手中的钞票，大声喊道：“战区程长官要我告诉弟兄们，如果能在今天晚上12点前提前放水，奖励法币3000元。”
重赏之下必有勇夫。很快，上宽50米，下宽5米的缺口挖成，放水在即。上午9点整，实施正式决口。蒋在珍命人将只留下1米多厚的堤坎挖开。顿时，黄河水汹涌而出，激流冲刷之下，堤坎自行消失。决口成功了。
蒋在珍跑向指挥所，向商震报告好消息，并请求商震调来炮兵向已经挖薄了的堤岸平射轰击。六七十炮过后，缺口已经达到七八米，黄河水排山倒海般地倾斜而下。
第二天，浓云翻滚，天又下起了倾盆暴雨。黄河水位猛涨，这时的洪水已像猛兽一般，吞人毁村。豫东皖北44个县市，504平方公里的土地，顿时成为一片汪洋，百姓死亡80多万，上千万人口流离失所。
望着堤内的一片汪洋，不知多少人在心中说：是功是过，后人自有评说。
花园口决口后，形成了长400公里，宽数十里的“黄泛区”，成了中日两军的“军事分界线”，日军占东，国民党军占西。这次放水，致使日军14、16两个师团已经攻入中牟、尉氏、新郑的两路人马被洪水围困，被国民党军队全歼，日军辎重弹药损失也很惨重。并且，日军进攻武汉的企图也被迫推迟了3个多月。
应该说，蒋介石决堤放水在军事上起到了一定的作用，但是，在政治上却起到了相反的作用。灾区的人民是不会答应他的，这一点，蒋介石心里是很明白的。因此，当他听程潜提出用“以水代兵”的计划时，蒋介石才会脸色难看，并不许外露此事。
决堤成功了，百姓遭殃了。在蒋介石看来，这些都是因为日本侵略中国造成的。没有日本的侵略，国民政府怎么会出此下策？这也是他的无奈之举。由此，决口的罪魁也就应该是日本人。
花园口决堤后的第三天，汉口出版的《大公报》、《申报》等大小报纸纷纷刊出消息：
前线大雨，黄河决口。敌军于9日不断以飞机大炮猛烈轰炸中牟附近黄河堤岸，将该处黄河堤垣轰毁一段，致成决口。水势泛滥，其形严重。黄河南岸大堤被暴敌决口后，滔滔黄水由中牟、白沙间向东南泛滥，水势所至，庐舍荡然，罹难民众，不知凡几。
接着，国民党中央社也发讯说：
敌机30余架，12日晨飞抵黄河南岸赵口一带，大肆轰炸，共投弹数十枚。炸毁村庄数座。更在黄河决口处扩大轰炸，致水势愈猛，无法挽救。
至此，日本飞机炸毁黄河堤岸造成决口的消息很快传到全国各地。举国上下，不分男女老幼，不分南北东西，愤怒声讨。同时引起国际社会的严重关注。
但是日本政府很快作出反应，矢口否认，并称这是中方嫁祸于日本。
6月13日，军事委员会政治部长陈诚，在汉口举行中外记者招待会，通报了日军轰炸花园口河堤的经过后，说道：“历来黄河水患，均出于天灾。日本狂暴军部，竟以文明的利器，以人力决口黄河，企图淹没我前线将士和战区居民，如此惨无人道之行为，真可算达到了登峰造极的地步，实为全世界人类之共敌！”
美联社的记者问道：“日本方面声称，决口是中国政府自己炮制的恶作剧，对此，部长先生有何评论？”
“无耻！”陈诚正色厉颜，“日寇惯用欺骗宣传，他们不但不知忏悔，反而血口喷人，把毁堤的罪行移解到我们身上。令人愤慨之至！此种诬报，毋庸辩驳……”
法国记者问到：“那么，对于已经决堤之口，中国政府是否准备堵塞？”
陈诚说：“据前线消息，由于上游连日大雨，黄河水暴涨，加之日机在决口处扩大轰炸，致使决口愈大，水势愈猛，恐一时无法挽救。”陈诚说到这，用低沉的语调接着说道：“我战区居民被水淹者日多一日，无家可归，在死亡线上挣扎，政府岂能撒手不管？政府将不惜代价，尽早堵住决口，以减少战区居民的痛苦。此刻，前线将士正着手进行。”
陈诚还回答了有关政府正在实施赈灾和救援等方面工作的提问。
当香港记者问到，日军决堤，虽然受害者是战区内的居民，但日军也遭到严重损失，对此中国有何看法时，陈诚点了一支烟，缓缓说道：“中国有句古话，叫做善有善报，恶有恶报，于敌，属罪有应得，于我，属天助神辅。”
英国记者想要刨根问底，说：“我还有一个小小的要求，就是希望能在花园口现场采访，以便把日军暴行进一步公诸于众。”在场记者也都表示赞同。
陈诚知道，蒋介石既然想让记者们报道决堤事件，就一定会安排好现场，便答应道：“这个嘛……当然可以，只是最近日本飞机经常来花园口轰炸，等到稍为平静后再去，以保各位的安全。”
蒋介石听了陈诚的汇报后，点头赞许，并指示林尉道：“准备一份日机炸堤的书面材料，要详细些，由花园口守军军官向记者宣读。”同时，蒋介石又吩咐林尉准备好现场的布置工作，安排好人力和物力堵塞决口。
6月22日中午时分，一群记者在中方人员的陪同下，驱车来到花园口。在新八师政治处，中国守军一名军官向记者宣读了准备好的材料，大意同中央社的说法一致。只是在投弹时间、投弹地点和飞机来去方向等细节方面更加精确。
记者们来到现场，只见无数赤裸着上身的军士和民工，正在奋力堵塞决口。他们有的在岸上，有的在船上，将裹绑着高粱秆的石头用力向水中推去，石头落入水中有些便被湍急的水流冲走了。这时又有一些人连推带拖地将一条条木船向决口处移动。号子声高昂有力，节奏有序，景象十分壮观。记者们被这场景感动，大发感慨之余，不停地拍照。
为了让记者满意，中方还答应记者的要求，请来几位士兵和民工接受记者们的采访。记者问了许多问题，参加采访的人员都作了令记者们满意的回答。
记者们回去发稿子去了。自此，花园口决堤事件便一直以“日军轰炸”造成为既定说法。
花园口决堤事件一直是国民党当局的军事机密，知情者讳莫如深，不敢言及。然而，纸包不住火，随着时间的推移，台湾不断出现有关花园口事件的文章和报道。
1967年，国民党资深高官董显光在他的一本关于蒋介石的传记中首次披露了花园口决堤的真相。后来出版的一本关于蒋介石的书中又一次将这一事件作了更详细的披露。当年决堤的主要参与者，国民党第二十集团军参谋长魏汝霖在其自传《生平自述》中作了权威性的评述：
“徐州会战中，蒋决定掘开黄河堤防，造成泛滥，阻止日军西进，自策划至完成，悉由汝霖主持之，时值季春，正当枯水期，先在赵口掘堤，失败3次，最后在花园口成功。”