男性生殖器官可分为内、外生殖器两部分。外生殖器包括阴阜、阴茎和阴囊；内生殖器则由睾丸、附睾、输精管、精囊腺、前列腺及尿道球腺等组成。
阴阜是位于耻骨联合前面的隆起小区，由皮肤和较丰富的皮下脂肪组成，成年的阴阜被阴毛满布，向下可与阴囊相连，有的男性阴毛可向上达到脐部。阴阜为性敏感区，阴毛可起到减轻摩擦损伤的缓冲作用。
阴茎由背面的两条阴茎海绵体和腹面的一条尿道的海绵体组成，尿道在尿道海绵体内穿过。尿道海绵体前端的膨大部分就是龟头。所谓海绵体，就是外包白膜的勃起组织，勃起组织是许多由平滑肌组成的血管窦，这些血管窦与海绵体中心动脉相通。血管窦壁有纵行和环行的平滑肌，在窦的远端有平滑肌柱。平时，这些血管窦基本上是闭合的，当性兴奋的神经冲动传来时，平滑肌就收缩，阻止了血管窦内血液的流出，于是血管窦内高度充血，阴茎延长，并变得粗硬，产生所谓的勃起状态。
阴茎的长度，在软缩时个体差异很大，一般长为6~10 厘米，也有长达 14 厘米的，勃起后一般在 12~18 厘米。由于较小的阴茎，其勃起时的膨胀率远比较大的阴茎为大，所以在勃起状态下，其大小差别就不显著了。不少人以为阴茎越大，勃起时增大的幅度也越大，这是一种误解。
阴茎的皮肤较薄，移动自由，前端在阴茎头部反褶成为包皮。包皮为覆盖有内、外两层皮肤的薄层结构，富含皮脂腺，皮脂腺可分泌浅黄色的皮脂，这种皮脂和脱落的上皮细胞一起组成包皮垢，为引发包皮炎和阴茎癌的因素，故应经常清洗阴茎，将包皮垢除去。小儿的包皮长，龟头不外露。青春期后，海绵体和龟头发育增快，龟头即外露。也有部分成年后仍不外露，但包皮尚能翻开，称为包皮过长；若包皮外口过紧，不能翻开使龟头外露，即为包茎。包茎有诱发阴茎癌和泌尿系统感染的可能。从性功能的角度看，包皮过长，虽然阴茎勃起时约有80%的龟头完全外露，但由于其平时掩盖在包皮下，暴露及摩擦的机会少，比早已适应暴露环境者更为敏感，性交时有可能容易获得快感，性交持续时间也有可能较短。至于包茎，它影响阴茎发育、勃起和射精，以及会引起泌尿系统的炎症等严重后果，故应予以切除。
阴茎在男性性功能中有着明显的重要性。阴茎皮肤分布有丰富的神经末梢，在龟头部分尤其丰富，性交动作实际上就是男女生殖器官的机械摩擦，性交时阴茎和女性阴道的机械摩擦，对神经末梢产生机械刺激，神经末梢接受刺激并将其转化为神经冲动，经阴茎背神经上传到初级性神经中枢，所以阴茎的神经末梢，是性冲动的重要来源。
阴囊为一肉性囊袋，内容睾丸、附睾及精索下部等器官，其表面阴毛稀疏，囊壁含平滑肌纤维，这种肌纤维的收缩不受人的意识支配，故可见囊壁不时地缓慢蠕动。一般情况下，或遇寒冷，阴囊多处于收缩状态，表面多有皱褶，形如核桃，收缩时囊壁变厚；当气温升高，或年老体弱者，阴囊可舒张呈松弛状态，囊壁变薄。这种囊壁厚薄的变化，对调节阴囊内的温度和散热起到积极的作用，从而保证了阴囊内容物温度的恒定，对睾丸内精子的形成，有着重要的意义。
睾丸为椭圆形的小体，左右各有一个。正常的睾丸应该在阴囊里，它的最大直径为2.5~3 厘米，可以因为个体不同略有差异，但应具有一定的弹力性硬度。睾丸的外面包裹着一层坚韧的纤维膜，称为白膜。白膜在睾丸的内侧增厚成为睾丸纵隔，并且呈扇状展开，将睾丸的实质分隔成200~300个睾丸小叶，每一个小叶中有3~4条精曲小管。几个小叶的精曲小管合成一条输出管。输出管与附睾头相接。精曲小管为生殖细胞（也叫支持细胞）和营养细胞（也叫浆液细胞）所组成。生殖细胞从管壁底层的每一个精原细胞开始，分化成为精母细胞，每一个精母细胞又分化成两个精子细胞。精子细胞在营养细胞的培养下，直接发育成为精子。男性的性能力非常活跃，每秒钟可产生3 000个精子。一次射精可射出2亿~4亿个精子。生殖细胞本身还分泌一种小分子量的非类固醇蛋白质，称为抑制素，也称细管因子；并且在营养细胞内合成一种结合蛋白质，称为雄激素。
在精曲小管之间的间质中，还有一种细胞叫间质细胞，是产生男性激素的主要细胞，这种男性激素叫做睾酮。男性生殖器官的发育和维持，以及性功能和第二性征的维持，都依赖睾酮的作用。
睾丸内精曲小管产生精子，间质细胞分泌睾酮，两者都受脑下垂体前叶的控制，但是，若精曲小管功能丧失，精子的形成就会产生障碍。
胚胎期的睾丸在腹腔内，直到出生前 1~2 周才下降到阴囊里，但仍有约 10%的婴儿出生时还没有下降，在出生后的 1 年内还有可能下降，但最后仍有约 3%的人不下降。由于腹腔内的温度比阴囊内高1~2℃，会影响精子的生成，而且容易发生癌，应该及早治疗，通过药物或手术让它进入阴囊里。
睾丸可因性的兴奋而拉升，并暂时胀大，在性兴奋达到最高点时，睾丸可因充血而胀大1倍半，甚至于2倍。睾丸的另一特性是左右的高度不一致，约85%的男性左侧睾丸比右侧略低一些，原因至今不明。但至少说明，当拉升时，左侧的睾丸必须比右侧多拉升一些，因为拉升后是一样高的。
附睾是睾丸后外侧的半月形小体，分为头、体、尾三部分。附睾头部由 15~20 条睾丸输出管组成，汇合成附睾管，附睾管长 7~8 米。但是，由于它卷曲，变成附睾体和附睾尾时，却只有3厘米长。与附睾尾相接的就是输精管。
附睾的作用，除了储藏精子外，它的分泌物有促进精子成熟的功能。睾丸产生的精子是未成熟的，在经过附睾的过程中，精子的顶体、头膜、核、染色质和尾部的细胞器等的超微结构部发生改变，并在组织化学、生理学、生物化学和新陈代谢等方面也都发生一系列的变化，从而达到成熟。不过这时的精子还没有活动能力。附睾还具有一定的弹性，当储存较多的精子时能轻度膨胀，精子排出则缩小。精子若储存过久而不排出，将会死亡、液化而被吸收。
输精管是细长的、由平滑肌组成的管道，全长 60 厘米，质地坚硬。它的近端起自附睾尾；末端膨大像茶壶的“肚子”，叫输精管壶腹；再变为狭窄，狭窄的部分叫射精管。射精管穿过前列腺，开口在前列腺部尿道的精阜（也叫尿道嵴）。射精管深藏在前列腺内，它的管壁极薄，开口处只有 0.5 毫米。这种膨大的壶腹连接狭窄的射精管的特殊结构，正成为射精的基础。每次射出的精液量平均为3毫升，约1茶匙的量。而一个长久未射精的男子，可能一次射出4倍于此的量。
精囊腺是输精管壶腹与射精管之间的突出部分。用手指伸入直肠作检查时，在前列腺的后上方可以触到大约 5 厘米长的囊状物，左右各有一个，彼此互成蝶状。精囊腺是由约 15厘米长的管道纡曲而成的囊样结构，囊壁是平滑肌，它的黏膜是分泌上皮。过去曾经错误地把精囊腺认为储藏精子的器官，所以曾称之为储精囊；根据研究得知，精囊腺是分泌器官，它的碱性分泌物的主要成分是前列腺素和果糖。当精子进入输精管壶腹和精囊腺时，摄取果糖作为营养，这时才开始获得正常的活动力。当精子射出以后，它的生存力和活动力仍然依赖果糖来维持。老年人或健康状况较差的人，精囊腺分泌果糖减少，因而其精子的生存力和活力相应地受到影响。
精囊腺的另一个功能，是促使精液射出后发生凝结。精液射出以后，要经过凝结和再液化的过程。精液的凝结，需要有胶凝蛋白的参加，这种胶凝蛋白是由精囊腺分泌的。因此，先天性输精管、精囊腺功能缺乏的人，射出的精液不能凝结，影响受精。
前列腺是一种生殖腺，它是一组复合的泡状腺，由 30~50 个管泡状腺组成的集合体，最后并合成两个排泄管，在尿道内精阜两侧开口。前列腺位于膀胱前下，环绕尿道。正常的前列腺与栗子一般大小，做直肠指诊时，在直肠的前壁可以触到它的左、右两叶。前列腺的表面光滑，硬度与成人鼻尖相似，中间有一条纵沟。
前列腺的功能，是分泌乳白色的碱性液体，为组成精液的主要部分。前列腺液内除了含有各种离子和蛋白质外，还含有淀粉和卵磷脂颗粒，以及脓细胞。正常精液内的脓细胞数，每一个高倍显微镜视野内应少于 10 个。前列腺对精子的代谢和活动具有促进和保护作用。
前列腺还分泌大量的透明质酸酶。后者可以帮助精子容易穿过子宫颈的黏液性塞子，帮助精子穿透卵细胞的透明带，促使精子与卵结合，因而起到开路的作用。
尿道球腺是尿道膜部的一对小腺体，它的功能是分泌灰白色液体，分泌量虽很少，但它是精液的组成部分。当性的兴奋达到高潮前，这种分泌液可先从尿道溢出，为尿道口处一滴鸡蛋清样的液体。这种分泌液可以湿润尿道黏膜，为射精做好准备，并为精液的最大利用率创造条件。
关于中医学对性的认识，多归于肾的脏象。在中医学中，肾为五脏之一。《素问·灵兰秘典论》说：“肾者，作强之官，伎巧出焉”。什么叫“作强”？张寿甫认为：“盖肾之为用，在男子作为强，在女子为技巧。然必男子有作强之能，而后女子有技巧之用也。”以上说明，作强就是指男性外生殖器的勃起及其性交能力。但是，作强除了上述含义外，也还有精神健旺的意思。精神健旺了，性功能也自然健全了。所以，正像其他脏的概念一样，“肾”的基本概念，也是功能的综合，或者说是综合功能群。
那么，肾有那些功能呢？“肾为先天之本”。中医学认为，先天之本是指个体从胚胎发生，直至发育生长的原动力，这个原动力就是肾，是“受之父母”的。所以先天本厚，则生长发育良好，身体健壮，功能旺盛。先天本薄，则生长发育不良，或未老先衰。由于来自父母先天，所以难有肾实的偏盛，而总是偏虚或不足的。这决定了肾病的治疗，常常是取补法。
“肾藏精，主命门”。精的含义有三：一指先天之精，二指后天的水谷之精，三指男女交媾之精，即精液。实则泛指生殖功能，其中即包括性功能。“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之，故五脏盛乃能泻”（《素问·上古天真论》）。说明先天之精和水谷之精，都藏于肾，彼此是不能分开的。五脏六腑的功能良好，肾才能藏精；反过来肾藏精充沛，则五脏六腑的功能才能良好。命门是什么？“命门者，诸精神之所舍，原气之所系也”（《难经·三十六难》）；“命门者……其气与肾通”（《难经·三十九难》）。由此理解，命门是人体内与肾密切相关的重要功能部分，也是广义的肾的组成部分。肾为水脏而主藏精；精为元阴，即肾水，或真水；命门为元气之所系，为元阳，或真阳，或先天真火，亦即肾气。肾与命门就是水与火的“水火相济、阴阳互根”的对立统一体。所以，“肾藏精，主命门”是“肾为先天之本”的核心，亦即人体生命活动的原动力，人体生长发育和生殖的总功能。“十二经脉者，皆系于生气之原。所谓生气之原者，谓十二经脉之根本也，谓肾间动气也，此五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原”（《难经·八难》）。这些论述，更进一步说明五脏六腑之阳，皆由命门提供，因此也可把命门理解为各脏器乃至整个人体的总功能。从现代医学对照来看，把“肾藏精，主命门”理解为生殖系统的功能，以及内分泌（主要是肾上腺皮脂内分泌）的功能是恰当的。
肾生髓，脑为髓之海；肾生骨，齿为骨之余；肾开窍于耳，其华在发：“肾生骨髓”（《素问·阴阳应象大论》），“髓者，骨之充也”（《素问·解精微论》）。髓是由精化生，而藏之于骨，有营养骨的作用。但“髓”的概念并不限于骨髓，“精成而脑髓生”（《灵枢·经脉篇》），随着对结构学认识的发展，认为诸髓皆属脑，故上至脑，下至尾骶，都是精髓升降之路。“肾之合骨也，其荣在发”（《素问·五脏生成论》）。发为肾之外华，齿乃骨之余。发之营养来源于血，故名血余；血为精髓化生，发与齿的生成状况，亦反映了肾的功能。“足少阴气绝则骨枯……故齿长而垢，发无泽”（《素问·灵兰秘典论》）。脑髓充盈，则精神饱满，精力充沛，行动矫健；脑髓不足，则头晕耳鸣、神疲眼花等神经症状，以至腰酸、腿痛等，都会出现了。
此外，“肾主水，开窍于二便”，说明了肾和脾、肺三脏共同完成泌清浊、司升降等水的代谢过程。所以，肾虚则尿频、遗尿、尿闭、水肿以及鸡鸣泄等症状都可出现。
自20世纪60年代末开始，我国医务工作者运用现代科学方法，对中医传统理论中的肾进行了大量的研究，其中较为深入的是对阳虚的研究。已经证实：所谓肾阳虚，其实质就是内分泌功能的低下，其中主要是下丘脑—腺垂体—肾上腺皮质，和下丘脑—腺垂体—性腺两个系统功能低下，主要病变在下丘脑。这种功能低下是有其形态学上的相应改变的，而且是可逆的，通过补肾治疗可以获得恢复。
所以，中医学对脏象肾的论述，绝非局限在尿的形成和排出的解剖学的肾，而是包括了整个泌尿和生殖系统的功能群。
男性生殖器官的炎症是很常见的，急性炎症以睾丸炎、前列腺炎、精囊炎为多，及时治疗都不难治愈。慢性炎症以前列腺炎、精囊炎多见，常同时存在，特别要注意性病病原体的感染，如淋病双球菌的感染的预防。慢性炎症需系统治疗，并坚持治疗才能获效。附睾和睾丸是结核病菌好光顾的地方。
男性生殖器官的肿瘤也很多见，前列腺癌是最多见的，但由于多发生在老年人，进展又较慢，不太引起重视。国外有研究报道，系统尸体解剖发现，前列腺癌的阳性率竟达20%，说明生前并不知道早已患了前列腺癌。睾丸癌、阴茎癌也是多发病，值得注意。