在医药学方面清代仍然有所前进。医生叶桂（1667～1746，苏州人）、吴瑭（1736～1820，江苏淮阴人）、王士雄（1808～1867，浙江海宁人）等都研究了温病学说。经过他们的研究和著述宣传，中医对传染病的论治就有了伤寒和温病两个大的学派。明清以前的中医只掌握了对伤寒类传染病的诊断和治疗，显然放过了一大类传染病，因而，温病学说的建立是一个大发展。另外，明代已经出现的防治天花病的人痘接种法经过清代医生的推广和应用，得到了改进，并且在康熙二十七年（1688年）由专门来中国学习的俄国医生传入土耳其和欧洲。1796年，英国人琴纳（1749～1823）发明了牛痘接种法，这种更加安全的方法于1805年由葡萄牙人传入中国，逐渐代替了人痘接种法。还有一些学者在传统医药学方面做出了新的贡献。杭州人赵学敏（1719～1805）对李时珍的巨著《本草纲目》做了修补，他在1750年以后编写了许多药物学著作，其中《本草纲目拾遗》收录了李时珍没有收入的716种药物。他的另外一些书则保存了许多民间验方。河北人王清任（1766～1831）则是第一个认真研究解剖学的中国医生，他写了《医林改错》一书。王认为，“著书不明脏腑，岂不是痴人说梦？治病不明脏腑，何异于盲子夜行？”（《医林改错·上卷》）他通过观察那些被野狗撕开的被遗弃的幼儿尸体和解剖，了解了人体的许多生理结构，强调把治病和了解人体的生理结构联系起来。这对中医的发展提出了新问题，实际上预示着中医向西医方向的一个进展。中国古代的先圣们认为心是思维的器官，这同中医忽视解剖学有关。在中国少数民族中，藏医由于藏族有过“天葬”的习惯，对人体结构了解得比较清楚，外科也相当发达。曾经做过巡抚和总督的河南人吴其濬（1789～1847）对植物学着了迷，写了著名的《植物名实图考》，插图相当逼真，这是那个时代一部最有名的植物学著作。
清朝时期，技术依然沿着传统的道路进步着。这表现在中国传统的陶瓷、木器和漆器、纺织品、天文仪器、车马和农具、船、火器和刀剑弓箭之类武器的制造等都更为精巧，尤其是光学技术和理论方面的进步更为显著。清初民间著名的光学仪器制造家孙云球（？～约1662），在33岁时就造出了望远镜（千里眼）、显微镜（察微镜）、幻容镜、万花镜等，并著有《镜史》。寄居在扬州的黄履庄（1656～1684？）学习过从西方传入的几何学，他是个机械发明家，曾制造过温度计、湿度计、千里眼、探照灯（这些亦为当时先进的发明）、水钟、机械风扇和制造弹簧发条的机器。显然，这是在中国传统技术基础上吸收了欧洲人的新发明后创制的。在此之后还有满族学者博明（1730前后～1789？），他受过良好教育，在仕途不顺心，故潜心于学术研究。他对各种色彩的对应和复色问题、近视、远视和小孔成像问题都有研究。郑复光（1780～1853？）“博涉群书、尤精算术”，著《镜镜讠令痴》，把数学方法应用到光的反射定律、全反射现象、透镜成像等方面，从而把中国光学理论推到了接近近代光学理论的水平。广东南海人邹伯奇（1819～1869）在技术方面的成就更为突出。他绘制过地图，制造过一架太阳系表演仪，宣传哥白尼的学说。他最突出的成就是对照相技术的研究。邹伯奇在1844年独立地发明了照相术（照相机和用玻璃作底版的照相材料）。为了照相，他还研制了许多光化学药物。邹伯奇的著述有《格术补》和《理化精详》。在他的发明做出两年后，欧洲人的照相机才由鸦片战争（1840）后涌向中国的英法人员带来。尽管邹伯奇的发明是伟大的，但中国在当时没有近代工业，所以他的创造不会发展到影响整个社会生活的地步。
清朝时期在传统技术方面虽有坚韧的进步，但始终没有产生一场真正的近代意义上的技术革命，和这个时期欧洲技术进步的节奏相比，相对差距大大拉开了。欧洲技术进步主要表现为：英国人凯伊在1733年发明飞梭，1785年，卡特赖特发明水力织布机。这标志着织布业的完全机械化。1774年英国人莫兹利（1771～1831）发明滑动刀架，标志着由机器制造机器的开始。1782年（乾隆四十七年），瓦特（1736～1819）发明双向运动的蒸汽机。于是，从英国产业革命开始（约1750～1820年间），欧洲人用铁制造机器，其精密度和耐用度及工作效率都大大超过了中国传统的木质为主的机器，甚至船也逐渐用钢铁来制造。强大的蒸汽成了工业的动力，水力、风力、畜力和人力都成了辅助的东西。火器得到了发展，重要部件成为钢铁材料，结构得到改善，性能大大提高。中国的传统火器已经相形见绌。电正在被欧洲人用数学方法来研究，并试图把它应用到工业中……中国在地理上远离当时已执世界科技牛耳的欧洲，依靠传教士传来的西方宗教、科学、技术和文化等东西还不足以推动这个文明古国脱离她那已经习惯了的轨道。无论是统治者还是仕人和老百姓，都没有感受到近代文明的飞速进步会给自己带来巨大的威胁。由几千年完整历史构筑成的自信心仍然支撑着这个民族按照自己习惯的步伐前进。
传教士和西方的知识
西方传教士在中国的活动是从明朝万历年间开始的。科学技术活动是他们宗教活动的一部分。传教士靠新鲜的西方近代科学知识来吸引中国的士人，并争取皇朝对他们宗教活动的支持。实际上，在许多情况下，由于科学技术知识比基督教义更能使注重实用的中国人接受，他们中的一部分人常常把大部分精力倾注在科学技术工作方面，而不是传教方面。
在顺治、康熙两朝（1644～1722）中，由于清朝的天下还不稳定，满族统治者在文化心理上正处于同汉族士人接近的过渡阶段，因而朝廷对这些欧洲人基本上采取了利用和比较宽容的态度。在顺治时，汤若望掌管着司天监，这里有许多传教士。康熙时南怀仁曾掌管司天监，并奉谕督制过欧洲大炮。南怀仁去世后，法国国王路易十四派来了学识渊博的法国传教士张诚（1564～1707，1687年来华）和白晋（1656～1730，1687年来华）。其中张诚还以翻译身份参加过中俄1689年的谈判，白晋在1697年回国后又在第二年引来了10名法国传教士。1715年来华的意大利人郎世宁（1688～1766）是清朝的宫廷画家。康熙从小就接受了中国历史和文化熏陶，又从南怀仁那里学习了几何学，从张诚和白晋那里学习丁测量、天文、解剖和哲学，对科学技术有很大兴趣。在康熙朝，由于这位皇帝的提倡和热心，在1708～1718年间，测绘了一幅全国地图——《皇舆全览图》。参加这项测绘的有法国人白晋、雷孝思（1663～1738，1689年来华）、杜德美（1668～1720，1701年来华）和大批学习过数学与测量的中国人。这次测绘发现了经线一度的长距问题。由于地球是扁圆球，数据无疑是精确的。当时掌管法国科学院的卡西尼（1625～1712）坚持地球是长圆球，而牛顿则认为是扁圆球。传教士们并没有把这些数据同牛顿的地球扁圆说大胆地联系起来，只是把测量结果留给了后人。清朝在完成这一测量后便把《皇舆全览图》作为密件藏入内府。而在欧洲，传教士已把它的复制品和相应资料公之于众，广为流传。那时的欧洲，也正是牛顿的理论风靡的时期。在东方，地理测量成果被视为皇朝的国宝和神圣的御物，在欧洲，却成了学术研究的资料。这便是当时的东方和欧洲的一个差别。另外，在康熙年间由传教士巴多明（1665～1741）奉钦命写成的人体解剖学讲义《钦定各体全录》，由于皇帝一改初衷而未能出版，原因是皇帝认为此书不可示诸青年和普通人。1690～1721年间，根据张诚、白晋等人的译稿和已有的翻译过来的书籍，由梅攷毂成（康熙时代人）、何国宗等编成了《数理精蕴》一书，介绍了大致于1600年以来传入中国的几何学、三角学、代数和算术知识。这本书由于康熙皇帝的支持、倡导和关心而署上了皇帝的大名。
顺治、康熙两朝对西方传教士的利用是从维护皇朝利益出发的，而为了皇朝的政治利益，清朝也限制了传教士和汉族人的接触。这期间由传教士和汉族官员合译西书已不似明末那么自由。满族贵族和汉族士人中一部分人也表现出了对传教士的猜忌。老年官员杨光先（顺治、康熙朝人）在弹劾汤若望时甚至认为：“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”（《不得已》）。可见，盲目排外的情绪不光存在于满族人中间。而传教士中也确实有一些平庸之辈，在康熙五十四年（1715），奉使铸造天文仪器的传教士纪理安（生卒年不详）竟然自作聪明地把元代郭守敬创制的简仪当废铜熔化了！雍正尽管对中华民族强调华夷无别，却把除了在司天监任职之外的外国传教士统统赶到澳门看管起来，并在1723年撤除了各省的天主教堂。到乾隆时代，情况略有好转。这个时期曾在清朝司天监供职的德国人戴进贤（1680～1746，1716年来华）主持编写的《历象考成后编》中介绍了开普勒的行星运动轨道（椭圆）知识，以及牛顿计算地球与日、月距离的方法。法国人蒋友仁（1715～1774，1744年来华）编的《坤舆全图》中介绍了200多年前发表的哥白尼的日心说。1756年乾隆皇帝曾命刘统勋、何国宗和明安图等人重新测量过天山南北的地理，他们和几个传教士合作，最后绘制了一幅新的全国地图《乾隆内府舆图》。这实际上是当时一幅最精详的亚洲大陆地图。到1773年（乾隆三十八年），罗马教皇解散了耶稣会，由传教士传入西方科技知识的过程中止了。1785年耶稣会恢复，但这个中止了的学术过程却再没有恢复。
传教士在中国的活动不但把新鲜的欧洲科学技术知识带给了中国，也通过书信和来往把中国古老而丰富的各种知识输向了欧洲。在这方面最重要的要数传教士和德国人莱布尼茨（1646～1716）的来往。这位微积分的发明人之一，受到了中国学术思想的深刻影响，曾经和在中国的传教士保持着密切联系。自康熙六年（1667）起，他和许多到过中国的传教士讨论过中国传统文化问题。从康熙二十八年起，他和传教士闵明我（1639～1712）建立了稳定的联系。莱布尼茨于康熙三十六年编了《中国最新消息》，内容涉及中国的哲学、自然科学、医学、伦理学、政治和艺术等。当时在法国度假的传教士白晋读到这本书后，把他写的《康熙皇帝》、《中国现状》两本书寄给了莱布尼茨。莱布尼茨在了解中国学术的过程中认识到，二进制算术和中国古代八卦的六爻有着明确的关系。1703年他在法国皇家科学院《纪要》上发表的论文的名称为《二进制计算的阐述——关于只用0和1，兼论其用处及伏羲氏所用数字的意义》。
清朝时期西方科学进步的速度是十分迅速的，革命性的突破接二连三地发生。这一漫长的时期，中国和欧洲的学术联系基本上中断了。
在海洋的挑战面前
从历史上看，自秦以来中国最大的外部挑战在北方，北方塞外的游牧民族天性剽悍，过着流动的游牧生活，常常进窥中原富庶的农业区。征服他们要依靠强大的骑兵和充足的物资，防御他们要靠长城和屯垦戍边的大批军队，统治他们常常只能依靠分划瓦解的政治权术。但在清朝，中国北方边界已经扩展到元朝的旧域，长城已不再有军事意义，北方已成了一个纯地理概念，而不再和边疆联在一起。
清朝时期同以往任何二个朝代都不同的是：周围世界发生了重大的变化，中国的外部挑战从区域和性质上都有了改变。主要原因是欧洲发生了经济、政治和宗教方面的变革，尤其是技术的进步使整个世界变得越来越小。资本主义的触角安装在技术上面，向全世界所有方向和角落伸出。中华帝国东南方辽阔无垠的太平洋一直是最安全的屏障，但在麦哲伦航行之后，却逐渐变成了向外敞开的前方。潜在的攻击来自古代中国人还不了解的最远的西方世界。同中国历史中传统的北方边患相比，这是一种全新的挑战，是商业、技术和武力的全面挑战，因而也是一种更加难以应付的挑战。中国人开始时对这一挑战的性质没有清醒的认识，所以不会有应付它的最有效的方法。传统悠久而稳固，国力依然强大，最初仍然可以处变不惊。