作业委托人应及时办理港口、海关、检验、检疫、公安和其他货物运输和作业所需的各种手续，并将已办理各项手续的单证送交港口经营人，以表明该作业货物的合法性。由于这些单证一般需随货同行，以备有关部门的检查，因此港口经营人应妥善保管并进行检查。检查限于手续与证明文件是否齐全、是否有核准印章等。经查验证明手续或证件齐全，符合有关规定的要求，港口经营人才能作业。因作业委托人办理各项手续和有关单证不及时、不完备或不正确，造成港口经营人损失的，港口经营人有权要求其赔偿。
２．正确包装货物的义务
对需要具备运输包装的货物，作业委托人有义务保证货物包装符合国家规定的包装标准；没有包装标准的，应当在保证作业安全和货物质量的原则下进行包装。当作业委托人是运输关系中的托运人时，托运人同时负有运输和港口作业中对货物进行包装的义务；当作业委托人是托运人以外的其他人时，如果因货物包装不良而发生损害赔偿责任，该委托人可以在支付相关费用后，根据运输中的权利义务关系，向负有包装义务的托运人追偿。
此外，作业委托人应根据货物作业的需要，向港口经营人提供作业过程中所需的足够数量的备用包装，以确保货物作业的安全、顺利进行。
至于危险货物，作业委托人应按照有关危险货物运输的规定妥善包装，制作危险品标志和标签，并将其正式名称和危险性质以及必要时应采取的预防措施书面通知港口经营人。
这是为了保证作业过程中人身和财产的安全，进行特别防护之需。我国１９９６年实施的《水路危险货物运输规则》在危险货物的分类、编号、包装标志、积载、隔离、储存等方面都作了较为详细的规定，是国内水路危险货物运输的主要法律依据，该规则也同样适用于港口的危险货物作业。此外，港口作业还须遵守２００２年１月由国务院发布的《危险化学品安全管理条例》的相关规定。
３．接收货物的义务
贸易活动中对处于港口的货物变更货物接收人的情况是经常存在的。港口经营人将货物交付货物接收人之前，作业委托人可以要求港口经营人将货物交给其他货物接收人，但应赔偿港口经营人因此受到的损失。当运输合同中的收货人是目的港的作业委托人，并在港口作业期间将货物转让给第三方时，就会产生变更作业合同中货物接收人的需要；当作业委托人是承运人或托运人时，由于《国内水路货物运输规则》中赋予了托运人变更运输合同的权利，因此在承运人或托运人提出相应要求时，需要港口经营人的配合。
作业委托人负有保证第三方按约定与港口经营人交接货物的义务。港口业务实践中，港口经营人与非合同的第三方主体进行货物交接的情况很多。例如，起运港作业委托人是托运人，但根据约定，将货物实际交付港口经营人的是发货人，发货人就是港口作业合同的第三方；又如，到达港的作业委托人是收货人，但实际将货物交付港口经营人的是承运人。
以上两例均属由第三方向港口经营人实际交付货物的情况。第三方在事实上履行与港口经营人的货物交接义务，是基于在作业合同关系之外存在着该第三方与作业合同委托人之间的运输合同、贸易合同或代理合同等。
作业委托人或接收人有按时交付或接收货物的义务。在港口货物作业中必定要涉及两次交接，交接是否能顺利进行直接影响到合同双方当事人的利益。作业委托人履行这项义务分三种情况：一是作业合同中对交接期限有明确约定的，委托人或货物接收人必须按此约定期限交付或接收货物，否则即构成违约，造成损失的，还须承担相应的赔偿责任；二是法律、法规或部门规章对交付或接收货物的期限作了规定的，则作业委托人或货物接收人应按规定的期限交付或接收货物，否则自行承担法律后果；三是既无约定又无规定时，根据民事活动的一般原则，作业委托人或货物接收人应及时交付或接收货物。
港口经营人交付货物时，货物接收人应验收货物，并根据验收结果签发收据，表示对收到的货物的状况的一种确认。发现货物损坏、灭失的，交接双方应编制货运记录。货物接收人在接收货物时没有就货物的数量和质量提出异议的，视为港口经营人已按照约定交付货物的初步证据，除非货物接收人提出相反的证据。根据我国港口的习惯做法，当发生货物损坏、灭失时，双方对交接的事实没有异议的，可通过签字、盖章等形式对记载内容加以确认；反之，双方只需将各自的观点分别加以记明。
４．支付作业费用的义务
支付作业费用是作业委托人的一项基本的合同义务。作业费用支付的时间可以在合同中约定。在合同未做约定的情况下，按照规则，应按谁委托谁付费的原则付费，在港口作业开始之前由作业委托人支付。这是为了保护港口经营人的合法权益，避免实践中因运输关系中的纠纷导致货物作业完毕后，无人向港口经营人支付作业费用的情况发生。
六、港口经营人的义务、权利和责任
１．提供作业条件的义务
配备适合的机械、设备、工具、库场等，是港口经营人在履行港口作业合同中的基本义务。港口经营人应按照作业合同的约定，进行相应配备；即使合同没有明确约定，港口经营人也应按照通常的作业要求及具体作业货物的性质和状态，进行适当的配备，并使之处于良好的、适于作业的状态，这是完成港口作业合同的必备条件。港口经营人未能按照上述要求提供必要的条件，造成作业委托人或其他人损失的，应承担相应的责任。
２．接收货物的义务
只要作业委托人正确、及时地履行了其交付货物的义务，港口经营人就应按照合同约定接收货物，否则属于违约，须承担相应的责任。港口经营人接收货物时还必须签发货物收据，但对运输货物在装卸作业之后立即提离港区的，由于货物不在港口经营人的掌管之下，无须签发收据。
港口经营人应当保证货物从接收到交付一直处于完好状态。接收货物时签发收据，不仅表明了作业货物的基本状况，同时也表明了港口经营人负有按照收据上的记载将货物完好地交付作业委托人或货物接收人的义务。如果交付时的货物状况与接收时收据上的记载不同，可能导致港口经营人的违约责任。
３．保管照料货物的义务
只要货物处于港口经营人的掌管之下，港口经营人就负有对其进行妥善、谨慎保管和照料的义务。经对货物的表面状况检查，发现有变质、滋生病虫害或其他损坏时，应及时通知作业委托人或货物接收人。
４．提供仓储服务的义务
普通货物在进行仓储作业时，港口经营人应根据作业委托人提供的有关货物的性质、状态等基本资料，安排适当的仓储场所并保证适当的仓储条件，谨慎、妥善地保管货物。这种情况下，港口经营人是按货物的一般仓储要求进行作业的。对于特殊货物、危险货物等需要特殊保管方式和保管条件的货物，由于货物性质以及保管要求比较特殊，因此要求双方当事人在订立作业合同时对所需的特殊保管方式和条件进行明确约定。港口经营人应按该特别保管方式和条件进行仓储，否则就属于违约，因此造成货物损坏、灭失的，应承担赔偿责任。
非属港口经营人的原因，而是因货物的性质或携带虫害等情况，需要对库场或货物进行检疫、洗刷、熏蒸、消毒的，应由作业委托人或货物接收人自行办理检疫有关事宜并承担有关费用。
５．按期完成作业的义务
港口经营人应在约定的期间或者在没有约定时在合理期间内完成货物作业，否则构成违约，如果引起作业委托人的损失，港口经营人对此应承担赔偿责任。
６．港口经营人进行危险货物作业时的义务
港口经营人进行危险货物作业时，作业委托人未按规定将危险货物的性质通知港口经营人或者通知有误的，港口经营人可以在任何时间、任何地点根据情况需要停止作业、销毁货物或者使之不能为害，而不承担赔偿责任。作业委托人对港口经营人因作业此类货物所受到的损失，应当承担赔偿责任。港口经营人知道危险货物的性质并且已同意作业的，仍然可以在该项货物对港口设施、人员或者其他货物构成实际危险时停止作业、销毁货物或者使之不能为害，而不承担赔偿责任。
７．港口经营人进行单元滚装运输作业时的义务
单元滚装运输作业中，港口经营人应当提供适合滚装运输单元候船待运的停泊场所、上下船舶和进出港的专用通道；保证作业场所的有关标志齐全、清晰，照明良好；配备符合规范的运输单元司乘人员及旅客的候船场所。旅客与运输单元上下船和进出港的通道应当分开。
８．交付货物的义务
规则要求港口经营人应当按照作业合同的约定交付货物，这是港口经营人所负担的基本合同义务，即按货物接收时的种类、数量、质量完好地将它按时交付作业委托人或由作业委托人所指定的货物接收人。
除另有约定外，散装货物按重量交接，其他货物按件数交接。按件数交接的货物，港口经营人也可以根据需要称重，作为对货物数量的检验。无论如何，港口经营人对其作业的货物在重量和件数上都负有完好交付的义务，如未能履行这一义务，则须承担相应的赔偿责任。
散装货物按重量交接的，货物在港口经技术监督部门检验合格的计量器具计量的，重量以该计量确定的数字为准；未经技术监督部门检验合格的计量器具计量的，除对计量手段另有约定外，有关单证中载明的货物重量对港口经营人不构成其交接货物重量的证据。如果港口经营人交付货物时其重量在扣除货物自然减量、合理损耗等因素后较之接收时仍有短少的，港口经营人应对短少的货物承担赔偿责任。
应作业委托人或货物接收人的要求，港口经营人可以编制普通记录。普通记录是为作业委托人或货物接收人提供的一种证明性文件。如果不涉及作业合同当事人的责任问题，可由港口经营人自行决定是否编制。而货运记录则是在交接中发现货物损坏、灭失的情况下，对这种状态进行认定的证明性文件。规则要求交接双方在接收或交付货物的当时共同编制。货运记录和普通记录的编制均应准确、客观。
交接集装箱空箱时，应检查箱体并核对箱号；交接整箱货物，应当检查箱体、封志状况并核对箱号，即只对集装箱的表面状况进行查对；交接特种集装箱时，应当检查集装箱机械、电器装置、设备的运转情况。交接时，如果发现集装箱封志号与运输单证（运单或提单）不符或封志被破坏的，交接双方应编制货运记录，作为出现纠纷时划分当事人责任的一种依据。
货物接收人接收水路运输货物，港口经营人应当核对货物接收人的证明或证件。当货物接收人是个人时，港口经营人应核对证明其身份的有关证件；当货物接收人是单位时，港口经营人需同时核对单位出具的委托办理接收货物的证明及经办人的身份证明。
港口经营人对收集的地脚货物，应当做到物归原主，不能确定货主的，应按无法交付的货物处理。这是因为地脚货是港口经营人在交付货物后，经打扫而收集的作业后残留货物，它的所有权归属于货主。
９．催告及通知义务
如果货物接收人未在约定或规定的期限内接收货物，则港口经营人可以依照有关规定将货物转栈储存，有关费用、风险由作业委托人承担。因为超期堆存占用港区的有限空间，会影响港口的正常运营。
货物接收人逾期不提取货物的，港口经营人应当每１０天催提一次，满３０天货物接收人不提取或者找不到货物接收人，港口经营人应当通知作业委托人，作业委托人在港口经营人发出通知后３０天内负责处理该批货物。作业委托人未在上述最后期限内处理货物的，港口经营人可以按照有关规定将该批货物作无法交付货物处理。
当港口经营人无法交付货物的情况满足《合同法》关于提存的条件时，港口经营人也可以采取提存的方法来履行作业合同，从而终止货物的交付义务。