这一时期，卫生事业尤其是公共卫生事业被视为一项涉及全民身心健康的伟大事业，单纯地依靠政府和医务工作者的努力是不够的，动员和组织人民群众和全社会的力量，参与到公共卫生事业中来，成为卫生工作的重要内容。为此，在计划经济时期，党和政府除了直接组织公共卫生事务外，还创造了爱国卫生运动这一动员和组织广大人民群众参与公共卫生事业的形式。虽然这个时期的爱国卫生运动也走过一段弯路，比如说在“大跃进”期间，除四害运动也出现了操之过急、不切实际的倾向，群众疯狂捕杀麻雀、滥用农药的举动致使生态环境迅速恶化，但实践证明：开展群众性的爱国卫生运动是成本低、收益高的卫生工作方式，是推动我国公共卫生事业发展、提高广大人民群众健康水平的有效形式（李玉荣，2011：55）。
可以说，爱国卫生运动很好地实践了“卫生工作与群众运动相结合”的方针，是新中国领导者对革命时期群众路线的成功运用。实践证明，在我国，一切事业都是群众自己的事业，只有依靠群众、相信群众、尊重群众的首创精神才能办好。只要群众了解和掌握了卫生科学知识，积极投入到与自然和疾病作斗争的行列，就会产生防病治病、改造自然、改变自己不良卫生习惯的巨大力量，促进卫生事业的发展（卫生部，1985：6）。
（三）《传染病管理办法》的颁行
为了更为全面地指导和开展传染病防控工作，1955年7月，卫生部颁布了新中国成立后第一个比较全面的关于传染病防治的规定——《传染病管理办法》；规定了对18种传染病的管理办法，分为总则、报告、处理、附则四章，共20条。《传染病管理办法》虽然并没有严格的法律效应，但其公布，无疑填补了新中国传染病管理领域的规章空白，使得各级政府部门在防治传染病方面有章可循，成为进一步推动与传染病作斗争的一个有力的武器。
《传染病管理办法》突出的特点主要包括以下内容。第一，对传染病按照其影响和危害给予了初步的分类。总则中将传染病分为甲、乙两类，甲类传染病为鼠疫、霍乱、天花，乙类传染病有流行性乙型脑炎、白喉、斑疹伤寒、回归热、痢疾（杆菌性痢与阿米巴痢）、伤寒及副伤寒等15种。第二，初步建立起传染病报告制度。《传染病管理办法》中规定发现鼠疫等甲类传染病，在城市最迟不超过12小时，在农村最迟不超过24小时；发现流行性乙型脑炎等乙类传染病，在城市不超过24小时，在农村不超过3日，应立即向卫生防疫机构作传染病报告（传染病管理办法，1955：403）。这对及时发现疫情，制止疫情蔓延，有重要的作用。第三，制订了实施快速有效的疫区处理的相关规定。对甲类传染病病例，或疑似病例及其接触者应严加隔离；对乙类传染病患者认为必要时，亦得执行隔离，对接触病人的人，应及时进行检诊并对疫区进行适当的免疫、宣传教育等措施。另外也对隔离场所、尸体处理等问题做出了规定（传染病管理办法，1955：404）。第四，提出了中央政府和地方政府相互配合共同应对传染病防治的意见。附则特别说明各省、自治区、直辖市可以根据本办法制定实施细则，报卫生部备案。
《传染病管理办法》的公布不仅仅使传染病管理工作有了依据，在疫情报告、疫源地的处理以及传染源的管理等方面，也给予了法规上的支持，在整个传染病的防治过程中，对有关单位和群众方面的协作也作了明确的规定，这就使得卫生部门能够进一步根据《传染病管理办法》中的规定，遇到必要情况时，广泛地动员各方面的力量，大力开展对传染病的防治工作。
除《传染病管理办法》外，这一时期还出台了一系列具体的传染病防治条例，比如《关于血吸虫病防治工作的指示》（1950年）、《防治疟疾规划》（1956年）、《全国麻风病防治规划》（1957年）、《防治血吸虫病工作条例（草案）》（1962年）和《关于预防和消灭霍乱的规划》（1962年），等等。
然而受“文革”的影响，卫生部一度陷入瘫痪。传染病防治工作尽管因周恩来等领导人的支持并未完全中断，但也遭到严重破坏。可以说，改革开放前，中国在传染病防治方面已经积累了一定的经验，取得了部分成绩，很多传染病的患病率与死亡率大幅度下降，这为改革开放后的传染病防治事业的发展提供了有益的借鉴。
二、传染病防治工作的制度化与法制化
1978年12月，中国的历史翻开了新的一页，十一届三中全会做出了改革开放的重大战略决策，把国家建设的工作重心重新转移到经济建设上来。会议对经济体制改革、政治体制改革提出了具体的规划，中国的城市化进程加快，大量流动人口涌入城市，然而因基础卫生设备不够完善，加之全球气候变化、生态恶化等原因，一些传染性疾病开始爆发和流行。新的传染病不断出现，特别是艾滋病发展迅速；已被控制的传染病死灰复燃，结核病、性病就是明显的例证；传染病传播速度加快（玄泽亮等，2003：236-237）。为解决城市化过程中的社会问题，特别是影响较大的传染病问题，中央和地方政府从各个层面加快了传染病防治策略的调整，着重推进其制度化和法制化建设。
（一）计划免疫的完善
计划免疫的完善，首先体现在免疫工作的制度建设。1978年，为响应世界卫生组织提出的在全球实施扩大免疫规划（EPI），卫生部下发《关于加强计划免疫工作的通知》，明确提出了适合我国国情的计划免疫的概念，规定在3年内全国普遍实行计划免疫，采用卡介苗、脊髓灰质炎、麻疹、百白破等4种疫苗，预防结核、脊髓灰质炎、麻疹、百日咳、白喉、破伤风等6种常见传染病，标志着我国预防接种工作正式步入了计划免疫时期。1980年1月22日，卫生部颁布了《预防接种工作实施办法》，具体规定了预防接种工作、预防接种反应论断和处理、预防接种经费和物资配备以及预算工作的奖惩。随后，1982年10月，首次全国计划免疫工作会议召开，成立了卫生部医学科学委员会计划免疫专题委员会和六个区域性协作委员会，颁发了《全国计划免疫工作条例》、《1982—1990年全国计划免疫工作规划》和《计划免疫工作考核办法》，统一了全国的儿童免疫程序，明确了计划免疫工作的概念、内容、指标和方向，有计划、有步骤地开展并加强重大传染病疫苗的预防接种工作。1988、1990、1995年分别实现了以省、县、乡为单位儿童国家免疫规划四苗（卡介苗、脊髓灰质炎疫苗、百白破疫苗和麻疹疫苗）接种率达到85%的普及儿童免疫目标（史淑芬，2009：179-181）。
2005年4月，国务院总理温家宝签署第434号国务院令，颁布《疫苗流通和预防接种管理条例》，共8章73条，进一步强化了预防接种这种有计划的国家行为。国务院卫生主管部门负责全国预防接种的监督管理工作，国务院药品监督管理部门负责全国疫苗的质量和流通的监督管理工作；要求疾病预防控制机构、接种单位、疫苗生产企业、疫苗批发企业发现假劣或者质量可疑的疫苗，应当立即停止接种、分发、供应、销售，并立即向所在地的县级人民政府卫生主管部门和药品监督管理部门报告，不得自行处理。国家根据需要对贫困地区的预防接种工作给予适当支持。省、自治区、直辖市人民政府和设区的市级人民政府应当对困难地区的县级人民政府开展与预防接种相关的工作给予必要的经费补助。
其次，建立儿童预防接种证制度。1984年10月，卫生部、教育部、中华全国妇女联合会联合发布了《关于试行预防接种证制度的通知》，决定从1984年起，在条件成熟的地区开始试行，儿童入托、入学都要持符合规定、记录完整的预防接种证，要求各级医疗卫生部门要加强领导，逐步开展按季度、按月或按周进行预防接种，有计划、有步骤地进行试点，不断总结经验，加以推广（卫生部，1985：89）。2004年新修订的《中华人民共和国传染病防治法》规定“对儿童实行预防接种证制度”，从2006年9月开始，我国对入园入托、入学的儿童实行查验预防接种证，这样既可以提高强制计划免疫的接种率，又能发现漏种的疫苗并及时补种，还可以有效降低学校传染病的发生。随着相关规章制度的建立，一岁儿童免疫报告接种率逐年增加（见表1-1）。
表1—1：一岁儿童免疫报告接种率（%）
疫苗类别、1990、1995、2000、2006、2007、卡介苗、百白破、脊髓灰质炎疫苗、麻疹疫苗、96.0、95.0、96.0、95.0、92.0、9、94.0、93.0、97.8、97.9、98.0、97.4、99.2、99.0、99.0、98.6、99.0、99.0、99.1、98.6、资料来源：中华人民共和国卫生部，2010，《中国卫生统计年鉴（2010）》，北京：人民卫生出版社，第260页。
再次，强化科学研究，通过研究为免疫预防提供科学技术支撑。其中，最为重要的举措是1983年8月中国预防医学中心成立（1986年更名为中国医学科学院，2002年1月改名为中国疾病预防控制中心）。“中心”包括11个直属研究所或中心，其中传染病预防控制所、病毒病预防控制所、性病艾滋病预防控制中心等直接开展与传染病相关的科学研究和政策指导工作，由卫生部直接领导。其宗旨是“以科研为依托、以人才为根本、以疾控为中心”。在卫生部领导下，发挥技术管理及技术服务职能，围绕国家疾病预防控制重点任务，加强对疾病预防控制策略与措施的研究，做好各类疾病预防控制工作规划的组织实施；大力开展应用性科学研究，加强对全国疾病预防控制和公共卫生服务的技术指导、培训和质量控制，在防病、应急、公共卫生信息能力的建设等方面发挥国家的作用。同时组织协调全国预防医学科研工作，对省、自治区、直辖市一级卫生防疫机构的卫生监督及预防疾病的实际工作提供技术指导和培训专业干部（《当代中国》卫生卷编委会，1993：297）。
第四，完善疫苗供应系统。自1986年以来疫苗供应冷链开始覆盖全国，我国建立了疫苗接种服务系统，全国计划免疫疫苗通过57 861个城镇接种点和186 388个村级接种点，为每年新出生的大约1 600万儿童进行接种；建立了疫苗接种率报告系统，2009年疫苗常规接种报告率超过了98%，累计接种疫苗1.76亿次。2008年卫生部第60号令公布的《预防接种异常反应鉴定办法》要求建立异常反应报告系统，规定：医疗机构、疾控机构和接种单位及其执行职务的人员，发现预防接种异常反应、疑似预防接种异常反应，应及时向所在地的县级卫生行政部门、食品药品监督管理部门报告。2009年全国报告AEFI（疑似预防接种异常反应）40 474例（王陇德，2010：51）。这些工作进一步保证了疫苗供应可靠性和安全性。
第五，逐步扩大国家免疫规划范围。2007年3月，在全国人大十届五次会议上，国务院总理温家宝指出要做好重大传染病防治工作；扩大国家免疫规划范围，将甲肝、流脑等15种可以通过接种疫苗有效预防的传染病纳入国家免疫规划；在免费救治艾滋病、血吸虫病传染病患者的基础上，扩大免费救治病种。为此，中央财政增加支出28亿元。为贯彻温家宝总理在十届人大五次会议上提出的目标，落实扩大国家规划的目标和任务，卫生部印发了《扩大国家免疫规划实施方案》的通知（卫疾控发[2007]305号）和《2007年度扩大免疫规划项目管理方案》的通知（卫规财发[2007]306号）。2008年，卫生部又联合财政部、国家发展和改革委员会、教育部及国家食品药品监督管理局联合发布了《关于实施扩大国家免疫规划的通知》（卫疾控发[2008]16号），其中提出，从2007年起，扩大国家免疫规划疫苗范围，在现行全国范围使用的国家免疫规划疫苗基础上，将甲肝疫苗、流脑疫苗、乙脑疫苗、麻疹腮腺炎风疹联合疫苗、无细胞百白破疫苗纳入国家免疫规划，对适龄儿童实行预防接种，并根据传染病流行趋势，在流行地区对重点人群进行流行性出血热疫苗、炭疽疫苗和钩端螺旋体疫苗接种。
（二）传染病防治工作的法制化