文章发表后，在台湾社会激起轩然大波。国民党不干了，官方给《自由中国》戴上提倡“反攻无望论”的大帽子，认为这样的言论，影响民心士气，要对《自由中国》予以停刊处分，必要时还可抓人；进而说，这篇文章符合国际阴谋。其他报纸的反应也几乎是一边倒，《联合报》、《自立晚报》等报纸分别撰文围攻殷海光。针对国民党官方的诋毁，殷海光又另著一文，予以辩驳。
殷海光是雷震主持的《自由中国》的一支健笔。又如同当年的《自由中国》事件，台大哲学系教授殷海光，在为《自由中国》执笔时，因触及蒋介石的敏感问题，被雷震退回。然而，殷海光后来对于所谓的“反攻大陆”一事，再度挑战台湾当局的底线，殷仍坚持他的立场，为自己的言论自由、为此书的出版自由奋战到底。
知名作家李敖回忆，国民党是一党专权，要加紧掌握权力，所以对知识分子非常钳制，殷海光就在这时候倒了霉。他说：“我教书的时候，跟殷海光来往颇多。他的自由主义，非蒋氏政权所喜，学校训导处不让他上台演讲。有一回，我气不过，自己办演讲会，请他坐在台上替我讲，他的演讲很有煽动力，其实现在讲起来很肤浅。我是尊重他的人品，并不在意他的学问。殷海光的骨气胜于学问，但当时只有他硬撑着一股气，所以大家把他当作自由主义的标杆。我也佩服他的骨气。”
殷海光在20世纪五六十年代发光发热，引领风骚。当时作家齐邦媛的父亲齐世英所创办的《时与潮》杂志，屡屡刊出殷海光的文章，因此尽管他受到威权体制的折磨，但齐世英的这种支持不啻雪中送炭。
好景不长，1967年以后读者就没有再看到殷海光的文章。原来1966年是殷海光的生命史上最艰困的一年。先是教育主管部门一纸公文，要将他调离台大。“中央研究院”近代史研究所副研究员潘光哲认为，这等举措，其实是要“调虎离山”，让这位当时在台大广受爱戴的老师，失去接触学生的机会。
7力挺雷震
1960年9月4日，“雷震案”爆发，雷震被捕，《自由中国》停刊。对殷海光个人而言，他不仅丧失了一个公开评论时政、正面推进自由主义思想的平台，而且人身安全都受到威胁。
案发当天，他和《自由中国》编辑部的其他成员一样，各自被完全隔离在家中，如同困在一个个小小的孤岛，不能互通消息，殷海光自己也做好了随时被捕的准备。他没有和其他同仁一起被捕，多少也算“侥幸”。
海外知名的文学家聂华苓听说雷震被捕，第一反应就是问殷海光是否也被抓走了，她在回忆当时的恐怖情景时说：“我和母亲非常担心他的安全，每天早上，一打开报纸，就看有没有殷海光的名字。”
雷震被抓，殷海光、夏道平、宋文明共同发表声明，愿为所写社论负起法律责任。
民间的反弹也很强烈。虽然人们并不知道“雷震案”背后有着复杂的政治因素，但还是自发地组织起了“1960年雷震案后援会”。而《自由中国》半月刊的两支主笔殷海光、夏道平与雷震的好友宋文明为减轻雷震的“罪名”，联名发表了一份轰动一时的《〈自由中国〉言论撰稿人共同声明》，表示愿承担他们自己所有文章的言论责任，并抨击国民党的不实之词。
9月28日起，殷海光陆续发表《我看雷震和新党》、《法律不会说话》、《雷震并没有倒》等文，为雷震声援辩护。10月8日军法宣判雷震触犯了“知‘匪’不报”、“为‘匪’宣传”的两大罪行。《自由中国》与国民党的渐行渐远以致针尖对麦芒自然不能见容于国民党。
在筹组反对党的雷震被捕之后，殷海光写道，我们这些渴望自由的人，“毫无掩蔽地暴露在一个没有约束的权力之下”。国民党是“天无二日，地无二党”。殷海光生前最后一篇政论文是《解剖国民党》，直指蒋介石是没穿衣服的皇帝，国民党是“次级极权主义政权”。
事实上，据后来解密的有关方面的档案，当时“雨田项目小组”（即雷震项目小组，“雨田”即“雷”）曾设计了两种方案，在《雨田项目起诉书假作业构想之说明》（甲）中，即指明雷震与殷海光同为打击对象。聂华苓的担心并非多余。
面对专制统治的暴力恐怖，殷海光把人身危险置之度外。从10月1日到16日，他接连在《民主潮》等杂志发表了《我看雷震和新党》、《法律不会说话——因雷案而想起的》和《雷震并没有倒——给李万居先生的一封公开信》等文，对国民党逮捕雷震等人进行抗争，肯定雷震为自由民主奋斗的精神价值。他这样写道：“虽然，我置身于这小书屋中，我正神驰于古今的兴亡历史，可是我毕竟与这样一群人处在同一时代和同一个岛上。我的身体，正像一些讲思想自由和言论自由的人之身体一样，毫无掩蔽地暴露在一个没有约束的权力之下。雷震先生就是这样地失去身体自由了。想到这里，我不禁要借《圣经》上的一句话赠给雷震先生：‘为义而受难的人，有福了。’”
在整个雷震案前后，殷海光所表现出来的道德勇气和人格力量是十分令人钦佩的，他的友人章清称“殷海光最终的成就是人格上的”，可谓一语中的。追踪殷海光一生奋斗的历程，不论是求学、从军，还是供职、教书期间，这种人格力量始终显现着。
那么，是什么使殷海光具备了这种人格上的力量呢？他的学生林毓生在《殷海光先生一生奋斗的永恒意义》中的回忆似乎可以为我们提供一个解答：“是由于殷先生生命中特有的纯真的道德热情（moral passion），与西南联大的五四遗风相互之融合而导致的殷先生纯真的道德热情……使他不能不为自由民主而呼吁。”殷海光对此也甚为称许，并认为其道出了他“心灵深处多年来‘紧张’之源”。林毓生认为，殷海光先生“那威武不屈的高贵人格，给了自由主义一个道德力量。殷先生多年为自由的维护和奋斗终于为自由主义赋予了道德尊严”。这实是对殷海光人格和行为意义的最扼要公正的评价。
8国民党的围剿与迫害
雷震被关，殷海光也没好日子过，殷海光不断受到国民党政府的压力。1960年，因为英国伦敦出版的《中国季刊》推崇殷海光为台湾自由主义思想的领袖，蒋介石政权身边的御用学者因而发动了一场围剿。一开始，他就“意识到这是一个学术思想其名而政治其实的事件，于是决心置之不理”。这个阶段的围剿模式，好几年后也曾使用在当时的“监察委员”陶百川身上。
围剿行动不但将他贬为“伪自由主义者”、“文字卖台者”、“知识诈欺者”，最后还极为恶劣地祭出红帽子，指责他“从事煽动颠覆”，他形容这种情形说：“人的名誉毫无保障，甚至人的尊严和安全都被逼到剃刀边缘。”
1964年6月，迫害行动危及他的基本生活，国民党政权停掉了他每月60美元的“长期发展科学补助金”，这笔补助占他最低生活费用的一半。接着，又查禁他交由文星书店出版的著作《中国文化的展望》，版税收入因而中断。
这种断绝生活来源的下三滥手段，目的不外乎将他赶出台大。
事情要从1966年7月台大由于受到政治压力不再续聘，殷海光转任教育主管部门的委员说起。1966年初，美国学者费正清在国会听证会中作证支持中共，蒋介石政权遂发动台湾的御用学人联署批驳的声明，台大的党务人员亲自到殷海光家请他联署，被他拒绝，“于是，多年累积的问题爆发了”。
这次爆发就是蒋介石政权有关单位高层前述秘密会议所作的决定。台大将教育主管部门的公文转给殷海光的时候，却被他拒绝接受，事隔三天，蒋政权竟然毫不掩饰地动员警备总司令部约谈他。
国民党蒋介石政权在1966年8月3日召开了一个由台湾教育主管部门、国民党中央党部及特务机关等单位一把手参加的秘密会议，正式确定了将殷海光赶离台大的方式，教育主管部门在隔天完成内部作业，8月5日发文给台大，殷海光在8月7日接到了口头通知。
8月7日那天下午，台大哲学系主任先口头告诉殷海光：“教育主管部门来了一个公事，要借聘你到教育主管部门去任职。”这样，来自最高决策的意志决定了殷海光的命运。他被赶出了台湾大学，失去了教职，文章不让发表，著作不让出版，被特务监视着生活，不让离台、不让见外国人，跟朋友的往来也降低到最低程度。“反动教授”再度变为“反动思想家”。
殷海光当时就很清楚地说：“这是调虎离山，不要我在台湾大学待下去。”到了8月9日，台大才把教育主管部门的公文转给他。8月12日，警备总部出动3名高阶特务对他进行问话，并且强迫他接受教育主管部门的聘书，但他并未屈服于特务的恫吓，仍然坚持不接受，特务因为他是知名学者而不敢多加留难。25日，警备总部又派了更高层级的官员，带着教育主管部门聘书到他家，明白地告诉他：“政府要你和台湾大学一刀两断。”殷海光照样没有屈予接受。隔天，殷海光跟当时的台大校长钱思亮见面，双方约定“课表照排，但终止上课”，也就是说，他与台大的实际关系已经结束，但形式关系则维持到1967年7月为止。
事情并没有因此结束，9月间，蒋政权又派了两名高级党务干部到他家，软硬兼施地要求他务必接受教育主管部门的聘书，他形容这种情形是：“像恶霸一样，强暴了女人，又要受害人自己代他们掩饰。”结果，这两位党干被他狠狠地骂出家门。
不久，国际知名的学术泰斗哈耶克教授来台访问，殷海光过去曾与他聚谈过一次，他这次也希望能与殷海光再见面。然而，蒋政权竟然派特务警告殷海光，不得参加哈耶克的会议和聚会。这种形同软禁的限制其实从7月间就已开始，特务如影随形的监视持续达两年之久。
他的夫人夏君璐回忆说出一段往事，一是那时台湾当局不让殷海光回台大任教，却硬要他接受教育主管部门的聘书，殷海光以手捶桌，高喊：“我用生命打赌，绝对不接受聘书！”因为他不想再回国民党体制内做国民党的官。
李敖说，当时国民党民意代表叫做胡秋原的还落井下石，他写信给台湾大学的校长钱思亮，说是殷海光没有资格在台湾大学教书，要求台大勒令殷海光停止授课；国民党开始整他，就千方百计不让他在台湾大学教书，把他逼走。台大当局告诉他，再聘一年以后，就不聘了，另一方面治安机关又在门口看着他。
结果，哲学系功课表公布出来，殷海光开什么课照样公布，可是学生呢，不被允许选他的课，殷海光也不能教书，学校只是给他一点干薪，所以殷海光很呕气，整天愁眉苦脸。被台大整了，警备总部也整他，国民党的治安单位也整他，三个单位联合起来，在他家门口跟踪他。
殷海光夫人在序言中说：“殷海光被国民党围剿逼害，特务守在我们家大门外，岁岁过着恐惧担忧的日子。接着殷海光患胃癌，主治及手术医师说他只能活六个月，国民党仍不让他去哈佛大学做研究员。”而报上还有一片国民党文人的叫骂围剿声。殷海光悲凉地说，历史上“赵高指鹿为马不过偶一为之，但今日我们在台湾所碰到的，是一群有组织的‘赵高’，颠倒黑白，罔顾是非”。在被台大解除教职（台大永远的耻辱）后，贫病交迫中，殷海光才五十岁就去世了。殷夫人感叹道：“我们的不幸和牺牲值得吗？”看到世界民主的潮流，殷夫人得出结论说，“是值得的”。
但是国民党是一党独裁，要保持专政，必然要对知识分子进行严厉的钳制。他们把“中央研究院”和台湾大学的自由分子当作打击对象，目的是要把台大夺来，交给他们相信的人，所以就千方百计地逼迫殷海光辞职，同时监控孤立他。尤其是雷震案以后，国民党当局加强了对殷海光的控制，可以以一事为例。
据夏威夷大学的成中英教授回忆：大约在1964年，他回到台大，“有一次，中国文化大学邀请我去作两次讲演，讲美国的分析哲学、语言哲学。第一次讲演中，殷先生来了。我讲完之后，殷第一个发言，问题好像是讲美国这样一个社会，其真正的立国精神何在。他说先说说他自己的观感，他说完之后我也再说了一些。此后的第二天，我收到一封快件，说我的第二次演讲因某种原因被取消了。后来才知道，殷已无公开发言的机会，即当局对他的压力已经很大了，大到只要他一公开露面，有接触群众的可能性的时候，就马上被予以阻止”。
知名史学家许倬云回忆，在20世纪60年代，殷海光等被软禁，虽然可以进出，但是总有人时刻监视着他。他的太太夏君璐对他很好。去看他的人，除了学生以外，朋友很少，“我一个礼拜去看他一次。门口有个馄饨摊，是特务摆在那儿看殷海光的。我晓得这个特务是干什么事情的，他也不拦我，看见我这么一个常客，还会笑笑”。