后来，学生们怀疑军警特工手里的名单是校方提供的，所以把教务长架到大礼堂前接受质问，并有学生扬言要打。此时，他们的校长身着一件深灰色长袍，从科学馆方向慢步走来，登上台阶，对着两三百学生，有半分钟未发一言，然后用平时讲话的声调，慢吞吞地说出了五个字：“要打，就打我！”
这足以说明梅贻琦的耐心笃行。除此之外，他的耐心笃行还表现在其他若干方面。学生着急于救国救亡，梅贻琦解释说：“即使救国吧，也第一要有健康的体魄，第二要有良好的专业知识，因为救国并不只在战场上面，也不完全需要一群莽夫。”他的儿子要去参加军事翻译，梅贻琦并不支持，说道：“你现在才是大一的学生，也许到了大二才可以去。”当然他的儿子并没有完全遵守父训。
但是受梅贻琦的影响、熏陶，儿子梅祖彦在部队服务三年后，赴美留学。1949年毕业于梅贻琦的母校吴士脱工业大学，并在美工作。1954年梅祖彦毅然回到祖国大陆，为新中国服务。此举是得到梅贻琦的默许而成行的。梅贻琦听说儿子“回到清华母校任教而感到快慰”。
梅贻琦故去后，夫人韩咏华于1977年也落叶归根，回到祖国大陆安度晚年。政府给予优厚待遇，安排她为全国政协第四届特邀委员。
梅校长淡泊谦冲，不求名利。几十年来，把心血几乎全部贡献给了国家，而很少为自己打算。在抗战期间，校长的薪水不足以维持生活，一度有赖于梅夫人韩咏华女士做了一种“定胜糕”到昆明城里去叫卖，来贴补家用。北平陷落的时候，梅校长一个人飞到南京，可说是身无长物，借住一个朋友的亭子间里，以后去美国，梅夫人只有留在香港，靠女婿接济。
梅校长在美国，始终不肯动用清华存美基金利息，而在华美协进会任职，月支300美元。梅校长的原则是“不为清华，决不动用清华基金一文”。1955年回到台湾，梅校长全力筹划建立台湾“清华大学”。1958年，他接任台湾教育主管部门一把手，但在处理教育事务之余，仍尽力贯注于“清华”。直到住进台大医院，即使在昏迷中，还是惦记着教育事业。交卸教育主管部门一把手职务以后，他仍然牵挂着“清华大学”的事。老人能够眼看到自己苦心策划的原子炉落成启用，实在有说不出的喜悦与安慰。
这也是梅校长对中国科学发展的最后一项巨大贡献。
梅校长对清华大学五十年的扶持，在科学方面取得了举世瞩目的成就。当年西南联大时代的简陋设备，尚能培养出杨振宁和李政道，媒体预言以今日新竹原子炉的设备，第一流的原子科学家，自必能不断地产生于台湾。
物理专家吴大猷先生曾任北大及西南联大教授，他回忆：曾于1963年3月撰《我想念的梅月涵先生》一文，叙及1943年春搭乘马拉的两辆板车去联大上课，马惊车覆，他的后脑受震，晕倒卧床匝月，其夫人阮冠世女士连年久病，于忧急侍疾之余，病倒危殆，恰巧梅先生至乡下探视，见此情形，即告如需入城请医可用校长汽车。
翌日即由学校派员来看，是否需准备后事。幸而吴夫人挣扎过来了。当时虽未借用梅校长汽车，“但他的好意和关心，冠世和我廿年来始终未忘记。现在大家不容易想象到我们孤孤单单的住在乡下，一个病危，一个忧急无策的情形，所以或者不会懂得为什么我们永远记得梅先生”。
他又回忆道：“1954年夏，我在哥伦比亚大学教书，听到梅先生在纽约住，为管理清华基金在华美协进社办公，月薪极少。我去办公室看梅先生，想请他吃餐便饭，但他反邀我一同回家。中途又坐地底车，又换公共车，很远的到他住的公寓，看到梅夫人和他们的一位小姐和外孙女，吃北方凉拌面。”
梅贻琦一生两袖清风，没有积蓄，病后住院费和死后的殡葬费都是校友们捐助的。据韩咏华回忆：在病床旁边有一只他从不离手的手提包，他去世后打开一看，竟是清华基金的历年账目，一笔一笔清清楚楚，在场的人无不为之动容。他虽几次出任当时教育主管部门高层领导职务，又长期独司上千万美元的清华基金，却能一生坚守原则，出淤泥而不染，逝世后没有留下任何遗产。正像林公侠所说：“他在母校十几年，虽然清华基金雄厚，竟不苟取分文，在污染成风的社会竟能高洁、清廉到这样的地步，真是圣人的行为。只这一点，已是可以为万世师表。”
1960年5月，他入台北大学医院治病，仍在病榻上孜孜批阅公事。1962年1月1日，他在病榻上按动原子炉启运转的电钮。2月，他当选为台北“中央研究院”院士。4月29日，在病榻上发表了最后一次对校友的讲话，诚朴谦逊之风如常，只是言语稍有错乱。二十天以后，也即1962年5月19日逝世。
梅贻琦先生辞世后，在亲友们送的众多挽联中有一联是“桃李满天下，何须儿孙常绕膝；清华空有约，那堪鲲岛哭师门”（刘淦芝）。他去世后，新竹“清华”原子炉即被命名为“梅贻琦纪念馆”；新竹十八尖山之麓，“清华大学”之苑，建有梅氏墓园，曰“梅园”。园内建有墓碑两座，一座正面是蒋介石写的挽额“勋昭作育”四字，背面是“褒扬令”；另一座正面是罗家伦题写的“梅校长贻琦博士之墓”，背面是蒋梦麟撰的碑文。墓的左侧建有“梅亭”。园内有由校友集资所植各种名贵树木，初植时包括杏梅287株，梅花241株，现在早已成林，曰“默林”。
考古大师李济先生是清华1918年毕业生，曾任清华国学研究院讲师，他回忆说：我是清华梅先生所授的“三角”这门课的学生，那时所留下的印象，保存到现在的是：他是很严的老师，大家均知梅先生酒量很高，但他的酒德更高。他在宴会中饮酒总保持静穆的态度。我看见他喝醉过，但没看见他闹过酒。在这一点我所见当代人中，只有梅先生与蔡孑民先生才有这种“不及乱”的纪录。
梅先生留在一般朋友中另外一个很深的印象，是他沉默寡言的习惯。并不是他不会或不能说话，他做校长时凡是报告一件事或讨论一个问题，总是条理分明，把握重点；在许多人辩论不休时，他常能一言解纷。
我实际和梅先生共事，是在他与胡适之先生办长期发展科会的时候。这事办了好几年了，其中经过不少的困难，回想起来，若不是他们两位共同领导，合作无间，这“会”的最早一段历史，也许完全两样了，或者根本不会产生出来。我在这时期所认识的梅先生，有下列四点值得提及：他自律很严，对钱财尤其是一丝不茍；他有很高的理想，同时很谨慎；他不唱高调，但一个目标已定的事，无论多么困难，他总设法使它达到；他很现实，虽不从事实际政治，但对政治上的潮流却认识得很清楚。
他是一个负责到底的人，对清华的事，一直到临终还在不断地关怀。这类的单子大家都可以开，并且可以开得比我长，不过我说的几点都有确实的事实，做我对这位早期老师这些印象的基础。
梅贻琦一辈子与蒋介石争持，争的就是学术独立。
梅贻琦校长从1931年到1949年领导清华，历经战乱艰辛而维持学校的水平和声誉于不坠。梅校长居功厥伟的原因之一，是坚持了独立性和“教授治校”的理念。他主张学生独立思考，确定自己的政治取向，校方不向学生灌输。他认同当时的政府，但拒绝帮助政府抓捕独立思考、持不同政见的学生。在他参加领导的西南联大校园中，容纳了国民党、共产党、民社党、民盟、三青团和国家主义派等党派。
西南联大师生中倾向或同情共产党的势力强大，以致祖国大陆的主流史家盛赞西南联大为“民主堡垒”。20世纪40年代末的清华校园中，中共外围组织和同情共产党的学生会公开活动，转播中共电台，以“小解放区”自诩。
每个执政党几乎都在政治上表彰梅校长的独立理念，但回避了“民主堡垒”和“小解放区”能存在的另一个原因：当时当地的军政首脑龙云（云南）和李宗仁（北平）的容忍，而龙、李都是国民政府的一部分。没有这种大形势的相对宽松，校长们向来校捕人的“军、警、宪、特”讲独立性，就必然是“秀才遇见兵，有理讲不清”。二十年前，冯友兰在回忆清华大学往事时，曾对“教授治校”的民主管理体制予以很高评价，与此同时他又不无遗憾地说：当时教授会经常讨论而始终没有完全解决的问题，是大学教育的目的问题。
7梅贻琦的大学教育观
大学教育培养出来的是哪一种人才呢？是通才呢，还是专业人才呢？如果是通才，那就在课程设置方面要求学生们都学一点关于政治、文化、历史、社会，总名之曰人文科学；如果是专业人才，那就不必要有这样的要求了。
这个分歧，用一种比较尖锐的提法，就是说，大学教育应该是培养“人”，还是制造“机器”。这两种主张，屡次开会都未能解决。后来，折中为大学一、二年级，以“通才”为主，三、四年级以专业为主。
究竟是培养“人”，还是制造“机器”，这不仅是清华大学，也是一百多年来中国教育始终没有解决的一个大问题。这个问题不解决，国人就会继续丧失思考和创造的能力，甚至沦为会说话的工具、任人驱使的奴隶。
好在近年来祖国大陆开始对1952年院系调整有所反思，清华大学也正在改变单纯工科大学的形象，但是我们对通才教育的认识，还远远没有达到前辈学者的水平；再加上整个社会长期被金钱第一、专家至上、高速发展等急功近利的观念所困扰，这使“人”的培养大受影响，“机器”的制造仍在进行。为此，回顾一下当年清华大学教授们在通才教育上的意见，应该有助这个问题的解决。