1939年，孟真先生住在昆明，他的老友顾颉刚先生也在昆明，为《益世报》主编《边疆》副刊。孟真先生便写信给顾，本着这个原则，劝顾对于民族问题的讨论，必须谨慎。信中说：有两个名词，在此地用之，宜必谨慎。其一为“边疆”。夫“边人”自昔为贱称，“边地”自古为“不开化”之异名。此等感觉云南读书人非未有也，特云南人不若川粤人之易于发作耳。其次即所谓“民族”。犹忆五六年前敝所刊行凌纯声先生之《赫哲族研究》时，弟力主不用“赫哲民族”一词之界说，原具于《民族主义》一书中，此书在今日有法律上之效力，而政府机关之刊物，尤不应与之相违也。今来西南，尤感觉此事政治上之重要性。夫云南人既自曰“只有一个中国民族”，深不愿为之探本追源；吾辈羁旅在此，又何必巧立各种民族之名目乎？
他建议《边疆》副刊之名，似可改写为《云南》、《地理》、《西南》等，废止“边疆”一词。“此中及他处，凡非关门刊物无普及性者，务以讨论地理、经济、土产、政情等为限，莫谈一切巧立名目之民族。”更当尽力发挥“中华民族是一个”之大义，证明夷汉之为一家，并可以历史为证。“即如我辈，在北人谁敢保证其无胡人血统，在南人谁敢保证其无百粤苗黎血统，今日之云南，实即千百年前之江南巴蜀耳。此非区学也。”
顾先生接受孟真先生的劝告，因而注意对“中华民族是一个”的理论加以阐发，但引起个别民族学家的不满。有人加以反驳，说中华民族不是一个。孟真先生认为，这种言论将在云南发生不良的影响，因某人是中英庚款董事会派到云大去的，乃致函此会的董事长朱家骅、总干事杭立武两先生，希望将其他调，以免发生事端。
傅斯年认为，若以一种无聊之学问，其恶影响及于政治，自当在取缔之列。其人所办之民族学会，即是专门提倡这些把戏的。他自己虽尚未作文，而其高弟子则大放厥词。若说此辈有心作祸，固不然，然以其拾取“帝国主义在殖民地发达之科学”之牙慧，以不了解政治即受西洋人恶习太深之故，妄其所以，加之要在此地出头，其结果必有恶果无疑也。
他的得意弟子李济称道：“孟真先生对民族问题所持的观点，自然不为某些‘为学问而学问’的民族学者所同意，但如果我们对中华民族的演进历史稍有认识的话，便知道孟真先生的见解，实在是不易之论。而他在信中所流露的爱国家、爱民族的苦心，更当为我们所体会。”
5促蒋摒除伪教职员、检举汉奸
傅斯年一生最痛恨汉奸，他教育下一代也是最重视忠与义，也就是现在所说的“爱国教育”。
他在北京教书时，偶而回李庄小住，在那段难得的清闲的日子里，他不是给儿子讲几段《三国》、《水浒》，便是看书写作；有时背着双手，环绕室中，摇头晃脑，不断地用满口山东腔调，哼唱诗词，怡然自得。年少又好奇的儿子只在一旁瞠目相视。在一个寂静的深夜，他在烛光下，为儿子傅仁轨写了一横幅，写的是《正气歌》、《衣带赞》和几首其他的诗。当时傅仁轨不过八岁，是看不懂这些诗的，但傅在跋中说出了写此横幅的用意：为仁轨儿书文文山先生《正气歌》、《衣带赞》，并以先生他诗补余幅。其日习数行，期以成诵，今所不解，稍长必求其解。念兹在兹，做人之道，发轨于是，立基于是。若不能看破生死，则必为生死所困，所以异于禽兽者几希矣。
明末诸臣，孟真先生似乎最尊重黄道周，他本人也有若干地方与黄道周相似。他有一个卷宗，里面藏着黄道周的书画照片。孟真先生送给挚友黄季陆一部《黄石斋集》，以示勉励，可惜黄未能好好地读。
黄说傅斯年最瞧不起的，要算是钱谦益。1931年5月，他在钱的《牧斋有学集》的封面上题了如下几句话：此老行事奇丑，斯文之耻辱，人伦之败类也。然卅载风流，数朝掌故，其书固不可删，存之益彰其丑焉。
这几句话对钱来说，黄季陆觉得是公允的。
明末遗老中，孟真先生对顾炎武是景仰的，但对与顾齐名的黄宗羲颇多讥责。他在黄的《明夷待访录》中批了许多话，认为黄有逢迎满人的意思。
1945年8月日本投降后，孟真先生出任北京大学代理校长。抗战期间，政府把北大、清华、南开三大学合组为西南联合大学，迁设昆明，继续上课。抗战胜利后，西南联大解散，三个大学迁回平津。数千学生和庞大校产的长途迁移，其困难自可想见。但北大比起清华、南开，更多了一个难题，那就是当平津沦陷期间，敌伪在北平的北大旧址，另设了一个伪北大。抗战胜利后，伪北大尚有员生数千人，无法安置。
教育部乃在当时的北平设立补习班，由陈雪屏先生主持，收容伪北大学生，并征调一批伪教职员暂时维持课业，徐求解决的办法。但这批伪教职员，组成团体，到处请愿，要求北大迁回后继续留用。加以若干当时北平的中央大员往往对伪教职员滥示同情以市惠，因此更增长了他们的气焰。
原来这些人以老北大自居，傅斯年坚持民族大义，并维护北大光荣传统，于1945年10月在重庆发表声明，说北京大学决不录用伪北大的教职员。12月，他在重庆再度发表声明，重申不用伪员的决心。声明的要点是：一、专科以上学校，必须要在礼、义、廉、耻四字上，做一个不折不扣的榜样，给学生们、下一代的青年们看看。北大原先是请全体教员内迁的，事实上，除开周作人等一二人之外，没有内迁的少数教员也转入辅仁、燕京任教。伪北大创办人钱稻荪，则原来就不是北大的教授。所以现在伪北大的教授，与北大根本毫无关系。
二、朱部长（骝先）向我说过，伪北大教员绝无全体由补习班聘请任教之事，而系按照陆军总部征调敌伪人员服务办法，征调其中一部服务，不发聘书，与北大亦无关系。
三、北大有绝对自由，不聘请伪校伪组织之人任教。
四、在大的观点上说，如本校前任校长蒋梦麟先生，明春返国的胡适校长，北大的教授团体及渝、昆两地同学会，和我的意见是完全一致的。无论现在将来，北大都不容伪校伪组织的人插足其间。
他并且说：“人才缺乏是事实，从别的方面考虑征用未尝不可，但学校是陶冶培植后一代青年的地方，必须要能首先正是非，辨忠奸。否则，下一代的青年不知所取，今天负责教育责任的人，岂不都成了国家的罪人？听说燕京大学对于原校教授参加伪北大者一律解聘，个人非常佩服。假如我们北大尚不能做到这一步，那真没有脸见燕京的朋友了。”
他又说：“青年无辜，现在二十岁的大学生，抗战爆发时还不过是十二岁的孩子，我是主张善为持之，予以就学便利。其实在校学生当以求学问为第一，教授的好坏与学生有直接关系。据我所知，伪北大文、理、法三院教授的标准，就学问说，也不及现在北大教授的十分之一。很快的北大明夏就要迁返北平了，以北大资格之老，加上胡适校长的名望，一定能够聘到许多第一流的教授。所以伪校教员不用，对学生是绝对有利的。这一点朱部长也再三表示支持，相信北平的青年学生，也不会轻易受人欺骗。”
最后他说：“这些话就是打死我也要说的！”
孟真先生的两次声明，在当时的北平引起甚大的震动。伪教职员以罢课为要挟，不承认“征调”，并向北平行营主任李宗仁请愿，闹得乌烟瘴气。伪北大教授容庚在报端发表致傅斯年先生的公开信，为伪员辩护。容庚的话虽然荒唐可笑，但在伪教职员看来，则是至理名言，同时也颇能博得一般不明大义的人的同情。
在这种情形下，孟真先生想贯彻他的主张，自然不是一件容易的事。但他凭借勇气和毅力，加以国民党政府的坚决支持，终能使北大在北平顺利复课。
原来伪北大的学生，经过甄试，有一部分进入北大，继续求学。至于伪教职员，则始终未能达到他们的目的。1946年春，蒋介石到北平，傅斯年先生陪他游文丞相（天祥）祠，并在祠中正殿的“万古纲常”匾额下，共摄一影。
这等于告诉北方的伪员汉奸们，蒋重视民族气节，对背叛国家的人是不会轻恕的。而这件事也给予孟真先生一种精神上很大的支持。
至于惩治汉奸，傅斯年也主张从严从重。
当时的北平是北方汉奸的渊薮。抗战胜利后，国民党政府虽曾在北平逮捕大批汉奸，但其狡黠者，往往假造证据，自称曾参与地下工作，于国有功。甚至少数不肖的政府官吏，也为他们说情。因此国民党政府对汉奸的处置，有些地方不能令人满意。例如伪北京大学校长鲍鉴清附敌有据，而河北高等法院判决其无罪，以致與论哗然。孟真先生乃于1946年7月，找出鲍的四项罪行的证据，向河北高等法院提出抗告。并于同月17日致函当时的司法行政部长谢冠生先生，说明他对审判鲍鉴清及巨奸王荫泰等的意见，原信如下：冠生先生部长左右：关于北平汉奸惩治事件，有三事不获已上陈，敬乞台察。
一、报载伪北京大学校长鲍鉴清在河北高院判决无罪，至堪骇异。查鲍逆神通广大，早经保释，今复判决无罪，实留学术界莫大之隐患。该逆在伪职任内，勾结日寇，在伪校遍布日本顾问及特务，以实行奴化政策，何得无罪？北平情形特殊，汉奸势力不小。此案仍待最高法院覆判，拟请大部依据成例，提来首都覆审，以正是非，而申国纪。否则“无罪”之例一开，后患不堪设想矣。除呈最高法院外，谨此奉陈。
二、巨奸王荫泰正在苏高审判，该逆逢迎日寇意指，挤走其前任而代之，变本加厉，即以献粮献物资为约。在其任内，剥削华北民食，使人吃“混合面”。更大搜五金，故宫铜缸、历史博物馆古炮皆彼搜罗，献出凡数百万斤。故王逆揖唐、王逆克敏之罪恶，尚不足以比之。拟请大部特予注意，尽法惩治，以申华北人民之愤。
三、文化汉奸钱稻荪在北平有特殊势力，似可一并调京审讯。
以上各事，关系国法人纪，故敢负责上陈，敬乞采纳，至荷。