依唐太子李贤《后汉书注》及《汉书·平帝纪》，元始五年（5）是在明堂举行的一次祫祭。这次祫祭，被张纯及作《续汉书》的司马彪当成了禘礼。建武十八年（42），刘秀到长安，在高祖庙中合祭诸位祖宗，也被张纯当成了禘礼。把祫礼当成禘礼，就是把祭祀上帝的礼仪变成了祭祀祖宗的礼仪。禘礼就这样没有经过争议地改变了性质。至于“三年一祫，五年一禘”，则出于《礼纬》。张纯解释禘礼的意义时说：
《礼》说： 三年一祫，天气小备；五年再闰，天气大备。故三年一祫，五年一禘。禘之为言，谛。谛定昭穆尊卑之义也。（《后汉书·张纯传》）
刘秀据张纯禘祫之义，制定了东汉的合祭祖宗礼仪，为后来所沿袭。东汉末年，郑玄认为禘就是郊，就是祭天。宗庙大祭也可称禘，这就是所谓“祭有两禘”。王肃反对郑玄，认为“禘祫一名”（杜佑《通典》卷五〇）。也就是说，禘和祫一样，都是合祭祖宗的礼仪。东晋、南朝，禘礼是祭祖之礼几乎无人怀疑。北魏君臣，又开始检讨禘祫的异同和意义。孝文帝下诏道：
《礼记·祭法》称：“有虞氏禘黄帝”。《大传》曰，“禘其祖之所自出”，又称“不王不禘”……郑玄解禘，天子祭圆丘曰禘，祭宗庙大祭亦曰禘……圆丘、宗庙大祭俱称禘，祭有两禘明也。王肃解禘祫，称天子诸侯皆禘于宗庙，非祭天之祭。礼文大略，诸儒之说，尽具于此。卿等便可议其是非。（《魏书·礼志》）
尚书游明根等四人赞同郑玄的意思，认为圆丘祭天的禘和宗庙之禘可以并行不悖。中书监高闾等十三人比较充分地说明了以禘为祭天礼仪的根据：
禘祭圆丘之禘与郑义同，其宗庙禘祫之祭与王义同。与郑义同者，以为有虞禘黄帝，黄帝非虞在庙之帝，不在庙，非圆丘而何？又《大传》称祖其所自出之祖，又非在庙之文。《论》称“禘自既灌”，事似据。《尔雅》称“禘，大祭也”。《颂》“《长发》，大禘也”。鲁行天子之仪，不敢专行圆丘之禘，改殷之禘，取其禘名于宗庙。因先有祫，遂生两名。（《魏书·礼志》）
依高闾等人的说明，则禘礼从殷商时代就是所谓“圆丘之祭”。只是因为鲁国虽然可用天子之仪，但“不敢专行圆丘之禘”，才改变了前代的规矩，把本来是圆丘祭天的名称用在了宗庙祭祀。儒经所说的禘，就是祭天大礼。
禘礼的改变性质是不是鲁国开始的，目前未见其他证据。重要的是，依北魏儒者们的意见，禘礼原来确实就是祭天的大礼，性质发生改变，是后来的事情。而我们所能查到的，是东汉张纯的意见。
在宗庙问题上，高闾等主张依王肃为准：“据王氏之义，祫而禘祭之，故言禘祫。总谓再殷祭，明不异也。禘祫一名也。”
孝文帝综合了双方的意见，下令道：
王以禘祫为一祭，王义为长。郑以圆丘为禘，与宗庙大祭同名，义亦为当。今互取郑王二义。禘祫并为一名，从王。禘是祭圆丘大祭之名，上下同用，从郑。（以上均见《魏书·礼志》）
北魏虽然用折中的办法对待所谓郑、王二义，但实际上是恢复了禘作为祭天大礼的原义。只是北魏以后，南郊祭天仍然称郊，而禘礼也就仅仅作为祭祖礼仪而存在了。
禘礼的变质，是儒教改变传统上帝观念在礼仪制度上的反映。而这个改变的起点是张纯，张纯根据的是《礼纬》和当时的《春秋》学家的意见。后来，儒教的宗庙大祭都沿用所谓三年一祫、五年一禘的制度。两汉之际的纬书，对于将传统宗教变为儒教，起了重要的作用。
五祭孔制度的发展
从曹魏开始，皇帝或者太子学通一经，就要向孔圣报告，行释奠礼。起初由于孔子在世时官职低，祭礼由太常代行。晋代，皇帝或者太子开始亲自行礼。此后祭孔的规格则不断提高。
随着上帝配食制度的建立，孔子的配食制度也开始建设。曹魏正始七年（246）十二月，齐王芳“讲《礼记》通，并使太常释奠。以太牢祠孔子于辟雍，以颜回配”。
南朝齐代，讨论孔子祭礼。陆纳、车胤依据传统，认为应按照“天子祭天，诸侯祭山川……”这个原则，其后代是什么职位，就以什么规格祭祀孔子。当时孔子后代其爵为亭侯，也就应当依照亭侯的规格祭祀孔子。范宁则认为应依照周公的规格，用王者礼仪。范宣从理论上说明，孔子是帝王师，帝王不得再以孔子为臣。祭祀孔子时，也应该用帝王的礼乐。尚书令王俭认为陆、车二人建议的规格过低，二范建议的规格又过高。他认为，应该用上公的礼仪：
……皇朝屈尊弘教，待以师资，引同上公，即事未允。元嘉立学，裴松之议应舞六佾。以郊乐未具，故权奏登歌。今金石已备，宜设轩悬之乐，六佾之舞，牲牢器用，悉依上公。（《南齐书·礼志》）
这就进一步表明，孔子已经不是由自己子孙祭祀的先祖，而是国家祭祀的公神。所以，孔子的规格，不受其子孙品位的限制。
太和十三年（378），北魏在京城修建孔子庙。从此，孔子庙庭开始走出曲阜，走向全国。南朝梁，就在自己境内修建孔庙。
北齐时代，规定在正常的春秋祭祀之外，每月朔日，学校师生必须向孔子行礼，雨大可停：
后齐制，新立学，必释奠礼先圣先师。每岁春秋二仲，常行其礼。每月旦，祭酒领博士以下及国子诸学生以上，太学、四门博士升堂，助教以下、太学诸生阶下，拜孔揖颜。日出行事而不至者，记之为一负。雨沾服则止……郡学则于坊内立孔、颜庙，博士以下，亦每月朝云。（《隋书·礼志》）
北周时，又追封孔子为“邹国公”，并且“立后承袭”（《周书·宣帝纪》）。
到了唐代，对孔子的祭祀，又有新的发展。唐初制礼，曾以孔子为先圣，以左丘明等二十二人为先师。高宗显庆年间，一度曾重以周公为先圣，而“黜孔子为先师”（《通典》卷五三）。后来，又恢复孔子的先圣地位，而将周公作为武王的配食者。这一项制度，到《开元礼》，终于被确定了下来。据《开元礼》载，仲春仲秋上丁，于太学行释奠礼，祭祀孔子：
孔宣父为先圣，颜子为先师。
先圣、先师之称，来自《礼记·文王世子》。汉代以来，周公、孔子都做过先圣，孔子、颜回都做过先师。
孔子成为先圣，颜回就是先师。其他诸儒，就不能再称先师。《开元礼》继承了唐初对二十二位儒者的表彰，同时把孔子的弟子置于二十二人之前，作为“从祀”。由于原在二十二人之列的卜子夏归位弟子列，所以二十二人只剩下二十一人。这二十一人是： 左丘明、公羊高、谷梁赤、伏胜、高堂生、戴圣、毛苌、孔安国、刘向、郑众、杜子春、马融、卢植、郑玄、服虔、何休、王肃、王弼、杜预、范宁、贾逵。这些儒者的入选，都是因为在注经方面的成就。所以像孟轲、荀况、董仲舒等，没有入选。
唐代规定，郡县都要建立孔子庙，祭祀孔子。并且由地方长官担任主祭。这样，孔子的国家公神的地位，就日益巩固和发展了。
孔子在神间如此崇高的地位，使韩愈无限感慨。韩愈写道：
自天子至郡邑守长通得祀而遍天下者，唯社稷与孔子为然。而社祭土，稷祭谷。句龙与弃乃其佐，非其专主。又其位所，不屋而坛。岂如孔子用王者事，巍然当座，以门人为配。自天子而下，北面跪祭，进退诚敬，礼如亲弟子者。
句龙、弃以功，孔子以德，固自有次第哉。自古多有以功德得其位者，不得常祀。句龙、弃、孔子，皆不得位而得常祀。然其祀事皆不如孔子之盛。所谓生人以来，未有如孔子者，其贤过于尧舜远矣，此其效欤！（韩愈《处州孔子庙碑》）
其自豪与欣羡之情，溢于言表。在韩愈的心目中，孔子就是和社稷同等规格而且实际上要更加高贵、尊崇的儒教神灵。韩愈心目中的孔子，也是所有儒者心目中的孔子。
后世孔庙，其制度基本依据《开元礼》，只是做些小的调整。
六集大成的《开元礼》
东汉末年及其以后有关儒教问题的种种讨论、改革，到唐代逐步臻于成熟。唐开元年间，朝廷制礼，以往的争论、改革，此时大多都以制度的形式被固定了下来。《开元礼》规定：
冬至祀昊天上帝于圆丘，以高祖神尧皇帝配座，在坛上。
以下，从上数第一阶，祀“五方帝”。即青帝灵威仰、赤帝赤熛怒等。再下，则依次是天皇大帝、北辰、北斗、天一、太一等天上的星座。对此，《开元礼》自注道：
所谓昊天上帝者，盖元气广大则称昊天，远视苍苍即称苍天。人之所尊，莫过于帝。讬之于天，故称上帝。故《书》曰： 钦若昊天日月星辰，以授人时。《周官》曰：“以禋祀昊天上帝……”
在《开元礼》的制定者看来，《尚书·尧典》的“钦若昊天”，和《周礼·大宗伯》所禋祀的昊天上帝，乃是同一个对象。
武则天时，曾下诏规定：“天无二称，帝是通名。承前诸儒，互生同异，乃以五方之帝亦称为天。假有经传互文，终是名实未当。称号不别，尊卑相混。自今郊之礼，唯昊天上帝称天，自余五帝皆称帝。”这一条，在《开元礼》中也体现出来了。灵威仰等名号前，只有“帝”，而无“天”。从此以后，昊天上帝作为至上神的地位，就更加突出出来。王肃的主张，得到了彻底贯彻。
对于日月星辰，《开元礼》解释道：
按： 此星神之位，盖浑仪制图，圣人观象，羲和所职，推步有徵。传曰：“万物之精，上为众星。故天有万一千五百二十星，地有万一千五百二十种。星之与物，各有所主。”
所谓“星之与物，各有所主”，就是说，地上有一种物，天上就有一种星。天上的星，主宰着地上的物，如同上帝主宰着地上的世界一样。而星，乃是物之“精”，即精灵、灵魂。至于五方帝，乃是五行之精：
上帝之号，元属昊天……夫五方帝者，五行之精，九谷之宗。
即灵威仰、赤熛怒等，乃是木、火、金、水、土这五行的精灵。那一万一千五百二十种物，都要归属这五行之中，五方帝自然要高于众星。而昊大元气，则包容一切，所以昊天上帝自是独尊，而不与五方帝并列。
以对星辰和五方帝的解说推测，则昊天上帝之所以为至上神，那昊大元气应该仅仅是它的形体，而其中之精才是它的灵魂。也就是说，昊天上帝，乃是那昊大元气的精灵。
五方帝之下，还有“五帝”。这五帝是“太昊、炎帝、轩辕、少昊、颛顼”（《开元礼·序例上》）。这样，原来的五帝也得到了妥善安排。为了区别明显，这五帝在《开元礼》中也称为“五人帝”。
句芒、蓐收等神也得到了很好的安排，他们成为“五官”，即五行之官，排在五帝之下。
社稷祭祀也确定下来，所祭的就是土和谷。社和稷，就是土谷之神。句龙（为后土）、弃（为后稷）就是配食者：
仲春、仲秋上戊，祭太社，以后土氏配；太稷，以后稷氏配。
这就是韩愈所说的虽然也是全国通祀，但不如孔子尊贵的社稷祭祀。后来的社稷祭祀，也都依此为例。
大约关于社稷的神主问题此后还有争论，于是作《通典》的杜佑也借机发表了一长段议论：
说曰： 王者诸侯所以立社稷者，为万人求福报功也。人非土不立，非谷不生，不可偏敬，故立社稷而祭焉。
自经籍灰烬，互执不同。郑玄曰： 社稷者，土谷之神。句龙、后稷以配食也……王肃云： 句龙、后稷并为五官，故祀为社稷……崔灵恩云：“二家之说，虽各有通途，但昔来所习，谓郑为长。”……按： 崔灵恩以郑为长，当矣。……
（王）复云以无“配食”字是正神者，“周人禘喾而郊稷，祖文王而宗武王”，亦无配食之说，岂得不谓郊天者乎？
稷者，土有生长之功，立其神，因以稷名之。郑据《孝经》说曰：“社者土地之神，稷者能生五谷之神”。《孝经援神契》云：“稷乃原隰之中，能生五谷之祇。”今按： 本无正神，人感其功，欲美报之，因以稷名。所以稷名神者，五谷之长故也。（《通典》卷四五）
杜佑这段关于社稷神主的议论，可以作为儒教社稷神主的定论。即社是土之精灵，稷是五谷之精灵。祭社稷，就是祭祀土和五谷。
土和五谷不是自然物吗？它们怎么能是神呢？这是不少人难以理解儒教问题的重要障碍。他们不理解，在西方哲学中，精神是可以离开物质独立自存的。但中国哲学中，精神则不能离开物质（气）独立自存，而物质（气）本来就是具有精神的。既然不能独立自存，它就只能寓于物质之中。物质本来具有精神，那么，那些自然物，从天地到名山大川，再到大地五谷，就都可以作为神灵被人所祭祀，并且给人以福报。不理解这一点，就很难理解中国哲学和宗教。
禘祫彻底成为宗庙礼仪。《开元礼》载：
太庙九室，每岁五享。又三年一祫以孟冬、五年一禘以孟夏。
纬书的意见，也成为儒教礼仪制度的正式规条。
《开元礼》是前代儒教改革的集大成，也是后世儒教制定礼仪制度的蓝本。