元至正十一年（1351），元军与红巾军在赣北交战，以砖木为主要建筑材料的白鹿洞书院被兵火焚毁，由于没有人进行维修，逐渐倒塌，以至成为废墟。在韩林儿掌权的龙凤十二年（1366），王祎（王祎，浙江义乌人，以文章名世，朱元璋召授江南儒学提举）任吴王朱元璋所管辖的南康同知（治今星子），曾游白鹿洞，撰文记述了察访白鹿洞的情况。他在文章中提到：“余到郡数月，欲至白鹿洞甚渴，左右为余言，往时荆棘塞路，不可往。”“会行省荐檄守取大木，余挟星子县令及都昌主簿彭能领丁夫与同往。”“至书院，遗址正当五老峰下，书院已毁十五年，树生瓦砾间，大且数围，前有石桥曰‘濯缨’，其左又有石桥曰‘枕流’，书院所存者独此二桥，从卒指殿堂斋舍及风泉云壑楼故处以告，甚历历。”王祎看到的就是两座桥及一片毁墟，但它的名声犹在，闻名而来游览的文人墨客还是很多。洪武二十三年（1390），吉水人解缙曾游白鹿洞。他这次访白鹿洞是因为“敕赐予归省亲，阻风庐山下”。他的外祖父高若凤，曾是白鹿洞的诸生。解缙与高若凤的朋友黄重美重游白鹿洞书院，发现白鹿洞“登临之下，瓦砾丘墟，榛莽弥望，而白鹿洞已无径可通往”。黄重美请解缙作《庐阳书屋记》。洪熙间（1425），国子祭酒胡俨偕同诗友曾游白鹿洞书院遗址，胡俨看见的也是“殿堂斋舍鞠为茂草，瓦砾荆榛翳于丘荒”。胡俨有《慕白鹿寄余侍讲》：“幽栖此地忆前贤，白鹿神游不记年。独有紫阳遗迹在，石田芝草长苔烟。”胡俨为南昌人，洪武二十年（1387）举人，官至国子祭酒。他看到的是：“独有紫阳遗迹在，石田芝草长苔烟。”余鼎为南康府人，永乐二年（1404）进士，翰林院侍讲。他看到的是：“荒榛迷故址，啼鸟怨清秋。”李时勉有《游白鹿洞》：“昔贤乘鹿赋幽寻，小涧名留直到今。礼圣殿人去独余芳草绿，山寒长共白云深。桥边卧柳春临水，台下归鸦晚度林。何日更从湖上过，遗基犹在许登临。”李时勉，安福人，永乐二年进士，官至国子祭酒。
从元至正十一年（1351）起到明正统元年（1436）年翟溥福任南康知府止，共计85年，白鹿洞书院荒废严重，成为“虎穴”“蛇居”之所。但毕竟李渤的名声、朱子的遗教在后代文人墨客中有着深远的影响，吸引王祎、胡俨、李时勉、彭时、曾棨、罗汝敬等一批有影响的人物到白鹿洞书院瞻仰。虽然朱元璋等统治者对书院不感兴趣，但中国儒家思想根深蒂固，影响深远，所以在明代统治比较巩固的情况下，一批文人和政府要员又再次把振兴白鹿洞书院提到了议事日程上。
一、翟溥福重建白鹿洞书院
明正统元年（1436），广东东莞人翟溥福由南京刑部员外郎出任南康知府（治今星子），他是永乐二年（1404）进士。与前文提到的李时勉应是同榜进士。此人博古好学，对朱熹的理学思想非常崇拜。他早已听到南康府治内有白鹿洞书院，是朱熹讲学之地，他以成为南康知府而感到特别高兴。在整理府治之后，他立即想到了要到白鹿洞书院瞻仰。他乘坐舆轿，出南康府城向北经五里牌、罗汉岭，到达白鹿洞，但见荒草丛生，古木参天，野花芬芳。斑鸠与青蛙奏鸣，五老峰向他招手，白鹤观的老道、栖贤寺的和尚奏着道教音乐、念着阿弥陀佛夹道相迎。伍家岭、上畈李家的黎民百姓奉上清茶，欢迎南康府和星子县的官员巡视白鹿洞。白鹿洞书院的断墙残垣，历历在目，瓦砾中不时窜出几条小蛇，野兔望望这些陌生的客人后溜之大吉，蝴蝶曼妙的舞姿为荒废的书院增添了几分生气。翟溥福非常感慨地说：“佛家寺庙和道教观庵在战火中也大部分被毁，但以寺庙、道观为家的僧人、道士在战火熄灭后，又化缘把寺庙、道观修建起来。而书院，乃儒士习圣贤之书的处所，由于儒士分散，政府又提倡学校读书，书院毁后却无人重建，这是儒士的耻辱。应该重建。”他回到南康府后，召集府县官员商议，提出重建白鹿洞书院的倡议。南康府所辖的星子、都昌和永修三县士民叶刚、梁仲、杨振德、万志谦、彭孟鲁、余康常、杜子诚、杜子章等人听后很高兴，赞成重建白鹿洞书院。大家有的出资费，有的出力役，于正统三年（1438）秋七月正式动工复建，并于同年十二月竣工。先做礼圣殿、大成门、贯道门，次做明伦堂、两斋、仪门、先贤祠以及燕息之所，建屋若干间。翟溥福的这次重建奠定了明清两朝白鹿洞书院规模的基础。正统七年（1442），监察御史张仲益来南康，听说重建了白鹿洞书院，非常高兴，他说：“能兴文教，郡守之美事也。”乃择日巡视白鹿洞书院。在游览时，他对翟溥福说：“重建白鹿洞书院，不可以没有碑记。”他们商议要请一位德高望重、文才出众的学者来写，他们一致认为已经退休的太子宾客兼国子祭酒胡俨是一个很好的人选，明伦堂于是写信给胡俨。胡俨高兴地答应了。胡俨在碑记中称赞翟溥福：“余惟郡守者，民之师帅，教化者政之先务，而狱讼征输簿书期会与焉。今溥福兴废举坠，能为人之所不为，可谓达治本知先务矣。然必有教之之师，养之之具，拨隽髦而造就，乐菁莪而长育，俾之知明诚之两进，与敬义而偕立，志伊尹之志，学颜子之学，庶不负先贤立教之本旨也。”胡俨认为翟溥福重建白鹿洞书院是“达治本知先务”，作为郡守抓到了政务的重要一环。他还认为：“他日有贤者兴，道明德立，以嗣夫先贤之教者，则溥福今日兴建实为之张本矣。”
翟溥福这次修建的礼圣殿、大成门、贯道门、明伦堂、仪门、两斋、先贤祠等建筑，是书院建筑的重要组成部分。“礼”为儒家的政治思想，是维护贵族等级秩序的社会规范和道德规范。儒家自孔子以来，即提倡“礼治”，要求天子、诸侯、师、大夫、士等各级统治者都安于名位，遵守礼制，不得僭越，以便更有效地统治百姓。“礼圣殿”，即对孔子等先贤进行祭拜的地方，后人又名之为“大成殿”。《宋史·礼志八》：“诏辟雍文宣王殿以为名。”文宣王，即孔子的封号。《孟子·万章下》：“孔子集先圣之大道，以成已之圣德也。”所以书院大都有礼圣门、礼圣殿或大成门、大成殿。“贯道门”，是书院的主门。《论语·里仁》：“吾道一以贯之。”“明伦堂”，我国古代以儒教为国教，《孟子·滕文公》：“举则三代共之，以明伦也，人伦明于上。”白鹿洞书院的明伦堂，则是书院的讲堂，教士子明人伦也。“仪门”，即书院大门，取有仪可象之意，官员或贵宾到仪门之前一般都要下马或下轿，书院洞主在此把官员或贵宾引入书院之接待室或休息的“春风楼”。“两斋”即两边的书房。翟溥福所建“先贤祠”，主要祭祀李渤、周敦颐和朱熹，故又称“三先生祠”。先贤书院
翟溥福重建白鹿洞书院，使白鹿洞书院进入了一个新的阶段，使白鹿洞书院再度名闻天下。他的功绩不亚于朱熹振兴白鹿洞书院，因为此次重建奠定了明清两代白鹿洞书院的基本格局。朱熹留下了众多诗词歌赋、文章和函件，但翟溥福只留下了胡俨的《重建白鹿洞书院记》，其他什么都没有。翟溥福致仕后定居在星子境内，他的后代繁衍生息在这块美丽的土地上。
二、陈敏政修葺白鹿洞书院
在离翟溥福重建白鹿洞书院二十年后的明天顺二年（1458），南康知府陈敏政又对白鹿洞书院进行了一次修葺。大概这次只是一次小修，他与同知喻铭、通判孙智、推官张应选、司狱卢思聪等对白鹿洞书院的房舍进行了修葺。白鹿洞书院的房舍为砖木结构，青砖灰瓦，由于风雨的侵袭和白蚁的为害，几乎每过几年就要进行维修，不然就会漏水，甚至倒塌。陈敏政所做的大概就是这种小范围的修葺。董其事的是司狱卢思聪。修葺后还重塑了孔子像和四配像于礼圣殿，并塑李渤、周敦颐、朱熹像于先贤祠。这时书院已经办学，他看见乡贡进士李昊与生徒在书院读书。陈敏政最大的功劳是重修了贯道桥，并作了《重修贯道桥记》。他在记中提到：“白鹿洞书院前有门，曰贯道门，南边数步有石桥跨于涧上，名贯道桥。书院有三桥，一曰‘流芳’，在回流山附近；二曰‘枕流’，在勘书台南；三曰‘贯道桥’。明初王祎游白鹿洞时，仅见‘濯缨’、‘枕流’二桥。而没有提到贯道桥，可能此桥早已被毁。”陈敏政到书院后，书院中的士子提出：贯道桥“指贯道门，实书院正路也，公既修书院，不可有复是桥”。陈敏政即访问附近的百姓，看见倒塌的桥石还卧在涧中，非常高兴。庐陵石工张元积表示愿意修桥。天顺二年二月动工兴建，两个月后修成。新修的桥比原桥高了三尺多。修桥用去白金十两、秫米一石多，用匠工二百余人。李昊请陈敏政作《重修贯道桥记》。此记碑石已失，但《白鹿洞志》载有此文。
三、李龄与何濬兴修白鹿洞书院
明天顺六年（1462），潮阳人李龄为江西按察司提学佥事。他于成化元年（1465）春课考南康府，到达南康府的第二天巡视了白鹿洞书院。这时离陈敏政维修白鹿洞书院又已七年，离翟溥福重建白鹿洞书院则有二十七年。他看见书院的房舍“梁栋腐朽”，有的房舍漏水，近于倒塌，遂想对白鹿洞书院进行修葺。这时中州人何濬抵任南康知府，他对理学非常爱好，李龄就要何濬担任修葺书院的重任。何濬即和推官沈瑛、知县周让募义民广廷举，得谷五百斛，鸠工聚材，命主簿雷升和耆民廖笙、高鉴以及教读唐维祯董其事。南康府人听说要维修白鹿洞书院，“闻风募义，捐赀材，施砖瓦，助力役”。成化元年八月兴工，成化二年二月竣工。此次修葺既维修了原来的房舍殿宇，又增建了棂星门、贯道桥以及两庑，清除了周围的杂草和余土，并且做了围墙，栽了花草和松竹。书院修完后，“聚郡人子弟之俊秀者讲学讨论，继承先人之遗教”。何濬还请布衣理学大师胡居仁主持洞务。书院维修后，星子县学教谕吴慎复认为是功不可无记，乃具其事请记于李贤。李贤于是写了《重修白鹿洞书院记》。李贤，字原德，邓州人，宣德进士。李贤在记中提到：“予谓是书院也，在文公作兴之日，则有东莱吕先生为之记；在翟溥福重修之日，则有祭酒胡先生为之记。”他谦虚地说：“顾于何人，敢续二先生为记乎！”“虽然何侯之盛意则不可拂也。”他进一步说：“兹有一言以告焉，何侯所以重修是书院者，盖亦景慕文公之高风而兴起也，凡文公之用心于斯者，亦当体之而用心焉。给田之未复者复之，聚书之未备者备之。揭昔日之教条以为洞规，集今日之士友以相讲习。必使是郡人伦明而风俗美，才贤济济见用于时，庶臻实效而不为虚文矣，何侯其视此言而加勉然。苟或忽之，则前功尽弃殆无异于不修者，是以君子所为必慎其始而成终也。岂草草哉。”李贤未曾到白鹿洞书院观瞻，而是由南康知府何濬函请写记的。他在记中强调的一个看法是：既然重修了书院，就要集士教学，就要给田赡养，不要成为“虚文”。因此，何濬重修书院之后，就请学识渊博、德高望重的理学大师胡居仁主持洞务，招收士徒进行教学。继李贤作记的还有彭时。彭时，安福人，正统十三年（1448）状元，官尚书、文渊阁大学士、少保，在朝做官达四十年。彭时于成化二年除夕前一日途经星子，当时他是回乡探亲，本来就想去瞻仰白鹿洞书院，但考虑到好久没有看见亲人，非常想早日见到亲人，所以就没有去白鹿洞书院。以后奉召回朝，舟至南康，遇风不可行，乃至白鹿洞。同行的有南康知府何濬、同知谯赞、教谕吴慎等，皆骑以从。成化三年（1468），应书院山长、星子教谕吴慎的请求作《重修白鹿洞书院记》，何濬也去书彭时请求作记。彭时认为：“顾予不敏，何足为记？虽然，余既以不得久留为恨，得托名于其间，亦复何辞！故不辞而记之。”他借“记”谈到了学校与书院的区别：“书院之作何所治？始于前代郡县学校未立之时乎？学校未立而书院兴，理有不得然者。厥后郡县皆有学，学校之政备矣！实若无所事于书院，然后好古君子乃独惓之致力于此，岂无意耶！诚以学校课试遵时制，士未免乎科举之习，书院教育宗古法。自可专于‘性命道德’。惟出于科举之外，而学夫性命道德之学，则士习正而真才出，道明德立，无所用而不宜。进可以引道于当时，退可以著书立言，垂范于来世。科目得失，有不足言也。”彭时是推崇书院教育的，他认为学校重“科举”的教育，容易产生“浮华”之风，而书院造就的是真正有学问、道德高尚的人。