白鹿洞书院的建造自唐至民国，曾有“九毁十兴”之说，而小规模的兴废维修远远超过此数。从北宋开始已经有重建和维修的碑记，最早的碑记要数北宋皇祐五年（1053）南康知军郭祥正的《白鹿洞书堂记》。但元代之前的碑记，除见诸文献外，尚未见碑石之记。
崇德祠
（一）明代的重建与维修
明代以来的重建与维修碑记，有屋宇重建维修、桥梁重建维修以及亭台重建维修几种。
1.屋宇重建与维修
明代屋宇重建与维修计11次，有碑记14篇，现存碑7通，遗佚7通。
现存碑7通是：
胡俨：重建白鹿洞书院记（明正统七年）
李龄：重修白鹿洞书院记（明成化二年）
李贤：重修白鹿洞书院记（明成化二年）
李梦阳：白鹿洞书院宗儒祠记（明正德六年）
郑守道：重兴白鹿洞记（明嘉靖二十三年）
熊俸：重修白鹿洞书院记（明万历三年）
张位：白鹿洞重修庙宇记（明万历十九年）
遗佚碑7通是：
彭时：重修白鹿洞书院记（成化三年）
胡居仁：延宾馆记（成化三年）
胡居仁：贯道门由礼门记（成化十五年）
何乔新：重建白鹿洞书院记（弘治十年）
张元桢：重建白鹿洞书院记（弘治十年）
杨廉：白鹿洞书院宗儒祠记（弘治十四年）
王畿：重修白鹿洞书院记（嘉靖四十四年）
明代第一次重建是在明正统三年（1438），南康知府翟溥福重建白鹿洞书院。胡俨为记。这次维修是白鹿洞书院自元至正十一年（1351）毁于兵火87年以后的第一次维修，胡俨记云：“正统元年，东莞翟溥福来守是郡”，“率僚属捐俸，入以为之倡”，“而三邑尚义之士，叶刚、杨振德等闻风而兴。”这次重建了礼圣殿、大成门、贯道门、明伦堂、两斋、仪门、先贤祠以及燕息之所若干间。明正统三年秋七月动工，十二月完工。
明代第二次维修，据当时的南康知府陈敏政在《重修贯道桥记》中提到：天顺戊寅（1458）春，“予因修书院往望”，“自塑先圣四配像于礼殿，李、周、朱三公像于前祠，而书院之观悉复其旧矣。”此次应为小修，无记。
明代第三次维修是明成化二年（1466），这时离正统三年隔了32年，白鹿洞书院“历岁滋久，梁栋朽腐”。成化元年，奉议大夫、江西按察司佥事、前詹事府丞兼史馆李龄督学南康，“谒书院，仰瞻其陋，谋欲修之，适知府中州何浚柢任，与推官沈英、知县周让、义士广廷华等，得谷五万斛，鸠工聚材，命主簿曹升、耆民廖笙、高监、教读唐维祯董其事”。从成化元年八月朔日开工，成化二年二月讫工，既重修了正统重建的屋宇，又增建了二庑、棂星门、贯道桥，并固以墙垣。李龄、李贤有记。
明代第四次重建为明弘治十年（1497），提学佥事苏葵与知府刘定昌重建书院。弘治八年，苏葵由内翰迁按察使佥事以董学政，尝过书院，悯其坠毁，思更新之。告于巡按王元善，谋于按察使陆珩，佥事沈清、沈锐协图起废。宗室上高王闻之，助以白金百两。诸公又钧较美材，乃嘱刘定昌撤其敝腐。这次重建中为文庙，旁为两庑，明伦文会二堂以次居左，各有仪门，文会堂之前为延宾馆，东西斋舍60余间。从弘治十年八月中旬开工，弘治十一年十月七日竣工。何乔新、张元祯有记。碑记均佚。
明代第五次维修为巡按魏槐川、郑守道主其事。魏槐川于嘉靖二十三年五月巡抚白鹿洞，乃命下吏修宗儒祠7间、号舍50余间。嘉靖四十四年王畿有记，碑已佚。
明代第六次维修为万历三年（1575）南康知府××重修书院，熊俸有记，“迩来，洞屋日就圮毁”，贰守王格、通府汪惠、潘龙、节推吴邦、星子县尹应一治等捐资鸠工葺之，并且建立牌坊，名之曰：“兴起斯文，道南宗派。”
明代第七次维修于万历十一年（1583）进行，是小修。潘志伊有记。这次维修应是在张居正毁天下书院，各地书院得到恢复之后进行。潘志伊云：“近因故相建议，‘以天下郡县既有圣庙学宫，而所在复有书院，徒以开倖途，浠虚名，皆令毁革’，以至洞有先圣贤遗像，仅留田三百亩供祭祀。”潘志伊来南康后，这时书院已经恢复活动。“余因议以二县田咸归之洞，以其价还之民，尚得田七百六十亩有奇。入其税以充诸费，稍增其中庸役，专选一郡簿主之，又计前用羡余租，与尚逋于民者并得七十九两有奇，以鸠工庀材，凡栋楹梁桷之腐黑挠折者，盖瓦级砖之破缺者，亦由之漫漶不解者，或易或葺，或整或除，或垩或艧。”“始于万历癸未十二月，至甲申六月七日乃毕。”
明代第八次维修为万历十九年进行，张位有记。记云：“直指陈公之观风江右也。”一日巡行抵白鹿洞，慨然叹曰：“名山胜地，先贤遗风未远，顾舍宇倾圮，庙貌不肃，曷以兴起斯文仲仰之思？由是发援若干金为修葺费。南康田使君乃承陈公之意指，复捐俸佐之。遂新殿堂，改学门，饰宫墙，建贯道桥，创忠节祠，葺士舍及鹿鸣诸亭。”以万历十九年（1591）十二月兴役，二十九年九月落成。
明代第九次维修是万历二十九年（1601）知府余绍重修洞学。无记。
明代第十次维修于万历四十一年（1613）进行，葛寅亮有记。记曰：“紫阳故迹，昕夕睇盻间为栩栩神往者久之，以公事人省，辄纡道逾吴章，直趋五老峰前，小憩白鹿洞。”“独其殿楹学舍皆颓然就圮。周遭危垣败樚，且岌岌不支矣。”“诸文学以请，余敬诺，随约郡守费君，掌洞事刘丞商度资值该几何”，“则尽发锾金之在南康者，不给，费君益捐次佐之。”这次是全面维修，“中左为讲堂，中右为礼圣殿，又左为宗儒堂，右为文会堂。为更题讲堂为讲修堂，左右廊庑号舍尽拓而新之。”“大门西出为文会堂桥与坊，塞上流经撤去，改门从讲修堂出走下流古枕流桥。”“迁先贤祠于左外之东隅，又迁忠节祠于右外之西隅与相配”，“石坊移竖回流山侧”，“讲修堂后为云章阁”，“又陟而上曰喻义亭，前跨涧而峙曰枕流亭，洞东曰独对亭，曰闻泉亭，涧西曰钓台亭，曰朋来亭。”“又别置亭鹿眠处，毁前石鹿。”“经始于万历四十二年仲冬月工将告竣。”此次维修，南康知府费兆元、同知刘汝芳、通判黎衷、推官朱之屏、星子知县王成位、星子县主簿张伟出力最多。
明代第十一次维修时在明崇祯元年（1628）。明天启五年（1625），魏忠贤毁全国书院。崇祯元年，新科进士、鄞县钱启忠请复天下书院，任南康府推官，重修白鹿洞书院，主洞事，刻《程语录》。
2.馆、祠、亭、桥的修建
明代各朝除了对书院全面修建外，还修建了一些单体建筑。现存相关碑记4通。
明成化三年（1467），李龄出资建延宾馆，以接待四方学者。十三年后，胡居仁主洞事，追记其事。记存，无碑。
明弘治四年（1501），江西提学副使邵宝改周朱二先生祠为宗儒祠，南京礼部尚书丰城杨廉为记，嘉靖二年（1523）南康知府张愈严立石，正德六年（1511）江西提学副使李梦阳为邵宝改建之宗儒祠再写记。现二记二碑俱存。
明万历十九年（1591），南康知府田琯建忠节祠，专祀诸葛亮、陶潜。田琯撰《白鹿洞书院忠节祠记》。记存，碑佚。
白鹿洞本无洞，嘉靖九年（1530），南康知府王溱在后山开洞，并作《新辟石洞告后土文》。记存，碑嵌鹿洞壁上。
明成化十五年（1479），白鹿洞书院主讲方文昌于棂星门贯道门之东建由礼门。因贯道门在明伦堂前，师生出入多由此门，由礼门在延宾馆前，宾主揖让则进出在由礼门。胡居仁作《贯道门由礼门记》。记存，无碑。
明弘治十四年（1501），江西提学副使邵宝建独对亭于“风泉云壑”崖上，邵自为记；明嘉靖十四年（1555），星子教谕朱资主洞务，再撰《独对亭记》。现两记俱存，无碑。
明正德六年（1511），江西提学副使李梦阳与知府刘章建六合亭于回流山，李自为记；同年，李梦阳见贯道溪上游边有一大盘石，旁刻有朱熹手书“钓台”二字，乃在其上建“钓台亭”，李自为记；明嘉靖十四年（1555），星子教谕主洞朱资又撰《钓台亭记》。现三记俱存，无碑。
明正德十五年（1520），江西巡按御史唐龙行部南康，与知府张愈崖建大意亭，唐龙为记。记存，无碑。
嘉靖二十九年（1550），江西巡按御史曹汴行部南康，在新凿的白鹿洞上建思贤亭，曹自为记，亭后院墙上嵌“仰止高山，景行先哲”碑刻。记存，无碑。
明嘉靖三十六年（1557），江西提学副使王宗沐行部南康，居白鹿洞书院，建朋来亭，王自为记，现碑记俱存。
明万历二十八年（1600），南康知府叶云礽建太极亭于后屏山，万历三十二年（1604）复撰《太极亭记》。记存，无碑。
明万历十九年（1591），南康知府田琯与洞主布衣章潢重建贯道门与桥，提学佥事朱廷益撰《建贯道门记》。记存，无碑。
明成化四年（1468），李龄鉴于贯道桥为山水冲毁，出资重修。胡居仁于成化十六年主洞，追记此事。记存，无碑。
明天顺二年（1458），南康知府陈敏政重建贯道桥，陈自为记。记存，无碑。
（二）清代的维修与重建
1.清代书院维修与重建
清代的维修和重建计有16次之多。有的有记，有的无记；有的有记有碑，有的有碑无记。
现存维修和重建维修石碑计8通：
熊维典：少司马大中丞蔡公重兴白鹿洞记
蔡士英：重兴白鹿洞书院记
冀霖：重修白鹿洞书院记
靖道谟：参政李公修复白鹿洞书院记
秦承恩：重修白鹿洞书院记
余成教：重修白鹿洞书院记
陈宝琛：重修白鹿洞书院记
程含章：重修白鹿洞书院增添膏火碑记
专记阁、堂、祠、亭、桥有9通：
安世鼎：御书阁碑记
胡淑寅：重修白鹿洞书院文会堂记
张象文：文公朱子专祠碑记
朱雅淳：重建宗儒堂记
李凤翥：鹿洞公建冀公讲堂碑记
干建邦：原泉亭记
杨树基：重修白鹿洞书院枕流石桥碑记
帅方蔚：重修白鹿洞流芳桥记
邱建猷：重筑流芳桥碑记
有记无碑的有8通：
吴炜：重修白鹿洞书院记
伦品卓：重修白鹿洞书院碑记
伦品卓：重修白鹿洞书院记
陈子恭：重建文会堂记
黄云师：鹿洞三先生祠记
钱正振：白鹿书院伦公讲堂碑记
邵延龄：建邵康节祠记
邱建猷：修流芳桥后记
书院维修与重建概况：
清代第一次维修是在顺治四年（1647），少司马大中丞蔡士英重兴白鹿洞书院，熊维典和蔡士英均有记。两碑记俱存。熊记曰：“顷自四部多棘，俎豆缺，闻讲堂草深，将为马厩。”蔡士英来抚江左，檄委重兴。蔡记曰：“追三十余两，并逋租三百八十两，共四百两，重建礼圣殿。”
清代第二次维修于顺治七年（1650）进行，南康知府李长春升迁，临行遗俸前知府聂应井，嘱其重修白鹿洞书院。聂应井与知府徐士仪修白鹿洞书院。李长春作记，无碑。
清代第三次维修为康熙元年（1662）江西总督张朝麟维修。无记无碑。
清代第四次维修为康熙十六年（1677）江西布政使姚启盛、学道邵吴远、知府伦品卓捐俸大修白鹿洞书院。伦自为记，碑无。
清代第五次维修为康熙二十一年（1682）江西巡抚安世鼎、提学道高璜、巡道查培继、知府周灿重修白鹿洞书院。无记。
清代第六次维修为康熙五十一年（1712）江西提学道冀霖重修白鹿洞书院，冀霖作《重修白鹿洞书院记》。记云：“岁庚寅……奉命视学江右……限于辛卯宾兴之期，不及周历。是岁之十月，始补行科试，驰节南康，琐院校士后，即至鹿洞……见其庙貌颓废，榱桷倾圮，至圣先师像仅庇雨……辛卯冬，爰竭俸钱，庀材鸠工……是役也，经始于康熙壬辰，讫于甲午六月望日，凡阅三岁。”有记无碑。
清代第七次维修为康熙五十四年（1715）江西巡抚佟国勷委知县毛德琦协理洞事，毛德琦两次维修书院。无碑无记。
清代第八次维修为清雍正四年（1726）江西巡抚裴祽度、巡抚道刘均、知府张景良重修书院。刘均、张景良各有记，碑佚。
清代第九次维修为乾隆十年（1745）江西参政李根云修葺书院。主洞靖道谟为记。他在记中云：“参政李公持节分巡江右之广、饶、南、九四郡……白鹿洞书院……岁久弊生，田租多为豪民侵隐，祠庙学舍漶漫不治，生徒寥落，公于巡视之余，慨然以兴复为己事……凡栋宇墙屋之朽败者，即以所清田租，饬蛊增新，朴斲丹垩，焕然改观，费几千镪。”碑记俱存。
清代第十次维修为乾隆十三年（1748）南康知府赵立身修建院宇，此次为小修，无记。
清代第十一次维修于嘉庆元年（1804）进行，江西巡抚秦承恩借南昌友教书院余银二千两为白鹿洞书院置田，并重修书院，秦承恩自为记。他在记中提到：“下车后，即面语广饶九南道阿君，议所以兴复者，阿君……随亲率僚倅，诣洞相视，并检一切出入经费，则洞中故有田租亏至七千余两，以臻院长修缮有缺，生徒膏火不给，垣坏栋摧……先移借友教书院赢余二千两，刻日兴工……今已庙貌重修。”现记碑俱存。
清嘉庆二十一年（1816），广饶九南道任兰佑再次重修书院，无记。
清代第十二次维修于道光三年（1823）进行，江西巡抚程含章捐银修全省著名书院，白鹿洞得银八百两。知府狄尚炯以此银重修书院，程含章有记。记云：“先是书院岁久不修，房垣多圮，膏火亦且不敷，道光癸未……乃发银八百两交星子绅士彭凤朝、刘口等大修而新之。”记存碑佚。
道光十年（1830）都昌陈尚忠捐修，道光十三年（1833）都昌吴应祥、吴峻捐修。两次维修均无记。
清代第十三次维修为道光十八年（1838）都昌余泰捐修，余成教为记。现记碑俱存。记云：“道光十七年丁酉春，都昌贡生余泰赴郡送考，见学宫各处损塌，即呈请太守王公，愿独立新修。是岁四月兴工……至十八年八月工竣，费钱二千余缗，旋见白鹿洞书院殿宇楼阁，号舍墙屋，倾圮朽蠹，复呈请太守王公，愿独力新修，于十八年九月朔日兴工……至十九年八月工竣，费钱壹万缗。”
道光年间维修的还有：道光二十二年（1842）安义张兆奎捐修，帅方蔚为记，记已佚。
同年，都昌进士曹履泰倡修书院，道光二十三年都昌陈洋谟捐修书院，均无记。
清代第十四次维修为咸丰七年（1857）主洞潘先珍拨团练费修葺书院，咸丰八年星子郑奠邦捐修书院。两次均无记。
清代第十五次维修为同治五年（1866）署知府黄廷金修葺书院；同治八年（1869）江西巡抚刘坤一拨款，署知府刘清华增修书院。两次维修均无记。
清代第十六次维修为光绪九年（1883）江西学政陈宝琛修葺书院，陈自为记。记云：“鹿洞……虽屡经庀工列舍，多上漏旁风……遂与中丞潘公、方伯边公，酌筹巨款……岁五月……见其规模初具，气象维新。”这是清代最后一次维修。现记碑俱存。
2.清代专修殿、阁、堂、祠的碑记
顺治九年（1652），熊德扬作《白鹿洞书院重修礼圣殿记》，现记存碑佚。
顺治十八年（1661），南康府推官、白鹿洞主朱雅淳重修宗儒堂，朱雅淳作《重建宗儒堂记》。现记碑俱存。
康熙二十八年（1689），江西提学道邵延龄建邵康节祠，祀邵雍，以邵宝、邵锐、邵吴远入配。邵延龄作《邵康节祠记》，记存碑佚。
康熙四十七年（1708），南康知府张象文建朱子祠。张象文作《文公朱子专祠碑记》，现记碑俱存。
康熙四十八年（1709），南康府学教授兼主白鹿洞书院教事熊士伯请求建专祠祀朱熹，祠成，定名“紫阳祠”，祀朱熹及其门人15人。见张象文记。
康熙五十一年（1712），江西提学道冀霖建讲堂，李凤翥作《鹿洞公建冀公讲堂碑记》。现记碑俱存。
乾隆二十八年（1783），江西巡抚明德、学政周煌重修讲堂。无记。
乾隆二十九年（1774），陈子恭任南康知府，三十一年修葺书院，重建文会堂，陈子恭作《重建文会堂记》。记存，无碑。
康熙十六年（1677），江西布政使姚启盛、提学道邵吴远与伦品卓捐俸大新书院，建三先生祠，以邵吴远、邵宝、李梦阳并祀，黄云师作《鹿洞三先生祠记》。建伦公（品卓）讲堂，钱正振作《白鹿书院伦公讲堂记》。有记无碑。
同治九年（1870），南康知府盛元修春风楼。无记。
同治二十五年（1686），专委南康知府周灿修建御书阁。江西巡抚安世鼎作《御书阁碑记》。现记碑俱存。
（三）清代修建亭、桥碑记
根据白鹿洞书院志记载，白鹿洞先后有亭28座，它们是：六合亭、如见亭、自洁亭、百花亭、朋来亭、枕流亭、风泉云壑亭、好我亭、独对亭、闻泉亭、喻义亭、鹿鸣亭、拾亩亭、游息亭、光风霁月亭、风雩亭、观德亭、太极亭、华盖亭、碑亭、太意亭、高美亭、原泉亭、钓台亭、寒泉亭、鹿眠亭、风云亭、陟岵亭。现存亭3座，即思贤台亭、独对亭和丹桂亭。
现存碑一通，即干建邦之《原泉亭记》。
现存记二篇：
顺治九年（1652），桐城进士方以智削发为僧，居庐山。族叔方文入山与以智相会，同游庐山，南康知府徐士仪修陟岵亭，方文作《陟岵亭记》。无碑。
康熙四十二年（1703），白鹿洞书院山长干建邦建原泉亭，自作《原泉亭记》。记碑俱存。
清代修桥计5次，有记4篇、碑3通。
康熙六年（1667），南康府推官巫之峦主洞，修桥及牌坊。无碑记。
道光十一年（1806），都昌人陈尚忠独力捐建枕流桥，南康知府杨树基作《重修白鹿洞书院枕流石桥碑记》。现记碑俱存。
道光二十二年（1842），安义县张星圃独力建流芳桥，京畿道监察御史、白鹿洞书院主讲帅方蔚撰《重修白鹿洞流芳桥记》。现记碑俱存。
道光二十七年（1847），安义张兆奎捐修流芳桥，后被山洪冲毁。道光二十八年（1848），南康知府邱建献致书安义县令杨绎堂、潘容堂，与张星圃商议重建，张欣然答应。桥建成后，邱建献作《重筑流芳桥碑记》。现记碑俱存。
（三）民国时期白鹿洞书院的维修
清光绪二十七年（1901），清政府迫于时势，下令改书院为学堂，白鹿洞书院停办，洞田归南康府中学堂管理，田租为中学堂经费。宣统二年（1910），江西省长戚扬撰《重修白鹿洞书院碑记》。他在记中提到：“自科举停罢，横舍漂零，鞠为茂草。变革后，戎马蹂躏，益荒废不堪……前星子县知县汪知本、齐兆桂暨现任吴品瑀先后申请修复，均报可。而吴知事卒董其成。经始己未四月至八月讫事。共费饼金三千三百有奇。”现碑记俱存。
民国十三年（1924），星子县知事陈富庆撰《重修白鹿洞流芳桥记》。记云：“岁壬戌桥毁于水，前邑侯周听水请款葺之。落成未久，山洪暴发，白石红板又付东流，责于赔修，事未果……余来承令……授命管理员陈彭年饬工修，复旋以桥圮……为请于省准拨款复行，庀工从事于建筑，桥改新式，较旧为坚。”现碑记俱存。
（四）后记
朱熹曾言：刻碑不一定是“留芳千古”，而是使后人见到这些碑有所启迪，屋宇倾塌了再重建、重修，院落荒芜了再清扫开辟。朱熹的意见是正确的。
白鹿洞书院的多次重建与维修，大多有记、有碑，它给我们留下了一份珍贵的历史文化档案。
白鹿洞书院的多次重建与维修，从记及碑记中可以知道有这样几种情况：
1.官倡民助
这是重建和维修主要的经费来源。如明正统年间南康知府翟溥福率僚属捐俸，而三邑义士叶刚、梁冲、杨振德等闻风而兴。万历年间，南康知府“爰稽采议，贰守王格、通府汪蕙、潘龙、节推吴邦，应一治等捐资鸠工葺之”。同期，“直指陈公……一日巡行白鹿洞，顾舍宇顷圮，庙貌不肃由是发锾若千金为修葺费”，南康田使君乃承陈公旨意，复捐俸佐之。
2.清理洞田欠租，维修书院
清顺治十二年（1655），江西巡抚蔡士英曾檄南康郡县清洞田，修堂庑。清乾隆五十年（1785），江西提学道冀霖除“爰竭俸钱，庀材鸠工”外，“又以十三郡学田例所入，今悉以输以充工料之费”。清乾隆十年（1745），翰林院李根云“清理旧所侵蚀田租若干石，凡栋宇墙屋之朽败者，即以所清田租，饬蛊增新，朴斲丹垩，焕然改观，费几千镪”。
3.独力捐建
独力捐建的，仅见道光年间都昌贡生余泰两次重修白鹿洞书院，费款计12000缗。
独力捐修桥梁的还有安义县的张星圃，曾于道光年间两次修建流芳桥。都昌乡绅陈尚忠也曾独资捐建枕流桥。
白鹿洞书院之所以能保存至今，这些先辈的努力功不可没。