康熙二十二年（1683），江西巡抚安世鼎听说白鹿洞书院在江西巡抚蔡士英于顺治年间维修后，现在部分建筑又有毁坏，院内杂草丛生，管理极为混乱，于是又生修葺之志。他令前任江西提督学政按察司佥事高璜，会同布政使张所志，按察使孙兰，分巡饶、九、南道使李培继，商讨维修白鹿洞书院事宜。由南康知府周灿负责招募工匠、筹措材料。维修过程中，重建的重建，修补的修补，对礼圣殿、师长的住所，生徒居住的号舍，日常生活所需用房，需要维修的亭、台、楼、阁、桥梁，都适当地进行了维修。修毕，安世鼎延请南丰县的绅士、著名儒学导师汤来贺主持洞事，开堂讲课，四方来读书的士子以千百计，白鹿洞书院再现欣欣向荣的景象。在维修白鹿洞书院的同时，安世鼎向康熙皇帝请求御赐《十三经》《二十一史》。康熙皇帝都一一照准，并将御书驿送至白鹿洞书院。在接到御书后，南康知府周灿即向安世鼎请求建御书阁收藏，并请安世鼎为御书阁题写匾额。他在呈安世鼎文中说：“鹿洞重兴，蒙宪台特疏题请御书阁匾额，斯真千古旷典。伫见龙章凤篆，遥分北极之光，玉笈瑶编长作西江之宝矣。”“俟题额一到，即如式装刻，听候悬挂。”“至御书一项，非寻常经书可比，兹查鹿洞内尚有隙地一区，拟起建御书阁一座。”阁内置御书橱，再盖上黄龙锦帐，在前面设供几和香烛。“俟御额一到，听候安置。以昭臣子敬慎之忱。”他向安世鼎请求：“新工所需浩繁，卑府一面挪措支给；仰祈宪监，准将二十三年拖欠银两追究抵补，俟工竣一并造册具报。”希望安世鼎同意其筹钱建阁的想法。周灿还将施工图纸奉上。共同完成此一任务的还有江西提督学政按察司佥事何棅、督理驿监道佥事王克善、分巡赣南道佥事丁炜、南康府同知陈琅、通判宁立隆、星子县知事赵世福。具体负责此次任务的有南康府经历刘从恩、照磨胡发。建筑御书阁仅费时两个月即告完工。安世鼎为此感慨地说：“臣窃惟自古帝王凡发一令，行一事，非但立法制于一时，亦以垂显庸于后世。我皇上以濬哲之德建中和之极，君道与师道并著，治统偕道统以同昭。”安世鼎认为：“今书院之兴虽在一方，传之史册，千百世而后，颂皇上之圣神文武者，兹亦其一端也。”他认为一定要有一“记”详记此事，因此他手书《御书阁碑记》，详述其事。他并为建御书阁作铭，以歌颂此举的重要意义。铭曰：
两仪憻化，五精递运。海润日辉，帝乃出震。
圣祉神宗，功高德峻。重熙景治，皇阁丕振。
爰及我后，惟睿作圣。既奏武功，亦敷文命。
一人作则，万方以正。唐哉皇哉，于斯为盛。
微臣持节，滥厕江浔。仰承圣化，逖稽儒林。
白鹿呦呦，洞开山岑。功成人告，悚惧弥深。
帝曰俞哉，惟尔所请。乃命礼臣，并咨秘有。
宝篆焜煌，琅亟彪炳。遥望五云，光亟万景。
相地诹时，飞阁杰构。五老倚檐，两湖环甃。
朝日出林，晚烟迷岫。名山胜迹，大江之右。
临川彩笔，丰城宝剑。天章所被，景物争焕。
宾客书屋，知军讲院。九叠屏风，另开生面。
群工锵锵，子姓翼翼。欣逢盛典，旷代无二。
春干秋羽，礼明乐备。多士思皇，名教乐地。
尧曰文思，舜曰文明。帝德光华，异代齐声。
矗贔矗贔，万古鸿名。匡山并峙，蠡水同清。
铭文歌颂康熙帝英明伟大，歌颂白鹿洞书院人才辈出，同时也歌颂御书阁“皇阁丕振”，华丽辉煌。
现在的御书阁在书院明伦堂之前、礼圣门之东。御书阁始建于南宋。淳熙八年（1181），南康知军朱熹奏请宋高宗御赐《九经注疏》《论语》《孟子》等书，建圣经阁（又名圣旨楼）以藏御书，后毁，遗址方位不详。现阁为清康熙年间所建。御书阁为木构建筑，二层，平面近方形，南北每边可见四柱，东西每边可见五柱，阁中四柱，阁内东边有木质楼梯上登。周环走廊。二层中有“御书阁”竖额。歇山项，翘角挂铎，鸱尾饰脊，正脊中有宝珠顶。朱栏画栋，斗拱交错，庄严雄伟，气势磅礴。阁南北各有木门六扇，门上方为窗棂格，下为方框门板。楼上向南有门，四面皆为通风窗，窗为棂格，斗拱为卷云托钵。阁外柱联：“泉清堪洗砚，山秀可藏书。”阁前有一院落，乃青砖铺地，东西花坛中载有二株参天桂花树。御书阁既然为康熙年间所建，那么这样大的桂花树也应为康熙年间所植，距今有三百余年的历史。秋天桂花飘香，满院香气浓馥。
1927年大革命失败后，刘少奇同志曾由武汉到达庐山白鹿洞书院，从事革命活动，就住在御书阁二楼。1959年8月，刘少奇再次来到白鹿洞书院，旧地重游，非常高兴。据当时陪同前来的原九江专员朱冰回忆：“8月19日上午，我接到通知，御书阁到庐山脚下威家公路旁迎候少奇主席，会车后，一同沿公路南行。当时进书院没有公路，要从九星公路的瓷土矿下车走三四里才能到达书院。少奇主席走得满头大汗还坚持走，他顺着羊肠小道，戴着草帽。进院时大家都走得很疲倦，到达御书阁他一眼就看出了这是他曾经住过的老房子。他风趣地说：‘我到庐山山顶时，汪精卫也上庐山，我又到了白鹿洞，但汪精卫也来到了白鹿洞。和汪精卫捉起了迷藏，但幸好双方都没有见面，平安无事。’”