考取了进士的魏源，没有同其他进士一样进入翰林院，积学养望，以期在京城发展。
当时掌握朝中大权、炙手可热的武英殿大学士穆彰阿，是魏源此次参加会试的主考官。据后人记载，穆彰阿想招揽这位新进士、老名人魏源为自己的门下，还屈尊到魏源的住处会晤过魏源。此时，鸦片战争已过去了近五年，魏源当然深知穆彰阿在战争中的妥协求和的态度，故而对座师敬而远之，穆彰阿亦无可如何。这个传说是否可信，无准确的记录以供证实。但从魏源的刚直性格以及他在抗英斗争中爱憎分明的立场推断，也许是可信的。从同科进士、直隶任邱人边浴礼的下述《送魏默深源出都》诗中，也可以探到一点信息。诗云：
浮沉郎署君不屑，登陟玉堂君不为。
高名耻受达官荐，硕学翻贻俗子讥。
人间科第久无意，不幸误中张良椎。
罹罦野雉炫文采，难禁鸿鹄冲天飞。
一荣一枯若朝菌，于君何加又何损？
“浮沉郎署君不屑”，“高名耻受达官荐”，正是魏源人格的真实写照。边浴礼高度赞扬道：“生平着述高等身，此行名实且相宾。”新进士魏源终于没有留在京城，而“以知州用，分发江苏”。他的挚友邓显鹤深为魏源没有留在翰林院惋惜，魏源却不以为然，回信说：“至以不入史馆为源歉，则非源志也。今日史官日以蝇头小楷、俳体八韵为报国华国之极事，源厕其间，何以为情？不若民社一隅之差为近实耳。”魏源怀着“为斯民养元气”，实实在在干点实事的打算，去当他平生第一次当的官吏。
道光二十五年（1845）冬天，魏源因为“补缺无期，委署尚易”，只好降格以求，当上了扬州府东台县的代理县令。
廷银库更加空虚，于是进一步加大了对农民、农村的盘剥，税额越加越大。清制，县一级是收税的基本单位。前任东台县令葛起元因强逼民众交税，激起民众“聚哗，挟长短，几成大狱”。魏源上任后，同样对抗税者采取镇压的办法，“擒二十馀人，置诸狱，众窜散”。虽然民变被压抑了，但税款仍交缴不齐。嘉庆、道光年间，朝廷规定，上缴不齐的赋税，责令县令本人补偿。魏源在东台县任上，正碰上这等倒霉事，“赔垫四千金”，以致家庭经济更加困窘。道光二十六年八月二十日，他致信胡林翼，诉苦道：“弟半载东台，只因漕务受前任之累，赔垫四千金。现在交代尚未算值，清查发令之初，未知如何出脱。其尤急者，全家数十口，指日悬罄，而先榇至今留滞东台，未能奉移，其窘为生平所未尝。”故他请托胡林翼为其族兄魏显达找一个教书的馆职。
这位经过三十多年苦苦磨炼才担任了半年县令的魏源，到头来，获得的是一身债务。
道光二十六年（1846）夏天，魏源因母亲去世，离任守制。
守制三年之后，道光二十九年（1849）六月，魏源又奉命担任了扬州府兴化县代理县令，在这里干了一年多。到任之时，正值连旬大雨，河湖猛涨。河道总督杨以增因堤坝不牢固，怕溃堤致罪，准备打开闸门泄水。兴化县地势低洼，正在洪泽湖和高邮湖的下游。
抽穗扬花的稻子，将被淹没，颗粒难收。先年，也是因为淮扬水淹，民众饥荒。故此时民众喧嚣，抗拒开闸。魏源顺循民情，哀求杨以增，愿以身贷，但杨以增不许。魏源乃以“初生之犊”的勇气，超越几级，直奔总督衙门，击鼓求援。总督陆建瀛应魏源的请交，至兴化查勘，了解了实情，这才没有开闸。此时，高邮湖水位猛增，湖南面的中兴、南尊等五坝，时有决堤的危险，魏源亲自上堤指挥，各地民工也增至十来万人。几天后，风雨渐停，险情减轻。而五十六岁的魏源已双目“赤肿如桃”。陆建瀛赞叹道：“精诚所至，金石为开，岂不信然！”过了半个多月，兴化开镰收割，普遍丰收，这时才开闸泄洪。民众称这季稻谷为“魏公稻”。咸丰《兴化县志》说：“七州县人民颂魏者，谓有拯饥拯弱之功。”《兴化县续志》称颂道：魏源“牛刀初试，砥柱中流。淮扬保障，千载寡俦”。这些，虽不免夸张其辞，但魏源确实为兴化百姓做了件好事。后来，魏源又奉命培筑运河西堤，变水害为水利。
道光三十年（1850），魏源被调任淮北海州分司运判。
离开兴化县城时，兴化士民纷纷撰联赠诗，还集资倡建魏源生祠。——这些，是当时表达民意的方式。
魏源于咸丰元年（1851）才正式当了知州，地点在高邮州。第二年二月二十三日，太平军林凤翔部攻克扬州，前锋以上引文见魏耆《邵阳魏府君事略》，《清史稿·文苑传·魏源传》记此事云：“二十八年大水，河帅将启闸。源力争不能得，则亲击鼓制府，总督陆建瀛驰勘，得免。士民德之。”
到达台伯埭，距高邮城仅四十多里，“溃逃官军，沿途焚掠”。魏源乃“于沿河城外，率更卒擒百馀人，逃兵不敢入境，民心少安”。魏源又“札谕煦等[指举人戴煦等]督率铺局，昼夜巡防，严缉流匪。二月二十五日巳刻，拿获强抢‘侉匪’四十馀名，检其身有暗系红巾者，有私藏赃物者。源奉制军[指两江总督怡良]‘格杀勿论’之令，尽杀之”。又因“闻风迁徙者甚众，城内居民不满千数”，魏源乃听取“文生董桂馨、赵泽生等陈条事宜，首发仓廪以赈贫穷”。魏源为保境安民，够尽心费力了。
但是，在勾心斗角的官场中，魏源的这点点“好心”，却没有得到同情与赞赏。相反，第二年（道光三年）三月，被人参了一本，因而朝廷以“魏源于江南文报并不绕道递送，屡将急递退回，以致南北信息不通，实属玩视军务”为由，革了魏源的职。
当时，高邮以北地方并未被太平军占领，所谓“于江南文报并不绕道递送”的罪名，实属“莫须有”。那么，被革职的真实原因是什么？姚舆说：“孰意刺史整顿地方而获罪于统兵大员，借驿传事革职。”整顿什么地方的政务？得罪哪位统兵大员？说得比较模糊。魏耆则说得比较具体：“道光二十九年之启坝也，廉访某公为淮扬兵备道，实主其议。府君尼之，大相忤。时奉命督江北防剿，遂以迟误驿魏耆：《邵阳魏府君事略》，《清文宗实录》卷八十八。姚舆：《魏刺史高邮事记》，《姚正甫集》卷七。报，劾罢职。”原来，参魏源一本的，正是因开闸泄洪一事而与魏源争执的杨以增。不过，杨以增当年不是廉访（对按察使的尊称），而是江南河道总督。杨以增与魏源既有旧怨，而魏源“整顿地方”，在高邮杀的那些犯有抢劫罪的逃兵，又正是杨以增的部下。杨以增有此旧仇新恨，魏源的被参，似乎便成为必然的了。
被革职后的魏源，奉旨调至署安徽巡抚周天爵军营，听候差遣委任。过了七八个月，即咸丰三年十一月，魏源忽又以“莫须有”的“功绩”，即“剿办安徽颖州府捻匪出力”，被恢复了知州。
此时，魏源已满了六十周岁，自认“遭遇坎坷”，恰视他为“国士”的周天爵于当年九月去世，魏源已图报无门，因而以“世乱多故，无心仕宦”为由，“辞归”。从此，他昄依佛门。
魏源从五十二岁当上了代理县令，到六十岁辞职回家，计约为官八年。其中，守制三年，后又被革职，两度离职，实际在低级的州县官位上不过五年。他的仕途实在短暂，太难有作为了。