种子与现行的因果关系具体说来又有三种情况：一是种子生现行，种子是因，现行为果；二是现行生种子，现行为因，种子为果；三是种子生种子，种子“自类相生”，前种为因，后种为果。法相唯识宗的转依说特别强调种子和现行的这种相互作用，认为种种修行的目的，就是促使阿赖耶识中的无漏种子逐渐增长，有漏种子逐渐减弱乃至断灭。当有漏种子完全断灭而不再发生作用，无漏种子充分增长而得以显现之后，八识就会转成四智：转前五识成“成所作智”，转第六识成“妙观察智”，转第七识成“平等性智”，转第八识成“大圆镜智”。这样，转生死为涅盘、转烦恼为菩提的“转依”也就得到了实现。
法相唯识宗认为，只有把对真如（“是法真理”）的“迷”（识）转为对真如的“悟”（智），才能转阿赖耶识中的染分为净分，反之，也只有转阿赖耶识中的染分为净分，才能实现由迷到悟的转变。这样，法相唯识宗的转依实际上就有由染到净和由迷到悟这互为条件的两种转依。染净依归于心识，迷悟依归于真如（理），心和理就不完全是一回事，这与当时天台、华严和禅宗普遍把心和真如视为不二的观点有很大的差异，对当时及以后的佛学乃至宋明理学都发生了一定的影响。
第三节 五重唯识观与五种姓说
五重唯识观，就是法相唯识宗为确立世界万法“唯识所变”而提出的对万法唯识之理的五个层次的观想方法，谓通过这五重观法即能认识“唯识性”，达到“转依”的目标。“五重唯识观”又作“五重唯识”，以诸法皆由观识转变而来，持此观法，可将唯识体之浅深粗细次第分为五重故。窥基在《大乘法苑义林章》卷一中对从宽至狭、从浅至深、从粗至细的五重唯识观作了具体的说明：
第一“遣虚存实识”，谓遣除“遍计所执性”的虚妄幻象，只存留观取“依他起性”和“圆成实性”的真实事理；第二“舍滥留纯识”，谓事理皆不离内识，内识有境（相分）有心（见分、自证分、证自证分），进一步舍离与外境（妄境）相滥涉的内境（相分），只存留观取后三分之纯识，“一切唯有识，无余”；第三“摄末归本识”，谓内识的相分和见分皆依“识体”而起，识体为“本”，相、见二分为“末”，摄相、见二分之末归于识体之本，唯观识体；第四“隐劣显胜识”，谓识体“心王”起时必有“心所”随起，心王与心所虽皆有变现事物的能力，但有“胜”、“劣”之殊，心王胜于心所，心所劣于心王，故“隐劣不彰，唯显胜法”；第五“遣相证性识”，这是说，心王虽胜，然有事相（依他起性）和性体（圆成实性），应舍遣“依他起”的事相而体证“圆成实”的真如；此为唯识观之究竟，如此观才能真正认识唯识的意义，亦即“唯识性”。
上述五重观法，第一重为虚实相对之观法，第二重为心境相对之观法，第三重为体用相对之观法，第四重为心王心所相对之观法，第五重为事理相对之观法。五重之中，前四重为舍遣遍计所执性而存归于依他起性的观法，故称“相唯识”；第五重为舍遣依他起性而证得圆成实性的观法，故称“性唯识”。不管是“相唯识”还是“性唯识”，都是围绕“唯识无境”而展开的，都是为了达到对“唯识”之理的体证。
五种姓说则是瑜伽行派和法相唯识宗根据唯识的理论而提出的一个独特的观点。五种姓，亦作“五种性”，或称“五乘种姓”，意谓一切众生先天具有的本性有五种，由阿赖耶识中清净的无漏种子和染污的有漏种子所决定，不可改变。此说是瑜伽行派的一个重要观点，为法相唯识宗所继承并坚持。
根据《楞伽经》和《解深密经》等，五种姓的内容为：第一，“声闻种姓”，谓此种姓听闻佛陀声教而得悟道，修行的最高果位为“阿罗汉”。第二，“缘觉种姓”，谓此种姓能“自觉不从他闻”，即能自己通过观察思维“十二因缘”等佛说教理而悟道，修行的最高果位为“缘觉”（音译作“辟支佛”）；以上两种合称小乘“二乘”。第三，“菩萨种姓”，谓此种姓修持大乘六度，求无上菩提，利益众生，将于未来成就佛果；以上三种，统称“三乘”，由于这三乘一定会相应达到阿罗汉、辟支佛、菩萨（或佛）的果位，故又分别称为“声闻定姓”（定性声闻）、“缘觉定姓”（定性缘觉）和“菩萨定姓”（定性菩萨）。第四，“不定种姓”，谓此种姓具有“三乘”本有种子，遇缘熏习，修行究竟会达到什么果位，还不一定，故又称“三乘不定姓”。第五，“无种姓”，谓此种姓无善根种子，将永远沉沦生死苦海，虽然可以修生为人或转生天界，但永远不能达到佛教解脱。
五种姓的思想来源很早，在《般若经》里就已经提到三乘性和不定性，但此说后来成为瑜伽行派所特有的主张。这种说法把一部分众生（无种姓）排斥在成佛的可能性之外，认为这部分众生的阿赖耶识中不存在无漏种子，因而永远不能解脱成佛，这与在中国占主导地位的“一切众生悉有佛性，皆得成佛”的说法不合，因而不受欢迎。据说法相唯识宗的创始人玄奘印度求法，曾想回国以后对此说加以修正，但遭到其师戒贤的反对。因此，玄奘回国以后仍然坚持印度旧说，把五种姓说作为法相唯识宗的根本教义之一。
一般认为，这也是法相唯识宗在中土盛极一时而很快就衰落的重要原因之一。
第四节 五位百法与因明学说
法相唯识宗之所以得名的重要原因之一是它对“法相”的细致分析，这在其“五位百法”的理论中得到了最充分的体现。而重视因明也是法相唯识宗的重要特点之一。
１．五位百法
关于“五位百法”，《大乘百法明门论》中说：“一者心法，二者心所有法，三者色法，四者心不相应行法，五者无为法。”五位百法是法相唯识宗对宇宙万有的分类，目的是为了通过分析这“五位百法”而论证“万法唯识”，从而为宗教解脱铺平道路。“五位百法”包括心法八种、心所有法五十一种、色法十一种、不相应行法二十四种和无为法六种等五大类。下面逐一作些简单介绍。
（１）心识八种：即眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识、阿赖耶识等“八识”。法相唯识宗认为“八识”各有识体，故列“心法”为八，意为精神作用的主体。相对于“心所有法”而言，“八识”之识体自身又名“心王”，谓为心所有法之所依。由于“一切法中，心法最胜”，“由此心故，或着生死，或证涅盘”，故列于首位。
（２）心所有法五十一种：心所有法又名“心所”、“心数”、“心所法”等，指相应于“心王”而起的心理活动和精神现象，为“心”所有，故名。其义有三：一恒依心起，二与心相应，三系属于心。由于此法与心相应而生起，“心起则起，心无则无，如王左右，不离于王”，故列于心法之后。法相唯识宗把五十一种心所有法分为六类：第一，遍行五种：触、受、思、想、作意，此为任何认识发生时都会生起的心理活动，带有普遍性，故名“遍行”。第二，别境五种：欲、胜解、念、定、慧，此与遍行相对，为由特殊的境界所引起的心理活动，故名“别境”。
第三，善十一种：信、惭、愧、无贪、无瞋、无痴、精进、轻安、不放逸、行舍、不害，此皆属“善”的心理活动。第四，烦恼六种：贪、瞋、痴、慢、疑、恶见，此六种烦恼为一切烦恼的根本，故又称“根本烦恼”或“本惑”。第五，随烦恼二十种：忿、恨、覆、恼、嫉、悭、诳、谄、害、瞋、无惭、无愧、掉举、昏沉、不信、懈怠、放逸、失念、散乱、不正知，此二十种烦恼为随从根本烦恼而起，由根本烦恼所派生，故名“随烦恼”，又称“随惑”。第六，不定四种：悔、睡眠、寻、伺，此类法的共同特点是善恶不定，故称“不定”。
（３）色法十一种：色法，意谓有质碍或变碍之物，略相当于物质现象。法相唯识宗认为“色法”不能独立生起，是“心法”和“心所有法”的变现，故排在“心法”和“心所有法”之后。《大乘百法明门论疏》卷上说：“此色法不能别起，依心及所数之所变生，是彼二法所现影故，是故第三名其色法。”于此可见，法相唯识宗将色法排在心法之后，同样体现了其“万法唯识（心）”的基本主张。
十一种“色法”分为三类：第一类是“五根”，即眼根、耳根、鼻根、舌根和身根；第二类是“五尘”，即色、声、香、味、触；第三类是“法处所摄色”，这是第六意识所缘的“色法”，详说又可分为五种：一极略色，二极迥色，三受所引色，四遍计所起色，五定所生自在色。
（４）不相应行法二十四种：不相应行法，也称“心不相应行法”，或略称“不相应法”。
不相应，即不相似，意指既不属于“色”、也不属于“心”的有生灭变化的现象；此法为五蕴（色、受、想、行、识）中“行蕴”所摄，故名“行”。《俱舍论》卷四中说：“如是诸法，心不相应，非色等性，行蕴所摄，是故名心不相应行。”由于此法“无别有体”，借助于心法、心所有法、色法“假施设有”，故位列第四。二十四种不相应行法的内容为：得、异生性、众同分、命根、无想定、灭尽定、无想果、名身、句身、文身、生、老、住、无常、流转、定异、相应、势速、次第、方、时、数、和合、不和合。
（５）无为法六种：无为法，意谓非因缘和合而成、无生灭变化、无因果联系的绝对存在。由于此法“是前四位真实之性”，又借前四位法“断染成净”才能显示，故位列于第五。《大乘百法明门论疏》中说：“无为之法相难了知。若不约法以明，何能显示？故能依色、心、心所有法、不相应行四法之上，显示无为，是故第五明无为法。”法相唯识宗提出的六种无为法是：虚空无为、择灭无为、非择灭无为、不动无为、想受灭无为、真如无为。
法相唯识宗的“五位百法”是在改造小乘佛教说一切有部《俱舍论》“五位七十五法”的基础上建立起来的，它进一步完成了佛教的名相分析系统，并突出了对“万法唯识”的强调，从而为“唯识转依”的宗教解脱论奠定了理论基础。
２．因明学说
因明是通过宗、因、喻所组成的三支作法进行推理证明的学问。三支作法中“因”最为重要，故称“因明”。因，指原因、根据、理由；明，含有知识、智慧、学术等意义。因明起源于古印度正统婆罗门哲学派别关于祭祀的辩论，其中正理派曾以此作为他们学说的中心。大乘佛教中观学派的龙树全盘否定正理派的逻辑学说，瑜伽行派出于辩论的需要而逐渐吸取并发展了古因明，使之成为驳斥外道、宣传教义的重要工具。重视因明成为法相唯识宗所直接继承的后期瑜伽行派思想学说的重要特点之一。法相唯识宗的创始人玄奘在印度求法期间和回国以后都对因明的发展作出了重要的贡献。他的弟子窥基对因明学也多有发挥。据说玄奘曾把因明单独“秘密传授”给窥基，反映了对因明的重视程度。
玄奘临回国前在印度戒日王所主持的曲女城“无遮大会”上曾立了一个着名的“真唯识量”，以论证万法唯识：“真故极成色，不离于眼识——宗；自许初三摄，眼所不摄故——因；犹如眼识——喻。”这是一个完整的因明论证式。宗，是命题；因，是论据；喻，是类比。“初三”是指“十八界”六个组合中的第一组，即眼根界、色尘界和眼识界。这个三段论式的意思是：色尘并不能离开眼识而存在；理由是，佛教各派都承认色尘是“初三”之一，包括在“初三”之中，但不包括在眼根中，它是眼识以眼根为所依而变现的“相分”；就好比眼识不离眼识一样。由于这个论证式很好地运用了因明的格式和规则，逻辑地论证了境色不离识、能缘与所缘乃是同一识体上的“相分”与“见分”的关系，在唯识学者看来，它是成立唯识理论颠扑不破的“比量”，因而被称为“真唯识量”。“真唯识量”集中体现了法相唯识宗运用因明学来论证“万法唯识”的特点，据说玄奘当年立此论，“时人无敢对扬者”。
玄奘回国以后，除了翻译因明的主要着作外，还对因明辩论、立规原则、论证性质等作了精细的分析和发挥，深化了因明立量的方法。玄奘传入的因明，经他和他的弟子窥基等人的阐扬而形成了许多区别于印度旧说的新特点。法相唯识宗应用因明而使他们本宗的学说得到了更好的宣扬，但因明的方法对当时一般思想界来说影响并不是很大。
法相唯识宗是直接继承印度瑜伽行派的理论学说，并完全严守其经典教义的一个宗派，因此，法相唯识宗也是中国宗派佛学中最为注重名相分析和理论思辨的宗派。由于它的理论比较繁琐，同时又固守“五种性说”等不适合中国国情的教义，因此，它虽然曾在帝王的支持下盛极一时，但还是很快就衰微了。直至近现代在特定的社会历史和文化背景下才得到了一定意义上的复兴。