两晋时，随着魏晋玄学的盛行，佛教般若学也依附于玄学而得以大兴。这个时期，在佛经继续译出的同时，开始出现了一批从事佛教理论研究的中国佛教学者。特别是朱士行西行求法，送回的般若大品被译为《放光》，一时大行中土，人们纷纷倾心于对般若思想的研究，并在玄学的影响下逐渐形成了佛教般若学派“六家七宗”，玄佛合流蔚为时代思潮。由于玄学本身是儒、道兼综，因而两晋的玄佛合流实际上也就有了佛教与儒道融合的意义。东晋名僧慧远“博综《六经》，尤善《老庄》”（《高僧传·慧远传》），僧肇自幼“历观经史，备尽坟籍”、“每以庄老为心要”（《高僧传·僧肇传》），他们对传统文化的熟悉为融合儒道，推进佛教的中国化奠定了思想基础。
外来佛教传入中国后，一方面十分注意依附迎合中国传统的思想文化，另一方面也在努力调和与儒、道思想矛盾的同时，不断地援儒、道入佛，并极力论证佛教与儒、道在根本上的一致性，积极倡导三教一致论。就现有资料看，最迟在三国时，社会上已出现了儒佛道三教一致论，而这最早就是由佛教徒提出来的，这在成书于东汉末或三国时的牟子《理惑论》中有清楚的记载。该论针对当时社会上大多数人对外来佛教所表示的怀疑与反对，站在佛教的立场上广泛引证老子、孔子等人的话来为佛教辩护，论证佛教与传统儒、道并无二致。牟子认为，佛陀其实与中国的三皇五帝，道家的“至人”、“真人”并没有什么根本的不同；而佛教教义，与老子道家一样，也是引导人们去追求无为的。在牟子看来，佛道与老子自然之道及儒家的五常之道虽然在形式上有所不同，但它们最终所起的社会作用却是相同的，因而佛教与儒、道一样，其存在和发展也是合理的、必要的。至于佛教倡导的出家修行的生活与儒、道在形式上的不同，牟子的回答是“苟有大德，不拘于小”，出家人的生活表面上不敬其亲，有违仁孝，实际上，一旦成就佛道，“父母兄弟皆得度世”，却是最大的孝，因此，佛教的出家修行生活从根本上说并不违礼背德。牟子《理惑论》的三教一致论，主要在于说明三家学说的社会作用相同，都有助于王道教化，目的是求得统治者和民众的容受及支持，以便更好地在中土扎根和传播，这在客观上促进了佛教在中国的进一步发展。
值得注意的是，牟子《理惑论》在极力倡导佛、道、儒一致的同时，却引用了《老子》道家之说对原始道教和神仙之术进行了批判，认为“神仙之书，听之则洋洋盈耳，求其效，犹握风而捕影……老子着五千之文，无辟谷之事”。这一方面表明随着佛教在中土的传播，人们已逐渐能将佛教与神仙方术区别开来，透露出了佛教在汉末三国时已开始逐步摆脱黄老方术而趋向魏晋玄佛合流的信息，另一方面，这也反映了佛教与道教从一开始就存在着矛盾，这种矛盾最初被双方互相利用的需求所掩盖，但随着双方势力的增强就会日益显现出来，《理惑论》对道教的批判，可说是拉开了此后长期的佛道二教之争的序幕。
随着佛教在三国两晋时期的逐渐兴盛，佛道之间的矛盾日益明朗化。
西晋道士王浮作《老子化胡经》，扬道抑佛，引起了佛道之间长期的争论，反映了西晋以后佛道势力的消长变化以及佛道关系发展的新动向，表明趋于独立的佛教不再甘于传统文化的附庸地位，不能再忍受“老子化胡”的说法，屈居道教之下。佛道之争也从反面促进了佛教中国化的进一步发展。
三、南北朝时期
南北朝时期是佛教与儒道关系全面展开，也是佛教在三教关系中进一步发展的时期。随着佛教的日趋兴盛，佛道儒三教之争，特别是佛道之争也在这个时期突出了出来，“三武一宗”灭佛事件有两次出现在这一时期，而这两次灭佛事件都与佛道之争有密切的关系。
南北朝时期，由于南北社会政治和文化背景的不同，南北佛教也形成了不同的特点和学风，佛教与王权以及佛教与儒、道的关系在南方和北方的情况也有所不同。南方帝王崇佛，一般对儒、道仍加以利用，儒佛道三教皆有助于王化的思想在南朝基本上占主导地位。即使出于现实政治的需要，帝王对过分发展的佛教采取某些限制措施，其手段一般也比较温和，儒、道对佛教的批评攻击虽然有时很激烈，但也仅停留在理论的论争上。正因为如此，南方才有夷夏之辨、佛法与名教之辨以及神灭与神不灭等理论上的大论战，也才会有释慧远为“沙门不敬王者”所作的辩解。在北方的情况却不太一样。北朝的君权更为集中，因此，在北朝出现了帝王利用政治力量灭佛的流血事件，佛教与儒、道之间的争论，特别是佛道之争，也与南方的理论争论不同，往往更多地借助于帝王的势力来打击对方。正因为如此，所以在北方非但没有出现沙门该不该礼敬王者的争论，反而出现了拜天子即为礼佛的说法。南北佛教对帝王的不同态度从一个侧面反映了佛教的发展及其特点的形成受社会历史条件的影响。
关于这一时期的佛教与儒、道之间的关系，特别是佛教与儒、道的争论，《弘明集》为我们保留了大量的资料。《弘明集》是僧佑站在佛教立场上，面对儒、道两教对佛教的攻击，为“护持正法”、驳斥异教而编集的。《弘明集》不仅搜集了大量颂佛护教之文，而且也保留了大量的反佛史料，为我们全面了解南北朝时期佛教在三教关系中的发展提供了极大的方便。
从历史上看，自牟子《理惑论》提出最早的三教一致论以来，三教一致的观点在三教关系论中一直占有重要的地位，为佛教在中土的发展提供了良好的氛围。两晋南北朝时期，名士、佛徒和道士，都从不同的角度提出了三教一致、三教融合的思想。晋宋之际的隐士宗炳在所着的《明佛论》中提出，“孔、老、如来，虽三训殊路，而习善共辙也”，从社会教化的角度提出了三教一致论。南齐时的道教信徒张融主张三教并重，并在其所着的《门律》中认为佛与道“殊时故不同其风，异世故不一其义”，两者的不同只是由于不同社会环境造成的表面的差异，因而不应相互攻击。梁武帝则以皇帝的身份提出了“三教同源”说，认为老子、周公和孔子等，都是如来的弟子，儒道两教来源于佛教。梁武帝还写下了不少融合三教思想的文字，这对佛教与儒、道的进一步融合发生了一定的影响。肯定三教社会教化作用和根本理致的相同是当时比较普遍的一种思潮，佛教正是在这样的背景下，得到了迅速发展。相比较而言，由于儒家学说是中国封建社会制度的思想支柱，因此，佛教对儒佛关系更为关注，特别强调“儒佛一家”之说。例如东晋名僧释慧远在《沙门不敬王者论》中曾反复论证“道法之与名教，如来之与尧孔，发致虽殊，潜相影响，出处诚异，终期则同”。
调和儒佛关系成为佛教中国化的重要途径。
在佛教与儒、道相调和的同时，佛教与儒、道的冲突和争论也一直没有间断过。从总体上看，儒佛道三教之间始终有这样一种基本格局：儒家在吸取佛教思想的同时常以佛教不合传统礼教等为由，激烈地排斥佛教，而佛教对儒家却总是以妥协调和为主；佛道之间虽然互相吸收利用，特别是道教模仿佛教的地方甚多，从宗教理论到修持方式，乃至宗教仪礼规范等，都从佛教那里吸收了不少东西，但佛道之间的斗争却一直很激烈。
佛教早在初传之时就遭到了儒家的批评与反对。魏晋南北朝时期，随着佛教的广泛传播和势力日盛，儒家更从社会经济、王道政治、伦理纲常等多方面来排斥佛教。在理论上，儒家则展开了对佛教神不灭论与因果报应论的批判。面对儒家的种种攻击，佛教徒或者通过把佛教的“五戒”与儒家的“五常”相比配等来说明儒佛一致，或者在佛教的思想体系中加入忠孝仁义等儒家的内容以调和儒佛的分歧，而更多的则是以社会教化作用的相同来强调儒佛的互为补充，可以并行不悖。南朝时期还有不少佛教徒借助于王权来反击神灭论以维护佛教的理论。随着佛教在中土地位的加强和势力的日增，佛教徒在调和儒佛的同时，也出现了一些抬高佛教、贬低儒家的倾向，例如梁武帝就认为儒家“止是世间之善”，只有佛教才能“革凡成圣”；北周释道安则在《二教论》中强调了佛儒的内外精粗之别，认为佛教是内，是精，儒道是外，是粗，两者不可同日而语，佛教优于儒道。这些都表明了佛教在三教关系中发展的一种新态势。
在南北朝时的三教之争中，尤以佛道之争最为激烈。佛教与道教，既有理论上的分歧，例如佛教讲“无我”、“无生”，道教讲“真我”、“无死”，佛教讲“因缘而有”，道教讲“自然之化”，等等，更有政治上和宗教上的矛盾。佛、道互相指责对方为异端邪说，甚至不惜利用政权的力量来打击对方，以至酿成了多次流血事件，宗教之争发展为政治斗争。从历史上看，佛教对道教的批判，在牟子《理惑论》中就已初露端倪。到南北朝时期，佛教要自立门户，独立发展，更不能再容忍道教对它的贬低和攻击，它一方面对老子化胡说之类展开了激烈的反驳，甚至针锋相对地提出了佛化震旦说，把道教奉为教主的老子说成是佛的弟子；另一方面针对道教的思想攻击，着论加以反击。或者强调出家修持佛法能使祖先灵魂永超苦海，这与儒家的孝道并无二致，甚至更能尽孝；或者从现今伊洛、吴楚原本都是夷夏外族，说明以华夷之辨排斥佛教毫无意义；或者依据“禹出西羌，舜生东夷”说明不能因为佛教产生于外族而排斥佛教；佛教徒还特别集中地攻击了道教炼丹服药、羽化成仙的荒谬性和道教被农民起义利用“挟道作乱”的危害性，认为“诳以仙术，极于饵药”、“伤政荫乱”的道教才是真正的祸害。有的佛教徒甚至否认道教有资格与儒、佛并列，称“诡托老言”的道教是违背“老庄立言本理”的“鬼道”、“鬼法”。
佛、道之争，北朝要比南朝激烈得多，而且理论上的争论少，政治上的斗争多，这种斗争直接导致了北魏太武帝和北周武帝的两次灭佛事件。北魏太武帝尊崇儒家、听信道家而排斥佛教，有其深刻的政治和经济方面的原因，但司徒崔浩和道士寇谦之等人的进言，则无疑在其中起了重要的作用。北魏太武帝灭佛，使佛教在传入中国后遭受到了第一次沉重打击。但佛教靠政治力量与行政手段显然是消灭不了的，不久以后，佛教就得到了恢复。北周王朝也多“好佛”者，但北周武帝却重儒术，信谶记，为了消灭北齐，统一北方，他“求兵于僧众之间，取地于塔庙之下”，采取了灭佛政策以“强国富民”。北周武帝的灭佛，与佛道二教为争夺权势而进行的斗争也有直接的关系，道士张宾和原为佛教徒后改奉道教的卫元嵩对周武帝的灭佛起了重要的作用。不过，周武帝的灭佛与北魏太武帝的暴力残杀有所不同，他虽然毁坏寺塔，焚烧经像，但并不杀害佛教徒，只是命令他们还俗而已。同时，他还曾强调以儒家为正统的会通三教，认为三教协调一致都能有助于治国利民。这表明，周武帝的三教政策完全是为维护自己的统治而服务的。
南北朝时期佛教与儒、道之间的论争，体现了佛教势力的增长，以及佛教对自身在中土独立发展的维护。而佛教与儒、道关系的全面展开，也使佛教的中国化走上了实质性的发展阶段。佛教与儒、道之间的论争以及政治对三教关系的干预，也使佛教更清楚地认识到自身所处的社会文化环境，认识到自身中国化过程中必须解决的问题。这无疑有助于佛教进一步调整自身，创立适应新的社会文化环境的中国佛教。
四、隋唐时期
佛教在隋唐时进入了创宗立派的新时期。在这个时期，佛教的发展及其与儒、道的关系，都与帝王的三教政策密切相关。隋唐统一王朝建立以后，为了加强思想文化上的统治，对儒、佛、道三教采取了分别利用的态度。
它一方面确立了儒学的正统地位，另一方面又以佛、道为官方意识形态的重要补充，推行三教并用的宗教政策。因此，在思想意识形态领域，儒、佛、道逐渐形成了三教鼎立的局面。三教之间政治、经济和理论上的矛盾争论虽然一直不断，但三教融合的总趋势却始终未变。儒、佛、道三教中许多重要的思想家都从自身的发展以及迎合大一统政治的需要出发，提倡三教归一、三教合一，主张在理论上相互包容，这成为佛教宗派在这个时期创建各自思想理论体系的重要背景条件。
隋唐帝王的三教政策，首先是利用儒学来维系现实的封建宗法制度。唐太宗曾强调：“朕今所好者，惟在尧舜之道，周孔之教，以为如鸟有翼，如鱼依水，失之必死，不可暂无耳。”其次是对佛、道二教的不同利用。隋唐帝王对佛、道的不同态度虽不排斥个人感情上的亲疏好恶等原因，但更重要的还是与他们切身的政治经济利益紧密联系在一起，有时还与宫廷斗争密切相关。例如李唐王朝建立后，为了抬高李姓的地位，高祖李渊和太宗李世民都采取了“兴道抑佛”的政策。而武则天要“变唐为周”当女皇，夺取李姓的政权，便反其道而行之，针锋相对地采取了“兴佛抑道”的政策，大力利用佛教。帝王对佛道的不同态度虽不是佛道兴衰的唯一原因，但对佛道二教发展的影响毕竟是巨大的。