嘉佑八年（1063年）三月，仁宗病逝，侄赵曙继位，是为英宗。不久，朝臣中以拥护英宗尊其父为皇父与否，而发生了所谓“濮议之争”，分成不同派别，影响到对熙宁变法的态度与王安石的处境。同年八月，母吴太夫人病故于京师，王安石辞官扶灵柩归葬江宁，结庐守孝。三年中，一度虽有旨见召入京，但韩琦、文彦博先后当政，是以王安石不为英宗见重而不就。在此期间，他仍在考察时弊而蕴育一个大有为于当世的改革方略。
在王安石居宁的日子里，反对改革的声浪却在针对他给仁宗的两次上书，而在朝廷内外推波助澜，这是因为他针砭时弊，揭露当朝大臣中软弱者不敢为皇帝捍卫法度，而一些强悍的大臣则是挟天子的命令来做坏事，一些监察御史却不敢与之抗礼，奉命起草诏书的不能提出存在的问题。王安石的这些揭露，探深地刺痛了执政者和一些同类的佞臣，这就使他不能不成为“众矢之的”了。有的人预见到王安石会走上执政舞台，所以拚命造谣中伤以阻止他的上台，其时就出了一件杜鹃先知天下将乱的怪事，据属有一天，邵伯沮过洛阳的天津桥，听到杜鹃的啼声而闷闷不乐，同行者问他何故，他则回答说，洛阳从来没有杜鹃鸟的，现在杜鹃哀鸣，是预告人们不用两午时间，皇帝就要重用南人为相，天下将要大乱了；问他有何根据呢？回答是北鸟南飞天下太平，现在杜鹃自南而北，所以天下将乱，这种利用候鸟南北飞鸣而和所谓社会动乱联系起来，编造政治谣育的目的，是企图用谣言来左右皇帝旨意，阻止改革者上台和改革的进行，为北人掌握相权鸣锣，动员群众的舆论来扼杀变法，其用心是极为阴险的，这在当时是富有欺骗性的。但是，正因为这是一种假托，就缺乏生命力。而一切改革，不论是为历史开道的洪流或是逆流，总不是谣言所能遏止的，造谣者的直接靶子当然是对准王安石，一计未成就另生一计，于是，假托苏洵之名而撰写《辨好论》的文章，又公开攻击王安石为“大奸惹”。后人考证又是邵氏手笔，反映在熙宁改革前北宋朝廷上下的政治斗争已经极度尖锐，改革正是这种社会阶级矛盾和统治内部矛盾的产物，咒骂倒是促成了新皇帝的注视王安石而加速其上台。
治平四年（1067年）正月，英宗逝世，赵顼即位，是为神宗。他在太子时已读过王安石的《万言书》、《上时政疏》等政论文章，感到这是个人才。因此，即位不久，闰三月任命王安石知江宁府，以病辞；乃以知制诰知江宁府再命，王安石就重返政治舞台了。第二年（神宗熙宁元年），授以翰林学士称号，召其越级入见皇帝对策。这次谈话深得神宗皇帝的赏识，事后上《本朝百年无事札子》，条陈目前政治形势、内外矛盾、朝政失修、社会弊病，对之作了深刻论析，其要点是：批评累朝君主因循弊政，脱离政事，不与智能之士议政，一切制度、官职名实不符，任官不分清浊，正确的识见不为见重，各路监司不通察检之道，吏部无考勤之法，裙带关系位列显职，真才实学反受捧斥，守边御敌无有为将士，科举不取经世济时之才，学校缺乏培养有为人才之法；农田水利失修、赋役苛重而不知救济，边兵垂老而不知更新训练；宫卫尽市井二流之徒，宗室升迁唯亲，治理财政无方。他指出累朝皇帝但知畏天命、畏议论，苟安于对外的妥协忍让，而现在应当认识天命是不会长久的，那么，大有为之时，正在今日，这道奏札确实比两次上仁宗书要广泛、深入、具体、切中要害碍多。实际上这是熙宁变法的总论纲和设计蓝图，对策时王安石要求神宗以尧、舜、文王、唐太宗为榜样，表示自己愿如周公旦、魏征一样辅助明君开创大业与励精图治，这一席谈话和一道于无声处听惊雷的“百年无事”札子，深深地震动了居安不知危的神宗的心灵，坚定了这位年轻皇帝的改革图新信念，奠定了熙宁变法的思想基础，也奠定了王安石与宋神宗的君臣精诚合作推行变法的政治基础。北宋的历史即将展开新的一页了。