（一）二元结构说
周批改指出，从20世纪50年代中期开始形成的城乡区别的“二元”管理体制，人为地从政治、经济和文化等方面把中国社会分割为城市和乡村两块。“二元”体制实行工农、城乡区别对待，阻碍了农民收入的提高，阻碍了农民的流动，而且从文化上分割城乡，阻碍了农民现代化观念的培育。王建认为，“三农”问题其实就是中国“二元”结构的表现，即从生产能力来看，中国已达到人均3 000美元左右的中等发达国家的水平，而从收入的主体看，还是以低收入的农村人口为主，具有人均500美元左右国家的典型城乡人口结构特征，这样就在社会总供给与总需求之间始终存在着一个巨大鸿沟。“二元”结构的矛盾成为农村经济发展，乃至中国经济发展的巨大障碍。①
（二）公共产品供给说
王国华认为，阻碍农民增收和农村经济发展的根本原因在于改革开放以来农村公共产品供给不足，表现为农村公共产品供给与需求失衡。具体表现为：农村公共产品供给主体缺失，最主要的地区性公共产品供给，如基础教育、公共医疗、社会保障、道路交通等实质上实行的是农村地区“自给自足”的政策；户籍制度、“剪刀差”和“城市偏向”带来供给失衡；教育制度和社会保障制度供给失衡；财税与金融制度导致农村公共产品供给失衡。同时，政府将有限的财力和公共产品的大部分投向城市，形成了公共产品供给的城市化倾向，这又表现为城乡公共产品供给失衡。农村公共产品的长期短缺严重影响了农村私人产品的产出效率。②
（三）基本国情说
吴敬琏认为，“三农”问题的根源在于农村人口过多，资源匮乏。因为农村人口和农村剩余劳动力过多，人均占有资源、首先是土地资源的数量过少，因而土地报酬递减的趋势十分明显，生产率提高缓慢而成本却迅速增高。温铁军也认为，对我国“三农”问题起制约作用的矛盾除了城乡分割的体制矛盾，另一对矛盾就是人地关系高度紧张，从而使耕地所承担的对农民人口的福利保障功能远远大于耕地的生产功能。①
（四）分工抑制说
刘明宇认为，“三农”问题产生的根本原因是由于市场化分工遭遇了制度性抑制。分工受阻使多数人不得不成为农民，不得不从事农业，不得不居住在农村，“三农”问题由此产生。我国在推进工业化的过程中，一方面是农民绝对数量的增加；另一方面则是农地减少导致的农地细碎化。土地细碎化提高了使用机械的物质费用，降低了粮食生产的劳动生产率、土地生产率和成本产值率，导致边际报酬递减，使农民增产不增收，收入增长缓慢，与城市的差距扩大。与此同时，我国农民自身的分工深化也很滞后，城镇化明显落后于工业化，大量在城镇打工的农民最终仍选择返回农村，庞大的农村剩余劳动力与较少的城镇人口形成鲜明对照。导致这种局面的原因是我国农村的户籍制度、农村土地制度、税费制度、涉农领域的行政垄断等制度安排使农民的权利受到侵害，增加了交易成本，削弱了农民参与专业化分工的动机和能力，这使农民无法获得规模经济、专业化经济的好处，因而陷入贫困。农民贫困并不是由单一因素引起的，而是制度性的贫困；“三农”问题不是农民、农业、或农村的问题，而是农民失去了自主参与分工的自由。②
（五）政府管制说
陶然等人认为，上级、特别是中央政府对农村经济、社会生活施加的广泛管制政策，系统性地扭曲了基层政府和农民的行为，并导致了农民税费负担以及其他一系列问题的出现。国家对农村的管制包括强制性的粮棉收购制度、户籍制度和严格的计划生育政策、与目前政治体制和行政提拔体制相关联的各种新“赶超”和“达标”任务。为了实施管制政策，上级、特别是中央政府必须依赖基层政府的配合。由于各级政府间信息不对称，上级政府实际上不可能为下级政府执行各种管制政策提供适当的资金支持，从而地方政府利用贯彻国家政策与任务的名义，通过行政权力向农民征收税费、扩充编制、增加预算，就可以具有合法性依据。在任何国家，不同级别的政府之间都存在信息不对称，在中国由于更加缺乏权力制衡和媒体的监督，加上中国巨大的规模和政府层次多达5级的行政体系，信息不对称的情况往往更加严重。在中央政府本身具有相当的权威性，下级政府又在对上级政府博弈中往往占有信息主动地位的情况下，基层政府无论是对上级政府还是对农民，都有充分理由来扩大管制政策的实施范围和力度，并巧立名目，从中渔利，这就导致了税费摊派有所谓搭车收费的性质。政府管制扭曲了宏观价格信号，使微观管理主体的自主权丧失，阻碍了要素流动和资源的市场配置，扭曲公共品供给，不仅助长了寻租与腐败，而且还挤出了民营经济，形成政府规模扩张的挤出效应。而且，管制政策具有自增强机制，中央政府管得越多，基层政府越庞大，寻租机会就越多，经济就越落后，而基层领导人也越刻意追求政治利益，其经济政策目标也就越短期化，从而陷入了“管制—贫困—腐败”的循环。于是，农民负担就出现了相对于收入的累退性。①
史莉琵认为，一些农村的基层组织异化为盘剥农民的工具，我国的农民不得不面对政府的与市场的双重的体制“盘剥”，不仅要支付极不对称市场下的高额交易成本，还要为日益昂贵的政府管理成本买单。“全能政府”有天然的增税倾向并已在经济伦理上决定了其与调整对象的矛盾地位，在这里政府并不天然地代表人民的利益。农民在我国土地承包制的背景下也还具有天然的分散性，在政治与经济上均处于弱势群体的地位，是政府—市场—农民三角关系中最脆弱的一环。农民“讨价还价”能力的缺失，不仅突显政府与市场的霸权，更重要的是其直接后果使各方在“成本—收益”的博弈中偏离最佳均衡，最昂贵的政府与最低效率产业的并存其实是一体两面。从一些地方政府合法性危机中不难得出这样的结论：中央政府的投机性—事权的下放和财权的上收，正是默许地方暴敛预算外收入的滥觞。②
（六）认识偏差说
张厚安等人认为，“三农”问题的出现与以下原因有关。其一，对农业基础地位有所动摇。随着现代化的发展，工业在国民经济中的比重越来越大，农业在经济发展和社会财富增长中的地位和作用逐步减弱，从而农业在经济增长中的比重逐步下降，很容易使人们怀疑乃至否定农业的基础地位，以致忽视和轻视农业；其二，片面强调农业、农村和农民的贡献而忽视对其保护和支持；其三，对改革后的农业和农村发展形势盲目乐观，对其进一步发展面临的严峻挑战估计不足。
林光彬则认为“三农”问题的根本原因是社会等级制度及其思想观念影响下的社会运行机制和运行方式。在社会等级制度的影响下，一切按等级划分。不同等级的人享有不同的待遇，而农民一般处在社会等级制度的最低层，处于相对受歧视的地位。农村处于以城市为中心的边缘地区，各种条件受到限制；农业则在现代产业发展中处于外围地位，往往是现代工业发展的牺牲品。①
（七）就业不足说
陈锡文认为，新阶段农业、农村问题的实质是农民的收入增长问题，而农民收入增长困难的深层原因是农村就业不充分。只有减少农民，才能富裕农民，这是世界各国促进农业、农村发展的基本经验。我国农民增收所面临的最大困难，就在于向二、三产业和城镇转移农业劳动力。②
（八）收入分配说
张晓山等人认为，“三农”问题的根源在于扭曲的国民收入分配格局。长期以来，我国税收与国民收入再分配在城乡之间就存在悬殊的差距。改革开放前，为了完成重工业的跨越式发展从而实现工业化，我国国民收入的分配格局主要是向重工业倾斜；改革开放后，为了使城市尽早实现现代化，我国国民收入的分配格局主要是向城市倾斜。①
（九）缺少利益代表说
林凌指出，现在全世界的农民都有自己的组织———农民协会。中国的工人、妇女、青年也都有自己的协会，农民却没有。中国农民的组织只是在政治和军事斗争时期发挥过作用，到社会主义建设时期，就从来没有建立过农民自己的经济组织。中国农业专业技术协会虽然已有近20年的发展历史，但建成并发挥作用的数目很少，占农户的比例很小。特别是这些协会都建在农村，没有县、市协会，更无省和中央一级协会。在中央一级产业协会中，带中国字头的工业行业协会有上百个，而农业产业协会一个也没有。在中国与国外进行农业方面的谈判时，一边坐的是国外农业产业协会的高层人士，全权代表几十至数百家农场主的利益，实力强劲；一边坐的却是中国地方政府的官员，因为我国的农民还处在一家一户的小农经济状态，没有自己的产业组织，派不出自己的代表。②
闫威等人具体分析了当今中国社会中为何没能出现农业利益集团的原因。第一，从思想根源上看，重工轻农、重城抑乡、抽农补工的思想仍然根深蒂固，全然不顾农业、农村、农民的承载力几近极限的事实。农民利益被置于无关紧要的地位，代表他们的利益集团因而也就被认为没有产生的必要。第二，从意识形态的角度看，担心农民利益集团变为对政府的压力集团的“左”的思想仍然存在，束缚着某些政府官员的思想与行动。第三，既得利益集团利用先发优势占先，把持社会公共事务决策的话语权，从其自身利益出发，必定会掣肘、阻挠农业利益集团的产生。第四，民主程序上对农民的歧视，造成农民参政议政权的部分丧失，比如在各级人大代表的产生上，四个农民拥有的代表数等于一个市民拥有的代表数。第五，人才流失使农民利益集团的领导层和管理层无法得到供给，农村自己培养的知识分子一批批进城，大量的精壮劳力进城打工，缺少了这些宝贵的智力、体力精英，农业利益集团就少了主心骨，更遑论与其他利益集团进行卓有成效的协商与谈判了。③
实际上，很难从某一个因素分析出“三农”问题出现的原因，胡一帆具体从几个方面进行了归纳。第一，剪刀差。据中共中央政策研究室、国务院发展研究中心“农业投入”总课题组的估计：仅1979~1994年的16年间，政府通过工农产品剪刀差大约取得了15 000亿元收入，同期农业税收入为1 755亿元，财政支农支出3 769亿元，政府提取农业剩余净额为12 986亿元，平均每年从农业部门流出的资金净额达811亿元。第二，税费重负。在中国税费改革启动之前，中国农村的税费体系非常庞杂，据1998年国务院税费改革工作小组办公室统计，当年农民税费总额为1 224亿元。第三，种地赔钱。国家几次提高农产品收购价格给农民带来的好处，被增幅更猛的农业生产成本抵消。第四，打工难。1997年后，乡镇企业出现颓势导致了原来“离土不离乡”的农村劳动力回流农业，经营失败的乡镇企业还造成村、镇、乡普遍高负债。近几年逐渐严重的城市就业问题使得农民外出务工的总人数增长缓慢。第五，失去土地，失去生计。在农村劳动力的非农就业受到限制的同时，随着中国城镇化建设速度加快，失地农民大量出现，形成又一个庞大的失业群体，据估计目前全国失地农民可能超过2 000万人。第六，自办教育和医疗。据调查，税费改革前，中国的义务教育经费78%由乡镇负担，9%左右由县财政负担，省里负担11%，中央财政负担不足2%。乡镇所负担的部分主要来自农民每年所缴纳的教育费附加。加上学杂费支出，农民自己承担了基础教育的绝大多数费用。在医疗方面，中国农村人口占全国的近70%，花费的卫生费用只占卫生总费用的33%。1991~2000年，全国新增卫生经费投入中只有14%投入到农村。医疗费用的快速、大幅上升成为农民沉重的经济负担。任何一个农民都面临因病致贫的隐忧。①