可怜的佟国纲，为保护太子而遭到枪击，胤礽竟然还不明白是怎么一回事儿。福全高声吆喝道：“快，快找医生来！”然而，没等医生赶到，佟国纲就怆然地咽了气。一代大清国舅，就这样战死在平叛的斗争中。他如此死去，值也不值？佟国纲死了，当然不是一件小事情。福全忙着把常宁、索额图和明珠等人召到一起，共商对策。常宁、索额图和明珠等人对佟国纲突然战死大感震惊。众人最后商定，一、尽量把佟国纲的死讯控制在最小范围内，以免影响清军士气，二、迅速把佟国纲的遗体送到波罗和屯，报与康熙皇上知道。
据说，康熙皇上看到佟国纲的遗体时，眼泪止不住地往下流，半晌，康熙才一边流泪一边自言自语地道：“朕应该把他留在京城的……”
是呀，如果不是康熙叫佟国纲去乌兰布通“戴罪立功”，佟国纲岂会丢了性命？不过话又说回来，如果康熙不失去佟国纲，恐怕就要失去太子胤礽。这样便有了一个十分有趣的话题，那就是，如果佟国纲和胤礽二人必死一个，叫康熙来选择，康熙会选择谁呢？
佟国纲死了，乌兰布通的战斗仍在继续。在清军夺取了叛军驼城之后的第二天早晨，清军又对剩下的叛军发起了猛烈的攻势。
守卫驼城的叛军本来有一万五千人，大约被清军杀死万余，剩下的三四千人和阿奴一样，都跑到叛军内层防线里与噶尔丹的二万叛军骑兵汇合。也就是说，盘踞在内层防线里的叛军总人数，尚有二万四千人左右。
叛军的内层防线，主要是由一条条壕沟和一座座建筑物组成，中间还有一座小山包，噶尔丹的叛军统帅部就设在那座小山包上。总起来看，叛军内层防线虽不是很坚固，但地形较复杂，不易攻打。
清军为了尽快地结束这场战斗，集中了近四万兵力，对叛军内层防线发动了不停歇地进攻。清军的进攻由索额图和明珠负责指挥。他们先用大炮轰，然后便与叛军一条壕沟一座建筑物地进行争夺。这样的争夺战，清军的伤亡自然很大。好在叛军的大炮几乎已全部被清军缴获，这样，清军便占有绝对的火力优势。所以，清军的伤亡很大，而叛军的伤亡就更大。
剩着福全、常宁和胤礽等人，则率着剩下的清军负责防守。所谓“防守”，就是密切地注视着叛军可能有的突围。如果叛军企图在哪个方向突围，他们就会率军加以封堵。不过，在索额图和明珠的强大攻势下，叛军即使想突围，恐怕也抽不出时间来。还有，福全、常宁等人牢牢地守卫着那道驼城，即使叛军能腾出时间来突围，恐也很难越过那道驼城。驼城本来是叛军用来防御清军的，可现在倒好，却变成叛军突围的一个很大障碍了。
这里有必要简单地提一下那个胤礽。清军在向叛军内层防线发起进攻之前，曾召开过一个军事会议。会议上，胤礽不再积极地要求领兵去冲锋陷阵了，而是主动提出留下来防守。个中原因，胤礽虽没有明说，但众人的心里却也清楚，佟国纲的死，对胤礽的影响甚大。胤礽再也不想（或是不敢？）在战场上建什么功立什么业了。不过，这样一来，倒省去了福全等人的一块心病。如果胤扔依然执意要领兵冲锋，福全等人还真的不太好处理。于是，福全就拨给胤礽五千人马，让胤礽负责守卫驼城的那道缺口。然而事实证明，福全的这一决定是极其错误的。
索额图和明珠率清军对叛军的内层防线猛攻了一整天，尽管伤亡很大，但却完成了预定的任务。叛军的一条条壕沟和一座座建筑物，几乎全为清军所夺、所毁。叛军的残余人马已经被清军压缩在了仅有的那座山包上。换句话说，噶尔丹和阿奴的叛军已经成了瓮中之鳖。清军全歼叛军，只是个时间上的问题。
夜幕降临之后，索额图和明珠便停止了进攻。一来进攻了一整天，官兵们很累，需要好好地休息，二来那座山包上地势比较险要，不利于清军夜攻。所以，索额图和明珠便把进攻部队撤到驼城之外的福全负责防守的区域内进行休整，待明天日出之后，再对叛军发动最后的一击。无论是福全还是索额图和明珠，都对明天的最后胜利充满了信心。他们甚至都这么想，如果明天，噶尔丹和阿奴拒绝投降，就双双把他们打死。
然而，就在这天夜里，噶尔丹和阿奴却率着他们的残兵败将顺利地突围了。他们突围的地点，便是胤礽负责把守的那道缺口。
胤礽当然不会故意放噶尔丹和阿奴逃走。只是因为在夜里的时候，噶尔丹和阿奴的一个使者来到了胤礽的营地，说是噶尔丹和阿奴要向清军投降，永远臣服大清康熙皇上。胤礽闻言，大喜过望。胤礽想。如果自己亲手捉住了噶尔丹和阿奴，把这两个叛匪头子献给康熙皇上，自己岂不就成了乌兰布通战役的头号功臣？故而，胤礽为了独占头功，便同意了那个使者的投降请求，而且更没有将此事报以福全等人知晓。殊不知，噶尔丹和阿奴从来就没有什么投降归顺的念头。他们派使者去胤礽处请降，目的是想麻痹胤礽，因为只有胤礽的防区是最利于叛军突围的。噶尔丹和阿奴的目的达到了。
夜半时分，一支千余人的叛军队伍来到胤祝的防区缴械投降。这些叛军对胤礽说，噶尔丹和阿奴马上就带着剩下的人赶来归降。胤礽对叛军的话深信不疑，他甚至都这么在想，待会儿生擒了噶尔丹和阿奴之后，先好好地折磨他们一番，然后再把他们献给父皇康熙。
就这样，胤礽便端坐在自己的大帐里等待着噶尔丹和阿奴来投降了。很快，就有手下向胤礽报告道：大队叛军开过来了。
胤礽问开过来的叛军有多少人。手下回答说共有五六千人。胤礽心中的这个乐啊，简直没法形容。他想，自己不仅生擒了噶尔丹和阿奴，还俘虏了这么多的叛军官兵，乌兰布通战役中，还有谁的功劳会比他太子胤礽大？即使那佟国纲还活着，恐也要对他胤礽赞不绝口呢。
胤扔左等右等，却不见那噶尔丹和阿奴来投降。胤扔正暗自纳闷呢，突地，帐外人声鼎沸、枪声乱起。胤礽情知不妙，赶紧跑出大帐。一手下慌里慌张地跑来向他禀报道：“太子殿下，叛匪不是来投降，而是来突围的……”
“啊？”胤礽大惊失色，刚才在帐内所做的那个黄粱美梦顿时化为乌有。他气急败坏地冲着手下吼道：“快，快去把叛匪堵住！”
然而，哪里还能堵得住？胤礽只想着美滋滋地受降了，根本就没作任何防止叛军突围的准备。如果他稍有准备，他手下的五千人马是完全有可能将叛军堵在驼城里的，因为福全就在他西边不远处。福全的防区里还驻扎着索额图和明珠的大队清军，只要他胤礽能够坚持一会儿，福全等人就会火速赶来支援。
然而，胤礽一会儿也没坚持住。他的部下完全处于一种松弛状态中。噶尔丹和阿奴带着五六千叛军骑兵走过来了，胤扔的部下一点防范也没有。噶尔丹和阿奴带着叛军骑兵突然这么一冲，胤礽的部下就乱了套。几乎只是一眨眼的工夫，噶尔丹和阿奴便带着叛军冲出了驼城。这时候，胤礽的部下方才如梦初醒，纷纷追着叛军开枪放箭。可噶尔丹和阿奴的叛军，早已经消失在茫茫夜色中。
福全等人听到枪声后迅速带兵赶了过来，可除了截住几百名跑得稍慢些的叛军士兵外，大部叛军还是逃之天天，包括那个噶尔丹和阿奴。
福全一时追悔莫及。是呀，驼城缺口那么一个重要的地方，为什么自己不去把守而要让胤礽去守卫？
福全对常宁和索额图、明珠言道：“叛匪成功逃窜，责只在我一人！”
的确，太子胤礽是不会有什么错的。即使有错，福全作为清军主帅，不能够全歼叛军，也应付完全的责任。
福全又对常宁和索额图、明珠言道：“如果皇上严加追究，我承担全部的责任！”
好在康熙并没有“严加追究”。虽然清军未能逮住噶尔丹和阿奴，康熙多少有些失望，但清军在乌兰布通一役中，至少歼灭了三万名叛军官兵，这无论如何也是一件值得庆贺的事。尤其让康熙感到高兴的是，清军从乌兰布通返回到波罗和屯之后，全军上下，几乎没有人不说太子胤礽在战斗中是如何如何地英勇，简直就到了“有口皆碑”的程度。虽然国舅佟国纲正是为了保护胤礽而死，康熙一时难释心中莫大的伤悲，但太子胤礽受到三军上下如此一致的高度赞扬，康熙也的确是感到由衷的高兴。毕竟，胤礽是他康熙钦定的未来的接班人啊！
康熙对索额图和明珠等人言道：“朕敢肯定，经此乌兰布通一役，噶尔丹叛匪元气大伤，三年之内，断然不会东犯！”
诚然，噶尔丹和阿奴一下子丢掉了三万多精兵，着实元气大伤，想要在短时间内恢复过来，肯定难以做到。不过，康熙并没有因为噶尔丹叛军元气大伤就停止了彻底平定噶尔丹叛乱的步伐。相反，康熙正在为第二次平叛行动做着积极的准备。
噶尔丹兵败乌兰布通之后，逃到了一个叫科布多的地方。科布多在伊犁东北部，距伊犁有数百里之遥。那里多为沙漠，地形极其空旷，许多地方寸草不生，十分地荒芜。如果清军远征于此，显然有诸多的不便。
为了加强对漠北地区的统治，也是为了清军第二次平叛作准备，康熙一面命令清军在木兰地区行围习武，提高清军的战斗力，一面又亲自与内外蒙古各部首领于多伦诺尔会盟，联合除准噶尔蒙古之外的其他蒙古各部力量，共同来对付噶尔丹叛乱。
一六九一年五月，康熙带着索额图、明珠等大臣和赵昌、阿雨等侍从并大批军队，离开北京，出古北口，溯滦河而上，到达多伦诺尔。
多伦诺尔，又名七星潭，在今承德市西北处，是当时漠北地区比较富饶的地方。康熙到达多伦诺尔之后，内外蒙古各部首领，包括喀尔喀蒙古首领土谢图汗，都纷纷赶到这里，听候康熙皇上的传谕。蒙古各部首领在清廷理藩院大臣及鸿胪寺官员的引导下，逐次被引进康熙的御帐，朝见康熙。康熙与三十多个蒙古各部首领共进御宴，在隆重而友好的气氛中举行了会盟大典。康熙首先调解了蒙古各部首领间原有的纠纷及分歧，明确了各自的领地和职责，然后郑重宣布：保留蒙古各部原有的“汗”号，取消蒙古贵族原来的济农、诺颜等名号，按满洲贵族的封号，各赐以亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等爵位。
多伦诺尔会盟，结束了内外蒙古各部长期以来的分裂混乱局面，加强和巩固了清朝政府对内外蒙古各部的统治和管辖，也为后来清朝军队远征噶尔丹叛军解决了十分棘手的粮草供应问题。当然，若从国防角度而言，多伦诺尔会盟，对加强和巩固大清国的北部边防，也有着十分重大的意义。
在多伦诺尔会盟期间，康熙曾屡次派人去约远在科布多的噶尔丹来此会盟、服从清廷的统治。这就不难看出，康熙虽然早就下定决心要彻底平息准噶尔部蒙古的叛乱行为，但在康熙的心中，却依然抱有一丝和平解决叛乱的希望和念头。这固然与康熙早年的“仁慈”性格有关。然而，噶尔丹根本就不理会康熙的屡次约请，反而数次致书康熙要康熙交出喀尔喀蒙古领袖土谢图汗及土谢图汗的兄弟哲布尊丹巴·呼图克图，并密派使者去策动内外蒙古各部领袖叛离清朝。
康熙异常愤怒地对索额图和明珠等人道：“那叛匪噶尔丹，不仅一点不思悔改，反而变本加厉地与朕为敌，是可忍孰不可忍？”
于是康熙在多伦诺尔会盟之后，并没有马上就回京城，而是在清军练兵的木兰地区停留了很长时间。以后的几年内，康熙又屡次出巡漠北地区，看视部队，熟悉地形，为第二次大规模的平叛行动作充分的准备。至一六九四年底，集结在木兰地区的清军已多达十万，这其中，包括黑龙江将军萨布素所率的东北清军，包括大将军费扬古等人率领的陕西、甘肃等地的清军，还有内外蒙古各部的武装力量。可以这么说，清朝政府的第二次平叛行动，康熙几乎调动了全国可以调动的一切军事力量。这十万清军中，有骑兵半数，大炮一百多门。
康熙决定：第二年春天，清军向噶尔丹盘踞的科布多开进，力争一举剿灭叛军。巧的是，一六九五年春天到来的时候，清军还未及向西北开进，那噶尔丹和阿奴就带着叛军主动地向东南进犯了。
原来，噶尔丹和阿奴逃到科布多之后，一边广集残部组建军队，一边屡屡派人赴俄国乞求沙皇给予军事援助。沙皇俄国看到噶尔丹仍然有利用价值，便决定继续支持噶尔丹叛乱。除给噶尔丹运去大批枪炮外，沙皇俄国还派了不少哥萨克骑兵加入到噶尔丹的叛军队伍中，直接参与叛乱。
一六九五年春，噶尔丹拼凑成了一支由三万名骑兵和三万名步兵组成的军队，扛着沙皇俄国给的火枪，推着沙皇俄国给的大炮，同他心爱的妻子阿奴一道，又重新燃起了叛乱的战火。
噶尔丹和阿奴离开科布多前，其侄策妄阿拉布坦带着他们的女儿钟齐海特地从伊犁赶到科布多为他们送行，并预祝他们凯旋归来。噶尔丹和阿奴为策妄阿拉布坦的这种行为大受感动。他们以为，除了钟齐海之外，策妄阿拉布坦便是他们在世间最亲近、最值得信赖的人了。然而，噶尔丹万万没有想到的是，就是这个最亲近、最值得信赖的策妄阿拉布坦，在他最需要拉上一把的时候，却投石下井，断了他噶尔丹的后路。
噶尔丹和阿奴领六万叛军离开科布多之后，沿克鲁伦河南下，并于这一年的年底，打到了巴颜乌兰。噶尔丹扬言道：“此次出兵，不打到北京城誓不罢休！”
而那个阿奴则在一边柔柔地对噶尔丹道：“王爷（实际上，当时的人称噶尔丹为“博硕克图汗”），你打到哪里，妾身就冲到哪里！”