由于澎湖一带的警戒很严，想要把澎湖内的军事情况打探清楚殊是不易。费了许多时间，又费了许多周折，也折损了许多人手，施琅和姚启圣才终于把澎湖内的情况大致摸清楚了。
澎湖列岛上，平日驻军约为五千人，由刘国轩的弟弟刘国辕统率。岛内尚有居民一万多人。列岛四周，大凡地势险要处，均架设有火炮，火炮总数在一百门左右。列岛南端的一个港湾里，平日停有兵船二百艘左右，但由于兵力不足，这些兵船大概有一半无人驾乘，只是在紧急关头，这些无人驾乘的兵船才由岛上的驻军代为驾驶。
姚启圣恍然大悟地道：“原来如此……难怪郑匪的兵船来此骚扰时，至多也就一百来艘，原来是兵力不足啊！”
施琅却冷静地道：“可不要小看了郑匪的这一百来艘兵船，它不是把万提督的兵船打毁了一百多艘吗？”
姚启圣连忙道：“钦差大人说的是。要攻取澎湖，那些郑匪的兵船依然是我们的最大威胁。”
施琅道：“郑匪兵船的最大优势是火力强大，如果我们也能训练出一支火力强大的水师，再把郑匪的那些兵船堵在那个港湾里猛轰，那么，夺取澎湖，就不是什么太大的问题了。”
姚启圣道：“可我们很难训练出一支火力强大的水师啊……我们兵船上的大炮，射程远的，火力弱，火力强的，射程又太近……真是叫人左右为难啊！”
施琅沉吟道：“这样吧，姚大人，你负责训练登陆作战的士兵，我负责训练去对付郑匪兵船的水师。待你我都大功告成之后，就去进取澎湖。”
姚启圣点点头，继而又问道：“我该训练多少登陆作战的士兵？”
施琅想了想，然后道：“岛上的匪军约五千人，加上水师也不过万人，姚大人可以先训练一支两万人的登陆作战部队。还有，姚大人应该去通知万提督，令他抓紧时间训练一支精锐的陆军。如果攻取澎湖牺牲太大，就由万提督的陆军去攻取台湾。”
姚启圣叹道：“钦差大人考虑问题实在是详细周到啊！”
施琅言道：“不是施某考虑问题有多么详细周到，而是施某不敢忘怀皇上的教谕，不战则已，战则必胜！”
姚启圣言道：“姚某今日方知，钦差大人当年为何能横扫耿精忠、尚之信等东线叛军了！”
施琅谦逊地笑道：“好汉休提当年勇。能否顺利地攻取澎湖，进而攻取台湾，施某心中也没多少底数。”
姚启圣却铿锵有力地言道：“姚某以为，只要我等牢记皇上教谕，殚精竭虑，充分准备，那么，澎湖也好，台湾也罢，都将攻而克之！”
施琅高兴地道：“姚总督如此说，施某心自定矣！”
就这样，姚启圣按照施琅的部署，一边悉心操练二万名登陆作战的军队，一边督促那万正色加紧训练陆军。这里暂且按下不提。
却说施琅，为了对付刘国轩的那些火力强大的兵船，可谓是绞尽了脑汁、费尽了心机。他找来一些常年在澎湖列岛周围捕鱼的老船工，详细询问澎湖列岛一带的水形地势及航道情况，又找来一些多年从事铸炮行业的工匠，与他们一起仔细探讨如何改进火炮铸造。最后，施琅的心中，渐渐地有了一个十分明晰的作战方案。
刘国轩的那二百艘兵船，之所以要停泊在澎湖列岛南端的那个港湾，主要原因是，那个港湾的两边，全是一些乱石暗礁，不要说寻常的兵船了，就是稍大一些的渔船，也无法通过。而要从正面靠近那个港湾，则很容易就被刘国轩的水师发觉。也就是说，刘国轩虽然自恃自己的水师船坚炮利，但也小心翼翼，生怕清军派兵船对他的水师进行突然袭击。而刘国轩以为，自己的水师呆在那个港湾里，可以说是万无一失。只要清军无法对他的水师进行突袭，他的水师就永远所向无敌。
然而，施琅却找到了一个对刘国轩水师进行突袭的好办法。他找来大批船匠，为他建造了五百来艘小船。这小船小到什么程度？能从乱石暗礁中自由的穿梭。施琅又命令大批炮匠，为他铸造了五百来门火炮。这火炮炮身很短，炮口却很粗。换句话说，这种火炮的射程虽然很近，但威力却很大，一艘小渔船，如果被这种火炮击中一发炮弹，则将很快地沉入海底。
五百来艘小船造好了。五百来门火炮也造好了。施琅命人将五百来门火炮安装在了五百来艘小船上。施琅给这种装上了火炮的小船取名为炮船。每艘炮船上，有火炮一门，炮手两名，炮弹四十余发。
五百艘炮船建好后，施琅又特地挑了一处怪石嶙峋、暗礁密布的海湾，让一些经验丰富的老船工、老渔民教导炮船上的炮手练习行船的方法和技巧。仅这一项练习，就花去了施琅近二个月的时间。
待炮手们都能熟练地驾驶了炮船之后，施琅又从那些经验丰富的老船工、老渔民当中，组织了一支响导船队。这支响导船队的任务是，负责把那五百艘炮船，引到刘国轩水师兵船停泊的那个港湾的东西两侧。
施琅准备好了一切，姚启圣和万正色也准备好了一切。待一切都准备就绪后，已是公元一六八三年的六月初了。施琅与姚启圣等人商定，于这一年的六月二十日进攻澎湖。
然而，不知是消息走漏了还是一种偶然，施琅经侦察得知，那刘国轩于六月十日从台湾岛亲率五千人马进驻了澎湖。这一突如其来的军事变化，令施琅和姚启圣一时很是踌躇。
姚启圣对施琅道：“看来，那刘国轩已经得知我们要去进攻澎湖的消息了……”
施琅言道：“是呀，很有这个可能。不然，他不会在这个时候恰恰领兵进驻澎湖。”
姚启圣道：“有了刘国轩，澎湖岛上敌军的实力就得到了大大的加强。”
施琅言道：“很显然，那刘国轩是想在澎湖与我等决战。或者说，他想在澎湖就把我等打回福建。”
姚启圣问道：“既如此，那我们进攻澎湖的日期要不要向后适当地推迟？”
施琅认真地思忖了一会儿，然后言道：“施某以为，进攻澎湖的日期不仅不能推迟，反而要适当地提前。”
姚启圣很是不解地道：“钦差大人，澎湖岛上敌军的实力得到了增强，我等理应用更多的时间来做更充分的准备，因何还要提前？”
施琅慢条斯理地言道：“姚大人，我们已经准备了相当长的时间，再拖延下去，恐官兵们会有别样的看法，这必将影响到我军的士气和战斗力。此其一。敌军的实力虽有所增强，但还没有强大到能令我等望而止步的程度。只要我们能够按照原计划将郑匪的兵船大部击毁，那么，即使我军第一次攻取澎湖失利，我们也还可以很快地组织第二次进攻。因为，郑匪没有了兵船，就不再对我们构成什么威胁了，就只能处于一种被动挨打的局面。此其二。那刘国轩如果真的知道了我等要在二十日去进攻澎湖，那他就必然要在二十日前后高度警惕和戒备，而我等突然提前了进攻的日期，就很可能打他一个措手不及，大大提高攻取澎湖的可能性。此其三。施某列这三点理由，不知姚大人以为如何啊？”
姚启圣深为叹服道：“钦差大人不愧为一个军事天才……姚某纵然无心去攻打澎湖，恐也只能唯钦差大人号令是听了！”
统一了意见之后，便又产生了一个新的问题，那就是，谁该领兵去攻打澎湖，谁又该镇守后方准备支援。在这个问题上，施琅和姚启圣二人可以说是争得不可开交，几欲到了吵架的地步。
施琅坚持应由自己领兵去攻打澎湖，理由是，攻打澎湖需渡海作战，这是水师的任务和职责，而自己恰恰兼的水师提督一职，当责无旁贷。姚启圣乃福建总督，理应坐镇福州、全局调度。
但姚启圣却高低不同意施琅的意见。姚启圣的理由也很充分。其理由是，既然皇上把收复台湾的任务交给了福建，那他这个福建总督理所当然地应披挂亲征，不然，岂不有失职，渎职之嫌？更主要的，施琅乃皇上的钦差大臣，如果在征战中万一有了什么闪失，他这个福建总督又该如何向皇上交待？
施琅、姚启圣二人，各持己见，互不相让，争得面红耳赤，终也没争出个结果来。姚启圣见争来争去也不是个办法，就向施琅提议道：“要不，你领兵去攻打澎湖，我也领兵去攻打澎湖，如何？”
姚启圣的意思是，他和施琅都去攻打澎湖，谁也不坐镇后方。显然，姚启圣这是一种无奈之下的折衷办法。但施琅却缓缓地摇了摇头。施琅道：“姚大人，此去攻打澎湖，前途莫测，如果我等都上了前线，如果我等都不幸发生了意外，那皇上赋予的收复台湾的神圣任务，还有谁去完成？”
施琅说的虽有些严重，但却也并非没有这种可能。姚启圣这才算真正地明白了施琅为何坚持要留下一个人镇守后方的真实意图。然而问题是，施琅也好，姚启圣也罢，谁都不想留下来镇守后方。从此不难看出，施琅和姚启圣二人，确有一种“有福同享、有难同当”的味道。这“味道”，从某种角度上说，不失为人间的一种真情。而芸芸众生中，许多人感而叹之的，不就是缺少这种人间真情吗？
施琅最后无可奈何地对姚启圣道：“姚大人，看来我们只能通过抽签来决定谁去谁留了！”
姚启圣想了想，似乎也只能这样了。“好吧，就依钦差大人说的办。”
俩人正儿八经地找来了一个公证人。由公证人做了一长一短两支签。事先说好了，谁抽到长签谁就领兵出征。
抽签的时候，施琅和姚启圣互相推辞，都让对方先抽。施琅言道：“姚大人若真的不想先抽，那施某就不客气了。”姚启圣想了想，急忙言道：“不，姚某想先抽……”
姚启圣抽签了。他抽签的时候自然十分紧张，不仅那只抽签的手了，就是整个身体，也在止不住地颤抖。而施琅，似乎比姚启圣还要紧张，不仅两只眼睛一眨不眨地盯着姚启圣那只抽签的手，而且两颗眼珠，差不多已真真切切瞪了出来。
姚启圣几乎鼓足了全部的力量，咬牙切齿地终于从签筒里抽出了一支签。可那支签刚一抽出，姚启圣就仿佛要瘫在地上了。因为，他抽出的恰恰是那支短签。
当施琅明白无误地证实了姚启圣抽签的结果后，施琅高兴得大喊大叫起来：“姚大人，这是天意啊！”
是啊，“天意”难违。如果康熙皇上真的是“真龙天子”的话，那施琅也就真的是“天意”派来去收复台湾的。
姚启圣多少有些垂头丧气地道：“钦差大人放心，我姚某既然抽出了签，那就决不会赖账！”
施琅见姚启圣那么一副没精打彩的模样，心中似乎有点不忍。他走到姚启圣身边，轻轻地言道：“姚大人不要灰心。待施某出征澎湖，葬身鱼腹之后，你便有机会去收取台湾了！”
姚启圣自然知道施琅是在宽慰他，于是连忙言道：“钦差大人万不可这么说。待钦差大人收取台湾之后，姚某定与钦差大人喝他个一醉方休！”
“好！”施琅重重地道，“有姚大人这句话，我施某定会平安归来！”
领兵攻打澎湖的人选确定了之后，就该去决定攻打澎湖的具体时间了。姚启圣问施琅道：“不知钦差大人想何时去攻打澎湖？”
施琅回道：“肯定是在二十号之前。具体时间，我不想确定。一，防止再度泄密；二，我想选一个最佳的时机。”
姚启圣明白施琅的意思。从福州海岸到澎湖列岛，行船只需大半宿时间。如果选到一个合适的夜晚，出兵澎湖，是极有可能对刘国轩进行突然袭击的。之后，施琅命令各军：作好一切战斗准备，随时准备去攻打澎湖。
施琅等待的那个“最佳的时机”终于来到了。那是六月十五日。几乎没有一丝风。海面上平静得都叫人难以置信。黄昏的时候，一场罕见的大雾几乎笼罩了整个台湾海峡，而且天色愈暗，大雾愈浓。在这样的天气里，即使两只船在海面上相撞，恐怕都不知道发生了什么事。当然，这样的夜晚，也不会有什么船只扬帆出海的。只不过，施琅却是个例外。
施琅对姚启圣道：“姚大人，我要去攻打澎湖了！”
姚启圣当然知道施琅已经作好了一切出发的准备。他什么话也没说，只默默地将施琅送到海边，然后紧紧地握着施琅的手道：“施大人此次出征，姚某只有两件事要嘱咐。一，施大人在作战时，千万千万要小心。二，施大人如果战事吃紧，望速派人告知姚某，姚某将倾全力驰援！”
施琅回道：“姚大人嘱咐，施某已铭记在心。施某决不会让姚大人失望！”
施琅登上一只战船走了。很快，施琅及他所率的那支庞大的船队就消失在黑沉沉的海面上。虽然姚启圣的眼前是一片黑暗，但姚启圣却清清楚楚地看见了，那施琅正巍然屹立在船头，目光犀利，信心十足。
施琅此次出征澎湖，共率战船二百艘，船载火炮一百门，登陆作战士兵二万名；小型炮船五百艘，船载火炮五百门、炮手一千名；还有他施琅自己乘坐的大型指挥船一艘，船载火炮十门、官兵千余人。另外，还有导航的渔夫、船工若干。单从军事实力而言，施琅比澎湖，显然要占一定的优势。但问题是，施琅是攻，澎湖是守，攻守之势的变化，绝非能简单地说清楚。更主要的，如果刘国轩的兵船不能被很快地消灭，那施琅恐怕就一点优势也没有了。
所以施琅就异常地小心谨慎。无论大小船只，一律不许点灯，全在黑暗中行进。如果哪只船不幸触礁，其他的船只不得抢救，只顾前进。看起来施琅这样做很有些残忍，但他是在抢时间、争速度，为即将到来的战斗做良好的准备。因为在如此黑暗的海面上，船队行进的速度很慢，如果再中途耽搁，那在预定的时间内就无法到达预定的地点了。
船队行至半夜时分，离澎湖列岛已不是很远了，施琅就把兵力一分为二：那二百艘战船改道向北，自己亲率五百艘炮船绕道向南。