御驾亲征高丽王国，前后攻克玄菟、横山、盖牟、磨米、白岩、辽东、卑沙、麦谷、银山、后黄等十城，迁徙辽、盖、岩三州百姓加入唐朝户籍的有七万人。新城、建安和驻跸山的三大战役，阵亡的高丽兵将四万余人，唐军战死将近两千人，战马损失十分之七八。李世民以错误的判断为前提，错误地选择了征服对象，在错误的天时地利条件下，以错误的指挥打了一场错误的战争。朝鲜半岛三国之间的内部纷争，唐朝大可不必介入。李世民兴师动众，主要原因不外乎步人老境以后，走上了好大喜功、扬威异域的道路，把大臣的苦谏都当做耳旁风，主观臆断，一意孤行，执意在有生之年偿此东征的宿愿。他打着“内为隋主杨广雪耻、外为新罗报仇”的幌子，将开边拓土当做一己的功业，就不再顾及国人与邻国军民的苦难以及死活了。
亲征失败，李世民悲天悯人，思绪万千，不禁想起了贞观十六年君臣问对时，魏征的一席肺腑之言：“陛下圣德微妙高远，居安思危，伏愿陛下能够经常控制自己，以保全坚持到最后的美名，那么千秋万代都能得到好处。”他深感惭愧，懊恼不已，既悔恨自己放弃了求谏致治，又责怪臣工以曲相谀悦代替了直言规谏。可是又不便发泄牢骚，也不愿意公开认错，于是以委婉的音调绕着圈子叹息说：
“哎，要是魏征还在世的话，无论如何也会进行阻拦，不让朕御驾亲征。”
长孙无忌感到脸上无光，垂下了双肩，默不作声。
李世民斜睨了他一眼，解释说：“朕的感想，纯粹发自内心，主要是针对自己说的，也可以说是对国家大计的一番反思。位居尊极的天子拥有绝对的权力，却并非绝对正确。智者千虑，必有一失。人君离不开忠良辅弼，离不开臣下的匡正。”
“兴师征辽，臣与楮遂良一谏再谏，皇上就是听不进耳。”长孙无忌有些不服气，又想洗清自己。
“你们的话，软弱无力，说理不充分，远不如魏征深谋远算，据理力争，切中要害。他呀，雅有经国之才，性情抗直，无所屈挠，品格高尚，身正而心劲，上不负人主，下不阿权贵，中不移亲族，外不结朋党，不以逢时改节，不以图位卖忠。”
“我朝谏臣济济，其中最杰出的当推魏征。”李道宗附和说。
“对。魏征不愧为直臣、良臣，而且也是一位大大的忠臣。我们不应该无端地猜疑他，贬低他，或者攻其一点，不及其余。而要凭事实说话，肯定他的功劳和政绩，恢复其本来面貌，把他的良好形象牢固树立起来。”
李世民命李道宗乘驿马昼夜兼程前往魏征墓地，用少牢（羊、猪）祭祀，重新竖立以前推倒毁坏的墓碑。征召其妻子儿女到行宫，予以抚慰赏赐。
大军返回营州（今辽宁朝阳市），下诏收集辽东征战阵亡将士的尸骨，安葬在柳城（营州州府）东南，用太牢（猪、牛、羊）祭奠。李世民亲撰诔文哀悼亡灵，痛哭流涕。死者的家人听到传闻，纷纷表示：“儿子战死辽东，天子亲自哭祭，还有什么遗恨！”年轻时屡战屡胜的常胜将军，竟以最后一次征战失败来结束自己的戎马生涯。虽然在战场上并没有吃败仗，但是损失惨重，劳民伤财，人员伤亡，用血的代价换来的却是无限的伤感和遗憾。李世民从悔恨交加中寻找到了一种自我安慰，他用手指着尉迟敬德、秦叔宝和程咬金等老将军，恳挚地对薛仁贵说：
“当年跟随朕征战的将领，都已步入老境。朕只想得到骁勇善战的后起之秀。没有人能比得上你。得到辽东朕并不高兴，高兴的是得到了你。”
“臣乃微不足道的草民，”薛仁贵诚惶诚恐地跪拜道，“仅有几斤蛮力，深恐有失陛下的重托。”
“听说你是薛安都的六世孙，名将之后嘛。”
“说来惭愧，家道早已衰败，臣在家当雇农，住窑洞，连妻儿都养不活。”
“你妻子叫什么名字来着？”
“王宝钏。”薛仁贵眨了眨潮湿的眼睛，“要不是她支持，我还不一定会投军。”
“好一个贤德的妇人。雷氏兄弟殉国了，朕准备把你留在身边。你把家室接到京城来好啦。”
“谢陛下的关怀。”
“你有什么要求？”
“臣只想跟陛下学习射箭。”
“你也喜欢弓马？”尉迟敬德插嘴问道。
“弓马是手腿的延伸，战场上随时都可以发挥作用。”
“你的马呢？”
“战死啦。”
“别难过。”李世民拍了拍薛仁贵的脑袋，“回京后，朕赏你一匹御马。”
“大总管说，有匹什么狮子骢，养在御厩没有人骑。”
“那是一匹烈马，给你骑蛮合适。”
君臣志趣和爱好相投，谈得十分开心，直到长孙无忌前来觐见李世民，薛仁贵才告退。
“太子亲自来迎接圣驾，快要到了。”长孙无忌奏报说。
“朕正想早点见到他，我们一起走吧。”
李世民率领三千飞骑护驾，和长孙无忌奔人临渝关（山海关），在中途与李治相遇。李世民从定州出发时，曾指着身上穿的褐色长袍对李治说：“等到再见面时，我才换下它。”在辽东，即令盛夏酷暑，汗流浃背，李世民也没有更换。到了秋冬，长袍既破又脏，穿着漏风，秦叔宝和程咬金请求他换掉。李世民不肯：“将士们一身破烂，惟独我穿新衣。行吗？”
“儿臣已给三军将士备好了寒衣，”李治奏报说，“到幽州都可以换上新的。”
“那朕就到幽州跟将士们一起更换。”
“父皇必须先换。”李治强调说，“归化唐朝的高丽人，都在幽州等着你咧。”
唐军所俘虏的高丽百姓一万四千多人，先集中在幽州，准备分别赏赐给将士们做奴仆婢女。李世民怜悯他们父子夫妻离散，旨令有关官署按照他们的男女、年龄和体质等评估价格，由国库拿出银钱、谷米或布帛赎为平民。高丽人谢恩的声浪经久不息，持续了三天之久。李世民御驾抵达幽州，高丽人在城东欢迎，焚香跪拜，舞蹈欢呼，扬起的尘土弥漫开来，像浓密的雾霭一样遮掩了半边天。
从定州出发时，李世民由于劳累过度，身上长了痈（一种毒疮），靠不得背，无法安眠，非常痛苦。不能骑马，只得乘坐软轿缓行。到达并州时，李治用嘴给父皇吸脓，扶着轿子步行护送。数日后，李世民痊愈，文武百官跟着松了一口气，十分欣幸。李世民得知薛延陀汗国南下侵扰河套等地，决计留下秦叔宝、程咬金和尉迟敬德对边防进行部署。侍中刘洎留在定州辅佐太子，仍兼任左庶子、检校户部尚书，总理吏、礼、户三部尚书事。兴师出征时，李世民对刘洎说：“朕要带兵远征，留下你辅佐太子，国家安危托付给你，望你深深体会朕的心意。”刘洎感情冲动，对答道：“陛下不必忧虑，即使大臣犯罪，臣也会毫不留情地处死他。”李世民对他口出狂言甚感奇怪，警告道：“卿家性情疏阔而又强硬，会因此闯出大祸。要谨慎啊！”御驾从高丽返抵定州，刘洎见李世民患病，从行宫中出来，满面愁容地对同僚们说：“皇上病情沉重，叫人担忧。”由于他平时骄傲自满，装腔作势，说话不留余地，得罪了许多人。有人借题发难，篡改原话，添枝加叶，向李世民告密：“刘洎说朝廷大事不足为虑，只要依照伊尹、霍光的故事，辅佐年幼的太子。大臣中有二心的，就杀掉他，局势自然稳定。”李世民信以为真，下诏宣称：“刘洎窥视朕有不适时，阴谋控制朝廷。自比伊尹、霍光，企图加害同僚，借故夷戮。依法当处死刑，赐他自尽，家眷赦免。”
赐死刘洎后，中书令马周兼任吏部尚书。他发觉四时选官过于劳累，请求恢复十一月选官的常制，至次年三月完毕。当时民间男女穿衫者日益流行，马周奏请道：“《礼记》上没有服衫的记载。三代之制有深衣，请加襕、袖、褾、禊，为士人上服。”李世民都一一照准。以后士人所穿的衣衫，便叫做衫。它通常以细布制成，领、袖、襟、裾加饰缘边，在衫的下摆近膝部分，添加一道横襕，以表示尊重古礼，未忘上衣下裳的祖制。
怀才不遇的马周幸遇明主，一路走红，红得发紫，“知遇之恩”的感情油然而生。李世民嘉勉他辅政辛劳，以御笔赐予飞白书曰：“鸾凤凌云，必假羽翼。股肱之寄，诚在忠良。”他是唐朝建国后，从平头百姓中间走出来的，所谓起自民间，见多识广，又有真才实学，心里开窍，精明干练，点子多，奏请多。而且每奏必准，每准则雷厉风行。贞观二十年正月，李世民又批准了他整顿吏治的奏请，派遣大理寺卿孙伏伽等二十二人，借用汉朝考察官员的六条准则，到全国各地按察。刺史县令以下的许多官吏被罢职贬官，前往宫门鸣冤叫屈的接连不断。李世民令褚遂良分类写明情状，亲自裁定，放宽责任事故的处理，重点惩办贪赃枉法。其中由冤屈而擢升的二十人，处流刑以下而被赦免的人成百上千，论罪当处死的仅只七人。
由并州至长安一千三百六十里，御驾一路缓行，三月七日才到达京都长安。对于东征高丽失败，李世民心里仍不服气，羞愤交加，又可恼，又愧恨，还有些困惑。他来不及歇息，就在甘露殿御书房召见了李靖，俯身向前询问道：
“我调动全国的兵力讨伐小小的高丽，却在辽东被困住了。是何缘故？”
“臣未随驾出征，”李靖圆滑地推委说，“不好凭空臆断。胜败原因恐怕只有江夏王才能解答出来。”
李世民再召见李道宗。李道宗详细陈述了在驻跸山时，曾经提出过乘虚直捣平壤的建议。然后爽直地剖析说：“辽东征战，输就输在‘万无一失’四个字上。陛下以往用兵，常常采取出奇制胜，穷追猛打，亲征高丽却慎之又慎，强调步步为营。而辽东只有四五月是好天气，六七月即进入雨季，接着便是长达半年之久的寒冻期，因此必须速战速决。否则，雨潦泥泞和冰雪严寒，都不利于作战与运输军需粮草，只得被迫撤军。”
“噢，看来人算不如天算。算你讲出了道理。”
李道宗的对答，本来发自内心，也切合实际，很中肯。然而他万万没有料到却因此得罪了长孙无忌。到了高宗朝，独揽朝政的长孙无忌新仇旧恨一齐涌上心头，借高阳公主叛逆事件，处死了李道宗。李靖不愧是大军事家，大谋略家，老谋深算，明哲保身，知而不言，把难题推到李道宗身上，让他当了替死鬼。
李世民的病体并没有完全康复，打算安静休养，朝中军国大事一并交付皇太子李治裁决。李治每隔一天便在东宫显德殿处理政务，事毕即到大内甘露殿来陪伴父皇，问寒问暖，不离左右。即使李世民要他出去走动一下，也不愿意走开。李世民只好在寝殿旁边另辟一个院落，让李治居住。可是，他哪能猜透太子的心思，李治守着甘露殿不肯离开，一半无疑是尽忠尽孝，还有一半却是想厮守着武媚，多看上她几眼，有时还可以背着父皇和她交谈两句，凑拢去闻闻她身上那股特别清幽的香气，或者在有意和无意中碰她一下。她那白皙晶莹如同透明玉石的面容上飞起的朵朵红晕，像含羞的月桂，又像带露的芙蓉，使他心旌飘摇，产生无限的遐想。
武媚不论侍候皇上还是侍候太子，都比以往更加周到，小心翼翼。人在生病的时候兴许比较容易动感情，李世民对武媚竞生出了几分同情心，觉得她又可爱又可怜。身处逆境，却能百般忍耐，任劳任怨，无怨无悔。事情多也好，少也好，她的举止和表情都不改变，不乐不忧，不慌不忙，不躁不萎，沉着稳重，凡事料理得井井有条，无懈可击。“难能可贵呀！一个二十出头的女子，多么成熟，多么精细，心到手到，滴水不漏。”转念一想，他又觉得这种藏得深的人最可怕：“谁能悟出她心里在想些什么。常言道，闭口蛇咬死人。她会不会是《秘记》中所说的女主武氏？”李世民不禁毛骨悚然，不寒而栗。
傍晚灰暗的暮色映在灰暗的脸上，殿后的风呜呜地吹，他的心紧缩起来，好像冰凉的蛇爬上了脊背：“不可放松警惕，一定要紧紧地盯住她，严密监视。朕驾崩以后呢？”他蹙着眉头，凝视着余晖横照的天空，“殉葬的制度太残忍。不如变通一下：凡属行幸过的宫人没有生育子女的，一律送进尼姑庵，武媚自然也在其中。”想出了防范措施，他眉头略一松弛，坐到树阴下，微眯着眼睛，望着晚鸦成群地穿过落霞，朝终南山飞逝。