李瑗本来不敢入朝，又经侯君集动以利害，更加害怕。送走侯君集以后，他又召来心腹谋士兵曹参军王利涉，密商起兵之事。
王利涉也极力鼓动他起兵，但却认为侯君集为人反复多诈，建议他乘起兵之时将其杀掉，以绝后患。
李瑗终于下了决心，于当夜将朝廷使者崔敦礼拘捕，并立即派人驰往泾州，联系罗艺。定于第二天一早，公开竖起反旗，以号召天下。至于是否杀掉侯君集，待起兵之后，看情况再定。
一切安排妥当之后，他才回寝室睡下。睡到傍明时分，忽听得府院之内人马嘈杂，杀声震天。他急忙爬起身来，尚未来得及穿衣，早有一队兵勇冲进了室内，口里喊着：“杀死反贼李瑗，莫让他跑了。”
“汝等何人？谁说本王欲反？”
一个副将冲到床前，厉声说道：“天下太平，人心思安，谋反滋事者，人人可得而诛之。今日让你死个明白，我等乃受副都督差遣。”
“侯君集这个王八蛋，我日你姥……”一句话还未骂完，那偏将早已手起刀落，像切西瓜似的割下了他的脑袋。
与此同时，兵曹参军王利涉亦被杀。侯君集救下了被关押的崔敦礼，派人护送他回到京师，向太子世民禀报了幽州平叛的整个过程。而他暗中煽动李瑗反叛，自然只字不提。
几天后，罗艺在泾州反叛，被他的部下——侯君集提前串通好的内应所杀。
益州行台兵部尚书韦云起，与其弟庆俭、庆嗣都是李建成的旧党。不知是否真得打算谋反，反正也被行台左仆射窦轨以“谋反”的罪名杀掉，奏报朝廷。
建成的旧党谋叛，虽说已是强弩之末，掀不起什么火浪头。但是，在数日之内，便有这么多人因谋叛被杀，已足以让世民感到不安。这些谋反者究竟是真是假，一时还弄不清楚，但这么多人头落地，却让建成的旧党们心惊肉跳，人人自危。必然会为未来种下动乱的祸根。看来魏征说得很对，如不快派人下去抚慰，朝廷的大赦令将真得成了一纸空文。
太子李世民再次向全国下达命令：
六月四日以前事连东宫及齐王，十七日前事连李瑗者，概不追究，并不得相告言，违者反坐。
接着，世民让魏征赶紧起程，宣慰山东。并派房玄龄、杜如晦、宇文士及等，分赴陇西、河南等地，善加抚慰。
魏征一行沿途宣谕朝廷大赦令和太子世民的教命，一路向山东地面走去。
这日走到磁州地界，老远便见十几名兵弁押着一辆囚车，吱吱嘎嘎地迎面走来。开始魏征并未在意，以为不过是地方上的盗贼或刑犯被抓。待走到近前，偶尔抬头看时，不禁吃了一惊。原来是前太子千牛李志安、齐王护军李思行被押在囚车上。
魏征立即横马拦住囚车，高声喊道：“站住”。
光天化日之下，竟有人公然拦截囚车，十几个护卫兵弁各持刀剑，呼拉拉地围了上来：“何方贼徒，要造反吗？此乃朝廷要犯，正欲押送京师，识相的，快闪开。”
魏征的随从也围上前来，众人喝道：“放肆！此乃朝廷钦差魏征大人。”
一听说是魏征，众人不再喧嚷，但仍紧紧地护着囚车，一个官员模样的人走近一步，打躬说道：“魏大人，在下乃磁州典史杨未，奉刺史之命，押送二犯进京，不知大人有何见教？”
“请问，这两个人犯了何罪？”
“他们两个，一个是前太子千牛，一个是前齐王护军”。
“这我知道，我是前太子洗马，还不认得他们？我问的是犯了何罪。”
“回魏大人，此二人系李建成、李元吉死党，与建成、元吉勾结，密谋造反。事败后潜逃至磁州，被我们捕获。”
魏征冷笑道：“朝廷大赦令已颁布经月，你们莫非不知道？快把他们放了！”
“这……”典史杨耒犯了踌蹰，你魏征也是李建成的死党，而且是主谋，怎么忽然成了朝廷钦差？别是潜逃至此，假冒钦差之名，来救同伙的。便犹豫着问道：“请问，魏大人可有朝廷关文？”
魏征知他不相信自己，便笑着拿出了太子李世民的手令，说道：“你不信我魏征，这个总该相信吧？朝廷已三令五申，当今太子又有教命，也已布告全国，你们明知故犯，公然忤旨，莫非要落个‘违者反坐’的罪名吗？马上放人！”
杨典史仍犹疑不决：“魏大人，下官乃奉刺史之命，上支下派，实在不敢做主。”
连与魏征同来的随从们也一齐劝魏征道：“魏大人，算了吧。此事你已管了，也宣示了朝廷和太子的赦命，听不听由他们吧。”其实，随从们是在替魏征捏着一把汗。你毕竟曾是李建成的人，这些都是你的昔日同僚，弄不好落个假公济私，包庇谋逆者的嫌疑，那又何苦呢？
魏征却丝毫不为所动，当下沉下脸来说道：“你只管放人，你们刺史那里有我去说，与你毫无关碍。如若不然，我这就上表参奏，抗旨不遵，你该知道是个什么罪过。”
杨典史无奈，只好命手下放人。李志安、李思行走下槛车，至魏征面前双双跪下，流泪说道：“谢魏大人救命之恩，我等没齿不忘。”
魏征忙将二人扶起，叹口气说道：“二位大人大错特错了，救你们命的，不是我魏征，乃是昔日秦王，当今太子。太子宽仁贤德，大度如海，包容百川，不计私怨，若不是碰上这么一位明主，我与你们一样，恐怕早已成了断头之鬼，枉死之魂了。请问二位大人，不知下一步要去哪里安身？”
志安、思行二人泣声说道：“死里逃生，已属万幸。留下这条命，回乡里佣耕，养家糊口，能了此残生也就罢了。”
魏征沉思一会儿说：“二位又错了，大丈夫处世，岂能如燕雀营巢，鸡鹜觅食，碌碌此生？往昔命运阴差阳错，使我等跟了建成。如今得遇明主，正是为江山社稷、黎庶百姓大展抱负之时。可不能一朝被蛇咬，十年怕井绳。我看二位就随在下同行，宣谕朝廷敕命，慰抚众人之心，为平息动乱，安定地方出一份力，也可将功补过。有你我三人的现身说法，这趟差事会顺利得多。”
二人喜出望外：“有明公指点迷津，我二人情愿追随鞍前马后。”于是，众人同去磁州。
磁州刺史见魏征释放了钦犯，眼看到手的一桩功劳泡了汤，甚不甘心。送走魏征一行之后，立即快马加鞭，赶往京师向世民告状。
“殿下，我看魏征是徇私怀旧，过去他们同恶相济，今日又借朝廷敕命救其同类。不是朋比为奸，也是私心所致。”那刺史奏报完魏征擅放要犯的过程之后，又愤愤然说道。
世民听完，却不禁眉开眼笑，欣喜地说：“好，魏征不愧是忠臣、直臣，未来必是我大唐的柱国之臣。他这是以江山为重，以朝廷为重。若有私心，就该明哲保身，这样的事避之还唯恐不及呢。要说私心，我看你倒是有点。你以为送来李志安、李思行，便可邀功请赏，升官加爵，对吧？我告诉你，你该好好谢谢魏大人才是。倘若你真得将此二人以囚车押来京师，一路上招摇过市，坏了我的安定大计，我不仅要将你贬官削职，说不定会将你下入大牢。”
话音逋落，那位刺史早吓得冷汗直流，扑通一声跪下，连声说道：“微臣知罪，微臣知罪。”
经魏征、房玄龄、杜如晦等人在全国各地奔走月余，到处宣谕朝廷和新太子的宽容政策，终于使建成、元吉的旧势力顷刻瓦解，几乎所有的昔日旧党全都自首归顺。各地的政局迅速地平稳下来，就连那些小股的反叛也再没有发生过。
八月癸亥日，高祖皇上下达制书，传皇帝位于太子世民。