孟真待我实在太好了！他的学业根基比我深厚，读的中国古书比我多的多，但他写信给我总自称学生，三十年如一日。我们见面时也‘抬杠子’，也常辩论。但若有人攻击我，孟真一定挺身出来替我辩护。
傅斯年的死，标志着一个时代的结束。
那时，台湾当局朝不保夕，无暇顾及大陆迁台的教育界、学术界人士。中研院的先生一部分被收容在台湾大学校内。要想领得一份薪水，就得教若干课程。搞研究的大都口讷，为了生计，也就只好“君子动口又动手”。研究工作却很难提上日程。
史语所迁到台湾，被安插在桃园县南部小镇杨梅镇火车站。在铁路通运公司的一座仓库里一待就是五六年。库房窗户小，闷热不通风。从李庄运回南京，从南京运来台湾的文物古董多不能开箱。图书资料也派不上用场，研究工作处于封闭状态。
傅斯年去世后，董作宾接替史语所所长职，这是代理了多年后的众望所归。他勤勤恳恳，又战战兢兢。1953年10月19日，他接到台湾省保安司令部的函询：“为匪区出版之《太平天国革命文物图录》有何参考必要？敬请查照惠复。”台湾省保安司令部收到他的解释后，仍于10月28日呈报“国防部”参谋总长周一级上将：“检获由香港寄台大历史语言研究所董作宾，匪区出版之《太平天国革命文物图录》二本，应否准予放行，请鉴核。”短短几行文字，背
后晃动着刀光剑影。台大的学生张春树见证当年，他说：
我在台大读书四年，最大的苦事就是进图书馆借书。台大图书馆对可借可看之书刊均因政治因素严加控制，任何学人在大陆，其著作全不能看，凡有其文之学报或文集均不易看到；台大师长之著作如为早年发表，或与大陆学者之著作同在一处也都不能看到。
董作宾年近六旬，对甲骨文的研究正值鼎盛时期。然而，这个时期董家食口众多，入不敷出。他的大部分精力都用在维持一个最低生活水准方面。他办《大陆杂志》，在台湾大学教书。1958年离开史语所，去了香港的新亚书院。这都未必是他真心想做的工作。1963年11月23日，董作宾在台北病逝。
1957年4月3日台北“中研院”代院长朱家骅在第三届评议会第一次会议的开幕词及院务报告中，总结回顾了搬迁失败的原因：
当时币值日日下泻，无法保证计划运用，达于极点。然经多方奔走设法，各机关若肯帮忙，尚不至陷于全无办法之处境。乃和谈之议，既鉴于已往西迁八年播徙所受之艰苦，复困到台后之同人，生活起居亦十分困难，安土重迁，自难免存观望之念，不立即设法启程。孰料军事（形势），急转直下，京沪相继告陷，本人之一切努力，至此悉成虚掷。
这段话说得很策略，实际上是不敢正视人心向背的真实原因。
1949年是一个重要的时间节点，似一柄历史长剑，切割了中研院厚重的过去，划出了一道汹涌澎湃的台湾海峡。而分置在两岸的原中研院同人，各自都会有一段泥泞。走出那段岁月，才会有一个新的开端。