1950年7月，夏鼐来到北京，加盟中国科学院考古研究所（简称中科院考古所）。此前，他曾多次表示不想当官，只想搞业务。但他显然无力主宰自己的命运。新任考古所副所长梁思永在信中写道：“考古所之发展，大部须依靠兄之努力，有此名义，可有若干便利，兄绝不可谦逊，更万不可言辞。”197月29日星期六，中科院考古所副所长夏鼐出差南京，重访鸡鸣寺路中研院故地。现已是中科院办事处。他找到谢振林，会晤旧识张珏哲、赵九章、吴磊伯、傅承义、吕炯等。然后偕谢君踏上史语所旧址。人去楼空，物是人非，造物弄人！前史语所代理所长夏鼐写道：
门上招牌已经卸下，放在贮藏室中。匾阴跋语末段云：“三十五年除治芜秽，修葺户壁，一新屋宇，其年十月研究所自南溪复员，三十六年三月上此匾，集开成石经字，用祈永无播迁。”读罢不禁感慨系之，想不到三十七年即又播迁，孤踞海外，将来不知又作何归宿。所址现改归地质所及气象所借用，惟四楼及活动屋二幢仍贮藏史语所公私物件。剩余出版品颇多，中西文日报合订本、日文书籍等亦数千册。所中墙壁已多剥落，照相房为两所借用，后面库房改为工场，从前堆置陶片箱之席棚，现仅剩陶片两大堆，皆安阳出土物也。余私人所存之物，仅剩书箱及网篮，另有二皮箱（一系零星杂物如台灯等，一系十余年来所保存了私人信札及留欧所购明信片等）已经遗失，其中一箱为十余年来友人来信，失之殊为可惜。
夏鼐领命考古所副所长时，梁思永表示：“所中一切事情都由我与郑先生管好了，我只希望你带一班小伙计们在外面多跑跑。”履职仅一周，夏鼐就率队前往河南辉县。那次考古发掘，首次在安阳以外发现了早于殷墟的商代遗迹。次年春，他又风尘仆仆前往河南中、西部地区进行调查发掘，证实了渑池县仰韶村遗址不仅有仰韶文化遗存，而且有龙山文化遗存，确认郑州二里冈是一处早于安阳殷墟的重要商代遗址。1951年10月，夏鼐马不停蹄，又赶到长沙。正当他俯下身子，潜心田野工作之时，又接到所里催促他返京的电文。
1951年10月，毛泽东在全国政协一届三次会议上提出，首先要在知识分子中间进行思想改造。1951年11月30日，□□中央发出《关于在学校中进行思想改造和组织清理工作的指示》，开始了第一场暴风骤雨。原中研院的旧人首当其冲，尤其是人文与社会科学的研究者。
陶孟和被中央人民政府任命为中科院副院长。建院之初，根据分工，副院长陶孟和分管社会、历史、考古和语言四个研究所，兼任联络局局长。在他的建议下，他长期主持的原中研院社会所于1952年由南京迁北京。但不久社会学即被视为伪科学遭到批判，该学科后被取缔。后来，院领导调整分工，陶孟和分管编辑出版及图书馆工作。他在院长郭沫若的领导下，未必心情舒畅。时在中科院工作的赵俪生在《篱槿堂自叙》中写道：