案情至此似乎已经水落石出。孰料传唤到堂的爱仁堂老板供称：自己并不叫“钱宝生”，而叫钱坦；更是从未卖过砒霜给杨乃武。案情至此再次出现重大疑点，倘若当时官员能够摒弃成见，重新审视案情，则冤案仍有可能澄清。但刘锡彤反而前去“诱供”证人钱坦，承诺只要他指证杨乃武，保证不追究他的任何责任，并威胁说：杨乃武已全部招供，如果钱坦拒绝指认，则有包庇之罪。如此，钱坦的“证词”也顺利到手了。一场证据链条完美的冤狱就此完全成形。
【“暗访”成“明察”，上级衙门把关功能形同虚设】
同治十一年（1872年）十一月初六，杭州府判决：葛毕氏因奸情谋杀亲夫，处以凌迟之刑；杨乃武授意谋害他人亲夫，处以斩立决。这一判决被上报至浙江按察使衙门，请求批准。
浙江按察使蒯贺荪也是举人出身，对杨乃武放着大好的举人前途不顾，而为一个女子赔上自己的身家性命多少有些怀疑。但蒯贺荪为了省事，并未仔细核对案卷材料，而仅仅是把负责此案审讯全过程的余杭知县刘锡彤找来询问了一番。自然，刘锡彤给予按察使大人的，必然是拍着胸脯的无冤情的保证。于是，卷宗里那些疑点，譬如钱坦从未叫做钱宝生，就这样轻易地从按察使衙门滑过去了。随之，案卷被送至浙江巡抚衙门。
巡抚衙门是掌管一省事务的综合性衙门，事务繁多，在刑狱方面把关的能力和精力上，自然都不如专门负责刑名事务的按察使衙门。巡抚杨昌浚委派了一名候补知县去案发地做了暗访。而这名候补知县则把暗访办成了“明察”——他在余杭县的一切行动，都依赖造就冤狱的知县刘锡彤安排。其结论自然可想而知。
同治十二年（1873年）十二月二十日，浙江巡抚杨昌浚以杭州府所判决的原罪名，将案件上报给了朝廷。
翻案的逻辑：朝廷考量的是政治，不是真相
朝廷接到浙江巡抚的案情汇报的同时，也接到了杨乃武之姐杨菊贞进京上访的申冤材料。上访期间诸多曲折艰难，此处略过不提，结果则众所周知：在朝廷持续长达一年多的压力之下，光绪二年（1875年）十二月九日，刑部在北京海会寺公开开棺验尸，结论是：葛品连周身大小骨殖均呈黄白色，确认并非中毒而死。
【冤不冤是一个问题，□□不□□是另一个问题】
开棺验尸之后，冤案与否已经不存在争议。但朝廷如何决策，显然与真相无关——大批重量级的官员反对给冤案□□，例如虽然毒杀葛品连之罪已经洗清，刑部尚书桑春荣却继续嘱咐相关人员“研讯杨乃武、葛毕氏，强其自伏通奸罪”，仍然希望以此罪杀掉杨乃武与葛毕氏。
另一位刑部尚书皂保则认为：一手制造冤案的余杭知县刘锡彤是大学士宝鋆的“乡榜同年”，所以必须保住刘锡彤。