福建注重拓展与广东的合作交流，努力从更大的市场、更广的空间来谋划和推进”海西“建设；广东按照《泛珠三角区域合作框架协议》，积极支持”海西“建设。两省协作项目已从基础设施、资源开发向旅游开发、环境保护、市场开拓、科教文卫等领域延伸，协作要素已从资金、劳务向科技、人才、信息等领域扩展。两省共同加强环境保护，推进流域治理及有关环保协防，积极构建和谐发展环境。两地联手强化市场监管，整顿和规范市场秩序，营造公平、开放的良好市场环境。双方配合落实区域通关合作协议，区域通关一体化和”大通关“建设取得新进展。
2009年8月，闽浙粤赣四省20个设区市共同召开了”海西“旅游区域协作研讨会，并签署了旨在”优势互补、联谊合作、共同开发“的《海西区域旅游营销福州宣言》。2010年8月，两省政府签署了《关于加强闽赣两省海西港口经济合作的框架协议》，加强两省在对台、对外贸易和物流发展上的合作，共同建设江阴集装箱、湄洲湾矿石、液体化工等三个码头项目；还签署了《闽赣两省全面实施跨省区进出口货物直通放行和区域通关协作备忘录》［28］。
为扩大招商引资和经贸合作搭建平台，福建省利用每年举办的”9·8“和”5·18“、”6·18“等大型国际性、区域性的经贸洽谈和会展，邀请泛珠区域兄弟省（区）参加，构建区域统一市场和”海西“协作体系。目前，福建省区域协作主要通过以福州市为龙头的闽东北（闽浙赣皖14市）经济协作区和以厦门市为龙头的闽西南（闽粤赣13市）经济协作区开展，福建省建立常设的协作办公室，共同制定两大协作区”十二五“合作发展规划，在山海协作等方面，开展了大量的工作。这两个协作区已经召开了多次协作区联席会议，取得了积极效果。包括福建龙岩、广东梅州、江西赣州无线电管理协调；在社会医疗方面，江西和广东梅州新农合报销医院的互认，并积极开展人口和计生的协作；在产业对接方面，以及各种商品、投资和旅游的推荐会等产业对接机制；在环保方面，推出了厦（厦门）漳（漳州）龙（龙岩）环保合作机制，和梅（梅州）龙（龙岩）建立汀江、韩江水质监测信息通报机制；在交通和物流方面，积极推进闽粤赣区域物流中心，”十一五“期间，区内基本形成”五纵五横“的区域内大交通体系。
在与台湾关系上，每年福建省以”海西两岸“名义举行的品牌大型交流活动超过100项，共同推出海峡旅游品牌。截止2011年2月，全省累计批准台资项目12164项，合同台资336.72亿美元，实际到资283.35亿美元，实现贸易总额789.86亿美元。其中2010年吸引台资项目458项，比增31.6%；合同台资16.56亿美元，比增140%；实际利用台资26.68亿美元，比增5.3%；实现对台贸易103.89亿美元，比增48.58%。［29］2010年8月27日，正值ECFA签署，作为第六届泛珠三角区域合作与发展高层论坛的主办方，福建省首次邀请台湾知名人士发表演讲，并邀请台商投资企业代表出席本届泛珠大会。此外，福建在全国率先推出对台合作先行先试十项举措，比如，按照”同等优先、适当放宽“原则，放宽台商投资领域；支持闽台开展金融紧密协作，允许银行、保险、证券等金融机构双向互设、相互参股，并确定在厦门进行两岸区域性金融服务中心试点；率先筹备设立海峡产业投资基金；率先与台湾口岸信息平台实现对接……
（三）“海西”区域政府协作中存在的问题
（1）协作的意愿不强。
虽然“海西”在推进区域一体化建设方面取得了很大进展，但“行政区经济”以邻为壑、“各自为政”、“上有政策，下有对策”的传统思维和理念仍然存在，影响甚至制约该区域一体化建设的纵深推进。
目前，“海西”政府间协作，大多不是有关各方集体选择的结果，更多的是由共同的上级政府通过行政命令或其他权力运作的方式达成的，这类协作缺乏充分的利益协商，其运行的可持续性及效果难以保障。［30］在跨区域合作的共识还没有真正形成，更没有成为地方政府及其部门自觉选择的情况下，很难真正建立有效的区域协作治理。政府间许多共识的达成是靠领导人做出的承诺来完成，而不是通过充分谈判协商得以保障。虽然在越来越多的领域，已经达成了意向性的协议，但缺乏法律效力的要件，又使得这种原则性的协议缺少权威性。而且政府间协作一般采取集体磋商的形式，这种形式容易在涉及实质性利益的问题上由于分歧太大而无法达成共识。
此外，为区域协作行为和解决区域争端提供的激励，如利益补偿机制的缺失，以及相关协议方所承担的责任、义务不明晰，对违反“游戏规则”者予以追究、惩罚以使其望而生畏的机制不足，使得这些协作协议由于缺乏现实操作性，而无法得到有效履行。这又进一步强化了地方政府参与协作的消极性，使得“有利则合，无利则分”成为各方必然的选择。
（2）协作的机制不畅。
由于历史上的行政区经济发展模式、地理阻隔及区域内缺乏核心城市和产业链接的原因，“海西”区域内各城市制造业结构严重雷同，同质竞争情形十分突出，因而它们在产业分工和城市群协作中未形成梯度层次。虽然这些省份都形成了大大小小具有自己优势的产业和重点培养的产业集群，但由于经济发展的参差不齐，大多是民营企业较为发达，国企发展相对落后，而民企大多存在相同的发展背景，从小到大，从易而难，为国企配套或者为出口服务，因此很大程度上存在着产业趋同和发展后劲不足。
由于地方政府最大程度地追求着本行政区域内的狭隘利益，使得目前“海西”协作的行业主要集中在商贸和旅游、物流交通、环保、计生等方面，而在更深层次的产业协调方面仍然相当有限。
（3）协作的动力不足。
福建省作为“海西”主体，却因体量过小，难以发挥区域“增长极”的作用，并不能有效协调“海西”整个经济区的一体化发展。［31］
就“海西”而言，周边有“泛珠”、“长三角”，而且这三大经济区存在交叉重叠，每个重叠地方都会受到多个区域中心的吸引。福建身处“海西”和“泛珠”两个区域，一个为主，一个为次，面临角色定位的尴尬局面，反之亦然。根据理性经纪人的原则，哪个经济区的政策和利益对自己更有利，该地就会倒向哪一方。与上海等发达城市相比，福建自身体量偏小（2010年GDP达14357.12亿），目前福建省推进“海西”协作主要通过以福州市为龙头的闽浙赣皖14市经济协作区和以厦门市为龙头的闽粤赣13市经济协作区来开展，但是福州和厦门经济总量与国内同级城市相比，并没有特别突出的优势。福州2010年GDP刚刚突破3000亿元，而厦门2010年GDP首次突破2000亿元。除了福州和厦门，“海西”区域内虽然城市众多，但缺乏有较大优势、辐射力极强的中心城市。
也就是说在三足鼎立的经济布局中，福建处于弱势，但又是“海西”的主体，协作的引导力不足，吸引力不足，“难以服众”，小马拉大车的模式难以协调，其他“强势群体”或利益受损的地方政府势必会选择主动回避、消极怠工，从而导致“海西”区域协作难以开展。
（4）协作的制度供给和有效监督不力。
“海西”现有政府间协作大多停留在双边或多边签署某一方面的协议，省部间或地方政府间协商、互访形成的纪要、备忘录等方式上，这些协作方式比较单一，原则性强，操作性不足。虽然2011年3月国务院批准了《海峡西岸经济区发展规划》，使得“海西”经济发展规范上升到了国家制度层面，但一体化的法规制度依然缺失。
在处理区域协调问题上，尚缺乏各种有效的区域利益协商机制、争端解决机制和政绩考核机制等。目前，“海西”已经初步建立固定的议事规则和工作程序，但是工作效果更多地依赖于领导小组召集人对此工作的重视程度和个人权威，差异性比较大。［32］