1939年3月，赖琏自重庆来汉中的路上，在广元附近遇见了前往重庆请愿的原北洋工学院的200多名学生，最终他成功劝说这200多名学生返回城固，把他们暂时安排在龙头镇和七星寺，并请教授给他们上课，半年后这些学生全部回到西北工学院本部古路坝上课。随后他赶到古路坝，召集全体师生开会，做了一番感人肺腑的讲话，并宣布次日复课。次日他亲自到各班各系督促学生正式上课。当时课堂的桌椅几乎全在罢课期间损坏了，赖琏便要求除了女生和身体衰弱的学生坐在剩下来的破椅子上之外，其他学生一律站着上课，并限令总务处在两周之内赶制1000套桌椅，配备所有教室。同时他还下令整顿教职工和学生食堂，对原定要开除的学生，因时值抗日战争时期，为免流离失所，决定另行处理，有的继续留校学习，有的转其他大学继续完成学业，毕业时由西北工学院发给毕业文凭。经过实施一系列措施，学生的情绪安定了下来，学校恢复了秩序。
赖琏主持国立西北工学院多年，尤其是前三年，对西北工学院的发展倾注了心血，逐渐将其建设成抗战后方最完备的工科大学。他加强管理、严肃考试纪律、扩建校舍，还因陋就简建立了几间实验室；他注重学生书本学习和实践的结合，那时从西安到宝鸡的陇海铁路线上，有很多内迁的工厂，赖琏和他们联系，安排学生暑假到工厂学习；随着学生人数的增加，他又在城固县城边的七星寺，办起了一个分校，安排一年级学生和先修班在此上课。
客观来讲，赖琏在国立西北工学院是比较受师生拥护的，以致于三年后，他被任命为西北大学的校长，西北工学院的师生竟不愿意让他走，后□□采取了一个折中方案，让他同时兼任两所学校的校长。赖琏之所以能得到西北工学院师生的拥护，除过他做了一些有益于西北工学院发展的事情之外，还有其他几个原因：首先，他处理的学校里的矛盾，与意识形态斗争没有太大关系，主要是人事纠纷，比如他刚接手时所面临的罢课局面，就是合并在一起的北洋工学院和北平大学工学院、东北大学工学院和焦作工学院之间的矛盾所致，而随着原北洋工学院院长李书田的出走，加之赖琏采取了一系列适当的、安抚人心的措施，矛盾就化解了；其次是工学院的学生不如文科学生好动，政治热情不是特别高，大多数人还是想好好读书，不想折腾别的，没有给赖琏的管理带来什么麻烦，赖琏自然也就和学生之间没什么太大的矛盾对立；第三，赖琏本身是从美国留学归来的工学硕士，还是有些学问的，这一点，估计得到了西北工学院学生的认同。赖琏自己在西北工学院，心情也比较愉快。那时后方大学有三个有名的“坝”，一个是成都华西大学的华西坝，一个是重庆中央大学所在的沙坪坝，一个是西北工学院所在的古路坝，有人称华西坝为天堂，沙坪坝为人间，古路坝为地狱，但在赖琏看来，这纯属无稽之谈。古路坝相对华西坝和沙坪坝而言，固然办学要艰苦一点，但环境非常之好，这里气候适宜，鸟语花香，天主教堂和新修的校舍，坚固耐用，更重要的是极少受到战争的波及，因此赖琏将其称之为“世外桃源”。