四合院风水很讲究房与房之间的关系，尤其是几进的大四合宅院有许多禁忌。若几进院落平行，必须建在一条线上，俗叫一条脊，又叫一条龙，又必须同样高低。若有错前的，叫孤雁出头，屋主会丧偶。若错后叫错牙，小两口会不安。若高低不同的，叫高的压了低的气。左边的房子可以高于右边的房子，绝不允许右边的房子高于左边的房子。俗规是：左青龙右白虎，宁叫青龙高万丈，不让白虎抬了头。在同一院内，即使是自家盖房子，偏房不能大于和高于主房，前边的房子不能高于后边的房子，否则叫奴欺主。
风水认为，四合院中不宜有无人居住的破屋。宅前破屋使人很扫兴；破屋会滋生细菌；破屋容易藏贼；破屋容易倒塌，小孩在里面玩耍，有生命危险。此外，破屋还会使人梦见鬼神，引起幻觉。