狄仁杰官居宰相参与朝政之时，也正是武承嗣得志之时，这一时期也是狄仁杰几次步入险境之时。武承嗣看到狄仁杰刚正不阿，而且言语中处处表露出李氏为皇家正统，这让武承嗣很是担心，他深怕狄仁杰将是他立为皇嗣的障碍之一。后来几次较量后，他就肯定了这一猜测。于是他便想方设法除掉狄仁杰。
武则天原本是一位皇后，因为她代多病的李治管理朝政，所以渐渐掌握了大权，后来她废掉了自己的皇帝儿子，自己当了皇帝。这让天下人很不服，当时有很多人反对她，因此她也怀有一颗多疑之心，对于谋反之事很是敏感。只要是有反的行为，不管此人有多大的功劳，武则天都会很反感，有人因此失掉了性命，因此一时之间朝野之中有种紧张的气氛。这时一些人便利用这个机会来铲除异己。这位武承嗣也是如此，他知道别的罪名不足以让武则天相信，但是谋反之罪定会让武则天气愤，这样就会将狄仁杰除掉，这招的确很阴险。
长寿二年（693年）正月，武承嗣勾结酷吏来俊臣诬告狄仁杰等大臣谋反，这是他预谋已久的事。武则天很反感谋反，但她绝不会姑息，因此决定先调查清楚再说，如果无罪固然好，但是如果是真的也不会轻罚。这样，狄仁杰等就被关入了监狱。武则天对来俊臣说，只要查明真相就行了，千万不要对他们动刑。但是来俊臣没有按照武则天的意思去做，他对狄仁杰动用了刑罚，并且采用了诱供的手法。因为当时法律中有一项条款：“一问即承反者例得减死。”这是来俊臣逼迫狄仁杰承认“谋反”的一个圈套，狄仁杰如何不知道他的奸计，但是没有办法。与其被来俊臣酷刑逼死，不如等待时机，狄仁杰于是服了罪，他说：“大周代唐，万象更新，我是唐的旧臣，应当被杀掉，我谋反是实！”来俊臣这么快就能得到满意的口供感到很高兴，他对狄仁杰说“这样才识时务”，于是便将狄仁杰等收监，只等到时行刑。
这个时候，判官王德寿心怀鬼胎，他想利用此机会来除掉自己平素的障碍——平章事杨执柔。于是，他来到狄仁杰的面前，告诉狄仁杰如果他能够诬告杨执柔也参与了这次谋反，他一定保证狄仁杰会从轻发落。狄仁杰听了，不由大怒，他说：“你当我是何等人，竟然让我做如此有损阴德的事，让我有何面目存活于世。”狄仁杰说完便用头重重地撞击监狱的柱子，顷刻间血流满面。看到这种情况，王德寿感到十分震惊，他没有想到狄仁杰竟是这般正义而又刚烈之人，虽然自己身处囹圄，但绝不会牵连无辜之人。可见他的高义，王德寿连连向狄仁杰道歉，说自己不该如此，忙叫人给狄公包扎伤口。狄公果然是高义之士，其高义之行让人佩服。世界上有很多人，在困难之中因为生存而失去了气节，这往往可以理解，毕竟生存是人的本能，但是在困境之中，能够依然维持正义坚守气节，这更加让人佩服。而狄仁杰正是这样的人，他没有为了自己的生命出卖别人，真是一个仁人君子，那些小人的腐竹之光怎能与其日月般明亮的光芒相比？
来俊臣自以为已经完成任务，只等武则天下旨定狄仁杰的罪。他也放松了对狄仁杰的监视。在无人之时，狄仁杰拆开被头帛将自己的冤情写入，并将几日来所遭受的待遇全都写在了上面。写好之后，将其放入棉衣之中，又重新缝好，然后请狱吏转告家人取走其棉衣，他说：“天气已经转热，所以就用不着棉衣了，请你让我的家人换件薄的衣裳，我的家人不会白让你走一趟的，一定会给你赏金的。”狱吏便答应了狄仁杰，把棉衣送到了狄仁杰家中。狄仁杰的儿子狄光远得到这份冤状之后，便将这份冤状上告。这时武则天已经得到了来俊臣的报告，说狄仁杰已经承认谋反之罪。武则天正半信半疑。武则天看了这个冤状便召见来俊臣询问，她说：“我让你审问狄仁杰等人，让你不要动用刑罚，你怎么竟然违抗我的命令对其用刑了呢？”来俊臣并不知道缘由，辩解道：“没有啊，我对狄仁杰很客气，天天好吃好喝的给他，还让他穿着朝服，他并没有受到刑罚，再说如果他没有犯罪，也不必把污水浇到自己的头上啊。”武则天知道来俊臣是个小人，他的话不足以相信，于是她派通事舍人周琳调查此事，让他看看来俊臣之言是否属实。但是来俊臣在周琳来之前就让人将狄仁杰的囚服脱下，换上朝服，并戴上朝冠站在监狱的西边。周琳深知来俊臣的后台是武承嗣，因此不敢深看，没有看到西边，只是看看东边就草草回去复命了。来俊臣为了进一步使武则天相信狄仁杰谋反的事实，叫人以狄仁杰的名义写了谢死表，让周琳转交给武则天。周琳的调查虽然没有结果，但是此消息已经传遍了朝野，大家都为狄仁杰的冤屈感到不平。一次武则天宴饮群臣，并让群臣带领自己的家人前来赴宴。在宴席之中，有一个孩子颇有灵气，他便是前宰相乐思晦的儿子，还不到10岁，既聪明又有胆识，能够从从容容地回答武则天提出的问题，武则天很是喜欢这个孩子，于是便允许他来宫中学习。一次与他闲聊，这个孩子说现在有很多人要被流放，他很伤心。武则天说他们是因为犯了谋反之罪，并问这个孩子是否喜欢谋反人？这个孩子顿了顿说：“看看他们是否是被冤枉的了，要是来俊臣等人审理过的，就不可信了，因为重刑之下没有人不屈从。”这就等于告诉武则天，来俊臣判决的谋反之罪都是动用刑罚、屈打成招造成的。武则天感到很震惊，连一个不到10岁的孩子都知道此事，说明来俊臣的话的确不可信。
经过这个孩子的提醒，武则天有所醒悟，于是亲自召见狄仁杰等“谋反”的大臣，她问狄仁杰说：“你为什么承认谋反，又要写密信说自己冤枉呢？”狄仁杰从容不迫地答曰：“陛下，要是我不承认谋反，不就早死在了来俊臣的刑罚之下了吗？”武则天又问：“那么你为何要写谢死表叫人呈给我呢？”狄仁杰回答说：“臣并没有写什么谢死表。”于是，武则天令人拿出谢死表，狄仁杰告知武则天说，这表上的笔迹和他的手迹并不相符。武则天于是找来了周琳，在这样的情形之下，周琳只好说出了事实，告诉武则天这个谢死表是来俊臣伪造的。武则天知道此事真相后便下令释放包括狄仁杰在内的七人。但是由于武则天的疑心，她暂时还不想重用狄仁杰等人，于是将他们全部贬为地方官。
在此遭遇中，狄仁杰被贬为彭泽令。虽然被贬，但他很庆幸保住了生命，可以说，狄仁杰运用自己的才智机谋死里逃生。以后，为了能够斩草除根，武承嗣多次奏请诛杀狄仁杰，但都被武则天拒绝了。其实狄仁杰的才智与为人武则天是了解的，尽管目前谋反一事让她心存恐慌，可以相信之人并不多了，但日后定会将其召回重用的。
在彭泽县任内，狄仁杰勤政惠民。赴任当年，彭泽因为久旱无雨，所以不能按时耕作，百姓无粮可食，狄仁杰上奏疏要求朝廷赈济灾民并免除租赋，救民于饥馑之中。万岁通天元年（696年），契丹攻陷冀州，为了稳定局势，武则天起用狄仁杰为魏州（今河北大名一带）刺史。狄仁杰到职后，看到前刺史独孤思庄让百姓到城里修缮围墙，非常担忧。因为此时正是耕作之时，这种做法耽误了农时，这样会使粮食匮乏，造成前方粮草不足，后患无穷，于是狄仁杰让百姓返田耕作。契丹闻之后引众北归，使魏州避免了一次灾难。
狄仁杰能够在大起大落之中保持平和之心，心中存留的是国家的安危，他没有丝毫的利己之心，因此他在任何时候都能够尽职尽责，哪怕是在监狱中九死一生，也不会辱没自己的品德。因此他才能够在监狱中找到生机。他在被流放时，并不像一些落魄之人，因自己受到不公平的待遇感到委屈或终日浑浑噩噩，而是尽职尽责地做好自己的分内之事，在人生低谷之时，他依旧乐观向上、不迁怒于人，真是一位顶天立地的大丈夫。