在浙江的平倭战斗取得重大胜利以后，倭寇们基本放弃了对浙江一带的侵扰，而把侵犯的重点放在了临近的福建省。由于福建一带守备较为空虚，兵力较弱，又没有像戚继光那样的得力将领，所以倭寇在福建一带连连得手。自嘉靖三十七（1548年）年起，倭寇在入侵浙江的同时，也在骚扰福建，从嘉靖三十四年（公元1555年）以后，倭寇连续数年入侵冲霄的两千余人赶赴福建作战，以副使王春泽为监军。
来到福建以后，福建监军副使汪道昆前来迎接，接下来宾主双方召开了联合作战会议，商讨了两省的部队如何协同作战的问题。经过较长时间的讨论，戚继光起草了作战条令，要求双方都要按照作战条令来行动，从而成功地解决了部队间协调的问题。他们还讨论了作战方案，决定首先攻打聚集在横屿地区的敌人，然后再逐个解决其他地区的敌人。戚继光仔细研究了横屿一带的地形和地貌，在八月初，又做了一系列的准备工作，对水军和陆军做了相应的部署，争取了当地民众的支持，加强了敌情的侦察工作，同时还对士兵做了战前的动员工作。
横屿是一个四面环水的小岛，只有在退潮的时候，才露出一片片的淤泥海滩，想要攻打横屿，必须在退潮时越过这片海滩。根据这种情况，戚继光决定用福建，先后攻占了福清、福宁、宁德和永宁等地区，而且经过多年经营，倭寇在宁德的横屿和福清的峰头建立了自己的巢穴，长期盘踞于此，为害四方，福建的抗倭形势十分严峻。
鉴于本省的严峻形势和浙江的抗倭斗争取得的重大胜利，时任福建巡抚的游震请求朝廷派浙江省的军队进入福建，支援福建的抗倭斗争。朝廷最后决定派戚继光的六千余人和督府中军都司戴草捆添泥的办法渡过泥滩，他命令每个士兵都准备一捆草备用。八月初八这一天，戚继光率领一路明军经由兰田渡向横屿进发，另一路明军由戴冲霄率领经由东山铺进军横屿。戚继光心里明白，如果部队不能在涨潮前破敌成功，不但不能解决横屿的敌人，而且登岛部队的后路也将被潮水切断，这样的话，整个作战计划将全盘失败。因此在作战前，他向士兵们讲明了情况，鼓励士兵们拿出破釜沉舟、背水一战的勇气和决心，歼灭岛上的敌人，并且他将亲自为士兵们擂鼓助威。将士们士气高昂，紧张有序地按照事先演练的方法奋勇前进，鼓声停息，便休息片刻；鼓声响起，继续前进。很快，戚继光的部队便到达了对岸，倭寇们没有想到明军能这么快登陆成功，匆忙在滩头摆开阵势，妄图将登陆的明军赶回泥滩之中，但明军士兵勇猛异常，他们很快列成阵形，密切配合，不大一会儿就占了上峰，压倒了敌军的气势。这时明军的预备队在戚继光的命令下也投入了战斗，明军士兵逐渐攻入了岛内，倭寇们渐渐不能支撑，开始乱了阵脚，有些倭寇已经开始逃窜，很快倭寇们的防线就全线崩溃了。明军很快捣毁了倭寇的巢穴，并将之付之一炬，岛上的倭寇也几乎被消灭。明军迅速打扫了战场，并返回了出发地点，这时潮水刚刚开始上涨。戚家军杀敌近四百余人，解救出民众八百多人，取得了入闽作战的首次胜利。
经过一段时间的补给和休整以后，八月二十九日，明军集结于福清。福清一带的情况更为复杂，倭寇与当地的山匪互相勾结、狼狈为奸，总数达到了数万之众，得知了明军的动向之后，他们摆开了一字长蛇阵，以杞店、上薛、牛田、西林、木岭、葛塘、新塘等地为营地，各处营地互相联通、依次相顾连成一线，一时间倭寇的营地绵延三十余里。面对这种情况，戚继光决定采取各个击破的办法消灭敌人。戚家军在九月一日夜奇袭杞店，消灭该处的敌人。戚继光料定其他地方的倭寇会在晚上偷袭明军，于是，他一面命令士兵休息，一面又派出大批的弓箭手、鸟铳手和其他军士埋伏在倭寇必经的路上。果然，在夜里有一批倭寇准备偷袭明军军营，结果却中了明军的埋伏，几乎全军覆没。接下来，牛田、上薛等其他地方的倭寇也相继被明军击破，一部分残余的敌人向惠安方向逃去。
这一战结束以后，逃亡惠安的敌人觉得戚继光不会在福建停留很久，加上惠安一带较为荒凉，无财可劫，便又窜回兴化，在林墩一带安营扎寨，聚集了四千余人。林墩一带地形较为复杂，水网密布，陆地行军很是不便，只有一条路可以接近，倭寇们利用地形，构筑工事，拆毁了主要的桥梁，并且加强了道路的防守。
经过牛田一战，戚继光把部队带到了福清驻扎下来，并且派出侦察人员侦察敌人的动向，了解了敌情之后，制定了相应的作战计划。这一次，他深恐敌人经不住打击再次溃逃，于是使了个障眼法，先率领部队到达江口，而后在江口绕道进入兴化城，进城以后，他摆出一副部队要休整的样子，安排战士住宿，而后拜访了当地的一些士绅和名流，而且大摆宴席，一直喝到深夜。城里的奸细把这里的一切都告诉了倭寇的首领，倭寇们以为戚继光一时不会发动进攻，便又放松了戒备，安心地睡觉去了。等到午夜时分，戚继光悄悄地集结人马，趁着月色的隐蔽向林墩方向进发。等到天快亮的时候，明军发动了突然袭击，战斗进行得异常激烈，每一个关口，每一段道路双方都进行了惨烈的争夺，双方的伤亡都比较大，整个战场血流成河、尸积成山，倭寇们最终无法抵御明军的猛烈进攻，大部分被歼灭，余下的一小部分也在逃跑的途中被消灭。
天亮以后，明军打扫完战场返回城内，由于这次行动是秘密行动，许多百姓还不知道戚家军又打了一个大胜仗。当他们得知林墩的倭寇被消灭以后，高兴万分，立即自发组织起来，敲锣打鼓，慰劳大军。戚继光则忙于抚恤受伤和阵亡的将士。他身着缟素，设案焚香，拜祭在历次战斗中阵亡的将士英灵。
由于连续作战，士兵伤亡较多，部队已较为疲惫。十一月初，戚继光班师回浙江休整，福建各地的官员和民众苦苦挽留，戚继光很是感动，许诺尽快从浙江回来继续平倭。在历时一个多月的平倭战斗中，戚继光结识了许多福建的同僚，并与福建监军副使汪道昆成为知己。由于在福建平倭有功，嘉靖四十二年（1563年），戚继光升任署都指挥佥事，同年十二月，升任副总兵，负责浙江的温州、处州二府和福建的福宁州和福州、兴化二府的平倭工作。
戚继光回到浙江以后，福建的倭寇们就得知了消息，他们弹冠相庆，又猖獗了起来，先是集中大队人马攻陷了福宁和政和两地，又包围了福建省的政治经济要地兴化，并巧施诡计，于十一月二十八日深夜攻陷兴化城，在掠杀完毕之后，倭寇们主动放弃兴化，占领平海卫，盘踞于此，伺机出海逃窜。兴化府城陷落以后，朝廷很是震动，调新任总兵俞大猷和副总兵戚继光入福建作战。俞大猷先入福建，与倭寇形成对峙局面，并且动用水军切断了倭寇从海上逃跑的路线，以待戚继光到来之后，能合兵一处，共击敌军。
戚继光上任以后，上书朝廷要求补充兵力，得到许可后，于嘉靖四十二年二月再次到义乌募兵，半月左右就招到一万余人。三月初，戚继光率领新兵开赴抗倭前线，一边行军，一边训练，于四月十三日到达福清，四月十九日与俞大猷部汇合。
得知戚继光重新进入福建以后，倭寇们很是害怕，他们先是打算把劫掠的财富运回国内，在受到明军的打击后，又被迫返回原地，无奈之下，移营许家村，凭借有利地形安营据守，随时准备从海上逃跑。四月二十日，福建巡抚谭纶和监军汪道昆在渚林召集前线将领戚继光、俞大猷、刘显等召开作战会议，会议商定由戚继光部作为中路，以俞大猷部、刘显部作为左右两翼，分三路进攻许家村。第二日凌晨，戚家军趁着黎明前的黑暗，兵分三路向许家村进军，黑暗中只是听到阵阵紧张而有序的脚步声，上万人的队伍没有发出任何其他的声响。许家村越来越近了，天色也渐渐亮了起来，突然前面传来阵阵的马蹄声，原来倭寇已经发现了明军的行踪，他们派出了骑兵和步兵攻击明军。戚继光命令部队迅速展开阵形，以前队的火器向敌人齐射，霎时间枪炮齐鸣，硝烟四起，枪炮响处，敌人人仰马翻，剩余的战马受惊，四处乱窜，有的倭寇被当场打死，有的被受惊的战马踩死、拖死，后面的步兵要躲避战马，也阵形大乱。明军趁势发动进攻，双方搅在一团。这时明军的两翼部队也赶了过来，三路并起，猛冲猛杀，很快将倭寇击退，并趁势杀进许家村倭寇的老巢，顺风放起一把火，将倭寇的营盘烧成一团灰烬。第二天戚继光又命部将搜寻残敌，又斩杀了近二百人。至此，明军彻底荡平了整个平海卫地区。队轮流防卫，并且把防区分为北路、中路和南路三部分，恢复水军的水寨建制，设立五个水寨，每寨船只若干，将士若干，这样福建的防守面貌一新，形成了一个较为完善的系统。
戚继光和谭纶刚刚部署完毕，倭寇们又趁秋汛集结起两万余人，准备重新入侵兴化一带，他们准备把抢掠的第一站放在仙游。十月底，倭寇们陆续在沿海一带登陆。面对凶猛的倭寇，戚继光命令各防区都要奋起抵抗，另外，他还派军官召回在浙江轮休的另一部分官兵。十月，戚继光被正式任命为总兵官，负责浙江和福建共九州一府的防务。十一月初，戚继光和谭纶等从倭寇们的动向中判断出他们有进犯仙游的可能性，便一面率领部队向仙游进发，一面派小股部队预先进入仙游，协助当地守军守城。十一月七日，倭寇近万人将仙游团团围住，准备攻城。当时仙游城里的士兵并不多，只有区区几
平海卫一仗后，朝廷为了表彰戚继光的战功，升他为署都督同知。这次战斗以后，戚继光又率领部队在连江的马鼻岭和宁德的硝石岭一带消灭了部分倭寇。戚继光第一次离开福建时，入侵的倭寇已基本被消灭或者被赶回海上，福建一带一时间风平浪静，百姓也过上了一段相对安稳的日子。
趁着倭寇撤退的间隙，戚继光和福建巡抚谭纶对福建的防务进行了整治，他把自己带来的队伍分成两部分，一部分回浙江休整，一部分留在福建，两部分部百人，这时，戚继光的部队还没有集结完毕，另一部分部队还没能够从福建赶来。为了给解除仙游之围赢得时间，戚继光一面派少量的士兵在仙游城北的铁山一带安营扎寨，牵制敌人；一方面派少量的士兵不时地骚扰敌人，使敌人不能够专心攻城，他还命城中的守军假意与敌人和谈，迷惑敌人，拖延时间，同时还设置许多疑兵，虚虚实实，使敌人不能明白戚继光的真实意图和实力，既不能专心攻城，也不能分兵攻击其他地方。戚继光还故意施计从心理上打击敌人，他专门命人制造一些火炮，与正常的火炮相比，这些火炮的后膛要薄了许多，在把这些火炮运往仙游的途中，故意引诱敌人来抢，倭寇们得手后非常高兴，在第二天攻城的时候，倭寇们把那些大炮摆在阵前，要炮轰仙游城，谁知道当点燃大炮时，所有的大炮几乎全开了后膛，倭寇被炸死炸伤了好几百人，看到这种局面，倭寇们十分沮丧，不得不匆匆收兵了事。而城中的军民看到这一场景却备受鼓舞，信心大增。这些看似简单的方法却有力地支持了城中的军民，使得仙游城不至于在短时间内被攻破。
在采取这些措施的同时，戚继光还考虑到了福建其他地方的抗倭工作和省府福州的安全。他把整个福建的抗倭工作看作一个整体，把有限的兵力做了有效的安排和部署，使全省各地的安全都有了一个保障。他还为下一步围歼仙游之敌做了较为充分的准备，从东、南两个方向加强了防守，加上在仙游城北牵制敌人的力量，可以有效地防止敌人从三个方向逃窜。
等到轮休的队伍到达以后，戚继光根据侦察得来的情报，召集将领宣布了具体的作战计划。他认为自己的兵力和倭寇不相上下，而敌人却分布在四个城门，应集中兵力将敌人各个击破，先围歼南门外的敌人，然后再从两翼进行突破，击败东、西两门外的敌人，这样一旦成功，北门之敌将不攻自溃。十二月二十五日清晨，下了一夜的大雨停了，浓浓的大雾笼罩着整个仙游地区。明军士兵在大雾的掩护下摸向敌营，直到城下，才发现倭寇们正在用器械攻城。明军迅速列好阵形，冲了过去。倭寇们慌忙放弃攻城，掉头对付眼前的明军，戚家军兵分几路，将整个南门外的倭寇团团围住，一阵冲杀，将倭寇逼入营内，然后用火将整个营盘引燃，不消片刻，南门外的倭营便化为浓烟和灰烬，残敌逃往东门。明军士兵按照作战计划，一路追杀过去，又将东、西门的倭营击破，敌人招架不住，又逃往北门，明军士兵在戚继光的督战之下，又重创了残余的敌人。余下的敌人溃退，后又向泉州、惠州两个方向逃去。明军在戚继光的领导之下，不但解了仙游之围，而且重创了倭寇。后来，戚家军又在王苍坪、蔡坡岭两个地区大破倭寇，福建的倭患基本平息。
嘉靖四十四年（1565年），在福建落败的倭寇逃到临近的广东省，与当地的倭寇汇合，并且勾结当地的海盗吴平，形成一股势力，危害较大。戚继光又和俞大猷配合作战，合力围剿海盗吴平和当地的倭寇，两部在南澳一带大破吴平部，歼灭敌人六千余人，解救出民众近两千人，但匪首吴平败逃到广东饶平的凤凰山，戚继光和俞大猷各派部将合力攻打凤凰山，几次均未成功。吴平趁机逃到潮州，戚继光亲自率部追到潮州进行围剿，吴平力不能敌，又逃到广东的雷州和广西的廉州，后来吴平在今越南境内的安南一带被明军消灭。
嘉靖四十五年（1566年）以后，朝廷任命戚继光为福建总兵同时兼管广东省的惠州、潮州两府，还兼管江西省的南安、赣州两府，他不仅要负责防御海上倭寇的侵袭，还要防备内地的山贼作乱。面对朝廷对自己的信任与重托，戚继光决心大干一场。他针对具体的问题，提出自己的主张与建议，为这些地方创造了一个较为稳定的发展环境，当地的百姓们也过上了较为稳定的生活。
经过了十余年的征战，明朝东南沿海的倭患也基本平息，已经人到中年的戚继光不仅带出了一支能征惯战、声名远扬的队伍，为国家和民族立下了不朽的功勋；同时，他在军事战略和战术思想上也已经成熟，他的军事才能和指挥艺术也在战争当中大放异彩，他成为当时乃至中国历史上的著名将领和军事家，但这时的戚继光仍然是谦虚的、谨慎的，他想为国家和民族更多地贡献自己的力量和才华。