三国两晋南北朝时期是一个群雄割据的时期，每一个王朝统治的时间都不长，是一个战乱频繁与封建割据此起彼伏的年代，加之少数民族文化的融入，造成了这一时期文化的多元性。而不同的文化角度，不同的政府教育机制，促使教育体制较汉代又有了长足的进步。
这一时期文化教育总的趋势是从汉代儒学独尊的单一格局向多种文化思潮并存格局的转变。首先，不同地域、不同民族应用不同文化，根据不同的国情推行教育政策，呈现一种多元的局面；再者，玄学开始被人们所推崇，佛教的广泛传播，道教的再次繁盛，同早先处于主导地位的儒学，形成了玄、佛、道、儒共存的局面。同时，这种共存的局面在三国两晋南北朝的不同时期又各有差异。这种多元的局面不仅展现出当时中国文化的丰富，又说明在战乱割据的形势下，人们没有放下对于文化的研究，并不断地对文化进行探索和发展。
（一）专科教育的兴起
三国两晋南北朝时期，儒学不再是唯一的文化形式，除了玄、道、佛，又陆续出现了史学、文学、律学、书学、算学等各种具有很强专科性质的学问，这其中也包括医学。尽管当时的专科教育还刚刚处于萌芽状态，教育的形式、内容和规模都不完备，但这种发展的大趋势确实形成了。
汉魏之际，人们已经开始探求在政治、军事、外交、思想、文化等方面出现的新问题，借助以往各家的传统思想，寻求思想的进步，产生了多种思潮并存的局面，史学、文学、律学、书学已经开始成为独立的学科了。
南朝时期，人们开始总结过去动乱的原因，分析证实混乱的缘由，探求更新的人生价值，儒、道、佛、玄四家得到了更多的重视，史学、文学、律学、书学、算学和武学也备受青睐，文化在积累中越发成熟，专科的内涵更加丰富。
专科教育在这一时期经历了两个发展高潮，一个是三国两晋之际，这一时期国家局势动荡，但文化更加活跃，许多学科开始真正独立，虽然儒学在这一时期仍然占有比较重要的地位，专科教育没有得到更进一步的发展，但为后来专科教育的正式确立奠定了基础；另一个高潮是南北朝时期，局势相对稳定，专科教育在私学中取得了成功，南朝宋国正式开设了医学教育，宋文帝办儒、玄、史、文四馆，宋明帝开道、儒、文、史、阴阳五科，多学科的教育格局开始出现。
（二）这一时期专科化的医学教育情况
专科教育的兴起，使医学教育也逐渐走入了统治者的视野，专科性的医学教育初露端倪。
晋代时皇家开始设立药园，从事药物种植人才的培养。南朝宋国，开创了我国正式由政府设立医学教育的先河。
总体来说，三国两晋南北朝时期，是一个医学知识比较普及的年代，当时的人们盛行吃寒食散，这都是需要有一些医学知识才可以进行的，当时的名门望族为了维持家业的兴盛，提倡孝道，作为晚辈懂得一些医学知识是非常必要的。当时的整个大局势比较动荡，医学人才缺乏，从而将医学称为一种“便民之术”。
这一时期，由于国家局势的不稳定，史书中对这一时期医学教育的具体内容记载不是很详尽，但从后来隋唐时期医学教育的繁盛程度可以推断出，这一时期的医学教育应该会比较发达，这样才会出现后世更加繁茂的医学教育格局。