商灭夏后，最初建都于西亳（今河南偃师市城关乡），伊尹曾提出过反对意见，认为商兴于东而立于西，违背了上天的意志，对商王朝不利。但此时的商王子天乙已经被胜利冲昏了头脑，再也听不进去伊尹的意见，固执的在西亳大兴土木，修筑城郭，建造宫室，将帝都立在了西亳。
伊尹的预言是正确的，商王朝建国后，果然一连七年大旱；饥民遍地，暴乱四起。商王子天乙这才省悟过来，接受了伊尹的建议，下令在郑邑（今河南郑州市）修建新的都城。新的都城也称“亳”，我们称它为郑亳。郑亳的建筑规模宏大，都城总面积250万平方米，是当时中国境内最大的城市。
商王子天乙在位时曾先后迁都三次，他继承侯位时即位于谷熟（今河南商丘市东南），改称亳都，史称南亳；第二年迁都于蒙邑（今山东荷泽市曹县），仍称亳都，史称北亳；灭夏后建都于夏都西南，仍称亳都，史称西亳；商汤二十七年（庚寅，公元前1591年）始定都于郑，仍称亳都，史称郑亳。
商王的都城为什么都称“亳”呢？
原来，子天乙特别迷信，他相信天上有神仙妖魔，地下有鬼怪魍魉，人间的一切都是由万能的天神安排。传说他即位前曾做过一梦，梦见一位仙人对他说：“商汤有景亳之命！”他醒来时把这句话反复推敲，认为仙人是在告诉他，他将来兴旺发达的地方是“亳”。因此他即位后便把都城改称亳，后来每次迁都后，都把新都改称亳。临终前还留下遗嘱，把埋葬他的地方也称亳（今安徽亳州市）。这便是商代多亳城的缘故。
商王子天乙在位二十九年死去，他的次子子胜即位，号外丙；伊尹仍为右相辅佐朝政。
外丙在位二年也死了，传位给弟弟子庸，号仲壬；还是伊尹为相总揽朝政。
仲壬即位后不久，便立侄儿子至为太子，号太甲。子至聪明好学，凡事有独立见解；他一向看不惯伊尹独霸朝政的行为，私下里谈论说：“如果我为天子，定当改革旧制。”有人告知伊尹，伊尹不以为然，只是一笑了之。
仲壬四年（戊戌，公元前1583年），三任商王子庸病重，遗命传位于太子子至，伊尹这才意识到面临的危险。他知道太甲（子至）一直视他为眼中钉肉中刺，如果让他继承王位，自己的权势、声望、财富等，恐怕都将失去。为了保住这一切，他决定发动政变，废去太甲的王位。因此商王仲壬一死，伊尹立刻派兵包围了王宫，逮捕了太甲和他的死党，并处死了一批效忠于太甲的顽固派，将太甲囚禁于桐宫（夏代所建行宫，在今河南偃师市西），并派军队严加看守，不准太甲离开桐宫半步。
伊尹以摄政为名自居王位，并诏告天下：“新王太甲不守王道，不尊汤法，意欲效法夏桀危害天下。为了维护先王旧制和百姓利益，经朝臣共议，废去太甲之王位，由相国伊尹摄政。”所谓摄政，不过是托词而已，实际上就是篡夺商汤的政权，自立为王。
伊尹即位后，表面上施行仁政，用小恩小惠欺骗百姓；暗中却加重刑罚，残酷的镇压那些反抗他的贵族和平民。
历代王朝的所谓正史，一直把伊尹吹捧为贤相，其实不过是儒家御用文人编造的谎言。夏、商、周三代的历史，早在战国时期就被儒家所篡改；到了汉代，汉武帝“独尊儒术”，以儒家之说为正史。司马迁作《史记》依据的自然也是儒家之说，其真实性是大打折扣的。
战国时期的史书《竹书纪年》记载：“伊尹放太甲于桐，乃自立。七年，太甲潜出自桐，杀伊尹。”而司马迁的《史记》所载则完全不同，司马迁说：“帝太甲即位三年，不明，暴虐，不尊汤法，乱德，于是伊尹放之于桐宫。三年，伊尹摄行政当国，以朝诸侯。帝太甲居桐宫三年，悔过自责，反善，于是伊尹迎帝太甲而授之政。”两相对照，我们不难看出司马迁《史记》的虚假之处。
司马迁把太甲定位为昏庸无德的暴君，而把伊尹吹捧为贤相，让这位贤相把所谓暴虐的天子囚禁于桐宫，自己来当天子。这完全不符合儒家所倡导的君臣之道。臣把君囚禁起来，这分明是造反，是篡权，是大逆不道，又有什么值得歌颂的呢？再说，太甲既然是一位乱德的暴君，何以关了三年就变成了“修德”之君呢？这根本不符合人性的常理！太甲究竟是怎样的暴虐、乱德、不尊汤法，司马迁没有举出一件事例，这恐怕全都是虚妄不实之词。据此，我们不能不对司马迁的论述有所怀疑。
伊尹执政时倡导“节用宽民”的政策，而他自己却不节俭，他生前如何奢华姑且不论，单是他死后的墓葬就出了他的真实面目。他的坟墓占地面积达一万多平方米，其墓葬结构完全依照王陵建造。试想，建造如此大的陵墓，这在生产力很低的商代要花费多大的人力和物力呢？这难道就是所谓的“节用宽民”吗？
公而论之，伊尹确实是位能文能武足智多谋的伟大历史人物，他不仅是商初征战沙场名满天下的将帅，也是一位玩弄权术驾御臣民的着名政治家。他生前曾留下很多着作，《汉书，艺文志》录有《伊尹五十一篇》、《伊尹说》二十七篇；可惜这些着作都已亡佚。《玉函山房辑佚书》收有《伊尹书》一卷。1973年湖南长沙马王堆三号汉墓出土的十二万多字的帛书中收有《伊尹书》六十四行。这些是目前仅存的伊尹着作。
根据《竹书纪年》记载，伊尹篡夺王位后，共执政七年。
伊尹七年（乙巳，公元前1576年）夏天，夏王太甲利用朝中大臣为伊尹庆祝八十大寿之机，率勇士们自桐宫潜回王都，乘伊尹不备，突然杀入宫中，将伊尹杀死。
伊尹终年八十岁，是被杀死的，并非善终。
《帝王世纪》所记载的“沃丁八年，伊尹卒，年百有余岁，大雾三日。”显然是伪史，我们不能当真。
夏王太甲公布了伊尹篡权的种种罪行，仍念他曾有功于商王朝，准许他的家人将他的遗体葬在伊尹生前为自己修造的陵墓中。复用他的儿子伊陟和伊奋入朝为官，命将伊尹的田产和奴隶一分为二，兄弟各持其一。
伊尹墓在今河南商丘市虞城县西南魏锢堆村北。
伊尹在位年表
前1582（己亥）元年
前1581（庚子）二年
前1580（辛丑）三年
前1579（壬寅）四年
前1578（癸卯）五年
前1577（甲辰）六年
前1576（乙巳）七年