《永乐大典》是我国文化史上最大最早的一部百科全书，汇集了上至先秦、下至明初的各类著作七八千种，全书共达一亿七千万字，完整地保存了大量珍贵的文化典籍。然而，如此重要的一部巨型百科全书，在嘉靖年间重录以后，正本却下落不明了，对此，产生了种种说法和猜测。
一种说法是，正本随明世宗殉葬于永陵了。理由是，明世宗生前十分喜爱《永乐大典》，并要求重录一部，以备不测。此外，明朝皇帝死后以书殉葬的例子很多。
还有许多人认为正本已毁于明亡之际。一般认为，1557年，皇宫奉天门、三殿等处着火，《永乐大典》经抢救幸免于难，明世宗恐再出意外，命人用5年时间摹写出一个副本，从此，正副本分别藏于文渊阁，明末，文渊阁被焚，正本也毁于一炬。但这种说法从明末开始就有人怀疑。
还有一种说法是，在清朝末年，正本毁于乾清宫的一场大火中。但这种说法的可疑之处更多。从史籍上看，从没有明确《永乐大典》正本的下落，人们希望这本巨著能够尚存人间，重见天日。