沃尔夫·赫斯通过对大量事实的分析研究，认定赫斯飞英是英国情报机构设定的圈套。其中最重要的事实是，赫斯飞抵苏格兰之时，汉密尔顿公爵正在苏格兰西海岸的特恩豪斯空军基地值班，通过雷达掌握有关情报，而在此之前汉密尔顿公爵曾亲自驾机升空观察。
1945年10月8日，赫斯被转移到纽伦堡。1946年10月，赫斯被纽伦堡国际军事法庭判处无期徒刑。1947年7月，赫斯被转移到西柏林的施潘道盟国军事监狱，编为第7号囚犯。随着1966年10月施佩尔等人的释放，作为施潘道监狱仅存囚犯的赫斯成为世界上最孤独的人。施潘道监狱由苏联、美国、英国和法国各指派一名监狱长共同管理，各组织30名卫兵轮流看守。有关的经费全部由德意志联邦共和国政府承担。从1960年10月到1984年，纳税人为此共付出2650余万德国马克。赫斯的监狱生活是有规律的：早晨7点醒来，起床，洗漱，早餐，阅读；散步，晚餐；大约在晚上22点，眼镜被摘掉，同时熄灯。根据通信与探视条例，赫斯获准阅读指定的3份德文报纸，每月可由家人提供4本书籍作为读物，1978年起室内备有一台电视机。不过，赫斯对外部世界的了解仍然是有限的。因为赫斯不得收听新闻广播或收看有关当代历史的节目，有关第三帝国、纽伦堡和施潘道的报刊文章事先被删剪。赫斯获淮每个星期与家人来往信件各一份。篇幅均不得超过1300字，且来往信件均需经过监狱长检查；每个月接受家人一名探视一次（12月份有两次），时间不得超过一个小时，且每次探视必须提前两个星期向狱方提出申请，由监狱长审核批准或予以拒绝。
沃尔夫·赫斯一家长期为争取释放赫斯而努力，赫斯则声称自己不会请求宽恕，因为对他来说他的名誉比自由更为重要。1987年8月17日，赫斯在施潘道监狱自杀身亡。
赫斯单独驾机飞往英国的真相究竟如何，人们很可能要到英国档案公布于世之后才能知晓。然而，英国封存的审讯赫斯的有关档案，要到2017年才能解密。