1937年，蒙巴顿晋升为海军上校，1939年初被任命为“凯利”号舰长。1939年8月23日，蒙巴顿以舰长的身份正式接收“凯利”号，并亲自在舰上升起了皇家海军军旗。
蒙巴顿早就断定欧洲大战会再度爆发。而且，在英国，除了蒙巴顿之外，几乎再没有别人注意到丘吉尔。在整个30年代，丘吉尔被三个政党的领导人所厌恶和疏远。
1939年9、10月间，“凯利”号与德国潜艇进行了残酷的战斗，共击中了9艘德国潜艇，其中确定击沉一艘，其他几艘的毁伤情况不明。
1929年11月下旬，“凯利”号奉命出海搜寻一般U型潜艇。蒙巴顿提出港口可能已被德国人布下了水雷，但他的意见未被重视。当“凯利”全速驶向一艘正在燃烧的油轮时，一枚水雷撞上了螺旋桨爆炸。
在“凯利”号维修期间，蒙巴顿带着参谋人员到第5驱逐舰队的“卡尔文”号上继续战斗，直到1940年2月“凯利”号修复完毕。
1940年5月，“凯利”号奉命与“伯明翰”号巡洋舰一起出航，在靠近海岸的北海水域搜捕德国布雷艇和一些E型艇，途中“肯达华”号等新型驱逐舰加入搜捕编队。5月14日夜，“凯利”号被德国鱼雷击中了。
8月8日，不列颠之战开始。虽然“凯利”号此时正在维修，因而没经历英国这段黑暗的时刻，但蒙巴顿却在此期间打了一场他一生中受批评最多的海上战斗。
9月，蒙巴顿临时受命指挥第5驱逐舰队的“标枪”号等三艘驱逐舰，此时第5驱逐舰队驻泊在朴茨茅斯，处于英国防线的最前沿。11月29日5点40分，“标枪”号驱逐舰的雷达屏幕上出现了5艘德国军舰，蒙巴顿立即率领“标枪”号等3艘战舰出海迎敌。在距敌舰约900码时，“标枪”号进行边舷侧炮火齐射，这次未命中。紧接着蒙巴顿亲自校正位置，又组织一次炮火齐射，命中德军旗舰。但就在蒙巴顿下令发射鱼雷的话音未落之时，两枚德国鱼雷先后击中了“标枪”号，使它失去了战斗力，随即德舰便释放烟幕撤出了战斗。
战斗结束后，蒙巴顿受到了各种各样的指责，心里特别难受。但这次挫折并没有影响到他的功绩。1941年元旦，蒙巴顿被授予优异服务勋章，除了维多利亚十字勋章之外，这是对军人勇敢的最高奖励。
1940年12月15日，“凯利”号重返第5驱逐舰队。1941年4月，“凯利”号第5驱逐舰队离开朴茨茅斯，前往地中海。“凯利”号所驻泊的港口距西丁里半岛上的德国空军机场只有100英里。
5月初，“凯利”号奉命袭击驻泊在本华兹内的德国舰船。在夜暗的掩护下，“凯利”号悄悄驶到港内防波堤的出口处，由于事先已将舰炮的方位设置好，因此几次突然齐射便击沉了港内大部分德国舰船，然后在德军岸防部队做出反应之前，迅速撤出。
1941年5月20日，德军对克里特岛发起了海空协同进攻。21日晚，蒙巴顿率“凯利”号随第5驱逐舰队出航迎战。23日上午，“凯利”号遭到德军大批飞机轰炸并被击中沉没。1941年10月，蒙巴顿晋升为海军准将，负责指挥英军两栖联合部队。此时的蒙巴顿刚刚40岁出头，军衔也不高，突然提拔到白厅，很显然，让白厅的当权者无法接受。这也让蒙巴顿吃过不少苦头。
1942年3月4日，蒙巴顿担任联合作战部队最高指挥官，并兼任参谋长委员会里的第四参谋长，被授予海军中将、陆军中将和空军中将的军衔，成为英军历史上第一个同时获得3个军种军衔的将军。
1942年8月，蒙巴顿指挥联合作战部队对法国北端濒临拉芒什海峡的迪耶普展开进攻，从结果看无庸置疑是一次失败的军事行动。参加迪耶普行动的6086人中，被消灭、负伤和失踪者共有3623人，占59.5%，而行动前的预计是10%～20%。更糟糕的是，参战的加拿大官兵总共4865人，而伤亡、失踪人员达3367人，占其总人数2/3以上。对这次失败，蒙巴顿在当时和后来都没公开指责任何人，也没有逃避自己应负的责任。