抗战胜利后，蒋介石要从重庆还都南京了。1946年1月中旬的一个晚上，国民党陆军总司令何应钦，在南京黄埔路陆军总部召开了一次会议。何应钦脱去白手套，对在座的工兵部队、宪兵司令部负责人慢条斯理地说：“委员长不久就要还都回来了，但汪精卫的坟墓仍在梅花岭，居然和中山陵并列在一起，太不像话，如不去除，委员长必定大发脾气。所以请大家来，仔细研究除掉汪墓的妥善办法。此事要考虑周详，绝对保密。汪精卫毕竟是个国民党元老，一旦宣扬出去，说委员长容不得一个政敌的尸骨，那就不好了。”何应钦说完，请大家研究决定，就先走了。
会议决定在10天以内办好这件事，由74军工兵部队负责执行，宪兵实行戒严，严格保密。74军工兵指挥官马崇六决定：爆炸挖墓，并定于1月21日晚上执行。在这3天前梅花岭周围实行戒严，并在报纸上公布陆军要试炮。爆炸由74军51工兵营负责，用150公斤“TNT”烈性炸药。在一个月黑风高，夜寒逼人的晚上，梅花岭四面响起了陆军的“试炮”巨响。工兵在水泥墓上钻好炮眼，放好引信，轰然一声，炸开了这个石墓，露出棺材。撬开棺盖，马崇六看到汪精卫的尸体穿着长袍马褂，头戴礼帽，肩上还披了一条红色绶带。尸体并未腐烂，只是脸色青灰，已有黑斑点点。马崇六叫工兵实行“抄身”，但除陈璧君写的“魂兮归来”纸片外，没有其他随葬品。马崇六“验明正身”后，就下令用吊车将棺木吊到卡车上，向清凉山火葬场驶去。这里士兵们立即平整土地，填满墓穴，运走垃圾，将一座事先以积木式拼装好的翘角亭子，埋在墓地上，不到天亮，就已完工了。不知不觉，无声无息，汪的坟墓，就此消失，这里依旧成了游览风景的地方。装着棺材的汽车，由马崇六押车开到火葬场。场内人员都已调开，全由工兵操作。棺材被立即送入火化炉，但见一团火球，飞舞燃烧，四十分钟不到，全部烧光。一副价值连城的楠木棺材，也一起化为灰烬了。马崇六命令开动强烈的鼓风机，向炉膛吹去，顷刻间尘灰飞溅，汪精卫的骨灰就在茫茫夜空中四散不见了。
汪生前所作的诗中，曾有“劫后残灰，战余弃骨”、“留得心魂在，残躯付劫灰”句子，本是得意时随手写写的，想不到，到头来一语成谶，竟成事实！
1945年8月15日，日本宣布无条件投降。8月17日，陈公博在南京主持召开中央政治会议，决定解散南京国民政府，把中央政治会议改为南京临时政务委员会，军事委员会改为治安委员会。当晚，陈公博广播发表了《国民政府解散宣言》，至此，历时5年4个月的短命的南京政权宣告结束。