达尔文的理论在生物学的各个领域一定会引起新流派这一预言，开始变成现实。有机体现在怎样，它们怎样变成这个样子，为什么会变成这个样子，这些描绘已被推测所代替和阐明。静态学已被动态学所代替。
在达尔文以前，人们把动物结构的基础看做是体现在动物身上那些属于创世主的或者用“大自然”这个词表示的某一整体的那些思想或计划。而达尔文则把有机物和各种形态看做是一连串事件结果的历史形成。人们以前看到的只是某些器官形成的目的，达尔文向人们揭示了器官是怎样形成的。如果达尔文对那些在改变常见的造化说观念方面迈出了最初几步的人表示欢迎，而认为这种改变只是向新的科学观点的过渡，那么他对自己的朋友试图“把科学和神学视为同等重要”的做法所持的态度就完全不同，他对他们是毫不留情的。据他看来，如果他们恰当地发展了他的自然选择理论的基本思想，或用事实证明了更新的事实，那他一定要鼓励他们继续研究推行。所以一般情况下，只要有人在报刊上发表支持或理解他的文章，他都会表示感谢。如果他的朋友们背离或诋毁了他的理论，他也会毫不留情地驳斥，他对许多朋友已经这样做了。达尔文这个人不喜欢出入各种公共场合，但他仍然有许多好朋友永远团结在他周围努力工作。
达尔文仔细地观察着在世界各国进行的扞卫进化学说的斗争，感激并帮助那些帮助过他的朋友。他总是采取一些让人容易接受的方式去指导工作。
达尔文作为斗争的组织者、鼓舞者和领导者，他的事迹可以写成整整一部充满神奇色彩但又很现实的书。越来越多的人拥护和支持达尔文了。早在1861年，达尔文就在给卡特尔法日的信中指出，接受他的理论最多的是年轻的地质学家，其次是植物学家，再次是动物学家。不过也有人告诉他许多人支持他只是随大流而已。莱卡尔特、克拉帕列德、亚历山大·勃朗和施列登等人成了达尔文在德国的坚强后盾。
新学说胜利的第二个标志是，反对者们的发言性质发生了根本性的转变。德国人凯利克，作为反对进化论者，于1865年第一个发了言。他并不批驳进化论，而是反对进化论中的自然选择，而且列出自己的观点及其依据。这就表明，已经有人难以坚持物种不会变异的看法了。
达尔文自己的理论清楚地分成了自然选择的学说和关于进化论的学说两个部分。虽然关于这一点正如克·阿·李米里亚捷所说明的，经过简单的有说服力的解释，进化论才能得到承认，然而他认为进化论比自然选择更重要。
为扞卫进化学说，达尔文一反常态，第一次冒险参与了报刊上的辩论。“科学协会”于1863年就卡本德的《根足虫纲研究绪论》一书发表了书评。卡本德在他的着作中，确定了近代昆虫目和绝种的昆虫目之间的遗传联系。卡本德在评论者的说明中，以德国自然哲学精神为基点，用奥温阐述的方法去帮助达尔文推行宣传他的学说。但是他又没有承认物种的变异性，可见他只是崇拜达尔文这个人而非他的学说，对此达尔文是非常不满的，而卡本德也投稿说明他其实是反对达尔文的。
针对“科学协会”发表的文章，达尔文只得对其解答并阐述了自己的观点：“博物学家究竟同意什么观点呢？是拉马克的还是若夫鲁亚·圣·伊勒尔的，还是《创造的痕迹》的作者的？是华莱士的，还是我的或其他的观点，这些都无关紧要，重要的只是他认为物种是由其他的物种产生的，而不是形成后就一成不变。能接受真理的人，必然会有一个广阔的天地展现在他面前，对欧洲大陆认识的进步，对英国认识的扭转，我相信自然选择理论要经过一个漫长而又艰辛、曲折的道路才能被人们接受。”
他所谈到的认识的好转变得愈来愈明显。例如，赫克尔于1863年公开发表扞卫达尔文主义学说的演说，他以自己所特有的直率和明确态度宣布，达尔文的理论是具有最广泛意义的新的世界观。他把物种创造逐渐发展说、灾变说及生命演变的永恒与物种变异说做了对比。所有生物源于单细胞的有机体，他大胆地把人类也列入这一设想，并描述了他所拟定的人类谱系。赫克尔的发言引起了争论，达尔文的理论也受到攻击，在拥护与反对达尔文理论的斗争激烈的德国，达尔文主义得到了广泛的普及。
1864年，德国医生和教师弗里茨·缪勒，用德文出版了《拥护达尔文》一书。这本书对达尔文理论给予了很大的支持。1864年11月，达尔文被授予英国科学界最高的荣誉——皇家学会柯普雷奖章，这件事也证明了某些“认识的好转”。
这一奖赏证明要改变那些在人们头脑中深深扎根的荒谬理论是多么困难，老一代学者仍在极力否认《物种起源》中的思想。授予达尔文奖章的呈文是法格纳拟定的。他把达尔文的地质学、动物地理学和植物学摆放在第一位，最后才提到达尔文的“伟大”着作——《依据自然选择的物种起源》。法格纳附带说明：“我不认为达尔文证明了一切东西，但他追求真理的哲学精神是值得我们赞扬的。”他的解说没有把这一理论置于合理的科学研究范围内。
达尔文和以前一样，在接受柯普雷奖章时，收到了许多朋友写着祝贺的卡片。达尔文在给赫胥黎的回信中说：“我认为我真正的奖章，是您所写的信和其他人寄来的几封同样的信，而不是那块圆形的小金牌。”不过他也深深地体会到这种公开的奖赏“对于共同的事业来说，即对在不断传播他的观点中所取得的胜利来说，是很有好处的”。
达尔文在1868年给胡克的信中，一面指出自己的学说受到了许多赞赏，一面又列举了在此之前的《物种起源》的下列版本：英国有四种版本，美国有一种或两种版本，法国有两种版本，荷兰有一种版本，意大利和俄国各有一种版本。
《动物和植物在家养下的变异》当时是：英国有两种版本，美国有一种版本，德国有一种版本，法国有一种版本，意大利和俄国各有一种版本。在德国和北美，人们对这一研究对象的兴趣一步步地提高了。
达尔文出版了《动物和植物在家养下的变异》一书后，他很明确地证明，他的学说是以丰富的事实为基础的，他的证明是为了写一部“巨着”，此书的出版有一段艰辛的过程。
在写书的时候达尔文用许多事实证明，植物构造极其微小的细节可能是有用的，可能为自然选择所控制，或为自然选择所发展，所以他把注意力转移到植物学问题上了。同时，在英国和英国以外的地方，保卫达尔文理论的斗争进行得很顺利。唯心主义者和目的论者，已经不认同造化说了，因为关于物种的创造学说，关于物种的静止不变性的学说，都已被否定。进化学说赢了，可是唯心主义和目的论却不想说自己是错的。他们把斗争转移到了进化原因这样一个问题上，以便批评和驳斥自然选择，用来代替自然选择的是“不完善的法则”或其他抽象的原则。达尔文不但积极参加斗争，并且还给予朋友们各方面的帮助，为他们取得的成功而大力赞扬；一旦他们的文章和书信中出现了旧神学的倾向，他就指出他们旧神学倾向是极端错误的。达尔文认为，就神学家们非常反感和敏感的关于人类起源问题的决战时机已经到来，应该公开宣战了。