SSM-1B舰舰导弹是在SSM-1岸舰导弹基础上改进的。除具备SSM-1同样的性能外，为了适应舰上恶劣环境进行了一系列的改进：采取了防海水、海浪和震动措施；采用高性能雷达、惯性导航装置和抗电子干扰装置；与舰上的“鱼叉”导弹的火控系统、发射装置兼容；对制导和推进系统也作了一定的改进。但其气动外形和SSM-1岸舰导弹完全一致，最大射程也一样。
SSM-1B舰舰导弹由目标探测系统、火控系统、发射装置和导弹4部分组成。
SSM-1B舰舰导弹的外形和88式SSM-1岸舰导弹完全一样，基本战术性能也一样。为了提高导弹抗电子干扰的能力，改进了导弹导引头和惯导系统。SSM-1B舰舰的目标探测系统可接收各种目标指示系统的信息，这些目标指示系统包括SH-60J舰载直升机、E-2C“鹰眼”预警机、E-767预警机和EP-3电子侦察机等。使导弹能够超视距打击150千米以远的各种水面舰艇目标。
SSM-1B舰舰导弹火控系统的主要功能是接收来自全舰指控系统的指挥控制数据（如“村雨”级驱逐舰的QYQ-7指控系统），并解算发射导弹的相关数据，进行任务规划，确定导弹的发射时机。该型导弹不仅适用日本自研的WPC-IA武器控制系统，也适用“捕鲸叉”反舰导弹的AN/SWG-1A武器控制系统。
SSM-1B舰舰导弹采用与“捕鲸叉”类似的倾斜圆柱形箱式发射。根据舰艇吨位的大小，可分别采用单管、双联装和四联装灵活布置。如快速攻击导弹水翼艇装的就是单管发射装置。左右各安装一枚90式SSM-1B舰舰导弹。“隼”级导弹艇在尾部装有两座双联装发射装置。而在“村雨”级及“高波”级驱逐舰上则和“捕鲸叉”导弹的安装方式一样，在舰中部安装两座四联装发射装置。除了可以用“捕鲸叉”反舰导弹的火控系统外，SSM-1B舰舰导弹也可用“捕鲸叉”导弹的发射装置发射，因此SSM-1B反舰导弹可非常灵活地换装“捕鲸叉”反舰导弹。