1934年林惠祥将自己多年来所搜集的人类学材料及研究成果汇集起来，编撰成了当时最有影响的学术论著文——《文化人类学》（商务印书馆），把我国现代的人类学研究推进到了一个新的阶段。作为当时大学教材用书，是国内人类学的重要著作，蔡元培先生对该书的出版题赠“博学慎思”，予以鼓励；出版《神话论》，作为王云五主编的“万有文库百科丛书”之一；此后，他又为倡办厦门市人类博物馆筹备处而四处奔走。创办了博物馆的筹备处，收集、发掘和整理我国东南地区和东南亚的考古、民族文物等人类标本，并且开放供厦门大学师生教学参考，也供校外人士参观。
1935年为了丰富他所创办的厦门人类博物馆陈列品，增加更多的文物标本，林惠祥化名林淡墨，再次冒险进入日本占领下的台湾，调查高山族文化和圆山新石器时代贝丘遗址。由于受到日本警察的监视，只在台湾停留两个星期，便携带搜集到的数十件高山族文物返回厦门大学。他冒着生命危险所获得的文物，是研究人类学和高山族文化的珍贵资料，得到各界的重视。这些富于人类学价值的文物标本和资料，后来则成为他在一九五五年发表的《台湾石器时代遗物的研究》一文的论据。
1936年林惠祥完成了《中国民族史)（上、下册）的编写工作。由于此书在中国的民族来讲，古今民族分类及民族史分期等问题上多有创见，故在出版后，受到了当时国内外学术界人高度重视。并偕郑德凯、庄为玑发掘泉州中山公园四座唐墓。
1937年在武平小径背发掘新石器时代遗址，采集常型石锛、有段石锛和印纹陶等物，这是福建第一次较正规德早期考古发掘，为认识福建乃至东南史前文化特殊性提供了第一批详实资料。6月，完成田野发掘。7月抗日战争爆发后，林惠祥携带了部分重要文物、图书辗转南下，到香港逗留了数月并开始了对南洋民族问题的研究。在香港停留时，考察南丫岛新石器时代遗址，发现香港本岛新石器，写下《香港本岛及舶寮洲史前遗址探寻》一文。
1938年一月，至新加坡。参加在新加坡召开的第三届远东史前学家大会，并宣读武平发掘论文《福建武平新石器时代遗址》，提出“武平失”文化分布北可至江苏、浙江，向南经广东、香港、台湾，以致于印度支那、南洋，成为东南区考古的重要理论基础。又进行速成识字法研究。此后，他先在新加坡的一所女中任教，不久，又改为卖文稿谋生。在这一年中，在新加坡《星洲半月刊》上陆续发表一系列的研究论文：《马来人与中国东南方人同源说》、《南洋高架屋起源略考》、《南洋人种总说》、《马来半岛的马来人》、《马来半岛的最古土著赛芒人》、《马来半岛的怪民族沙盖人》、《苏门答腊阿齐人》、《苏门答腊答搭人》、《苏门答腊民南加堡人》、《马来谚语》、《古代的新加坡》、《菲律宾石器发现记》等。这些研究为日后的南洋民族志专题研究奠定了基础。其中，《马来人与中国东南方人同源论》、《南洋人种总编》等，是我国最早研究南洋民族问题的论文之一。
1939年游历南亚，经印度恒河流域，等贡鹫山，至尼泊尔边境，从事考古和民族学的调查，采集考古遗址中的石器，并收集贝叶经以及石、铜、陶质等各类宗教用具标本，现藏厦门大学人类博物馆，发表《印度古迹研究》论文；出任槟榔屿钟灵中学校长，教书之余从事南洋诸土著民族的民俗文化调查。在钟灵中学期间，写出《办理本校的计划及其实施》、《小规模图书馆分类编目简法》、《教师之自觉》等文。他除主持日常教务和学术研究外，还积极组织该校师生为抗日战争募捐。
1941年根据新加坡来佛里斯博物馆考古学者H．D．Collings提供的线索，调查马来也威士利河岸贝丘遗址，并新发现吉打省巴林镇的德卜河遗址，采集两遗址标本数百件，现藏厦门大学人类博物馆，是国内博物馆仅见的东南亚考古文物珍藏。写下《马来亚吉打州石器时代洞穴遗址》一文，刊登在《星洲日报》上。研究小型图书馆图书分类法；3月离开钟灵中学，返新加坡。立即投入到由陈嘉庚先生领导的南洋华侨筹赈会工作。
1942年新加坡沦陷，林惠祥被迫中断了自己的学术研究，并迁家到中含的市郊，以种菜砍柴为生。直至日本宣布无条件投降。
1944年林惠祥又将家迁到了后港，寄居草屋，租地耕种，同时兼作小贩，并利用空闲时间，偷偷编译《菲律宾民族志》等书。
1945年抗战胜利，林惠祥携家从新加坡回家，任厦门大学历史系教授。他除继续从事教学和研究活动外，还积极支持学生的进步活动，并亲自参加了反饥饿、反美扶日垦荒自救等运动。着手梳理自己几年来的南洋民族研究成果。在先期南洋研究的基础上，编译出版《菲律宾民族志》、《婆罗洲民族志》，并应邀为陈嘉庚先生整理书稿资料，协助出版陈嘉庚先生的《南侨回忆录》、《大战与南侨》等书。
1946年针对当时普遍盛行的算命现象，写出《算命可信吗？》的论文，揭示这一迷信的来龙去脉；编译和撰写了《苏门答腊民族志》等论著。
1947年秋回国重返厦门大学任教。在任教期间，又在闽南各地考古调查，发现多处新石器遗址，得到大量石锛、有段石锛和各种花纹的印纹陶，他据此发表不少中国东南区新石器文化研究的专论。除了武平、厦门等地的史前遗址外，还数次调查过泉州的唐、宋古迹，采集不少古物。发表《印度尼西亚名称考释》、《广大雷斧的获得及雷斧、雷楔、雷碱性略考》等文。
1948年为本科生开设“考古学通论”“原始社会史”等课程，作为南洋研究的综论性专著《南洋人种风俗概说》问世。在厦门《江声报》上发表《道德阶段论》、《作为常识之一的人类学》、《文化相关与文化失调》等文章，宣传人类知识。调查福建南安溪干山、惠安涂寨、庄林柄村、龙岩登高山、天马山等地含有段石锛和印纹陶的遗址。
1949年林惠祥在厦门海军军校兼授“西洋近代史”时，不顾白色恐怖的重压，在课堂上讲授了马克思主义的产生，并公开反对当时国民党的“动乱”，说这是内战。他的这一言行引起了国民党反动派的怀疑，以至在期末时被校方解聘，以后又被捕入狱，险遭不测。福建解放以后，重返厦门大学。并先后担（兼）任了厦门大学历史系教授兼主任，人类博物馆馆长，南洋研究所副所长，厦门市人民代表，市侨联副主席，福建省政协委员等职。与此同时，他除将自己一生所搜存的近万件文物和图书，全部献给了国家外，还多次带领厦门大学的师生，赴泉州、永春、长汀等地调查考古，他还积极进行学术研究。
1951年林惠祥将一生辛勤搜罗和积存的文物、图书数千号（每号一件至数十件不等）全部捐献给厦门大学，建议设立人类博物馆。在龙岩与惠安，他放弃休息，冒着烈日至山上考察，发现多处石器时代遗址。
1953年在王亚南校长的大力支持下，完成了他一直追求的一个心愿，将多年田野工作中收藏的考古、民族标本悉数捐献给国家，成立厦门大学人类学博物馆，3月正式对外开放，成为高校中唯一的一所人类学专门性博物馆。厦大人类博物馆成立后，林惠祥教授日以继夜、废寝忘食，不但亲自参加收集、陈列文物工作，还动手塑制模型，书写说明，并亲自接待观众，热情讲解。
1954年参加由华东文物工作队、福建省文官会主持的闽侯昙石山新石器时代的第一次发掘，并调查该遗址附近的连鱼山、洽浦山、山前山诸遗址构成的遗址群，写成《福建闽侯县甘蔗恒心联乡新石器时代遗址考察报告》；根据1929年和1935年的两次台湾调查材料，写出了《台湾石器时代遗物的研究》一文；撰写通俗文章《台湾自古是中国的领土》、《台湾是中国领土，中国人民一定要解放台湾》。
1956年2月应邀参加在北京召开的全国考古工作会议，并被选入主席团。他在会上宣读《福建长汀河田区新石器时代遗址调查报告》、提出有段石锛发展三阶段即“原始型”、“成熟型”、“高级型”的论说。同年，在厦门大学科学讨论会上，提交武平论文《福建武平县新石器时代遗址》。同年学报第6期又发表了他带学生考古实习的论文报告，名为《1956年厦大考古实习队报告》；在1946的《算命可信吗？》一文的基础上，完成《算命研究》专著。并写了《住娘家风俗的起源及母系制到父系制的过渡》一文。