可惜大喜事竟酿出了一场小麻烦。原来在朝鲜代行夫人职责的大姨太沈氏，曾经怀上过一个孩子却不幸流产，以后再也没能怀孕。沈氏对此伤心不已，一度想要自杀，袁世凯只能安慰她说，他的下一个儿子，不管是谁生的，都将过继给她作为嗣子。
袁克文出生后，袁世凯立即履行承诺，宣布儿子的母亲是沈氏，归沈氏抚养。金氏整日哭得梨花带雨，心情更是抑郁得无以复加，这也令袁世凯心存愧疚，却无从补报。
所幸无论沈氏还是金氏，对小克文都非常疼爱。只是沈氏的爱体现为溺爱，比爷爷奶奶对孙子的爱还要来得夸张；金氏则知书达理，对克文充满着无限期许。两种不同的爱时有冲突，再加上横亘心中的夺子之恨，两个女人之间，从此更加水火不容了。
袁世凯就这么痛并快乐着，没想到真正的伤痛已经不期而至。1891年年底，嗣母牛氏夫人病危，消息传来，袁世凯赶紧打电报请假回籍，李鸿章只能准假，但要他推荐代理者。袁世凯推荐了此时任职龙山理事官的唐绍仪，说他“忠直明敏，胆识兼优，通晓韩情，可当大任”。李鸿章欣然接受。袁世凯立即踏上了归乡路。
他回到陈州不久，牛氏夫人即去世。袁世凯是个大孝子，大哭一场后，写信向李鸿章报告情况，并坚决要求在家丁忧守制。
所谓丁忧守制，是孔孟、朱熹之流的要求，历朝历代无不唯唯遵守，无人敢违反。其要义是，皇帝之外，无论多大的官，如果父母去世，就必须辞官，回老家去悲伤27个月（号称“三年之丧”）。27个月不能当官，这也太残忍了！所以在那会儿，父母亲一旦去世，当官的可不是一般的悲痛。按规矩，守制期间，不许吃肉不许喝酒，更不许有性生活。只有皇帝才有权以工作需要之名将其召回，此谓之“夺情”。
在儒教看来，“三年之丧”是事关民族精神的天大的事，因此少不了有投机者为了沽名钓誉而剑走偏锋。比如东汉时期有个叫赵宣的家伙，就以创吉尼斯纪录的热情，身体力行了个“二十年之丧”，赢得世间交口称颂，成为“感动汉朝”的不二人选。可惜后来被人发现这厮守丧期间，老婆居然生下了五个孩子，而且经调查绝对没给他戴绿帽子——这个玩笑开得太大了。赵宣运气比较不好，事情败露后，竟然被地方首长、大名士陈蕃下令杀了头。真是偷鸡不成蚀了好大一把米。
而一代名相张居正，也是因为在这一点上做得不够到位，守制期间，皇帝一声“夺情”令下，他立即屁颠屁颠地跑回北京继续当宰相，一点虚情假意的推脱都没有，从而给了政敌攻击的把柄，为此付出了极大的代价。
如此严重的事，李鸿章自然不能不许袁世凯守制，事实上他也没那个权力。但此时此刻，李中堂实在是离不开袁委员27个月的时间，便狠狠心奏请慈禧太后和光绪皇帝，以朝鲜局势纷繁复杂为由，请求皇帝下令夺袁世凯的情。
很快夺情的圣旨就来到了陈州，袁世凯只能按照夺情的惯例，服丧100天，然后返回朝鲜。
在家的这100多天，袁世凯觉得家里有点乱。原来牛氏夫人去世后，家里还有袁保庆的两个姨太太王氏和陈氏，这两人感情一向很好，只是王氏人很厉害，加上当年先进门，现在觉得自己多年的偏房熬成了老大，为了立威，就开始对陈氏很不客气，以至于双方的关系，简直比清朝和日本之间还要紧张。
袁世凯小的时候，这两人对他都很好，此时想尽尽孝心，临走前便邀请她们跟着自己一起去朝鲜享福。在旷日持久的争吵中处于弱势的陈氏，满心欢喜地就准备出发，占尽上风的王氏却不肯去，说是怕远到异国他乡，袁世凯把她拿去卖了，所以首先需要一个正室夫人的名分，当了家长，才敢动身。
袁世凯很生气，说你爱去不去，就带着陈氏夫人上路了。到了朝鲜，已经是1892年的5月，袁世凯气犹未平，给二姐袁让写了封信，说王氏夫人“自比先太夫人，宛以上人自居，大谬矣。我为家长，何能反为奴才耶”！
这边气刚平，袁世凯怎么也没想到，大哥袁世昌来了。
袁世昌是袁世凯生父袁保中的长子，早已自立门户，一直在家经商务农，经济条件一般，听说袁世凯当了大官在朝鲜很牛，就赶了过来。
但他并不是袁世凯第一个来朝鲜的兄弟，事实上袁世凯初到朝鲜任职商务委员独挑大梁的时候，嗣母牛氏夫人怕他忙不过来，就曾叫他的三哥袁世廉、五弟袁世辅前来帮忙。
袁世廉是个大孝子，当初吴长庆去世、袁世凯从军去了朝鲜，家中只留下牛氏夫人等几个妻妾无人照应，他特意从老家项城搬到陈州，帮助照料这一大家子，对牛氏夫人就像自己的亲生母亲一样，所以牛氏一发话，他带着五弟就来了朝鲜。
五弟袁世辅却是个混混，酷爱赌博，欠了不少赌债，此来朝鲜，只是为了找四哥搞点钱。袁世凯最恨赌博，断然拒绝，并把五弟大骂一通，袁世辅待着无趣，过了半个月就自己回去了。
还好袁世廉是真来帮忙的。袁世凯家里当时除了四个姨太太，长子袁克定也被他召了过来，加上丫鬟保镖，以及从老家赶来打秋风的亲友，20多口人也算是个小社会，操持起来并不容易。袁世凯便安排与他年龄相仿、从小关系最好的三哥当管家，三哥当真不负重托，把个大家庭管理得井井有条。
也就干了几个月，消息传来，中朝签订了《釜山电线条约》，欲在朝鲜架设电线，此事由清朝电报局牵头负责，而大清朝的电报局归北洋管理，属于李鸿章的势力范围。袁世廉得此消息，不禁怦然心动，原来在老家的时候，他也捐过一个候补知府的虚衔，虽然没能补缺，但当官之心人皆有之，袁世廉又岂能免俗？于是便请四弟帮着给谋个差事。袁世凯不能无视三哥的上进之心，一边请叔叔袁保龄、周馥帮忙，一边亲自在朝鲜打招呼，最终让三哥当上了朝鲜电报局的帮办。
袁世廉毕竟没有做官的宝贵经验，这官当起来颇感吃力，经常被安排些吃力不讨好的事情，很是郁闷。后来他的老婆孩子也来了朝鲜，都住在袁世凯家中，久而久之难免产生一些家庭矛盾，袁世廉一怒之下就带着家小回了老家。
没想到三哥刚走大哥又来了，袁世凯不知道是该喜还是该忧。更没想到的是，哥俩见面连客气话都还没说完，大哥就管袁世凯要钱，而且开口就是1800元。这是什么概念？当时1800元大概相当于1200两银子，约等于袁世凯5年的年薪。当然身为商务委员，各种补贴是有的，所以袁世凯的收入不会太少，但也不会太多。
袁世凯敢花钱，但花的都是公款，为的是办公事。在这个过程中，虽然他自己也能捞不少好处，不过都是扬名立威建立关系之类，不涉及其他。袁世凯本人并不爱钱，更不搞贪污，却要养一个大家，因此并没有多少积蓄，一听大哥狮子大张口，就问他要这么多钱干什么，大哥实话实说：给儿子，也就是你的侄子将来娶媳妇准备的。袁世凯是真急了：你大儿子今年才7岁，娶媳妇还早得很呢！大哥你不会当你是大英帝国当我是咱们大清朝了吧？老子没那么好蹂躏！老子可以说不！
袁世昌一听这难听话也急了，情急中就动了手，狠狠推了老弟一把。袁世凯大怒：在这儿从来都是我打人家，你丫的居然敢打我？一拳就回了过去。袁世凯小时候练过功夫，这一拳力道不小，直接就把大哥打得坐在了地上。
哥俩打架，而且是弟弟占着上风，左右自然没人敢上来劝，还好陈氏是长辈，好歹把两个人喝住了。袁世凯住了手，气冲冲地吩咐手下：准备一笔盘缠，明天就送他去坐船回家。
送走大哥，袁世凯长长松了一口气，因为有太多的大事等着他去处理。而对于袁世凯的回来，最高兴的莫过于唐绍仪，代理商务委员这个官他可真不想再做了。
原来袁世凯在家的时候，俄国计划从海参崴铺设一条铁路到朝鲜元山，日本则计划架设由釜山到汉城的电线。日本人倒是不吃独食，很大方地表示从义州到汉城的电线可以留给清朝架设。可问题是，作为宗主国，修铁路、架电线等这些权利本来就是清朝的，别人根本无权插手，所以唐绍仪据理力争，坚决不同意，但扛得很辛苦。
处理这些事，袁世凯最有经验也最有人脉，直接把李熙、闵妃叫到一起，一通威胁一通抚慰，总之就是软硬兼施，再把朝鲜大臣中的亲华派发动起来，经过艰难的交涉，俄、日终于知难而退，这令袁世凯非常得意。
袁世凯的精明强干也得到了朝廷的奖赏，他被补授为浙江温处道，属于四品实缺。不过虽然有了实缺，他却仍得留在朝鲜，因为祖国需要他留在那里。
就在这时，来了一场巨大的风暴，在朝鲜国内，搞了多年地下活动的东学党终于浮出水面，一再请愿，并于1893年4月举行了数万人的大规模请愿活动，到1894年2月15日，在全琫准的领导下，东学党起义爆发，又称甲午农民起义，整个朝鲜顿时乱作一团。
关于东学党起义，说起来很复杂，我们只需要了解两点：它是官逼民反的结果；后来其幕后有日本人的影子，他们的目的是把朝鲜尽可能搞乱，以诱使清朝出兵，以便自己出兵占领朝鲜。
朝鲜军队和他们的官员一样腐败，打起仗来只会跑，根本不是农民起义军的对手。袁世凯看不下去了，自告奋勇要代为平乱，并声称朝鲜官场无人，只有自己才有这个能力。闵妃对袁世凯深有戒心，只说谢谢，没敢麻烦他。
可是也就过了几天，到6月1号起义军攻陷全州，局势越发危险，金允植、鱼允中等比较明白、能干且和袁世凯关系很好的大臣便主张请袁代为平叛，一时间附和者众多。李熙、闵妃想不出更好的办法，只好派人去请袁世凯。
可在袁世凯看来，按现在的形势，自己带朝鲜兵上战场同样没有胜算，若从国内调兵，根据《中日天津条约》，则必须通知日本，双方共同出兵，这绝不可以。所以他摆起了架子，通知李熙：你们先写个正式文件来看！
然后袁世凯致电李鸿章，汇报朝鲜最新局势，并建议北洋派兵。这一次，袁世凯犯了个巨大的错误，这也是日本人刻意忽悠的结果——他告诉李鸿章：根据我的消息来源及判断，日本人不会出兵。
李鸿章对袁世凯早已非常信任，遂一面通知日本方面我们将要派兵，一面令北洋舰队提督丁汝昌派济远、扬威二舰赴仁川、汉城保护侨商，并令直隶提督叶志超、太原镇总兵聂士成率领2000余人，乘坐招商局轮船前往朝鲜。6月12日，两军在牙山登陆。
日本早就准备好了。之前他们甚至把邮船公司的轮船都集中起来作为运兵船，以便随时运兵开赴朝鲜，等的就是清朝这边的通知。现在通知一来，大批的军舰和运兵船载着7000多名官兵，越过朝鲜海峡，在仁川、釜山登陆，迅速布防。
中日两国的军队一到，东学党起义军自知不敌，纷纷散去。眼看大乱渐平，而日本还在不断增兵，袁世凯看出情况不对，赶紧往晤日本公使大鸟，要求两国同时撤军。日本哪里肯撤？只是一味推诿拖延，袁世凯只能请示李鸿章指陈方略，得到的是继续敦促日本撤军，可这如何做得到？
这时驻扎在仁川的济远舰，管带（即舰长）方伯谦见登陆仁川的日军越来越多，害怕一旦冲突寡不敌众，给袁世凯打了声招呼后就带兵跑到牙山去了。袁世凯只能请李鸿章赶紧调集北洋水师前来增援，并请欧美各国驻华使节出面调停中日关系。李鸿章一面命令叶志超率军开往马山浦，并电令在国内的丁汝昌，率北洋水师前往，一面赶往北京和各国公使商谈，敦请大家出面调解。
可是晚了。这次中日两国出兵朝鲜平乱，中方为的是维护藩属国的政权不被推翻，日本人的口号却是帮助朝鲜独立，并提出了内政改革的方案。日方的方案很动人，无非是政治清明、官民平等一类，甚至表示可以由中日两国合作改革朝鲜内政。平心而论，当时朝鲜的各派势力包括老百姓，接受日本人的更多一些。
另一方面，朝鲜民间的排外情绪太强烈，对大鼻子外国人极其痛恨，很多人把这归咎于清朝的纵容，以至于各国使节对于调停中日之争并不上心。这样明眼人都看得出，战事就要不可避免了。
袁世凯当然也看出来了，他还看出了李鸿章根本不想打这一仗。自己人不能齐心协力，这仗打起来就毫无成算，加上知道自己在朝鲜树敌太多，最近更有传言日本人计划活捉他。闻听此讯，袁世凯不敢再在朝鲜待下去，而且局势如此，再待下去也没有意义，便一再请求李鸿章调自己回国。李鸿章不肯，他就只好继续待在那儿，但并未停止活动，重点对象是已经很熟的张佩纶，因为李鸿章最喜欢这个女婿。
到了7月8日，李熙宣布接受日本提出的改革方案，并表示废除中朝间一切条约，朝鲜不再是清朝的藩属国，从此独立自主。随后大院君李罡应复出，袁世凯的麻烦大了。
李罡应恨透了袁世凯，扬言要砍他的脑袋，为此不惜让日本人架起大炮，炮口对准商务委员公署——袁世凯工作和生活的地方。情势如此危急，一时间公署内人心惶惶，员工们纷纷请假甚至不告而辞，薪水奖金什么的通通不要了，最后只有副手唐绍仪留了下来。
职责攸关，袁世凯不能跑。外面太乱，他连门都不敢出，只能待在公署里和唐绍仪两人困坐愁城。多亏四姨太闵氏关心体贴、胆大心细，因为是朝鲜人，又是女人，外出干什么都相对方便些，在消息探听、对外联络等方面很帮了袁世凯不少忙。
7月18日好消息传来，李鸿章经张佩纶的劝说，加上从唐绍仪的电报中相信了袁世凯所说的一切，和总理各国事务衙门商量后，便召袁世凯回国，留下的职位由唐绍仪接任。
此时袁世凯已经病倒了，但收到电报他立即来了精神。当天夜里，在英国领事朱尔典的协助下，唐绍仪亲带双枪双刀，护送袁世凯出走。逃亡路上，有消息说东学党人已在路上布下埋伏要干掉他，袁世凯立即更改逃亡路线，直奔仁川而去。
7月19日，袁世凯一行抵达仁川，上了北洋水师的军舰，就此告别了朝鲜，这个他停留了12年、带给他无数辉煌与伤痛的地方。