在早期生物科学发展的历史上，与神造说相比有着明显进步意义的是生物自然发生论。
即认为某些动物是从各种物体中产生出来的。譬如，持这种观点的人认为蚯蚓是从土壤里产生出来的，而老鼠则是由面粉或乱纸创造的。比利时著名化学家、医学家詹·巴普蒂斯特·冯·海尔蒙特（1580—1644）甚至做过这样一个实验来说明自然发生论的正确：他在一个敞开口的瓶里放入面粉、奶酪，过些时候，老鼠是生长出来了。当然了，生活常识告诉我们面粉和奶酪都引来老鼠，但16世纪欧洲的许多区域都有人支持海尔蒙特。科学终究要代替非科学。17世纪后期，意大利医生弗兰西克卡·雷迪（1626—1697）因对自然发生论有怀疑，设计了一个生物对照实验，在许多曲颈瓶里装上不同肉块，让半数瓶口封闭，半数瓶口敞开；后来又将半数瓶口敞开，半数瓶口用纱布盖好，结果证明，在这三种情况下，曲颈瓶里的肉都腐烂了，但是仅有敞开口的瓶中的肉块生了蛆。由此，雷迪得出一个正确结论，腐烂肉块上的蛆是进入瓶子的苍蝇产的卵，并非是肉块自然发生的。雷迪的论文《关于昆虫生殖的实验》是对自然发生论的沉重打击。尽管如此，雷迪却始终认为五倍子虫和肠道寄生虫是自然发生的。