在“三十年战争”时期，瑞士是德意志神圣罗马帝国的组成部分。瑞士许多青年或者站在法国方面参战，或者加入德意志神圣罗马帝国军队，因而失去了宝贵的生命。但是，幸运的是瑞士官方并没有介入这次旷日持久的战争。在整个战争期间，瑞士议会始终保持中立的立场。
1647年瑞士各州签订《保卫协定》，向各州征税。这个协定成为瑞士各州进一步联合起来的纽带。1647年10月19日神圣罗马帝国皇帝斐迪南三世承认：巴塞尔和瑞士其他各州在法律上和其他方面永远脱离帝国，不复存在任何依附关系。瑞士独立得到1648年威斯特发利亚和约的承认。