格列佛是个外科医生，受聘于远航太平洋的“羚羊号”。船在途中遇见暴风雨而触礁沉没。格列佛死里逃生，只身一人游上了岸。上岸后由于炎热和过度疲劳而沉沉睡去。醒来后发现被身长6英寸的利立浦特（小人国）人用细绳从头到脚给捆牢在地上，稍一挣扎就被他们用箭猛射，因此只好躺着不动，作了他们的俘虏。利立浦特人用1500匹马拖的专车把他运到京城献给国王。由于格列佛像座“巨人山”，是旷古未有的奇观，因此引得当地人都跑来观看，一时万人空巷。该国挑选官员根据在一条悬空的绳子上跳舞技术的好坏而定，绳技越高则官职越高；而该国的两党之争则是由于不同党派所穿的鞋跟的高低而引起的。格列佛由于表现温顺并答应遵守誓约，国王同意恢复其自由。此时，利立浦特国正面临来自另一小人国不来夫斯库帝国的海上入侵之虞，战祸是由于两国对于吃鸡蛋时先打破蛋的大端还是先打破小端发生分歧而酿成的。为了抵抗不来夫斯库帝国的侵略，格列佛涉过海峡，冒着箭雨用绳子和钩子把十艘最大的敌舰拖回利立浦特国的港口。利立浦特皇帝一直想吃掉不来夫斯库帝国，因此要求格列佛把敌国舰队全部掳掠过来。但格列佛不愿“使一个自由勇敢的民族沦为奴隶”，因此得罪了皇帝。不来夫斯库帝国遣使求和时，格列佛又私自向使者表示愿意访问该国，受到利立浦特皇帝怀疑。接着皇后寝宫失火，格列佛情急生智，撒了一大泡尿把火扑灭，因而开罪于皇后。财政大臣又挑拨国王，说格列佛生活费用浩大，造成国库空虚；海军大臣则妒忌格列佛的功劳。二人串通一气，弹劾格列佛，说他犯了叛国罪，国王决定刺瞎他的双眼，用限制食物的供给来饿死格列佛。格列佛获此消息，立刻泅水逃到不来夫斯库帝国，后来又在该国海岸发现一艘被暴风雨从大船上吹下来的小船。在几千军民的帮助下，格列佛修理好了小船，带着一些牛羊作为食物，起航离开了不来夫斯库国，平安回到英国。
格列佛在家呆了些时候，又乘“冒险号”再次出海。和上一次一样，离岸不久遇上了风暴，船被吹得偏离了航线，来到一块不知名的陆地附近。格列佛跟随水手上岸找淡水，登岸后独自一人在附近散步。返回时发现一个巨人正在追赶他的伙伴，格列佛吓得回头就逃，又碰见有教堂尖顶那么高的巨人迎面走来，他只好藏进长满40英尺高的小麦地里躲起来，结果给一个农民捉住。这个农民把格列佛当作玩物带回家去，并让他的小女儿来照料格列佛，让他睡在她的洋娃娃的摇篮里。为了赚钱，这个农民赶集时就把他拿到市镇上售票展览，让格列佛耍把戏。后来又带他到全国各大城市展览，最后来到布罗卜丁奈格（大人国）的首都。这个农民发财心切，每天要格列佛表演十场，把他累得奄奄一息。当这个农民眼看无利可图时，便把格列佛廉价卖给了皇后。格列佛在大人国曾经与两只有獒犬那样大的老鼠搏斗，受到皇后身边的矮子的各种捉弄，与鹧鸪那样大的黄蟾厮打，被小狗叼走，给小猴子逮去耍弄。
有一次国王看见了格列佛，国王是个博学有见地的人，和格列佛谈论治国的方略。面对国王，格列佛沾沾自喜地介绍了英国的政治、法庭、军事、财政各方面情况及近百年来的英国历史。但在国王的诘问之下，反而证明了英国的规章制度并不是那么高明；而英国近百年来的历史则是“一大堆阴谋、反叛、暗杀、屠戮、革命”。听到格列佛介绍火药的威力及枪炮的制作时，国王不但不感兴趣，反而认为发明武器的人是人类的公敌。相反，国王认为“谁要能使本来只出产一串谷穗、一片草叶的土地长出两串谷穗、两片草叶”，对人类的功劳和对国家的贡献就都远胜于所有夸夸其谈的政客。
格列佛在该国的第三天陪同国王巡视边疆。由于思乡心切，钻进自己的小箱子睡觉去了。天空中的鹰错把箱子当成乌龟叼了起来。几只鹰在空中争夺，箱子掉进海里，被路过的一艘船发现，格列佛获救后，乘船回到英国。
归家后不久，还没有安定下来，格列佛又向往冒险的神奇生活，随“好望号”又一次出海。船在海上遭贼船劫持，格列佛被单独放在小帆船里漂流到几座小海岛上。一天，他忽然发现空中有一座叫“勒皮他”的飞岛，岛上的人用绳子系住把他吊到飞岛上。飞岛上的人相貌异常、衣饰古怪，整天深思默想。国王和有钱人都得雇一个“拍手”，用一个吹胀的尿泡拍他们的口、耳、眼，这样才能提醒他们交谈和看东西。格列佛住在飞岛后，来到巴尔尼巴比进行访问，并参观了岛上的“拉格多科学院”。这所科学院研究的都是些荒诞不经的课题，如从黄瓜里提取阳光，把大粪小便还原成食物，把冰烧成火药，盖房先盖屋顶后打地基，利用啤酒来纺织，软化大理石当枕头或针毡等，结果造成全国土地荒凉，房屋倒塌，人民无衣无食。
接着，格列佛来到巫人岛。岛上的总督精通魔法，能随意呼唤任何鬼魂，格列佛因此会见了亚历山大大帝、汉尼拨、恺撒等古代名将、著名学者和贤人，并与他们交谈，结果发现史书上的记载很多不符合史实，甚至是非颠倒。尔后格列佛又游览了拉格耐格王国，见到一处长生不老人“斯特鲁布鲁格”。离开该国后，格列佛来到日本，然后乘船回到英国。
格列佛回家五个月后，由于有过三次冒险的经验，很受当地人器重，他受聘为“冒险号”船长，再次乘船出海。中途水手叛变，把他囚禁了几个月，然后放逐到一块不知名的陆地上，这便是“慧驷国”。在这里，格列佛遭到一种名叫“耶胡”的畜牧的围攻，他们没有理性，用手和脚行走。幸亏一匹“慧骃”（马）的到来才给他解了围。原来马是该国有理性的居民和统治者，而耶胡则是马所豢养和役使的畜牧。格列佛的举止言谈在慧驷国的马民看来是一只有理性的“耶胡”，因此引起了他们的注意。格列佛很快学会了该国语言，应主人的邀请，他谈到在世界其他地方马是畜牧，并要服各种劳役，而像他那样的“耶胡”则具有理性，并且是马的主人。这使慧驷感到很震惊。格列佛还谈到英国的情况，说“耶胡”也是马的主人。格列佛还说奥伦治亲王发动的英法战争；律师的颠倒黑白、乘机勒索；女王生活的奢侈和人民所过的悲惨生活。他还谈到谋取首相职位的手段之卑鄙及首相往往受制于一位年老女仆或亲信的跟班等。因此，慧驷认为像格列佛那样的“人类”的所谓理性，只能助长他们“天生的罪恶特性”；而所谓“保护人民的法律”，则只会使人民家破人亡。
格列佛受到慧驷各种美德的感化，决心在慧驷国过一辈子。但是慧驷全国代表大会一致通过要消灭全国的“耶胡”而用较温驯的驴子来代替它们。格列佛由于是一只有理性的“耶胡”而得以免死，但必须立即离开慧驷国。格列佛无奈，只好乘小船离开了该国。他在海上获救后回到英国。从此，格列佛看破红尘，终生与马为友。