尽管尼安德特尔人具备了各种技能和社会组织，但是他们还是不存在了。他们是否不能适应约四万年前冰期最后阶段所造成的环境变化？或者被技能更先进的种族取代？或是与较低代人种杂交，在持续的进化过程中受到同化？有的专家认为，尼安特尔人的头盖骨越来越大，婴儿出生越来越困难。也许是上述种种原因，造成了尼安德特尔人的灭绝。
尼安德特尔人真的灭绝了吗？现在的一些偏远山区，可不可能还有他们的后裔孤绝地散居？这种可能性与荒诞的喜马拉雅山雪人和北美洲巨足人传说风马牛不相及，因为尼安德特尔人仍有孤遗分子的看法，大都以前苏联以及蒙古学者的研究为根据。本世纪70年代，前苏联教授波里斯·朴契涅夫发表了一些探讨这个问题的论文，重新引起了人们对亚洲地区存在野人的连篇累牍报道的争论不休。
前苏联科学院曾在50年代报道，在西伯利亚东北部寒冷偏僻的地区，发现一群称为“丘丘拉”（被遗弃者或流浪者）的野人。据说这些野人说话音域非常狭窄。这可能是遗传突变的结果，也可能是显示他们是尼安德特尔人后裔的迹象。
尼安德特尔人的一切至今仍是一个谜。