伽利略的父亲早就发现儿子的天资很高，决定让他上大学。伽利略本人也对学习充满兴趣，很愿意去上大学。当时佛罗伦萨没有合适的大学，父亲就让伽利略报考家乡的比萨大学。这个只读了几年中学的孩子，回到比萨参加了大学入学考试，结果，很顺利地被录取了。
1581年秋天，伽利略要进大学读书了，可是，家里拿不出供他读大学的学费，在亲戚、朋友们的帮助下，才凑够了入学的费用。在专业选择上，父亲为伽利略选择了医学，因为当医生收入较高。
比萨大学为著名的意大利国立大学，也是意大利最古老的学府之一。比萨大学的历史最早可以追溯到1281年。
比萨大学是由佛罗伦萨的富商洛伦佐·德·美第奇创办的，设有文、理、医科等学院。坐落在比萨城郊。那里，风景秀美，环境宜人，是一个读书求知的好地方。
比萨大学在当时是保守倾向较明显的学校，为学生开设的课程还保留着古老的传统，宗教、民法和医学是主要科目。受文艺复兴运动的影响，学校又增设了哲学、数学、修辞学、天文学等科目。
伽利略对主修课都不喜欢，宗教课是他最反感的，民法也让他发困，而父亲让他学习的医学更无法引起他的兴趣。主要原因是，当时的教材和教学方法都缺少科学性和必要的实验，而且许多的医学理论不是错误的就是带有很严重迷信色彩的。
第一课是学习公元前的医学家希波克拉底的四液体学说。
希波克拉底的“四液体学说”认为，人的身体内都有四种液体，即血液、粘液、胆汁和忧郁液即黑胆汁。
人的身体要想健康，就要这四种液体分配得当。否则，就会引起各种各样的疾病。他的理论还认为，人的性情之所以有差异，就是因为这四种液体在体内处于不同的平衡之中。
既然这四种液体决定了人的健康状况，那么一旦人生了病，就要理所当然地按照四种液体比例失调的理论来指导治疗的方法。
课堂上教授振振有词的说道：“这样，古代的大医学家希波克拉底就找到了人会得疾病的原因，就是体内四种液体失调。医生就可以按照这一理论去探索治疗疾病的方法。例如人高烧不退，这是体内的血液过多，那么怎么治疗呢？就是大量放血，把多余的血放出去，病就会好了，再如人的胃肠肿胀，就是胆汁过剩，怎么治呢？用泻肚子方法就可以，把多余的胆汁泻出去，胃肠肿胀就会消失。”
在这些方法中，最被推崇的就是“放血”了，几乎这一招是每病必用的。所幸的是，这一招并不是任何人、任何时候都可以用的。
亏了有这么一点点的约束，否则，这一招被医生们看来是“杀手铜”的东西。真不知道要害死多少人。庸医“杀人”的惨况，连统治者都有些看不过去了。
英国的国王亨利八世就曾经怒气冲冲地颁布过一则法令，法令上说：“许多无知之徒，他们大都不懂医学，也不懂得任何别的学问，有些人甚至目不识丁，但人们却都无畏地、习以为常地接受他们的种种怪异的治疗。对此，上帝深感震怒，医学界亦蒙受奇耻大辱。而国王的子民广受悲惨的伤害和摧残。”
这则法令，从侧面反映了当时医学界的落后状况。在医学界，到处泛滥着迷信、神秘主义和虚假的理论。可是，就是这样一些东西被奉为金科玉律。谁也不允许去怀疑它，否则，就会被认为是大逆不道，罪该万死。
伽利略听着教授的讲课，突然想起，前几天和爸爸一起到佛罗伦萨大剧院看的一出喜剧。演的是一个庸医用放血疗法治疗疾病的故事，讽刺庸医的可笑与愚昧。伽利略想，希波克拉底的四液体学说，好像就是剧中讽刺的害人的庸医学说？这样的学说为什么教授还在大学里讲授？
想到这里，伽利略乘教授讲完一节之后，提出问题：“教授阁下，您刚才讲的四液体学说，有人说这是庸医的学说，对不对？”
教授立即停止了讲课，反问道：“谁说希波克拉底的四液体学说是庸医学说？难道人人公认的古代大医学家还有错吗？”
伽利略想了想，很有礼貌地回答：“是在一出话剧里演的，一个庸医用四液体学说治病，害死了不少人，遭到了人们的唾骂！”
教授气得浑身颤抖，怒不可遏地说，“胡说八道！那是演话剧，不是现实生活。年轻人，你是不是有些太狂妄了，应当学会尊重前人，尊重老师！”
伽利略被教授批评了一通，感到很委屈。他认为话剧里演得很真实，而且如果什么病都用放血这种方法来治疗的话，那么人身体的血液岂不是会被大量的放掉，人体缺血，也是很危险的。伽利略感觉自己的提问没有错，教授这样严厉的斥责，使他感到很伤心。
过了几天，又上解剖学课。
进入课堂后，看到讲桌旁的大桌子上摆放着人的尸体。老师讲人体的血管和肌肉，只是照着书本讲解，让助手把尸体抬起来让学生们看一下。可是人体上肢下肢里面的血管。肌肉是什么样，看不见。
伽利略很想亲自用解剖刀去切开肢体，看一看里面的奥秘。于是在课后，他向老师提出解剖肢体的想法。老师说：“每个人的身体都是上帝赐与的，是神圣不可侵犯的，怎么能用刀切开呢？”
伽利略认为，解剖是实实在在的实验课，如果仅仅简单地背诵名词就能了解人体的话，那说明人体结构太简单了。
他甚至公开说：“如果我们只是坐在课堂上听老师用嘴巴讲解剖，而不接触实际，我们将来怎么给人看病？难道动动嘴就能把病人治好吗？”
伽利略的议论被一些的学生汇报到老师那里。那些不务实际的教授们，对伽利略有了看法，多次在课堂上对他提出了批评。面对学校的压力，伽利略对医学更加反感。
由此，伽利略对学习解剖学的兴趣大减。每当上这门课，就感到枯燥乏味，疲劳困倦。
就是这样，医学院开过的一些课程有的内容陈旧，有的还有迷信、虚假的成分。最令伽利略头痛的是，有的老师上课照本宣科，味同嚼蜡，还不准提出疑问。
伽利略这样日复一日地煎熬着，他的那股注重实践的精神让他再也忍受不了老师的纸上谈兵了。有一天，老师还是一如既往地在那儿照本宣科，味同嚼蜡。伽利略气愤地站起来，问道：“老师，您怎么来证明您刚才说的那些理论？”
这么多年如一日的教学，老师早就已经把习惯当成必然了。对于突然从座位上站起来的伽利略，真是给老师一个不小的意外。老师有些惊慌的说道：“这，这个难道还有问题吗？书上写得清清楚楚，而且，是亚里士多德也曾经说的。”
伽利略见老师如此回答他的问题，想如果你连推理的条件都找错了，那么你怎么可能得出正确的答案呢？于是，伽利略慢条斯理地说：“老师，您刚才说您讲的都是正确的。您说它正确是因为亚里士多德是这样说的，可是，老师，万一亚里士多德说错了呢？”
伽利略的一席话，一下让整个教室都一片安静。伽利略自己也被同学们的反应吓了一跳。他有些惊诧地向四下里望去，所有的同学都带着陌生、惊异的眼光看看他，而讲台上的教授，已经气得说不出话来了，脸憋得有些发紫。他定定地看看伽利略，大声的斥责道：“伽利略，你不要好高骛远，妄自尊大。你要先学会尊重前人，学会尊重老师！否则，请你离开这个教室。”
伽利略感觉到很是委屈，他只不过是说了一句最显而易见的话，老师怎么会如此雷霆大怒？亚里士多德是伟大的，这一点，伽利略也心悦诚服。
可是，亚里士多德也不是全知全能的神，为什么亚里士多德就不能犯错误呢？如果亚里士多德和希波克拉底的话都是正确的，那么，人们为什么还要请上帝来指点迷津呢？