面对日军的局部战略进攻，国民党正面战场继续进行了部分抵抗。在武汉失守以后至太平洋战争爆发以前，国民党军主要进行了南昌、随枣、桂南、枣宜、豫南、上高、晋南及两次长沙会战。这些会战虽负多胜少，但对中国坚持抗战仍有一定作用。
南昌会战。南昌是江西省省会，相联湘赣、浙赣两大铁路，又有长江水运之方便，故为军事战略要地。早在武汉会战期间，日军就准备进攻并占领南昌。武汉会战后，日军为巩固已占领的武汉，维护并扩大长江下游水上交通，切断湘赣、浙赣铁路间的联络，于1939年2月中旬，以4个师团在冈村宁次的率领下进攻南昌。3月17日，日陆军在海军的掩护下，由鄱阳湖、永修县、张家渡分别向吴城镇、涂家埠进攻，24日攻陷吴城镇，其主力又乘夜强渡修水河南下，国民党军与敌激战，损伤大半，万家埠、安义、奉新等地先后失守，国民党军退守南昌。27日，日军进攻南昌，国民党军与日军经过激烈巷战，因牺牲惨重，奉命撤退，南昌遂陷落。4月下旬，国民党增援部队赶到后，开始反攻南昌，一度攻克奉新，逼近南昌，予日军以严重打击。之后敌增援部队参战，飞机狂轰滥炸，加之施放毒气，国民党军受阻后，放弃反攻南昌，在锦江南与日军对峙。
随枣会战。武汉陷落后，国民党第五战区主力在李宗仁率领下，在鄂西北随（县）刺（阳）地区不断发动消耗日军的进攻，破坏平汉路，迫近武汉外围。日军为巩固武汉，解除对豫南鄂北及平汉路的威胁，消灭这一地区的第五战区部队，于5月初，以3个师团以上的兵力，分由钟祥和应山地区出发，向随枣一带发动进攻。第五战区部队进行了一定程度的抵抗后，随枣被日军占领。5月中旬，李宗仁下令第五战区实行反攻，经激战后，日军向东南退却。国民党军先后收复枣阳、随县，此役给日军以严重打击，基本上达到了预期作战目的。
枣宜会战。1939年冬，国民党在豫南、鄂北发动攻势，破坏敌铁路交通，袭击敌补给线，使武汉日军受到重大威胁。为扫荡中国游击部队，消灭中国第五战区的军事实力，确保武汉安全，日军于1940年5月集中了6个师团，由信阳、随县、钟祥三个方面，进攻枣阳等地。中国军队用一少部军队将日军牵制在中央地带，主力迂回敌军两侧，将其包围在平原地区，经激战予敌以重大杀伤。其时第三十三集团军总司令张自忠仅率所部两团一营抵御敌军，一直坚持到所部将士伤亡殆尽，自己重伤倒地，以身殉职。此战日军失利后，又调集援兵渡汉水继续进攻，于6月初攻陷襄阳。6月上、中旬，中、日军队在宜昌展开了激烈的争夺战。其间，由于中国军队进行全面反攻，宜昌曾失而复得，而日军为确保宜昌等地，以威胁重庆，又攻陷宜昌。
长沙地处中南地区，它南靠衡阳，西临常、桃，是扼两广之咽喉，控四川之门户的军事要地。武汉会战后，它成为中国战场的主体，聚集着50多个师的兵力，是第九战区的指挥中心。因此也成为日军主要进攻的战略目标。日军为消灭第九战区的中国军队，扫除对南进政策的威胁，并通过军事手段对中国政府施加压力，以便早日解决中国问题，故于1939年至1941年10月间，先后两次进攻长沙，挑起中日双方争夺长沙的两次大会战。
第一次长沙会战。日军占领武汉后，先后发动随枣、南昌战役，打击了鄂北中国第五战区、湘北第九战区军队，虽然巩固了其武汉占领区西北部，但未根本达到战略目的。为了消灭中国第五、第九战区的主力，解除中国军队从南部对日占领武汉的威胁，日军发动了第一次长沙战役。1939年初，日本设立了中国派遣军司令部，以西尾为总司令官，坂垣为总参谋长后，即着手发动第一次长沙战役。9月中旬，日调集12万余人由赣北、鄂南、湘北三个方面向长沙发动进攻。赣北进犯日军在飞机的掩护下由奉新方向进攻，企图通过修水一带，威逼济阳与湘北之日军呼应。当地中国守军奋勇抵抗，致使日军不能前进，被阻于修水一带。鄂南、湘北之日军由通城、岳阳、营田三面南进。中国守军分别于新墙河、汨罗江一带英勇抵抗。9月下旬，汨罗江防线被日军突破，日军占领了长沙外围地区不再前进。中国军队除少数守卫长沙外，其主力大部撤至株洲、浏阳、衡阳地区。日军因兵力不足，交通运输不便，给养供应不足，于10月初开始撤退，中国军队乘势反攻，到10月中旬返回了新墙河一线阵地。
第二次长沙会战。1941年6月22日，苏德战争爆发，日本乘势放弃对苏作战计划，决定对英美开战。为了加快南进速度，日军于7月下旬进兵占领越南南部，作为南进的根据地。与此同时，为压迫蒋介石政府屈服，扫除其南进的障碍，发动了旨在消灭中国军队主力的第二次长沙战役。9月17日，日军调集了4个师团及部分海、空军10余万兵力，向岳阳南新墙河一线发动进攻。26日，日军主力向长沙猛攻，接着在空降伞兵的配合下，于28日占领长沙。第九战区中国守军在薛岳司令长官指挥下，对来犯日军进行逐次抵抗，并将其主力迂回至敌军侧翼，同前来增援的其他战区的中国军队，对长沙日军进行反攻。日军从10月1日开始向长沙以北浏阳一线撤退，10月7日全部撤往新墙河以北地区。至此，第二次长沙会战结束。这次战役毙伤日军1万余人，中国军队则损伤及被打散约10万人。