国民党蒋、冯、阎、桂四派军阀各怀野心，在取得对奉作战胜利后，彼此间的矛盾立即尖锐起来，进而爆发军阀混战。
当时，蒋介石虽然是南京中央政府的最高统治者，但实际能控制的地区只有长江下游的几个省。1929年1月的编遣会议流产后3月，他又操纵召开国民党“三大”，以中央指派和圈定代表的办法，排斥反对派，树立自己在国民党中的垄断地位。同时对汪精卫改组派和已公开反对自己的桂系领导人做了组织处理。蒋同其他各派的矛盾达到不可调和的地步，便诉诸于战争。
1929年3月，首先爆发了蒋桂战争，26日，蒋以南京政府的名义下令讨桂，坐镇九江，亲自督师进攻武汉。在蒋的收买下，桂军一部在前方倒戈，桂军主力从武汉地区后退。4月4日，蒋军进入武汉。随后，蒋派军队由湘、粤、滇三路进攻广西。5月上旬，李宗仁组织南路护党救国军，通电反蒋，并派兵进攻广东。6月下旬，蒋支持粤军打败桂军，任命原桂系军人俞作柏为广西省政府主席，蒋桂战争结束。
蒋桂战争后，蒋冯战争又起。先是1929年4、5月，冯玉祥积极调配兵力，准备讨蒋。但在蒋介石的收买政策下，冯军发生激烈分化，韩复榘、石友山等叛冯投蒋，使冯的讨蒋军事未能发动。10月，冯军将领宋哲元等通电讨蒋，蒋下令讨伐。从10月下旬到11月，蒋冯两军在豫西展开激战。战事发动后，原来答应与冯联合反蒋的阎锡山，转而投蒋反冯，冯军内部又缺乏统一指挥，结果冯军败回陕西。
11月，在蒋桂战争中被蒋起用为师长的张发奎，与桂系联合，组成“护党救国军”，进攻广东。12月，蒋派何应钦率军援粤，击败张、桂，这是第二次蒋桂战争，或称粤桂战争。
这几次军阀混战，均以蒋介石的胜利而告终。但是各派军阀与蒋介石的矛盾依然十分尖锐。1930年5月，终于爆发了规模更大的军阀混战，即蒋与冯、阎之间的中原大战。1930年1月，阎锡山亮出反蒋旗帜，得到汪精卫、冯玉祥、李宗仁等人的支持。3月，阎、冯、李三集团军的50多名将领发出逼蒋下野通电，并推阎锡山为中华民国陆海空军总司令，冯玉祥、李宗仁和张学良为副总司令，领导反蒋。4月1日，阎、冯、李分别通电就职。蒋介石则以国民政府主席名义，下令罢免阎锡山本兼各职，并以总司令名义通电讨伐阎、冯。5月中旬，冯、阎军与蒋军在豫皖鲁苏交界地区展开激战。中原大战正式爆发。
战争初期形势对蒋十分不利。冯、阎投入60万兵力发动强大攻势，蒋军败退到鲁西南和豫中漯河一带，蒋介石本人在朱集车站火车上几乎束手就擒。冯、阎对蒋介石的停战议和要求置之不理。张、桂联军又从广西北上攻入湖南，蒋介石急调蒋光鼐、蔡廷锴两师出兵衡阳，打退张桂联军。后又调陈诚部和蒋、蔡两师增援津浦一线。8月，蒋军重占济南，阎军退到黄河以北。冯军在平汉、陇海两线苦战。阎军厌战自保，不予配合，冯军败退豫北。9月中旬，张学良一改观望中立态度，发出拥蒋通电。十几万东北军入关助蒋作战，占领平、津。战争形势急转直下。10月，冯、阎联袂下野。冯军全线崩溃，大部投蒋，一部为东北军改编。阎锡山的军队也被东北军改编，但保有山西地盘。中原大战历时七个月，死伤无数，给人民造成了深重的灾难。
经过1929年到1930年的军阀混战，蒋介石打败了同他抗衡的军阀，取得了明显的优势。此后，反蒋势力仍然存在，但失去了问鼎中原、与蒋争雄的实力。
蒋介石军事上的胜利，巩固了他在政治上的统治地位。随着蒋介石统治的加强，他已把“围剿”红军作为主要任务了。