在南下过程中，朱德由于反对张国焘的分裂做法，受到张国焘的排挤，就在这逆境之中，朱德仍以一个共产党员的宽阔胸怀，坚持团结大多数指战员，积极消除分裂带来的不利影响，并参与了军事指挥工作。
朱德被调离司令部后，到了四方面军总指挥徐向前率领的部队。徐向前也不满张国焘的错误作法。朱德便同徐向前一起，加强对部队的领导，并指挥打了一些胜仗。从10月上旬至11月下旬的一个多月中，连续发动几个战役，先后攻克绥靖、崇化、丹巴、懋功、兴宝、天全、芦山等地。
战斗过程中和结束后，朱德抓紧时间写文章，总结经验教训，对部队进行教育，提高部队的战术水平。朱德先后写出了《绥、崇、丹、懋战役中我左支队二十七师两河口，抚边、达维、夹金山、日隆关、巴郎山一带战斗经过及其模范教训》、《青龙场战斗是天芦战役中的模范战例》、《天芦战役中追击之模范与不追击之失败》、《雪山攻击之注意》和《康、泸、天、芦、名、雅、邛、大战役中战术上应注意之点》等文。文章指出，根据敌情、我情及地形等不同条件，遇山地、隘路时，应进行山地战、隘路战和运动战，而遇地形较平坦或攻取城镇时即应改变战术，由山地战、隘路战变为平地战，街市战，并由运动战改为阵地战与堡垒战。但不管进行何种战斗，都必须坚持红军作战中行之有效的战术原则，即：集中兵力打敌人的弱点；机动地寻求打运动战而不被迫硬攻堡垒，即使打城市和堡垒，也须在野战中击溃敌人，乘胜直追，袭取城市和堡垒须在夜间或拂晓时去攻击。针对蒋介石派空军空袭的情况，朱德又写出《对防空应注意之点》一文，详细地规定对空射击的方法，对空观察哨的设立，对空的隐蔽，伪装，欺骗和空防中应遵守的纪律等等，以减少损失和树立信心去战胜敌人，朱德在军事指挥上有一个显著的特点，就是采取各种可能的方法，充分利用敌人的弱点，充分发挥自己的优势，使敌人的损失增加到最大限度，使自己的损失减少到最小限度。他有时声东击西，神出鬼没，使敌人摸不着头脑；有时又兵不厌诈，使敌人上当受骗。他可以集中兵力以多胜少，有时也出其不意地以少胜多。这些，都说明朱德虽身处逆境，但他仍然积极地进行着提高部队战斗素质的工作。
与此同时，因为张国焘长期对部队实行家长式、军阀的统治，朱德同徐向前等还注意进行提高四方面军政治素质的工作。朱德把原一方面军的政治工作干部，分派到四方面军里面去，深入进行政治工作，用中央苏区的好办法来建设党，建设军队，进行群众工作，发扬军事民主，废除打骂制度。他自己也深入到广大指战员中间进行政治思想工作，向广大指战员讲马列主义，讲红军好传统，讲苏维埃的民主生活。由于朱德平易近人，部队里的伙夫、马夫、干部、战士都愿意同他接触，听他讲话。他还常同大家打球，大家也同他谈得来。朱德对人说：“不管怎样，多讲一点共产主义，多讲一点革命道理，总是有影响和起作用的。”尽管张国焘成立了伪中央，但朱德在部队中的威信仍然很高，他的话对四方面军干部有很大的影响。
朱德对张国焘迫害知识分子干部的行为也作了有力的斗争。想方设法保护一些同志。那时，在四方面军造成一种工农与知识分子对立的空气，只要你在上衣插上一支钢笔，戴个眼镜，穿条制服裤，会讲道理，就被当作知识分子，认为不可信任，并因此受到敌视和迫害。当时廖承志、朱光、罗世文等被张国焘软禁起来。朱德曾告诉康克清，要她无论如何设法找到廖承志，把他保护好，说将来廖承志在统一战线工作中能起到别人不能代替的作用。对其他知识分子干部，也要保护好，廖承志后来对别人说，他自己是被朱德总司令保过来的，否则恐怕人头落地了。从这件事也可以看出，朱德既善于斗争，又是很有政治远见的。
这时候的张国焘，搞来搞去搞不出什么名堂，想打出四川也打不出去，开始悲观失望，想躲到绥靖去当土司，有些人就戏称他为“张土司”。等到朱德和徐向前等逐步把部队整顿好，又击溃了川军的十几个旅，补充了兵源，“张土司”才又出来。这时左路军表面上虽然还蒙着张国焘伪中央的阴影，但内部却在起着变化。张国焘感到西进路不好走，留在四川又蹲不下去，于是改变手法，摆出向一方面军干部靠拢的姿态。
1935年12月19日拂晓，国民党军十几个旅从东、北、南三面向红军进攻，拉开了百丈决战的战幕。
据俘虏供称：刘湘下了死命令，要川军拚死夺回百丈，援救名山守敌，临阵不前者，一律就地枪决。战斗一打响，敌人即集中强大炮火，向红军阵地猛烈轰击。成批敌机盘旋上空，疯狂施行轰炸。整营整团的敌军，轮番向红军阵地猛攻。从黑竹关到百丈十多里战线上，处处是战火硝烟、刀光血影，爆炸声、枪炮声、喊杀声，是双方的殊死搏斗。
百丈一带，地势开阔，多丘陵、树丛，深沟、水田。战斗开始后，徐向前骑马赶到这里，观察情况，现场指挥。三十军指挥所设在百丈附近一座小山包上，徐向前绕来绕去，好不容易才摸到。见了李先念他们，简单问了问战况。当时判断，刘湘是狗急跳墙，孤注一掷，如果红军顶住敌人的攻势，灭敌一部，有可能胜利转入反攻，直下岷江西岸。唯敌机太讨厌，对红军前沿至纵深轮番轰炸，威胁甚大。部队在开阔地带运动和作战，不易隐蔽，对付敌机又缺炮火，伤亡增大，叫人很伤脑筋。红军坚守在月儿山、胡大林，鹤林场及黑竹关至百丈公路沿线的山岗丛林地带，与敌反复拉锯，血战3昼夜。敌用两旅兵力企图通过水田进占百丈，在红军几十挺机枪扫射下，整营整连的敌军，被击毙在稻田里，横七竖八，躺倒一大片。但因该地交通方便，敌人调兵迅速，后继力量不断增加，攻势并未减弱。21日，红军黑竹关一带的前锋部队被迫后撤，敌跟踪前进。22日，百丈被敌突入，红军与敌展开激烈巷战。百丈的街上，有些房屋已经着火，冒着浓烟烈火，与敌拚搏，打得十分英勇。百丈附近的水田、山丘、深沟，都成了敌我相搏的战场，杀声震野，尸骨错列，血流满地。指战员子弹打光，就同敌人反复白刃格斗；身负重伤，仍坚持战斗，是一场空前剧烈的恶战，打了7天7夜，红军共毙伤敌1.5万余人，自身伤亡亦近万人。双方都打到了精疲力竭的地步。
战局没有打开，薛岳部又从南面压了上来。双方力量悬殊，持久相峙对红军不利。只好放弃原计划，从进攻转入防御。11月下旬，红军三十军、九军撤出百丈地带，转移到北起九顶山，南经天品山、王家口至名山西北附近之莲花山一线。四军在荥经方向，遭薛岳部猛攻。被敌突进，部队遂撤至青衣江以北。在西面大炮山的三十三军，则继续巩固阵地，与李抱冰部对峙。红军遭敌重兵压迫，堡垒封锁，南下或东出已不可能。
红军百丈决战失利，教训何在呢？第一，对川军死保川西平原的决心和作战能力，估计不足，口张得太大。川军是红军的老对手，被红军打怕了的，历次作战中往往一触即溃闻风而逃。但这次却不同。经过整编，蒋介石向各部队都派了政工人员，多数军官又经峨嵋军官训练团的训练，敌军的战斗力有较大加强。为确保成都平原，刘湘亲自坐阵，不惜代价，指挥军队死打硬拚，加上兵力众多，运输方便，地形熟悉，堡垒密布，炮火强大诸条件，便成了难啃的硬骨头。战役过程中，薛岳部又压了上来。对于这些情况，战前缺乏足够估计，想一口吞掉敌人，打到川西平原去。这是导致决战失利的主要原因。第二，与此相联系，红军高度集中兵力不够，刘湘在这带集结的兵力，达80个团以上，纵深配备，左右呼应，凭碉坚守。红军只集中了15个团的兵力进击，一旦遇到敌人的拚命顽抗和反扑，深感兵力不足，捉襟见肘。部队两过草地，体力消耗很大，乍到新区，人地生疏，群众还没发动起来，无法积极配合红军作战。这样，就难以取得战役战斗中的优势地位。第三，战场的选择失当。百丈一带，地势开阔，部队的集结、隐蔽攻防受很大限制，极易遭受敌机袭击与炮火杀伤。当敌发起反攻时，红军处在十余里的长弧形阵地上，三面受敌，相当被动。另外，部队习惯于山地战、隘路战，而对平地、水田、村落战斗，则缺乏经验。有些干部到了平川地带，连东西南北都辨别不清，敌机来了，无法对付；部队撒出去作战，抓不住，收不拢，影响了指挥信心。仗打得比较乱，有的部队“放了羊”，有的部队你打你的，我打我的，协同配合不好，有的部队不讲战术，增大了伤亡。如此种种，都与在战役指导思想上的急躁和轻敌有关。广大指战员的浴血奋战精神，是可歌可泣的。
百丈决战，是红军从战略进攻转入战略防御的转折点，也是张国焘南下方针碰壁的主要标志。战后，红军遂以巩固天全、芦山、宝兴，丹巴地区为中心任务，在这带与敌对峙，发动群众，准备过冬。红军总部和方面军总部，住芦山城北的任家坝。
那年冬天，天气异常寒冷，临近川中盆地的宝兴、天全、芦山，本属温热地区，冬日气候较暖，但却一反往常，下了十多年未遇的大雪。位于大小雪山——折多山和夹金山附近的丹巴，懋功地区，更是漫山皆白，地冻三尺。部队派出筹集粮食、牦牛的人员，大都得了雪盲症，有些同志冻死在雪地里。当地人口稀少，粮食、布匹、棉花无继，兵员扩充有限。敌军重兵压迫，战斗不止。红军处境日趋艰难，广大指战员愈来愈清楚地认识到，张国焘的南下方针是错误的。