1206年，成吉思汗统一蒙古各部后，他和他的后辈们又用了半个多世纪完成了更大规模的统一大业。统一大业的最终实现，有众多的因素，不可忽视的是在这一过程中蒙古接受了藏传佛教，而藏传佛教又起到了成吉思汗及后人所始料不及的重要作用。
一、从阿尔寨石窟藏传佛教艺术遗存说起
在内蒙古鄂尔多斯市西部的鄂托克旗阿尔巴斯苏木（乡）境内的荒原上，有一座孤立的平顶小山冈，东西长约300米，南北宽约200米，高约80米。在这座山冈红色砂岩的崖壁上，凿有大小不等的楼阁式或覆钵式的浮雕石塔，以覆钵式喇嘛塔居多；崖壁上凿有许多大小不同的石窟，据当地文物部门调查，计有65窟，较完整的有43窟，分上、中、下三层布列。窟内建筑形制各一，有中心柱式，有中心龛式，也有设佛坛并具密宗布局特点的。窟内壁画很多，虽残损严重，但可看出其内容有佛、菩萨、天王、护法神、高僧等佛教神人物，叙述佛经故事的画面、场面宏大的说法图、各族礼佛图等。壁画作品既有浓墨线描、淡彩晕染的汉地绘画技巧，也有粗线勾描、色彩浓烈的藏传佛教的绘画风格。壁画画面上有古藏文、梵文、回鹘体蒙文及汉文榜题。在这座小山冈山顶平台上有庙殿遗址，周围散有板瓦、筒瓦和绿色琉璃瓦残片。在这处石窟遗址的周围，蒙、汉族杂居。汉族群众称该遗址为“百眼窑”；蒙古族群众称为“苏默特阿尔寨（即有庙的小山）”。当地政府已正式命名该遗址为“阿尔寨乌里雅思石窟”，简称“阿尔寨石窟”。
2003年，阿尔寨石窟被列为国家级重点文物保护单位。
目前对于阿尔寨石窟的全面研究还处于初始阶段，仅就初步发现可以判断，其中的一部分反映藏传佛教内容的壁画是西夏时期的艺术遗产。阿尔寨石窟所在地，在10～13世纪初为西夏腹地，距西夏故都兴庆府110公里。藏传佛教在这一地区的传播最早是在西夏中晚期。
在阿尔寨石窟编号第28窟内，东、西两面墙上存有13幅完整的藏传佛教双身像。东墙上铺有7幅，均呈正方形，从画中人物服饰色彩及体态姿势大致可分辨出所绘神。比较明确的有上乐金刚（也作“胜乐金刚”）与金刚亥母图：主尊金刚面相忿怒，蓝脸三眼，头戴骷髅冠，身着虎皮，一手拥抱明妃金刚亥母，一手持金刚，金刚亥母右手拿月形刀；喜金刚与金刚亥母图：主尊一手拥抱无我佛母，一手持颅碗，腰挂骷髅串。各种男女双尊造像是藏传佛教的特质，他们表现为佛降魔除障时所显现的法身，是藏传金刚乘双身修习仪轨所膜拜的欢喜佛像。
同样的图像在西夏佛塔中多有发现。宁夏贺兰县宏佛塔天宫和拜寺口西塔分别出土了上乐金刚双身像唐卡和喜金刚双身像唐卡。宏佛塔内与上乐金刚双身像一起出土的还有西夏文雕版、西夏文佛经残页和刊布于1190年的骨勒茂才所著《番汉合时掌中珠》；拜寺口西塔塔心木题记建塔时间为西夏大安二年（1075年），塔中出土有仁宗仁孝（1139～1193年）的发愿文。这说明，藏传佛教上乐金刚法及经咒和喜金刚法及经咒最迟在西夏晚期得到广泛传播。由此可推断，阿尔寨石窟第28窟的双身佛像最早应是西夏晚期所绘。
自西夏第三代皇帝秉常时期（1067～1086年）始，宋夏战争频繁，西夏太后梁氏有意与吐蕃联姻以抗宋。乾顺时期（1086～1139年），西夏国相梁乙埋又向吐蕃首领阿里骨为其子请婚。后西夏宗室与吐蕃首领拢拶结为婚姻，打通了西夏与吐蕃腹地的联系，双方关系密切。乾顺天佑民安五年（1094年）的《重修凉州护国寺感通塔碑铭》所列举的修塔人中有吐蕃僧人和管理吐蕃、汉族佛教事务的僧官。至仁宗仁孝时（1139～
1193年），藏传佛教高僧纷纷北上到西夏传教，经卷、佛像、法器及藏密仪规随之带到西夏地区，加之西夏统治者大加推崇，很快使藏传佛教仪规影响到社会生活各方面，译印佛经成风，到处兴建寺庙、塑佛像，成为社会风气。《黑鞑事略》记曰：“西夏国俗，自其主以下，皆敬事国师，凡有女子，先以荐国师，而后敢适人。”元人马祖常诗《河西歌》曰：“贺兰山下河西地，女郎十八梳高髻。茜根染衣光如霞，却召瞿昙做夫婿。”作为藏传佛教神的双身像在西夏时期的佛塔、寺庙、洞窟随处可见。地处西夏腹地的阿尔寨石窟自然也在其内。在藏传佛教高僧所著的《贤者喜筵》《红史》《安多政教史》等史籍中，记述了西夏仁宗仁孝皇帝非常崇敬噶玛噶举派一世噶玛巴都松庆巴，曾派遣使臣入藏延请都松庆巴到西夏传法，都松庆巴派弟子格西藏索瓦到西夏布教，后藏索瓦被尊为上师，除传授经义外还组织翻译了佛经。一些著名的吐蕃高僧在这个时期都先后到西夏布教、翻译佛经，如萨迦派三祖师札巴坚赞的弟子觉本、蔡巴噶举派喇嘛尚弟子藏巴敦库瓦师徒等。仁宗仁孝皇帝大力推崇藏传佛教，要求“念佛诵咒”时，把读“西番”经文（即藏传佛经）列为首位。仁孝死后，桓宗继位，皇太后罗氏在《佛说转女身经》发愿文中提到，仁孝死后第3年剃度僧人三千，所度僧人中列于首位的是西番僧人。崇尚藏传佛教之风至西夏晚期更盛。从1205年开始的蒙夏战争延续22年之久，直至西夏灭亡。战争灾难，民怨鼎沸，西夏皇室惶惶不可终日，极力推崇佛教以求保佑。遵顼光定四年（1214年），以皇帝名义缮写泥金字西夏文《金光明最胜王经》发愿文，苦苦祈求“佛力覆盖”，以维持统治。这种社会现象在阿尔寨石窟壁画中得到反映。第31窟东墙有一幅棋格式的《二十一度母救苦救难图》，中间为一幅11面观音图，占整个画面的1/3，观音的左、右、上方布有21格，每格绘一个度母救难的故事。这是一幅依据密宗经文内容绘制的本尊佛母——二十一度母救助众生的变相图。上方的一幅画面比较大，中间为无量寿佛，佛的左侧是白度母，右侧为一菩萨。画面左上角和右下角绘有3个凡夫俗子，为供养人。整个画面反映了供养人祈求度母救难的情景。21幅度母救难的画面中，既有城市的门楼、亭阁、歇山屋顶、正脊兽、庭院、围墙，又有草原牧区的景象；既有祈求安逸而寄希望于佛法的达官贵人、供养人，又有战争、疾病带来的种种痛苦和灾难。这些内容都生动地折射出西夏晚期社会动荡的情况。
二、蒙古灭西夏后开始接受藏传佛教
成吉思汗统一蒙古各部后，把进一步扩张掠夺的目标首先指向西夏。成吉思汗的战略意图十分清楚：经济上占有富庶的西夏地区，即有了征服战争的物质保证；政治上以西夏为突破口，打破夏金联盟，切断西夏与原蒙古相邻各部的联系，为挺进中原打基础；军事上攻破西夏既可控制中原至西域、漠北达中原的交通要道，又可补充军需，进行中原攻城实战训练。为此，成吉思汗不惜用长达22年的时间6次用兵西夏，亲征4次，并死于最后一次攻打西夏的战争中。成吉思汗为此付出了巨大代价，但也实现了他的政治目标：灭西夏，进而灭金灭宋，最终在他的孙子辈实现了大统一。
在13世纪的蒙古统一战争中，成吉思汗及其蒙古统治者所始料不及的一个重要后果是，从用兵西夏开始，蒙古开始接触藏传佛教，随着统一战争的推进和统一大业的需要，蒙古上层接受并利用了藏传佛教。这对于蒙古统治者及以后的蒙古社会，都是一个有重要意义的转变。
蒙夏战争时期也是藏传佛教在西夏广泛传播的时期，成吉思汗也正是在这个时期开始与藏传佛教的高僧有了接触。据格鲁派高僧班钦索南扎巴所著《新红史》（成书于1538年）记载，最早到蒙古并与成吉思汗接触的西藏僧人是蔡巴噶举派喇嘛尚弟子藏巴敦库瓦。当时蒙夏战争正酣，蒙古军对西夏地方佛教寺庙大肆破坏，“成吉思汗即位八年之火诸年蒙古占领西夏，很多寺院破毁，佛法败颓，彼时，上师藏巴敦库瓦来到成吉思汗王座前……为成吉思汗翻译解说因果，讲述佛法，此后，众生有请安乐，获佛法功德。此王于是对佛法愈恭，对持佛法的信众军人不加役使……请求颁发诏书弘扬佛法……西夏地方一切毁损的寺庙得以修复。”高僧对成吉思汗的布教虽然制止了蒙古军队对佛教寺庙的破坏，但成吉思汗并没有转而信仰藏传佛教，他仍然信奉着古老的萨满教，出征前举行萨满教的祭天仪式。
西夏被蒙古灭亡后，蒙古的统一战争由成吉思汗的子孙继续进行。成吉思汗的孙子窝阔台之子阔端经略西夏故地河西凉州，1239年阔端派部将多达那波领兵入藏以探虚实。1240年，多达那波返回凉州向阔端报告西藏的情况说，噶丹教派的寺庙为最多，达隆教派的寺僧戒律清整，止贡教派的京俄大师最具法力，萨迦派的班智达学问最高，并请阔端选邀萨迦派首领萨班到凉州商谈西藏归附蒙古事宜。阔端接受这一建议，命多达那波为信使前往藏区邀请萨班。1246年，萨班等到凉州，次年与阔端在凉州白塔寺会谈，达成吐蕃归附蒙古之协议，与此同时，萨班向阔端讲授藏传佛教教义，阔端接受藏传佛教及灌顶仪式。
在蒙古诸王中，较早接受藏传佛教并确立其在蒙古思想统治地位的是忽必烈。在阔端与萨班凉州会谈时，萨班的随行八思巴就初会忽必烈，并授以喜金刚法。1251年，忽必烈受命于蒙哥经营汉地，次年经藏区攻大理，与八思巴会晤，洽商藏传佛教宗派首领与蒙古皇室的关系。1253年，八思巴为忽必烈一家灌顶。1254年，下诏褒护后藏佛寺，宣布八思巴为上师。1258年，忽必烈奉蒙哥汗之命在开平主持释道辩论，八思巴作为佛教代表对佛教获胜起了重要作用。1260年，忽必烈即汗位，封八思巴为国师，授玉印，令其统一释教。1264年，设总制院（后改为宣政院），管理全国佛教事务及藏区行政，命八思巴以国师领总制院事。八思巴按蒙古制在西藏设置万户、千户、百户，建立赋税制度，由国师提名报请朝廷任命地方官员，仿照蒙古怯薛制度建立宗教领袖的十三种侍从官职。这一系列措施的推行，在西藏形成了封建农奴制基础上的政教合一统治。通过藏传佛教的联络和沟通，加强了对藏区的管理，从而也使蒙古集中力量实施对南宋的战争并赢得了胜利，为蒙古最终实现统一大业创造了条件。
三、蒙古的统一战争利用了藏传佛教，藏传佛教也因此得以发展
从蒙夏战争开始，经蒙金、蒙宋战争，忽必烈建元，1276年兼并南宋，完成统一大业，蒙古的统一战争进行了70年之久。战争的最终结果是经济文化较发达的西夏、金、南宋被较落后的蒙古一一灭掉，这其中固然有政治的、民族的、军事的原因，但藏传佛教所起的重要作用不可忽视。
13世纪初的蒙夏战争时期，正值西夏朝廷极力推崇藏传佛教，因而使藏传佛教在西夏区域内的地位高于佛教其他宗派的地位，这就为蒙古上层提供了最早接触和接受藏传佛教的机会。从宗教形式上看，藏传佛教的某些仪轨与蒙古早期信仰的萨满教和信奉巫师的传统比较接近，二者易于沟通。从教义上看，藏传佛教宣扬“佛我一体”的理论对蒙古贵族推进统一战争、建立和巩固统治权十分有利。藏传佛教要求修习密法须经历宗教入门仪式“灌顶”，即上师于坛场持瓶，将虚拟四龙所吐海水倒灌弟子头顶，受法弟子即身心清净，与佛感应，佛我一体。通过一系列程序、仪轨，接受灌顶的同时，也接受了师传真言密咒。新兴的蒙古贵族上层在藏传佛教的教义仪轨中找到了“佛我一体”统治僧俗的理论依据。自阔端始，蒙哥、阿里不哥、忽必烈等蒙古汗及诸王率先接受灌顶，不能不是他们内在的一种需求。
在蒙古贵族上层的推崇下，藏传佛教继西夏之后又得到了新的保护，而且随着统一战争的步伐有了一个大力扩展的环境。各教派高僧得以云游各地讲经传法，聚集弟子，并为诸王子弟将臣讲经说教。译释佛经、著书立说、修缮及兴建寺院、传法授徒、创新教派等宗教活动得以大力开展和推广。大量的大藏典籍广泛传播，三藏典籍，特别是密乘无上瑜伽部的经典法门在西藏得到广泛译传，被编纂成《藏文大藏经》之《甘珠尔》和《丹珠尔》，总计4000多卷。许多教派的高僧大德有著作传世。萨迦派著名宗教活动家萨班·贡噶坚赞在佛学、医学等方面都有著作，被尊为“萨迦班智达”（即大学者）。八思巴等在此时完成了《喜金刚续第二品注疏》《上师瑜伽论》《大手印法》等一批重要释经著作，萨迦派学说在理论上得到推进。佛教前弘期莲花生立说的经典也得到挖掘、整理和传颂。新的教派相继出现，继宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派之后，因蒙古汗王赐以金边黑帽和金边红帽而有了黑帽系和红帽系等多支系的诞生。为了稳定宗教统治的地位，噶玛噶举又创立了活佛转世制，寺院管理制度更加严格。藏传佛教出现了后弘期的一个发展高峰。