明代嘉靖三十八年，李时珍深感呆在北京对于自己来说，已经纯粹是浪费时光。
于是，李时珍便托病辞职，得到了朝廷许可后，返回家乡蕲州，准备开始专心重修《本草》的艰辛劳动。
李时珍南归故乡，沿着驿路经过琢州、安阳、徐州等地。他摆脱了太医院任职中的各种矛盾和烦恼，在广阔的原野上，见闻所及处处是学问的宝藏。
在路过一个驿站时，李时珍遇到一群北上的驿卒，正在用小锅煮着一把粉红色的小花。
李时珍走到跟前，仔细一看，这是一种别名叫鼓子的旋花。此花在南方随处都可见到，过去从来没听人说这种花有什么用途，各种《本草》上也没有记载。
李时珍好奇地问驿卒：“你们为什么煮食这种东西？”
驿卒回答说：“常在外奔走的人，筋骨劳累容易受损伤。吃了这东西可以治疗，这是我们的祖传秘方。”
李时珍一听，就牢牢记在心里，回到驿所屋子便在笔记上记下了驿卒的话。一路上，李时珍一边走，一边搜集民间流传的单方验方和治病的草药。
特别是那些民间传说的顺口溜，李时珍听到后，就立刻记在笔记本上，像人们常说的“穿山甲，王不留，妇人吃了乳长流”，就是指这两种药有发奶的功效。
还有“槟榔、浮留，可以忘忧”，指这两种药有兴奋神经的作用。“七叶一枝花，深山是我家，痈疽若遇着，一似手擒拿”，是说一种叫蚤休的药草，它是七叶一枝花，在深山中生长，这种药材有解毒去痈的疗效。
李时珍将这些顺口溜记在笔记本上，如获至宝。他经常感叹说：“民间流散着多少宝物啊！我一定要广采博收。”
李时珍用记下的资料，给人治病，经过验证，确实疗效好的，后来都收入到《本草》中了。
离开京城，离开那争权夺利的官场，李时珍心中充满了喜悦之情，他现在又要返回故乡继续着自己的事业了。
李时珍走出京城，一身轻松，他感觉自己的心已经飞回了家中，他真想快点见到自己年迈的老父亲，还有自己的哥哥。
可是一到家，李时珍却发现父亲已久病在床，父亲没有告诉做官的儿子自己病重的消息。
李时珍见父亲卧床不能起身，便决定暂时不再外出，一边在家侍奉父亲治病，一边改善居住条件，为著书立说准备条件。
李时珍在自己家门口挂上了一块“世医李时珍应诊”的牌子，他又当医生了。
过了一些时候，蕲州东门口的城墙上，贴上了李时珍亲笔写的一张大字广告。
广告上这样写着：本人李时珍，现在正在编一本药书，书名叫《本草纲目》。因为自己的见闻有限，材料不够，希望各地有学问的人以及同道们，能够提供帮助，把这部对天下百姓有用的书写好，在此表示深深地感谢。
蕲州的乡绅们听说李时珍在楚王府和太医院都没有呆多长时间，结果还是跑回来当医生，大家都在背地里嗤笑他。
有的人说：“这个土包子，到底上不了台盘。”
后来，听说李时珍贴出了个广告，要自己出来编一部新“本草”，他们更加鼓噪起来，说：“修本草谈何容易，朝廷不干的事，他干，这真是自讨苦吃！”
在蕲州的大街小巷里，瞧得起李时珍的比还是要占大多数，比瞧不起李时珍的人要多得多。他们听到这个消息后，都很兴奋，三三两两地谈起这个事情来。
卖菜的李老头打开他的大嗓门对街上的人说：“谁说他搞不成功！这孩子的脾气我很清楚，他要干什么，不干成功他就永不罢休。”
有人笑道：“李老，你也大卖老了，人家李时珍已经是上四十的人了，你还孩子孩子的喊人家。”
李老嗓门更大了：“怎么喊不得！他就是活到80岁，我还要喊他孩子。他小时候，我菜园里的萝卜花，不知道让他给拔掉多少呢！”听的人哈哈大笑起来。
每天给人家看完病，李时珍就开始编书。外面的反应他也知道，乡绅们挖苦他的话，他听了只是笑笑，根本不当成回事儿。
可是，听到有许多百姓对他的工作表示那么大的信任和关心。李时珍更加意识到肩上的担子的重量。
有时，李时珍忙到三四更天还不停手，他的妻子几次拿着油壶进来，给他往灯里添满油。
妻子见他还没有休息的意思，便说：“写书也不是一会半会儿的事儿，你白天要给人看病，晚上又熬这么长时间，要是病倒了怎么办？”
李时珍说：“你不知道，我已经白白耽误了好几年，如果再耽误，就没有时间编写了。”
随着人丁的繁衍，李家那所老宅已显得狭小了。
李时珍在雨湖边选了一块地，亲自规划设计，盖起了一座宽敞轩亮、环境幽静、景色宜人的新宅院，既适合父亲养病，也适宜自己潜心研究、撰著。
这时候，李时珍的大儿子建中，按着父亲的安排，已考中举人，走上仕途，为李家改换了门庭。
李时珍说服父亲，将二儿子建元、三儿子建方留在身边学医。小儿子建木年岁还小，仍在读书。
李家到李时珍这一代，已是人丁兴旺，成为蕲州医学世家、读书人家了。
李时珍从雨湖引来一股湖水，美化院落，使得这一座幽雅的宅院里有花有水，生意盎然。
不仅家里就有清溪流水、花草繁茂，推开窗户，还能看见碧绿清澈的雨湖，望见湖上飘满的点点渔帆，听到悠扬的渔歌和小鸟快乐的鸣叫。
李时珍引用《诗经》里“考般在阿，硕人之过”两句诗的立意，在自己的门前题了“过硕馆”三个大字。
同时，李时珍给自己取了个别名叫“濒湖山人”，借以抒发无官一身轻，专心致志著书立说的抱负。
李言闻为了支持儿子完成重编《本草》的大业，将自己多年积累的大量资料和撰写的几十卷著作，全交给了李时珍。
老人还抱病与儿子一起探讨医学和药学中的各类问题，审阅儿子的著作，他相信儿子能为李家给后世作出惊人贡献。
李时珍精心照料父亲，使父亲的病开始好转。在此时间里，他完成了《濒湖医案》《三焦客难》《命门考》《五藏图经》《濒湖脉学》《奇经八脉考》等著作。
这些著作都凝聚着李时珍父子之间的深情厚谊。比如，《濒湖脉学》就是李时珍在父亲《医学八脉法》《四诊发明》的基础上写成的。
中医的脉学，自《内经》开创以来，历代都有论述。东汉张仲景对评脉的辨证论述，散见各篇，未成专著。
两晋王叔和著有脉经12卷，因时代久远，散佚太多，到《旧唐志》只留下两卷。
李时珍本着“涉猎群书，搜罗百代”的治学精神，除广收经典外，还涉及上自太仓、启玄、叔和之学，下至唐宋金元诸名流脉学著作达48家，在此基础上删繁就简，写成了集脉学著作大成的《濒湖脉学》。
《濒湖脉学》第一次以“二十七脉歌诀”及“四言举要”，解决了通俗切用的难题，并批判了《脉诀》的谬误。
《濒湖脉学》全书仅两万多字，然而字字斟酌，深入浅出，句句通俗，且俗不伤雅。以脉论医，明理切用，音韵协调，易读易记，故风行天下成为后世脉学的指南。后来全国中医院校的脉学教材，大多取材于这本经典著作。
在这个时期里，李时珍还写了《命门考》《奇经八脉考》等著作。
与此同时，李时珍对《内经》《抱朴子》《千金要方》等古籍，以及药王庙中的针灸铜人进行了深入的研究。
明代嘉靖四十三年，李言闻旧病复发，医治无效去世。在临终前，李言闻嘱咐李时珍要克服困难，尽快地将《本草》重修好。这位老中医带着对儿子的期望，走完了自己真实而可敬的人生。
几年以后，李时珍同哥哥李果珍一起，将父亲与去世已久的母亲张氏合葬在雨湖畔的蟹子地。
至今，这座合葬墓还在美丽的雨湖之滨。